Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Poliaromatik hidrokarbon (PAH) adalah salah satu kontaminan yang paling banyak ditemukan di area yang terkontaminasi minyak. Senyawa PAH dalam limbah lumpur minyak bumi antara lain antrasena, benzo-antrasena, dan pirena. Diantara senyawa PAH tersebut, pirena merupakan PAH dengan berat molekul tinggi yang paling berlimpah, yang bersifat sangat beracun, mutagenik, genotoksik dan karsinogenik pada organisme hidup. Hasil riset ini menunjukkan beberapa mikroorganisme mampu mendegradasi senyawa pirena. Untuk mempelajari kemampuan strain Indonesia dalam mendegradasi senyawa pirena tersebut, studi eksploratif telah dilakukan. Lima isolat bakteri laut dari Cilacap dan Marina telah digunakan dalam penelitian ini untuk melakukan studi biodegradasi pirena. Lima strain diidentifikasi sebagai Ochrobactrum sp. M2292, Bacillus subtilis M128, Bacillus subtilis C318, Bacillus subtilis C19 dan Bacillus pumilus C15. Isolat bakteri ini dianalisis untuk keberadaan gen dioksigenase, diyakini sebagai gen kunci dalam biodegradasi PAH. Dari hasil studi telah ditemukan bahwa semua isolat memiliki gen dioksigenase, nidA dan nahAc, dua biomarker yang digunakan untuk mengevaluasi kemampuan bakteri dalam biodegradasi PAH. Kelima bakteri menunjukkan kemampuan mereka dalam proses biodegradasi PAH menggunakan media uji petri agar dengan menggunakan pirena atau fenantera sebagai substrat, tetapi hanya dua isolat yang sangat unggul dalam pertumbuhan, yaitu Bacillus subtilis C19 untuk biodegradasi pirena dan Ochrobactrum sp. M2292 untuk biodegradasi fenantrena. Pada Penelitian ini difokuskan pada biodegradasi pirena, sehingga B. subtilis C19 dipilih untuk studi lebih lanjut. Sebuah uji batch sederhana dilakukan untuk mempelajari kinetika biodegradasi pirena menggunakan B. subtilis C19, dimana pirena sebagai substrat pembatas. Laju pertumbuhan sel kemudian difitting dengan menggunakan model pertumbuhan bakteri Monod, Haldane, Andrews, dan Aiba. Hasil analisis menunjukkan nilai sum square error minimum pada model Andrews dengan laju pertumbuhan maksimum (μmax) 0,0048 h-1, konstanta spesifik substrat (Ks) 0,0079 gL-1, dan konstanta inhibisi substrat (Ki) 0,2619 gL-1. Model Andrew menghasilkan fitting terbaik dengan nilai sum square error 0.046 dibandingkan dengan model lain dengan nilai sum square error 0,050-0,207. Selain kemampuan intrinsik untuk biodegradasi pirena, bakteri ini juga dikenal menghasilkan biosurfaktan, yang dapat membantu mengemulsi substrat pirena, sehingga meningkatkan bioavailabilitasnya. Hasil riset menunjukkan bahwa B. subtilis C19 menghasilkan biosurfaktan lipopeptida, dan analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa biosurfaktan ini memiliki stabilitas tinggi pada variasi pH dan salinitas, dua karakteristik yang diperlukan untuk aplikasi bioremediasi. Dalam sebuah studi tambahan, aktivitas antimikroba dari biosurfaktan pada lima bakteri

---

ABSTRAK
Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella enterica typhi, Listeria monocytogenes, dan fungi Candida albicans telah dianalisis. Hasil riset menunjukkan biosurfaktan yang diproduksi oleh B. subtilis C19 menghambat pertumbuhan fungi tetapi tidak menghambat pertumbuhan bakteri. Hasil riset ini menunjukkan bahwa biosurfaktan yang dihasilkan oleh B. subtilis C19 dapat digunakan untuk aplikasi konsorsium dalam biodegradasi pirena, tanpa dampak negatif dari fungsi antimirobialnya.;Poly-aromatic hydrocarbon (PAH) is one of the most pervasive contaminant presents in oil ? contaminated sites. It comprises anthracene, benzo-anthracene, and pyrene. Of those, pyrene is the most abundant high-molecular weight PAHs, which is highly toxic, mutagenic, genotoxic and carcinogenic to the living organisms. However, reports have suggested that some microorganisms were capable of successfully degrading the pyrene. To study the ability of Indonesian strain to degrade the pyrene, an explorative study has been undertaken. A five marine bacterial isolate from Cilacap and Marina have been used in this study to undertake the pyrene degradation study. The five strains were identified as Ochrobactrum sp. M2292, Bacillus subtilis M128, Bacillus subtilis C318, Bacillus subtilis C19 and Bacillus pumilus C15. They were analyzed for the presence of dioxygenase genes, believed to be the key genes in the degradation of pyrene. It was found from the study that all the isolates have the dioxygenase genes, nidA and nahAc, two biomarkers used to evaluate the degradation capability of the bacteria. The five bacteria shows their capability in degrading the PAHs using petri dish agar medium test using pyrene or penanthere as substrate, but only two were superior in term of growth, which were, Bacillus subtilis C19 for pyrene and Ochrobactrum sp. M2292 for penantherene. As this study was focused on pyrene, B. subtilis C19 were chosen for further study. A simple batch test was undertaken to study the degradation kinetics of pyrene using B. subtilis C19, where pyrene was used as the limiting substrate. The growth rate was then fitted using the least sum square error with available bacterial growth models of Monod, Haldane, Andrews, and Aiba. The experimental results showed that the curve fitted Andrews model best, with a maximum specific growth rate (μmax) of 0.0048 h-1, a half velocity constant (Ks) of 0.0079 gL-1, and an inhibition growth rate coefficient (Ki) of 0.2619 gL-1. The fit produces a sum square error of 0.046 as compared to, between 0.050 ? 0.207 of other models. In addition to its intrinsic ability to degrade the pyrene, the bacterium was also known to produce a biosurfactant that may help the bacteria to emulsify the pyrene, so that increases its bioavailability. It was confirmed that the bacteria did produce the biosurfactant, and further analysis showed that the lipopeptide biosurfactant had a superior stability in term of pH and salinity, two characteristics required for a successful field application. In an additional study, an antimicrobial activity of the biosurfactant on five bacteria

Abstrak :
Racun duri Acanthaster planci memiliki beragam aktifitas biologi yaitu aktifitas lethal, aktifitas hemolitik, aktifitas myonecrotic, aktifitas pendarahan, peningkatan aktifitas permeabilitas kapiler, aktifitas edema, aktifitas phospholipase-A2 (PLA2), aktifitas pelepasan histamin dari mast cell dan aktifitas kardio vaskular. Racun duri Acanthaster planci mengandung phospholipase A2 (PLA2), plancitoxin yang homolog dengan deoxyribonuklease II pada mamalia dan plancinin peptida antikoagulan. Berbagai penelitian terdahulu membuktikan bahwa racun yang berasal dari berbagai hewan mengandung senyawa yang potensial dikembangkan sebagai bahan antibiotik dan terapeutik untuk mengobati suatu penyakit. Dengan potensi aktivitas biologi tersebut racun Acanthaster planci dapat berkontribusi di bidang medis yang bisa menjadi masukan bagi pendapatan negara. Efek antimikrobial hasil aktifitas hidrolisis komponen fosfolipid membran sel mikroba oleh enzim PLA2 dapat bermanfaat bagi pengembangan bahan antibiotik. PLA2 yang dimurnikan dari racun ular memiliki aktifitas antibakteri terhadap Staphylococcus aureus, Proteus vulgaris, Proteus mirabilis, and Burkholderia pseudomallei. Selain itu, PLA2 memiliki aktifitas antiHIV melalui mekanisme penghambatan pelepasan intraseluler protein capsid virus dan diasumsikan PLA2 memblok virus masuk ke dalam sel inang sebelum virus tersebut membuka selaputnya dan secara independent memanfaatkan koreseptornya. PLA2 melindungi sel limfosit T manusia dengan memblok virus yang memiliki selubung luar mengandung fosfolipid. Acanthaster planci merupakan predator yang mengancam populasi karang terutama ketika terjadi peledakan populasi. Pemanfaatan Acanthaster planci untuk produksi PLA2 dapat menjadi alternatif produktif upaya pengendalian populasinya sekaligus membuatnya menjadi lebih berguna. Purifikasi PLA2 racun duri Acanthaster planci telah dilakukan oleh Shiomi dan koleganya menggunakan rangkaian kolom kromatografi bertingkat, memerlukan biaya yang relative mahal dan membutuhkan waktu beberapa hari, sehingga dalam penelitian ini dikembangkan metode purifikasi yang sederhana dan cepat dengan biaya yang relatif murah. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi masukan bagi upaya pemanfaatan Acanthaster planci untuk menghasilkan PLA2 yang berpeluang dikembangkan sebagai bahan antibakteri dan antiHIV. Penerapan metode percobaan yang dilakukan dalam penelitian ini memberikan hasil sebagai berikut : - Proses ekstraksi racun dari jaringan duri Acanthaster planci berlangsung efektif melalui proses sonikasi pada 20 kHz selama 2x8 menit (intensitas 80% dan output 10). Racun yang terekstraksi tertampung dalam larutan 0,01 M bufer fosfat pH 7,0 mengandung 0,001 M CaCl2 yang digunakan sebagai media ekstraksi disebut crude venom. Pengujian secara kualitatif menggunakan darah manusia yang diberi perlakuan crude venom (1:1) memperlihatkan antikoagulasi darah oleh plancinin yang terkandung dalam racun membuktikan keberhasilan proses ekstraksi. Pada awalnya dilakukan pula metode ekstraksi dengan cara duri diblender terlebih dahulu dan dilanjutkan dengan disonikasi. Untuk meminimalisir protein kontaminan yang berasal dari jaringan duri dan mempertimbangkan efisiensi maka metode ini kemudian tidak diterapkan. Purifikasi phospholipase A2 racun duri Acanthaster placi dari Ambon-Maluku melalui pengendapan amonium sulfat bertahap pada tingkat kejenuhan 20% terhadap crude venom yang telah dipanaskan efektif memurnikan PLA2. Hasil elektroforesis SDSPAGE memperlihatkan isolat PLA2 memiliki satu pita protein sedangkan crude venom memiliki empat pita protein. Isolat PLA2 yang dihasilkan memiliki aktifitas spesifik 20 kali aktifitas spesifik crude venom. Pemanasan crude venom pada 60oC selama 30 menit yang diikuti dengan sentrifugasi selama 30 menit pada 15.000xg dan 4oC memisahkan protein tidak tahan panas dari PLA2. Metode purifikasi ini juga diterapkan pada racun duri Acanthaster planci dari Sorong-Papua namun belum berhasil. Sedangkan purifikasi PLA2 melalui pengendapan menggunakan etanol dengan tingkat kejenuhan 80% tidak efektif memurnikan PLA2 namun dapat meningkatkan aktifitasnya menjadi lima kali aktifitas crude venom. Hasil eksperimen ini dipublikasikan di International Journal of Pharma and Bio Science Vol 2/issue 2/Apr-Jun 2011 and International Journal of Pharma and Bio Science 2012 Oct; 3(4):(B) 603-608 - Pengujian aktifitas antibakteri menggunakan metode difusi cakram memperlihatkan terbentuknya zona bening disekitar cakram PLA2 pada kultur Staphylococcus aureus yang mengindikasikan bahwa PLA2 racun duri Acanthaster planci memiliki aktifitas antibakteri terhadap Staphylococcus aureus pada dosis 2, 98 mg/ml. Hasil eksperimen ini dipublikasikan pada International journal of Pharma and Bio Sciene 2013 Apr; 4(2) : (B)1-5 - Pengujian aktifitas antiHIV secara kualitatif menggunakan PBMC pasien HIV (ODHA) memperlihatkan terjadinya penurunan intensitas pita protein DNA pada hasil elektroforesis RT-PCR RNA sampel kultur HIV yang diberi perlakuan PLA2. Selanjutnya analisis kuantitatif hasil Green Fluoresence Particle memperlihatkan terjadinya penurunan jumlah sel yang terinfeksi HIV secara signifikan oleh perlakuan PLA2 dari 9,72% menjadi 0,29% yang mengindikasikan PLA2 racun duri Acanthaster planci memiliki aktifitas antiHIV. Hasil eksperimen ini dipublikasikan pada Asian Pacific Journal of Tropical Medicine (2014) 412-420 - Biaya purifikasi PLA2 merupakan pembiayaan yang dibayarkan untuk 1) bahan kimia dan peralatan habis pakai, 2) listrik untuk operasional alat, 3) sewa peralatan dan 4) tenaga kerja. Hasil perhitungan biaya isolasi-purifikasi PLA2 menghasilkan nilai Rp. 446.192,- per 50 gram duri dengan hasil yang diperoleh adalah 4,622 mg PLA2. Biaya purifikasi PLA2 miniscale yang dilakukan dalam penelitian ini efisien untuk diterapkan dimana harga komersial PLA2 racun ular Crotalus amandetus (Worthington, USA) adalah Rp. 590.000 per mg (59.00 US Dolar). Hasil pengolahan data citra satelit tahun (2006) yang diunduh dari website NASA pada Juni 2013 memperlihatkan luas areal terumbu karang yang merupakan habitan Acanthaster planci adalah 94,83 hektar. Diperkirakan pada luas areal tersebut terdapat 550 individu dewasa dan jumlah yang dapat dimanfaatkan untuk menghasilkan PLA2 adalah 20% dari ketersediaannya per bulan. Berdasarkan hasil percobaan tersebut dapat disimpulkan bahwa : - Metode sederhana dan cepat dengan biaya operasionil relatif murah melalui pengendapan 20% amonium sulfat terhadap crude venom yang dipanaskan terlebih dahulu efektif memurnikan PLA2 dari racun duri Acanthaster planci dengan tingkat kemurnian dan aktifitas spesifik yang tinggi. Sedangkan metode pengendapan menggunakan etanol 80% tidak efektif memurnikan PLA2 dari racun duri Acanthaster planci namun dapat meningkatkan aktivitasnya menjadi 5 kali crude venom. PLA2 racun duri Acanthaster planci memiliki aktifitas antibakteri terhadap Staphylococcus aureus dan aktifitas antiHIV. - Biaya miniscale operasional purifikasi PLA2 efisien untuk diterapkan dan ketersediaan Acanthaster planci di perairan Liang dan pulau Pombo yang dapat dimanfaatkan untuk menghasilkan PLA2 adalah sebesar 20% per bulan. ...... Spines venom of Acanthaster planci have various biological activities: lethal activity, hemolytic, myonecrotic, bleeding, increased capillary permeability, edema, phospholipase A2 (PLA2), the activity of histamine release from mast cells and cardio vascular activity. Spines venom of Acanthaster planci containing phospholipase A2 (PLA2), plancitoxin which is homologous with mammals deoxyribonuklease II and plancinin anticoagulant peptide. Previous studies prove that the venoms derived from animals contain various compounds that are potential to be developed as antibiotic and therapeutic agents to treat a disease. Acanthaster planci spines venom with various potential biological activity may contribute in the medical field that can be input for the state revenue. Antimicrobial effect results by hydrolysis activity of PLA2 on microbial cell membrane phospholipids can be beneficial to the development of antibiotic agent. PLA2 purified from snake venom have antibacterial activity against Staphylococcus aureus, Proteus vulgaris, Proteus mirabilis, and Burkholderia pseudomallei. In addition, PLA2 has antiHIV activity through inhibition of the release mechanism of intracellular viral capsid proteins and assumed PLA2 blocking viral entry into host cells before the virus opens membranes and independently utilize koreseptornya. PLA2 protect human T lymphocytes by blocking viruses that have outer sheath containing phospholipids. Acanthaster planci is a predator threatens coral populations, especially when there is a outbreak population. Acanthaster planci utilization for the production of PLA2 can be an effort population control productively and make it more useful. Purification of Acanthaster planci spines venom PLA2 has been done by Shiomi and colleagues by using a series of chromatography columns which is relatively expensive and takes a few days, so a simple and fast method with a relatively low cost was developed in this study. The results of this study are expected to be input for utilaization of Acanthaster planci to produce PLA2 that can be developed as antibacterial and antiHIV agents. Experiments method were conducted in this study gave the following results: - Venom extraction from the spines of Acanthaster planci was effective through the process of sonication at 20 kHz for 2x8 minutes (intensity 80% and 10 outputs). Venom was accumulated in extraction medium solution of 0.01 M phosphate buffer pH 7.0 containing 0.001 M CaCl2 called crude venom. Qualitative tested by using human blood treated with crude venom (1: 1) showed the blood anticoagulation by plancinin contained in the venom, proves the extraction process successfully. At the previous conducted on a method of extraction, the spines were blended first and followed by sonicated. To minimize contaminant proteins derived from spines tissue and consider the efficiency, this method was not implemented. Purification of phospholipase A2 from spines venom of Ambon-Maluku Acanthaster placi by using fractionated ammonium sulfate precipitation at 20% saturation of the heated crude venomwas done effectively. SDS-PAGE electrophoresis showed PLA2 isolates has one protein band while the crude venom has four protein bands. PLA2 isolates has a specific activity 20 times the specific activity of crude venom. Heated the crude venom at 60°C for 30 minutes followed by centrifugation for 30 minutes at 15.000xg and 4°C separated PLA2 from the other heat sensitive proteins. This method was also implemented to purify PLA2 spines venom of Acanthaster planci from Sorong-Papua, but have not been successful. While PLA2 purification by using ethanol precipitation at a level of 80% saturation was not effective but increased the specific activity into five times crude venom specific activity. This Experimental results were published in the International Journal of Pharma and Bio Science Vol 2 / issue 2 / Apr-June 2011 and the International Journal of Pharma and Bio Science 2012 Oct; 3 (4) :( B) 603-608. - Investigated of antibacterial activity by using disc diffusion method exhibited clear zone around the disc pre-added PLA2 on Staphylococcus aureus culture, indicated PLA2 of Acanthaster planci spines venom has antibacterial activity against Staphylococcus aureus. This experimental result was published in International journal of Pharma and Bio Sciene 2013 Apr; 4(2) : (B)1-5 - Qualitative investigated of antiHIV activity by using PBMCs of HIV patient showed a decrease of the DNA protein band intensity in electrophoresis result of RT-PCR RNA sample of the HIV cultured treated with PLA2. Furthermore, quantitative analysis of the Green Fluorescence Particle results showed the decline significantly from 9.72% into 0.29% in the number of HIV-infected cells by PLA2 treatment, indicated PLA2 of Acanthaster planci spines venom has antiHIV activity.This experimental result was published in Asian Pacific Journal of Tropical Medicine(2014) 412-420 - The cost of PLA2 purification was paid for : 1) chemicals and equipment consumables, 2) electricity for the operation of the tools, 3) tools rental and 4) labor. The cost of PLA2 purification was Rp. 446.192,- per 50 grams spines with the results obtained was 4.622 mg PLA2. Miniscale purification costs performed in this study was efficiently implemented which is the commercial prices PLA2 is ± 590,000 rupiahs per mg (59,00 US dolar) (Worthington USA product of snake venom Crotalus amandetus PLA2). Thus purification of PLA2 from Acanthaster planci spines venom might be have a good prospect to be developed. - Acanthaster planci survay was done on March 2013 in Eastern part Ambon water, especially in Liang (dusun Tanjung and dusun Batu Dua) and Pombo island obtained the average density value of 5.8 adult individuals per hectare. Satellite images (2006) downloaded from NASA website in June 2013 shown coral reefs area as the habitat of Acanthaster planci is 94.83 acres. Total estimated of adult Acanthaster planci in those area was 550 and the availablelity number that can be used to produce PLA2 was 20% per month.

Abstrak :
ABSTRAK
Optimalisasi Stokastik Tindakan Pencegahan Resiko Rantai Suplai-Sebuah Metodologi untuk Meningkatkan Ketahanan Suplai Bahan Bakar Minyak Bersubsidi di Indonesia. Metode berdasarkan simulasi Monte Carlo untuk opimasi stokastik pada penilaian risiko diperlukan untuk menyelesaikan masalah kompleks di dalam jaminan ketersediaan bahan bakar bersubsidi di Indonesia.Untuk mengatasi kendala distribusi BBM bersubsidi di Indonesia yang memiliki populasi penduduk keempat terpadat di dunia lebih dari 250.000.000 jiwa dengan 66,5 populasi masyarakat produktif, dan memiliki lebih dari 17.000 pulau dengan populasi penduduk yang terpusat hanya di wilayah ibukota Negara diperlukan system pengawasan dan penanganan risiko yang terukur serta terintegrasi demi jaminan ketersediaan BBM bersubsidi. Dengan mempertimbangkan masalah kompleks tersebut, penelitian ini sangat dipengaruhi oleh ketidakpastian dan probabilitas.Oleh karena itu, penelitian ini menggunakan metode simulasi optimasi stokastik berdasarkan sampling Monte Carlo pada kerangka kerja analisis risiko dengan keterbaruan parameter ldquo;FIRST rdquo;, yang dikombinasi dengan Analisis Sensitifitas untuk menentukan prioritas penanganan mitigasi risiko yang terintegrasi agar implikasi dari rancangan model yang baru dari penelitian ini dapat memberikan waktu mitigasi yang lebih cepat.Hasil dari penelitian ini dapat mengidentifikasi ide-ide inovatif pada audit berdasarkan risiko pada manajemen risiko rantai pasok dan parameter FIRST Fairness, Independence, Reliable, Sustainable, Transparent dalam penilaian risiko. Selain itu, integrasi pada analisis risiko menghasilkan tingkatan prioritas pada analisis sensitivitas dengan temuan yang menunjukkan bahwa waktu mitigasi yang baru lebih cepat sebanyak 60 dari waktu mitigasi risiko dengan metode yang umum.Kata kunci: faktor ldquo;FIRST rdquo;; Sampling Monte Carlo; Simulasi stokastik; ketahanan pasokan, keamanan, tingkat perubahan.

---

ABSTRACT
Monte Carlo simulation based methods for stochastic optimization of risk measures is required to solve complex problems in supply security of subsidized fuel oil in Indonesia. In order to overcome constraints in distribution of subsidized fuel in Indonesia, which has the fourth largest population in the world mdash more than 250,000,000 people with 66.5 of productive population, and has more than 17,000 islands with its population centered around the nation 39 s capital only mdash it is necessary to have a measurable and integrated risk analysis with monitoring system for the purpose of supply security of subsidized fuel. In consideration of this complex issue, uncertainty and probability heavily affected this research. Therefore, this research did the Monte Carlo sampling based stochastic simulation optimization with the state of the art FIRST parameter combined with the Sensitivity Analysis to determine the priority of integrated risk mitigation handling so that the implication of the new model design from this research may give faster risk mitigation time. The results of the research identified innovative ideas of risk based audit on supply chain risk management and new FIRST Fairness, Independence, Reliable, Sustainable, Transparent parameters on risk measures. In addition to that, the integration of risk analysis confirmed the innovative level of priority on sensitivity analysis. Moreover, the findings showed that the new risk mitigation time was 60 faster than the original risk mitigation time.Keywords FIRST factor Monte Carlo sampling Stochastic simulation Supply security, rate of change