Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Model interaksi mangsa-pemangsa antara ikan herring dan anjing laut diperkenalkan dalam tesis ini. Penyakit Phocine Distemper Virus PDV yang menyerang anjing laut dan penangkapan pada ikan herring dilibatkan dalam model. Model dibangun sebagai sistem persamaan diferensial biasa 3 dimensi yang terdiri atas populasi ikan herring, anjing laut sehat dan anjing laut terinfeksi. Dari model tersebut diperoleh lima titik keseimbangan diantaranya yang trivial, yaitu titik keseimbangan tanpa keberadaan anjing laut, yaitu titik keseimbangan tanpa keberadaan penyakit, yaitu titik keseimbangan dengan keberadaan penyakit, dan yaitu titik keseimbangan coexistence. Dari hasil kajian analitik diperoleh syarat positif dan syarat kestabilan dari masing-masing titik keseimbangan. Simulasi numerik yang mendukung beberapa kajian analitik juga ditunjukkan dalam tesis ini.

---

ABSTRACT
Prey predator Interaction Model between herring and harbour seal are introduced in this thesis. Phocine Distemper Virus PDV that attacks the seals and catching the herring were included in the model. The model was built as a system of ordinary differential equations consisting of three dimensional consist of herring, healthy seals and infected seals populations. The models derived from five equilibrium points among is trivial, equilibrium point without the presence of seals, namely the equilibrium point without the presence of the disease, that is the equilibrium point with the presence of the disease, and that is the equilibrium point coexistence. From the analytical results of the study obtained positive terms and conditions of the stability of each equilibrium. Numerical simulation supports multiple analytic studies also demonstrated in this thesis.

Abstrak :
Di dalam tesis ini dibahas model matematika untuk mengontrol penyebaran penyakit demam berdarah dengan intervensi insektisida. Intervensi insektisida dimaksudkan untuk menekan jumlah nyamuk dewasa. Namun, efek samping dari intervensi ini dapat mengakibatkan resistensi pada tubuh nyamuk sehingga menjadi kebal terhadap insektisida tertentu. Dari model matematika yang terbentuk, analisa kestabilan dari state bebas demam berdarah dan state endemik demam berdarah ditunjukkan. Basic Reproduction Number yang merupakan indikator keendemikan dibahas. Dari kajian yang telah dilakukan, beberapa simulasi numerik ditunjukkan untuk menggambarkan skenario yang mungkin terjadi di lapangan.

---

We will discuss about the mathematical model of controlling the transmission of dengue fever if insecticide intervention conducted. Insecticide intervention is conducted to control the population of mosquitoes. However, the effect of this intervention has developed the r sistance of mosquitoes to the insecticide. From the mathematical model created, the stability analysis of free disease state and endemic disease state can be shown. The Basic Reproduction Number as the indicator of endemic will be explained. Numerical simulations show all possibility that could be happened.

Abstrak :

Triclustering merupakan teknik analisis pada data 3D yang bertujuan untuk mengelompokkan data secara bersamaan pada baris dan kolom di sepanjang waktu/kondisi yang berbeda. Hasil dari teknik ini disebut dengan tricluster. Tricluster merupakan subruang berupa subset dari baris, kolom, dan waktu/kondisi. Triclustering biasanya digunakan untuk menganalisis data ekspresi gen. Studi dan analisis data ekspresi gen selama perkembangan suatu penyakit merupakan masalah penelitian yang penting dalam bioinformatika dan aspek klinis. Oleh karena itu, penelitian ini mengimplementasikan metode THD-Tricluster dengan new residue score pada data ekspresi gen perkembangan penyakit HIV-1 yang terdiri dari 22283 probe id, 40 observasi, dan 4 kondisi. Pada tahap pertama dilakukan pencarian bicluster dengan lift algorithm berdasarkan nilai new residue score dengan threshold . Pada tahap kedua dilakukan pencarian tricluster dengan menentukan minimum probe dan minimum observasi  sehingga memperoleh 33 tricluster. Hasil evaluasi tricluster menggunakan Inter-temporal Homogeneity dengan threshold  diperoleh 32 tricluster yang menunjukkan 3 gen yang terkait dengan HIV-1 yaitu HLA-C, ELF-1, dan JUN.

---

Triclustering is an analysis technique on 3D data that aims to group data simultaneously on rows and columns across different times/conditions. The result of this technique is called a tricluster. Triclusters are a subspace consisting of a subset of rows, columns, and time/conditions. Triclustering is commonly used to analyze gene expression data. The study and analysis of gene expression data during disease progression is an important issue in the research of bioinformatics and clinical aspects. Therefore, this study implements the THD-Tricluster method with a new residue score on the gene expression data for HIV-1 disease progression consisting of 22283 probe id, 40 observations, and 4 conditions. In the first stage, a bicluster search was carried out with a lift algorithm based on the new residue score with a threshold of I = 0.08. In the second stage, the tricluster search was carried out by determining the minimum probe = 5 and the minimum observation = 2 to obtain 33 triclusters. The results of the tricluster evaluations using Inter-temporal Homogeneity with a threshold of Ï? = 0.8 obtained 32 triclusters which shows 3 genes related to HIV-1, namely HLA-C, ELF-1, and JUN.

Abstrak :
COVID-19 merupakan penyakit pernapasan seperti pneumonia yang mengakibatkan kematian pada jutaan orang setiap harinya. Januari 2020, "Organisasi Kesehatan Dunia" WHO menyatakan COVID-19 sebagai wabah penyakit virus yang menjadi perhatian internasional sebagai darurat kesehatan masyarakat yang menjadi perhatian internasional, dikenal sebagai pandemi dunia. Dilaporkan dari 205 negara di seluruh dunia, pada 1 April 2020, penularan virus COVID-19 sekitar ada lebih dari 900000 kasus COVID-19 yang dikonfirmasi dan hampir 50000 kematian. Berdasarkan laporan WHO, angka kematian 2-3% orang karena virus. Sangat penting untuk melakukan tes diagnostik sejak dini stadium berdasarkan kriteria sebagai gejala klinis, "Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction" (RT-PCR), sehingga dapat segera mengisolasi orang yang terinfeksi. Mendiagnosis penyakit virus COVID-19 dengan pencitraan yang lebih efektif menggunakan citra CT dada. Model DenseNet201, MobileNet, Xception, InceptionV3, ResNet152V2, dan VGG19 untuk memeriksa keakuratannya dalam pengenalan gambar. Untuk menganalisis kinerja model, 1888 sampel dari gambar CT paru-paru dikumpulkan dari situs resmi Kaggle. Model penggabungan (concatenate) pada arsitektur CNN yang telah terlatih seperti penggabungan (concatenate) antara ResNet152V2 dengan VGG19 memiliki accuracy sebesar 99,65%, sensitivity sebesar 99,66%, precision sebesar 99,66%, recall sebesar 99,66%, specificity sebesar 99,64%, dan skor F-measure sebesar 99,66%; gabungan DenseNet201 dan MobileNet diperoleh saat batchsize 32 dan 64 dengan learning rate 0,0001 diperoleh accuracy sebesar 99,65%, sensitivity sebesar 99,64%, precision sebesar 99,64%, recall sebesar 99,64%, specificity sebesar 99,66%, dan F-measure sebesar 99,64%; serta gabungan DenseNet201 dan MobileNet diperoleh saat batchsize 32 dan 64 dengan learning rate 0,001 maupun gabungan InceptionV3 dan Xception saat batchsize 32 dan learning rate 0,0001 diperoleh accuracy sebesar 99,65%, sensitivity sebesar 100%, precision sebesar 99,28%, recall sebesar 100%, specificity sebesar 99,31%, dan F-measure sebesar 99,64%. ......COVID-19 is a respiratory disease like pneumonia that kills millions of people every day. January 2020, the WHO "World Health Organization" declared COVID-19 as a viral outbreak of international concern as a public health emergency of international concern, known as a world pandemic. Reported from 205 countries around the world, as of April 1, 2020, the transmission of the COVID-19 virus was around more than 900000 confirmed cases of COVID-19 and nearly 50000 deaths. Based on the WHO report, the death rate of 2-3% of people is due to the virus. To isolate the infected person immediately, it is very important to carry out a diagnostic test early based on the criteria as a clinical symptom, "Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction" (RT-PCR). Diagnosing COVID-19 viral disease with more effective imaging using chest CT images. DenseNet201, MobileNet, Xception, InceptionV3, ResNet152V2, and VGG19 models for accuracy in image recognition. To analyze the model's performance, 1888 samples of CT images of the lungs were collected from the official Kaggle website. The concatenate model on the CNN architecture that has occurred, such as the concatenate between ResNet152V2 and VGG19, has an accuracy of 99.65%, sensitivity of 99.66%, the precision of 99.66%, recall of 99.66%, specificity by 99.64%, and the F-measure score of 99.66%; the combination of DenseNet201 and MobileNet was obtained when batch size 32 and 64 with a learning rate of 0.0001 obtained an accuracy of 99.65%, the sensitivity of 99.64%, the precision of 99.64%, recall of 99.64%, specificity of 99.66 %, and F-measure of 99.64%; and the combination of DenseNet201 and MobileNet obtained at batch size 32 and 64 with a learning rate of 0.001 or a combination of InceptionV3 and Xception at batch size 32 and a learning rate of 0.0001 obtained an accuracy of 99.65%, the sensitivity of 100%, precision of 99.28%, recall of 100%, specificity of 99.31%, and F-measure of 99.64%.

Abstrak :
Penularan penyakit dari satu individu ke individu lainnya dapat terjadi secara horizontal maupun vertikal. Tesis ini membahas model epidemik SIR untuk penyakit yang menular secara horizontal dan vertikal. Dinamika dari model ini digambarkan dari kelakuan titik kesetimbangannya, yaitu titik kesetimbangan epidemik dan titik kesetimbangan bebas-infeksi. Basic reproduction number digunakan untuk menentukan kriteria kestabilan titik kesetimbangan. Dalam upaya pencegahan penyakit yang menular secara horizontal dan vertikal dilakukan strategi pemberian vaksin. Strategi vaksinasi dibedakan menjadi dua, yaitu strategi vaksinasi konstan dan strategi vaksinasi denyut. Efek vaksinasi terhadap penyakit ini dapat dilihat dari dinamika model epidemik SIR dengan pengaruh vaksinasi konstan dan vaksinasi denyut. Secara teori, analisa dinamik model SIR dengan vaksinasi konstan sama dengan analisa dinamik model SIR tanpa vaksinasi. Analisa dinamik untuk model SIR dengan vaksinasi denyut menghasilkan solusi periodik bebas-infeksi yang stabil. Selain itu, solusi periodik model SIR dengan vaksinasi denyut lebih cepat stabil dari pada model SIR dengan vaksinasi konstan dan tanpa vaksinasi jika periode pemberian vaksin untuk strategi vaksinasi denyut T kurang dari Tc. Untuk mendukung pembahasan teori di dalam penelitian ini, dilakukan simulasi dengan menggunakan software Matlab.

---

Some disease may be passed from one individual to another via horizontal or vertical transmission. In this thesis, it is discussed the SIR epidemic model of disease that are both horizontally and vertically transmitted. The dynamics of this disease model is described from the behavior equilibrium point, that is epidemic equilibrium point and infection-free equilibrium point. Basic reproduction number of criteria is used to determine the stability of equilibrium point. In efforts to prevent outbreaks of diseases that are both horizontally and vertically transmitted is performed vaccination strategies. There are two vaccination strategies, namely constant vaccination and pulse vaccination. The effect of vaccination against this disease can be seen from the dynamics of SIR epidemic models with constant and pulse vaccination. Theoretical result shows that under constant vaccination, the dynamic behavior is similar to no vaccination. Under pulse vaccination, infection-free periodic solution is stable. In addition, this infection-free periodic solution is stable faster than SIR epidemic models with constant vaccination and no vaccination if vaccine delivery period for the pulse vaccination strategy T less than Tc. To support the discussion of the theory in this study, we perform some simulations using the software Matlab.

Abstrak :
HIV (Human Immunodeficiency Virus) merupakan virus infeksi berbahaya yang tidak dapat disembuhkan. Penularan infeksi HIV melalui jarum suntik rentan terjadi dalam komunitas pecandu narkoba suntik (Injecting Drug Users / IDU) yang saling berbagi jarum suntik dalam grup ?sahabat?. Penulisan ini membahas perilaku penyebaran infeksi HIV pada komunitas IDU melalui model matematika berdasarkan model klasik epidemik SIR (Susceptibles, Infectious, Recovered). Model menggunakan asumsi bahwa pecandu yang menyadari sudah mengidap AIDS tidak ikut berbagi jarum suntik dalam komunitas IDU. Model penyebaran infeksi HIV pada komunitas IDU memperhatikan kekuatan infeksi dengan mekanisme pertukaran jarum suntik. Untuk menganalisa perilaku penyebaran infeksi HIV pada komunitas IDU, model dianalisa dengan menentukan basic reproduction ratio ( ) dan dua titik kesetimbangan yaitu titik kesetimbangan bebas infeksi dan titik kesetimbangan epidemik. Analisa sistem dinamik dilakukan dengan menganalisa basic reproduction ratio ( ) untuk menentukan kestabilan dari titik kesetimbangan bebas infeksi dengan menggunakan teorema kestabilan global Lyapunov dan kestabilan titik kesetimbangan epidemik dengan teorema kestabilan lokal dan didukung oleh kriteria Bendixon-Dulac. Hasil penelitian menunjukkan bahwa infeksi HIV mewabah pada komunitas IDU jika R⍺ > 1, sedangkan jika R⍺ ≤ 1 maka infeksi HIV tidak mewabah pada komunitas IDU.

---

Human immunodeficiency Virus (HIV) is a dangerous infection virus that cannot be recovered. The spreading of HIV infection through drug injecting equipment (DIE) is susceptible for Injecting Drug Users (IDU) Community who shared drug injecting equipment for the ?friendship? group. This paper explains the behavior of HIV transmission among community of IDU through by mathematical models based on classical epidemic models SIR (Susceptibles, Infectious, Recovered). Model uses assumption that the users who aware suffered AIDS will not share drug injecting equipment among IDU community. Models for HIV transmission among IDU community notice the mechanism of exchange of a drug injecting equipment. To analyze the behavior of HIV transmission among IDU community, models is going to be analyze by determine the basic reproduction ratio and two equilibriums which are disease-free equilibrium and epidemic equilibrium. Dynamic system analysis can be done by analyze of basic reproduction ratio to determine the stability of disease-free equilibrium by Lyapunov global stable theorem and the stability of epidemic equilibrium by local stable theorem with Bendixon-Dulac criterion. As the results of this paper, Infection of HIV become an epidemic on IDU community if R⍺ > 1, whereas HIV is not an epidemic on IDU community if R⍺ ≤ 1.

Abstrak :
ABSTRACT
Skripsi ini membahas model predator-prey dengan Allee effect pada populasi prey dan pemanenan pada kedua populasi. Allee effect adalah situasi ketika pertumbuhan populasi pada populasi berkepadatan rendah berkurang ketika ukuran populasi nya berada dibawah koefisien Allee. Intervensi pemanenan ilegal pada populasi predator dan prey diperhitungkan ke dalam model bersama dengan persaingan internal pada populasi predator. Analisis matematika digunakan untuk menemukan titik ekuilibrium. Stabilitas lokal untuk titik-titik ekuilibrium kepunahan dan koeksistensi dianalisis menggunakan metode linearisasi dengan matriks Jacobian. Analisa bidang fase juga diberikan untuk memberikan interpretasi yang lebih baik untuk hasil sebelumnya. Beberapa simulasi numerik diberikan untuk menunjukkan bagaimana intervensi pemanenan dapat menyebabkan kepunahan pada kedua populasi ketika tidak terkontrol.

---

ABSTRACT
This thesis discussed predator prey model with Allee effect on prey population and harvesting in both populations. Allee effect is a situation for a small population when the population growth is reduced when it is under overcrowding. Intervention of illegal harvesting in both predator and prey population included into the model along with internal competition of predator population. Mathematical analysis to find the equilibrium points conducted analytically. Local stability for the extinction and coexistence equilibrium points are analyze using the linearization method with the Jacobian matrix. Phase portrait analysis also given to give a better interpretation for the previous result. Some numerical simulation are given to show how harvesting intervention can lead into an extinction of both population when it is uncontrolled. This thesis discussed predator prey model with Allee effect on prey population and harvesting in both populations. Allee effect is a situation for a small population when the population growth is reduced when it is under overcrowding. Intervention of illegal harvesting in both predator and prey population included into the model along with internal competition of predator population. Mathematical analysis to find the equilibrium points conducted analytically. Local stability for the extinction and coexistence equilibrium points are analyze using the linearization method with the Jacobian matrix. Phase portrait analysis also given to give a better interpretation for the previous result. Some numerical simulation are given to show how harvesting intervention can lead into an extinction of both population when it is uncontrolled.

Abstrak :
ABSTRACT
Campak adalah penyakit yang sangat menular yang disebabkan oleh virus campak. Sebuah model matematika penyebaran penyakit campak dengan intervensi isolasi dan dua tahap vaksinasi telah dikonstruksi pada penelitian ini. Model tersebut dikonstruksi menjadi model SVIQR dengan sistem persamaan diferensial biasa berdimensi enam. Analisis matematika terhadap titik-titik keseimbangan beserta stabilitas lokalnya dilakukan secara analitik dan numerik. Bilangan reproduksi dasar juga ditunjukkan sebagai nilai eigen terbesar dari Next-Generation Matrix. Simulasi numerik pada model dilakukan menggunakan berbagai kasus untuk menyediakan pemahaman yang lebih baik mengenai model. Dari simulasi numerik dapat disimpulkan bahwa laju vaksinasi tahap pertama, laju vaksinasi tahap kedua, dan laju diisolasinya individu yang terinfeksi dapat mengurangi penyebaran penyakit campak pada populasi.

---

ABSTRACT
Measles is a highly contagious diseases caused by a virus. A mathematical model of measles with isolation and two stages of vaccination intervention constructed in this article. The model is constructed as an SVIQR system of sixdimensional ordinary differential equation. Mathematical analysis of the equilibrium points and its local stability is performed, both analytically and numerically. We also show the form of the basic reproduction number as the spectral radius of the Next-Generation matrix. Numerical simulations of the model are done for various scenarios to provide a better understanding of the model. From the numerical simulation, we can conclude that the first step and the second step of vaccination and the isolation can reduce the spread of the disease.

Abstrak :
ABSTRACT
Rabies merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus rabies dan menyerang susunan saraf pusat. Model deterministik penyebaran rabies pada skripsi ini melibatkan populasi anjing dan populasi manusia. Model ini dikontruksi berdasarkan model SEIR dengan sistem persamaan diferensial biasa berdimensi delapan. Ada dua titik keseimbangan pada model ini yaitu titik keseimbangan bebas penyakit dan titik keseimbangan endemik. Analisis terhadap titik-titik keseimbangan beserta kestabilan lokalnya dilakukan secara analitik. Dari model ini diperoleh nilai bilangan reproduksi dasar sebagai faktor penentu penyakit ini dikatakan epidemik atau tidak. Melalui kajian sensivitas pada bilangan reproduksi dasar dan simulasi numerik diperoleh bahwa interaksi anjing rabies dengan anjing sehat dan laju vaksinasi anjing dapat mempengaruhi penyebaran rabies pada populasi anjing dan populasi manusia.

---

ABSTRACT
Rabies is a disease caused by rabies virus and attacks the central nervous system. The deterministic model of the spread of rabies in this thesis involves dog population and human population. This model is constructed based on the SEIR model with an eight-dimensional ordinary differential equation system. There are two equilibrium points on this model, that is disease-free equilibrium points and endemic equilibrium points. Analy\-sis of the equilibrium points and its local stability is carried out analytically. From this model, basic reproduction number will be obtained as a determinant factor of the disease will become epidemic or not. According to the sensitivity analysis of and numerical analysis results is obtained that interaction of rabies dogs with healthy dogs and the rate of vaccination of dogs can affect the spread of rabies in dog and human populations.  

Abstrak :
ABSTRACT
Di antara seluruh tumbuhan karnivora, Venus flytrap sangat menarik untuk diteliti karena pergerakannya yang cepat dalam menangkap mangsa serta memiliki mekanisme pemilihan mangsa yang unik, dengan membebaskan mangsa yang berukuran kecil setelah berhasil ditangkap. Pada skripsi ini, disajikan analisis dinamika penangkapan mangsa serta biaya dan manfaat dari penangkapan dan pengolahan mangsa. Model yang terbentuk disesuaikan dengan data yang tersedia, untuk membuat analisis perilaku perangkap pada Venus flytrap. Hasilnya, ditemukan bahwa sumber nonmangsa, seperti air hujan dan angin, menyebabkan sebagian besar terjadinya trap closure; hanya sedikit trap closure yang menghasilkan makanan; sebagian besar mangsa yang ditangkap akan dibebaskan; mekanisme penutupan sebuah perangkap terjadi setiap dua hari sekali; dan sebuah perangkap harus menunggu lebih dari satu bulan untuk mendapat makanan. Selain itu ditemukan bahwa penangkapan mangsa oleh sebuah perangkap pada Venus flytrap mengikuti Beddington-DeAngelis functional response. Temuan ini mengindikasikan Venus flytrap sangat selektif dalam menangkap mangsanya.

---

ABSTRACT
Among carnivorous plants, the Venus flytrap is of particular interest for the rapid movement of its snap-traps and prey selection mechanism, where small prey are allowed to escape from the traps. In this paper, we analyze the dynamics of prey capture and the costs and benefits of capturing and digesting its prey. We fit the model to available data, making analysis regarding trap behaviour. In particular, we find that non-prey sources, such as raindrops or wind, cause a large proportion of trap closures; only few trap closures result in a meal; most of the captured prey are allowed to escape; the closure mechanism of a trap is triggered about once every two days; and a trap has to wait more than a month for a meal. We also find that prey capture of traps of the Venus flytrap follows the Beddington-DeAngelis functional response. These predictions indicate that the Venus flytrap is highly selective in its prey capture.