Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 42 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Lowilius Wiyono
Abstrak :
Pendahuluan. Kanker payudara merupakan jenis kanker terbanyak ke-3 di dunia dan menjadi kanker yang paling sering menyerang wanita. Terapi farmakologis kanker payudara saat ini masih sangat minim dan dibutuhkan temuan baru untuk menjadi alternatif dalam terapi kanker payudara. Tanaman temu kunci (Kaempferia pandurata) adalah tanaman endemis di Asia yang diketahui memiliki berbagai aktivitas biologis, salah satunya sebagai antikanker dengan komponen bioaktif terbesarnya, yaitu pinostrobin. Hal ini mendorong peneliti untuk menguji aktivitas antikanker pinostrobin beserta sediaan nanopartikelnya terhadap sel kanker payudara. Hasil. Uji TEM dan UV-Vis pada nanopartikel pinostrobin menunjukkan ukuran nanopartikel dibawah 200 nm dengan nilai yield sebesar 99,43% sehingga kualitas nanopartikel pinostrobin cukup ideal untuk digunakan sebagai obat. Uji MTT menunjukkan isolat pinostrobin dan sediaan nanopartikelnya memiliki aktivitas antikanker yang baik. Hasil uji sediaan nanopartikel menunjukkan aktivitas antikanker yang lebih baik dibandingkan dengan isolatnya, sementara kedua sediaan menunjukkan aktivitas antikanker yang lebih baik pada sel MDAMB-231 dibandingkan sel MCF-7. Seluruh hasil uji memperlihatkan aktivitas antikanker yang cukup baik dengan nilai IC50 < 100 μg/mL. Kesimpulan. Sediaan nanopartikel pinostrobin berhasil dibuat dengan ukuran dan nilai yield yang baik. Aktivitas antikanker nanopartikel pinostrobin lebih baik dibandingkan isolat pinostrobin, sementara aktivitas antikanker pada sel MDAMB-231 lebih baik dibanding MCF-7 pada kedua sediaan. Pinostrobin dan sediaan nanopartikelnya dapat digunakan sebagai obat yang potensial terhadap kanker payudaraPendahuluan. Kanker payudara merupakan jenis kanker terbanyak ke-3 di dunia dan menjadi kanker yang paling sering menyerang wanita. Terapi farmakologis kanker payudara saat ini masih sangat minim dan dibutuhkan temuan baru untuk menjadi alternatif dalam terapi kanker payudara. Tanaman temu kunci (Kaempferia pandurata) adalah tanaman endemis di Asia yang diketahui memiliki berbagai aktivitas biologis, salah satunya sebagai antikanker dengan komponen bioaktif terbesarnya, yaitu pinostrobin. Hal ini mendorong peneliti untuk menguji aktivitas antikanker pinostrobin beserta sediaan nanopartikelnya terhadap sel kanker payudara. ...... Introduction. Breast cancer has become a major issue across the world, being the 3rd most common cancer in the world and the most common cancer on women. Pharmacological therapies of breast cancer are still minimal, therefore, a need for new alternative drug for breast cancer is needed. Kaempferia pandurata is an endemic plant in Asia which is known for its biological activity, of which is anticancer activity with its most abundant bioactive compound, pinostrobin. This research is conducted to analyze the anticancer activity of pinostrobin and its nanoparticle to breast cancer cell. Method. The rhizome of Kaempferia pandurata is dried and extracted using maseration with n-Hexane solvent. The extract then isolated using the recristalization method in methanol solvent to produce pinostrobin crystal. Pinostrobin is manufactured into nanoparticle using chitosan and sodium alginate polymer, which then analyzed using TEM and UV-Vis test. The pinostrobin and its nanoparticle counterpart is tested in MTT assay to show its inhibitory activity. The test is expressed with inhibition percentage and IC50 value. Results. TEM and UV-Vis test to nanoparticle of pinostrobin showed the nanoparticle’s dimension of <200 nm with yield of 99.43%, an ideal quality as a drug delivery carrier. MTT assay showed good anticancer activity from both pinostrobin and its nanoparticle. Better activity is shown by MDAMB-231 cell line, while nanoparticle of pinostrobin showed better IC50 value. The test showed good anticancer activity with IC50 value of <100 μg/mL. Conclusion. Nanoparticle of pinostrobin has been manufactured with decent yield and dimension. Better anticancer activity is shown in pinostrobin nanoparticle while anticancer activity of MDAMB-231 cell is superior than MCF-7 cell for both samples. Pinostrobin can be considered as potential drug for breast cancer.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Risya Amelia Rahmawanti
Abstrak :
Latar Belakang: Kanker payudara merupakan jenis penyakit kanker paling umum di dunia dan di Indonesia. Temu kunci (Kaempferia pandurata Roxb.) adalah tanaman herbal dari Asia Tenggara, yang telah diteliti dapat menghambat pertumbuhan sel kanker payudara golongan Estrogen Reseptor (ER) + (positif mengekspresikan reseptor estrogen). Namun, efek temu kunci terhadap sel kanker payudara ER- masih belum banyak diteliti. Nanopartikel merupakan bentuk sediaan yang telah diteliti mampu mengoptimalkan kerja suatu senyawa ke sel target. Tujuan: Menguji efek sitotoksisitas ekstrak dan nanopartikel temu kunci pada sel kanker payudara ER- (MDA-MB-231). Metode: Serbuk rimpang temu kunci dikeringkan dan diekstraksi menggunakan pelarut n-heksana. Proses sintesis nanopartikel ekstrak temu kunci menggunakan CaCl2, dimer chitosan, dan alginat melalui proses pengadukan, penyesuaian pH, dan sentrifugasi. Sediaan nanopartikel hasil sintesis dianalisis menggunakan metode spektrofotometri UV/VIS dan transmission electron microscopy (TEM). Efek sitotoksisitas ekstrak n-heksana temu kunci dan nanopartikelnya diuji dengan metode MTT. Hasil uji MTT akan menghasilkan data persentase inhibisi dan nilai IC50. Hasil: Ekstrak n-heksana temu kunci dapat disintesis menjadi bentuk nanopartikelnya dengan persen yield (hasil) sebesar 99,43%. Aktivitas antikanker ekstrak dan nanopartikel n-heksana temu kunci tergolong moderat dengan nilai IC50 sebesar 87,23 μg/ml dan 24,23 μg/ml. Nanopartikel n-heksana temu kunci memiliki aktivitas antikanker yang lebih baik daripada ekstraknya. Diskusi: Ekstrak dan nanopartikel n-heksana temu kunci memiliki efek sitotoksisitas terhadap sel kanker MDA-MB-231. Nanopartikel dapat meningkatkan efek sitotoksisitas ekstrak n-heksana temu kunci karena sifatnya yang hidrofobik dan ukuran nanometer. ......Introduction: Breast cancer is the most common cancer worldwide and in Indonesia. Kaempferia pandurata Roxb. is a herbal plant from South-East Asia which is known for its ability to inhibit the growth of Estrogen Receptor (ER) + breast cancer cell line from the former study. However, its effect on ER- breast cancer cell lines had not been studied. Therefore, we want to examine the cytotoxicity effect of K. pandurata Roxb. on ER-breast cancer cell line (MDA-MB-231). Nanoparticle is a form of preparation that optimizes the activity of any compound to the targeted cell. Therefore, it is expected that it can increase the effectivity of anticancer in Kaempferia pandurata Roxb. Method: The rhizome of K. pandurata Roxb. trituration was dried and extracted with n-hexane solvent. Nanoparticle of K. pandurata Roxb. was synthesized with CaCl2, chitosan, and alginate by stirring with a magnetic stirrer, adjusting pH, and centrifugation. Then, nanoparticle was analized by UV/VIS spectrofotometry and transmission electron microscopy (TEM). The cytotoxicity of K. pandurata Roxb. extract and nanoparticle were examined with MTT assay. The result of this test is data of inhibition percentage and IC50 value. Results: n-Hexane extract of K. pandurata Roxb. is synthesized into nanoparticle form with 99,43% yield percentage (entrapment value). Anticancer activity of n-hexane extract and nanoparticle of K. pandurata Roxb. is moderate with IC50 value of the extract is 87,23 μg/ml and the nanoparticle is 24,23 μg/ml. The nanoparticle’s activity is better than the extract. Discussion: n-Hexane extract and nanoparticle of K. pandurata Roxb. has cytotoxicity effects towards MDA-MB-231 cell line. Nanoparticle can increase the cytotoxicity effect of K. pandurata Roxb. extract because its hydrophobic feature and nanometer size.
Depok: Fakultas Kedokteran Univeritas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rahardi Prasetia Priawan
Abstrak :
Kanker paru merupakan penyebab utama keganasan di dunia. Kanker paru memiliki insidensi dan angka kematian yang cukup besar pada populasi laki-laki maupun perempuan. Diperlukan metode diagnosis dan pemantauan terapi yang efektif untuk mengatasi masalah kanker paru di dunia. Penelitian ini merupakan studi eksperimental secara in vitro dengan sel A549. Kultur sel A549 ditumbuhkan dalam medium DMEM lalu diekstraksi dengan RIPA buffer. Sel A549 dengan dan tanpa pemberian doxorubicin, serta sel normal dibuat masing-masing sebanyak 4 sampel dan dianalisis menggunakan Differential Scanning Calorimetry (DSC). Hasil analisis profil termogram DSC yang didapatkan berupa titik lebur dan entalpi lebur. Rata-rata titik lebur dan entalpi lebur dari tiap sampel dianalisis secara statistik menggunakan uji Anova satu arah dilanjutkan dengan uji post-hoc bonferroni. Penelitian ini menunjukkan adanya perbedaan bermakna rata-rata titik lebur antara sel normal dan sel A549 serta antara sel A549 dan sel A549 dengan pemberian doxorubicin. Berdasarkan hasil ini, DSC memiliki potensi untuk digunakan sebagai alat diagnosis dan pemantauan terapi kanker paru. ...... Lung cancer is the major cause of malignancy in the world. Lung cancer has significant incidence and mortality rate in both male and female populations. An effective method of diagnosis and monitoring therapy is needed to overcome lung cancer problems in the world. This research is an experimental in vitro study with A549 cell line. A549 cell culture was grown in DMEM medium and extracted with RIPA buffer. A549 cells with and without doxorubicin treatment, and normal cell, were prepared 4 samples each and analyzed using Differential Scanning Calorimetry (DSC). The results of the DSC thermogram profiling obtained in the form of melting point and enthalpy. The average melting point and enthalpy of each sample were analyzed statistically using one-way ANOVA test followed by Bonferroni post-hoc test. This study showed a significant difference in the average melting point between normal cell and A549 cell, also between A549 cell and A549 cell with doxorubicin treatment. Based on these results, DSC has the potential to be used as a diagnostic and therapeutic monitoring tool for lung cancer.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ericko Ongko Joyo
Abstrak :
Kanker payudara merupakan jenis kanker yang sering terjadi pada perempuan di seluruh dunia. Saat ini baku emas diagnosis kanker payudara, yaitu pemeriksaan histopatologi, masih memiliki kekurangan dan bergantung pada penilaian visual pemeriksa. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan alat Direct Scanning Calorimetry (DSC) untuk mengidentifikasi profil termal pada sel kanker payudara. DSC sangat sensitif terhadap perubahan suhu yang kecil terkait aktivitas molekuler didalam sel. Penelitian ini dilakukan secara uji in vitro dengan menggunakan sel MCF7 sebagai sampel percobaan. Sel kanker dibagi menjadi kelompok tanpa dan dengan perlakuan doxorubicin dan sel normal payudara sebagai pembanding. Tiap kelompok diuji 4 kali pengulangan. Sel dilisis dan diambil 10 μL untuk dibaca profilnya menggunakan DSC-60. Hasil pemindaian DSC berupa termogram yang kemudian dianalisis dan didapatkan data nilai titik lebur dan entalpi lebur tiap sampel. Data diuji statistik menggunakan uji ANOVA satu arah. Termogram DSC sel MCF7 menunjukkan adanya 1 puncak fase transisi dengan titik lebur pada suhu 142,47 ± 7,908 oC dan entalpi lebur sebesar 1,61 ± 0,257 kJ/g. Hasil uji statistik menunjukkan perbedaan bermakna profil termogram sel MCF7 terhadap sel payudara normal dan sel MCF7 yang telah diterapi doxorubicin. DSC dapat digunakan sebagai alat untuk mengidentifikasi profil termogram sel MCF7. Profil termogram sel MCF7 yang dihasilkan memiliki karakter khas dan dapat dibedakan dengan sel payudara normal dan sel MCF7 yang telah diterapi doxorubicin. ...... Breast cancer is the most common type of cancer on women around the world. At present, the gold standard for the diagnosis of breast cancer, which is histopathological examination, still has some deficiencies and rilies on visual judgement. This research was conducted to utilize the Direct Scanning Calorimetry (DSC) as a tool to identify thermal profiles of breast cancer cells since DSC is very sensitive to small temperature changes due to intracellular activity. MCF7 cell line used as experimental samples. Cancer cells divided into groups without and with doxorubicin treatment and normal breast cells used as a comparison of cancer cells. Cells lysed and used as much as 10 μL each to be scanned using DSC-60. Test ran as much as 4 times for each group. DSC thermograms analyzed so that the data obtained for the value of melting point and enthalpy of each sample. The data tested statistically by one way ANOVA. Thermogram of MCF7 cells showed 1 peak transition phase. The results of the analysis showed that the transition phase had a melting point at a temperature of 142,47 ± 7,908 oC and a melting enthalpy of 1.61 ± 0.257 kJ/g. Statistical test results showed a significant difference of thermogram of MCF7 compare to normal cells and MCF7 treated with doxorubicin. This study showed that DSC can be used as a tool to identify the thermogram profile of MCF7 cells. The thermogram profile has a distinctive character and can be distinguished from normal breast cells and treated MCF7 cells.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rhea Fatma Azelia
Abstrak :
Latar belakang: Kanker paru merupakan salah satu jenis kanker yang sering diderita dan menyebabkan kematian pertama di Indonesia. Modalitas umum untuk tatalaksana kanker paru seperti bedah, radioterapi, dan kemoterapi tergolong mahal dan menyebabkan efek samping. Teripang (Holothuria scabra) merupakan bahan alam Indonesia yang diketahui mengandung berbagai metabolit sekunder sebagai antikanker, namun masih terbatas penelitian yang dilakukan terhadap kanker paru di Indonesia. Metode: Holothuria scabra dibuat menjadi ekstrak menggunakan pelarut etil asetat, n-heksana, dan etanol dengan metode maserasi. Dilanjutkan dengan uji fenol dan flavonoid total untuk mengetahui kadar fenol dan flavonoid total ekstrak Holothuria scabra. Kemudian dilakukan uji MTT untuk mengetahui aktivitas sitotoksik ekstrak Holothuria scabra terhadap sel kanker paru A549 dibandingkan dengan doxorubicin. Hasil: Holothuria scabra memiliki kadar fenol total secara berturut-turut pada ekstrak etil asetat, n-heksana, dan etanol sebesar 41,310 ± 0,975; 29,684 ± 0,977; dan 12,408 ± 0,990 mgGAE/g namun tidak memiliki kadar flavonoid total. Holothuria scabra memiliki aktivitas sitotoksik terhadap sel kanker paru A549 dengan nilai IC50 pada ekstrak etanol, etil asetat, dan n-heksana secara berturut-turut sebesar 8,094 ± 5,079 μg/ml (aktif); 30,918 ± 8,455 μg/ml (sedang); dan 142,033 ± 30,180 μg/ml (sedang). Nilai IC50 doxorubicin sebesar 2,560 ± 3,239 μg/ml. Kesimpulan: Holothuria scabra mengandung fenol sebagai senyawa antioksidan dan antikanker, tidak mengandung senyawa flavonoid, dan memiliki aktivitas sitotoksik terhadap sel kanker paru. Ekstrak n-heksana memiliki perbedaan kemampuan yang signifikan terhadap doxorubicin, sementara ekstrak etil asetat dan etanol tidak memiliki perbedaan kemampuan yang signifikan terhadap doxorubicin. .....Introduction: Lung cancer is the first cause of cancer-related death in Indonesia. Common modalities for lung cancer treatment, such as surgery are relatively expensive and cause side effects. Sea cucumber (Holothuria scabra) is Indonesia’s natural ingredient which is known to contain various secondary metabolites as anticancer, however research conducted on lung cancer in Indonesia is still limited. Method: Holothuria scabra was made into extract using ethyl acetate, n-hexane, and ethanol solvent by maceration method. Followed by the total phenolic and flavonoid test to determine the total phenolic and flavonoid content of Holothuria scabra. Then the MTT test was performed to determine the cytotoxic activity of Holothuria scabra extract against A549 lung cancer cells. Result: Holothuria scabra had total phenol content in ethyl acetate, n-hexane, and ethanol extracts of 41,310 ± 0,975; 29,684 ± 0,977; and 12,408 ± 0,990 mgGAE/g, respectively, but did not have total flavonoid content. Holothuria scabra had cytotoxic activity against A549 cells with IC50 in ethanol, ethyl acetate, and n- hexane extracts of 8,094 ± 5,079 μg/ml; 30,918 ± 8,455 μg/; and 142,033 ± 30,180 μg/ml, respectively. IC50 of doxorubicin was 2,560 ± 3,239 μg/ml. Conclusion: Holothuria scabra contains phenolic as antioxidants and anticancer compounds, does not contain flavonoid compounds, and has cytotoxic activity against lung cancer cells. N-hexane extract has a significant difference in the ability to doxorubicin, while ethyl acetate and ethanol extracts does not have significant difference in their ability to doxorubicin.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Alifian Atras Timur
Abstrak :
Virus Dengue merupakan virus endemik yang telah ada sejak abad ke 15. Virus Dengue memiliki 4 varian, dan keempat varian tersebut beredar secara bebas di Indonesia. Kasus demam berdarah di Indonesia telah mencapai 131.265 kasus pada tahun 2022. Hingga saat ini, belum ditemukan obat ataupun vaksin yang efektif dalam mencegah persebaran dan mengobati penyakit demam berdarah. Senyawa flavonoid diketahui memiliki sifat antioksidan, antikanker, dan sifat inhibisi virus. Salah satu virus yang berpotensi untuk di inhibisi adalah virus Dengue. Namun, dengan ribuan senyawa yang termasuk ke dalam senyawa flavonoid, dibutuhkan waktu lama untuk melakukan pengujian baik secara in vitro ataupun in vivo. Salah satu cara untuk mempercepat proses penemuan senyawa inhibitor potensial adalah metode in silico, dengan metode yang umum digunakan adalah penambatan molekuler. Namun, proses penambatan molekuler juga masih tetap membutuhkan waktu yang lama. Pada penelitian ini, dilakukan prediksi skor penambatan menggunakan metode pembelajaran mesin (machine learning). Data skor penambatan didapat dengan penambatan molekuler menggunakan aplikasi Autodock Vina. Dikembangkan empat model pembelajaran mesin, yakni K-Nearest Neighbor, Xtra Trees, Xtreme Gradient Boosting, dan Artificial Neural Network. Agar komputer dapat mengenali senyawa flavonoid, digunakan deskriptor AlvaDesc dan SMILES. Dari model yang dikembangkan, diambil hasil berupa akurasi dan waktu pelatihan model, dan kemudian dilakukan perbandingan dari setiap model yang dikembangkan beserta deskriptor yang digunakan. Hasil penelitian menunjukkan deskriptor AlvaDesc memiliki akurasi yang lebih tinggi dan waktu pengembangan yang lebih singkat dibandingkan dengan deskriptor SMILES. Model Xtreme Gradient Boosting dengan deskriptor AlvaDesc memiliki performa terbaik dengan akurasi 88,06% dan waktu pelatihan selama 2 menit 40 detik. Model Xtreme Gradient Boosting dengan deskriptor AlvaDesc juga dapat memprediksi skor penambatan senyawa propolis dengan rata-rata perbedaan hasil prediksi dengan nilai aktual sebesar 0,3517428866. ...... Dengue virus is an endemic virus that exist since the 15th century. Dengue Virus has 4 variants, and all of them exist in Indonesia. Dengue virus case reached over 131,265 cases in 2022 alone. Until now, there are no proven and effective drug or vaccine that can prevent the spread and infection of Dengue virus. Flavonoid compounds are known to have antioxidant and anticancer properties. In some cases, Flavonoid is also exhibit antivirus properties against some virus, one of them being Dengue virus. However, with thousands of compounds classified as flavonoid, it will take significant amount of time to discover and develop the drug for Dengue virus, both with in vitro and in vivo method. Alternative method to speed up the drug discovery process is to utilize in silico or simulation method. One of the method is to use molecular docking. Nevertheless, this method still take considerable amount of time to find the suitable compound. In this research, we will examine the usage of machine learning to predict the docking score of flavonoid compound. Docking score data are retrieved from the moelcaular docking with Autodock Vina application. In this research, four models are developed, K-Nearest Neighbor, Xtra Trees, Xtreme Gradient Boosting, and Artificial Neural Network models. The molecular descriptors that used in this research are AlvaDesc and SMILES. From the developed model, the accuracy and training time of the model will be collected and will be analyzed in relation with their model and descriptor that is used. Result shows that AlvaDesc more suitable to be used as descriptor, because of the higher model accuracy and lower training time compared to the SMILES model. XGB Regressor model with Alvadesc descriptor shows the best performance with accuracy of 88.02% and training time of 2 minutes and 40 seconds. The XGB Regressor model is also able to accurately predict the docking score of Propolis compounds with the mean value of the difference between the predicted and actual result value of 0,,3517428866.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ahmad Fariz
Abstrak :
SARS-CoV-2 adalah virus yang menyebabkan pandemi COVID-19 pada 2019 kemarin. Hingga saat ini, belum ditemukan obat yang efektif dalam mengobati penyakit COVID-19. Senyawa flavonoid memiliki banyak khasiat salah satunya inhibitor virus. Hanya saja dengan banyak senyawa flavonoid menyebabkan pencarian senyawa dapat menghabiskan banyak waktu dan sumber daya untuk dilakukan pengujian berdasarkan in-vitro dan in-vivo, sehingga digunakanlah metode in-silico. Salah satu metode in-silico yang umum digunakan adalah penambatan molekuler. Akan tetapi proses penambatan molekuler ini juga masih memakan kekuatan komputasi yang tinggi. Pada Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode prediksi nilai penambatan molekuler dari senyawa flavonoid terhadap protein target SARS-CoV-2 menggunakan model pembelajaran mesin. Model yang dikembangkan yakni K-Nearest Neighbor, ExtraTrees, Gradient Boosting, dan Artificial Neural Network. Dalam penelitian ini, dibandingkan dua jenis input model, yaitu SMILES dan Alvadesc deskriptor, untuk memprediksi interaksi antara senyawa flavonoid dan protein target SARS-CoV-2. Hasil penelitian menunjukkan deskriptor AlvaDesc memiliki akurasi yang lebih tinggi dan waktu pengembangan yang lebih singkat dibandingkan dengan deskriptor SMILES. ......SARS-CoV-2, the virus responsible for the COVID-19 pandemic in 2019, has not yet been effectively treated with any drug. Flavonoid compounds exhibit various properties one of it is virus inhibition. However, the search for effective compounds requires extensive time and resources due to the need for in-vitro and in-vivo testing. To expedite this process, the in-silico method, particularly molecular docking, is commonly employed. Nevertheless, molecular docking itself is time-consuming and computationally demanding. Therefore, this study aims to develop a method for predicting the molecular binding affinity of flavonoid compounds to SARS-CoV-2 target proteins using machine learning and deep learning models. Two types of input model, namely SMILES and AlvaDesc descriptors, were compared to predict the interactions between flavonoid compounds and SARS-CoV-2 target proteins. The results indicate that the AlvaDesc descriptor achieves higher accuracy and shorter development time compared to the SMILES descriptor.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
R. Muhammad Kevin Baswara
Abstrak :
Latar Belakang: Candida albicans adalah mikroorganisme komensal yang umum ditemui sebagai flora normal pada tubuh. Namun demikian gangguan kondisi imun dapat menyebabkan jamur ini menjadi berubah menjadi patogen. Mikroorganisme ini salah satu penyebab mortalitas dan morbiditas di dunia. Penggunaan antiseptik bermanfaat untuk pencegahan dan pengobatan infeksi jamur. Moringa oleifera merupakan tanaman yang sering ditemukan di Afrika dan Asia dan memiliki berbagai komponen bioaktif yang memiliki potensi sebagai antiseptik. Metode: Jamur yang digunakan pada penelitian ini C. albicans ATCC 14053. Sampel yang diuji keefektifannya adalah ekstrak daun M. oleifera dengan pelarut etanol 70%. Penelitian ini dilakukan dengan mengukur pertumbuhan koloni C. albicans pada kontrol dan sampel dengan waktu kontak 1, 2, dan 5 menit. Efektivitas antiseptik dinilai dengan melakukan penghitungan sesuai prinsip percentage kill. Hasil: Hasil perhitungan koloni C. albicans dengan metode percentage kill dalam waktu kontak selama 1, 2, dan 5 menit masing-masing adalah 62.39%, 80.85%, dan 90%. Waktu kontak selama 5 menit memiliki efektivitas yang baik. Kesimpulan: Ekstrak daun M. oleifera memiliki potensi sebagai antiseptik yang efektif terhadap C. albicans. ......Introduction: Candida albicans is a commensal microorganism that is commonly found as normal flora in the body. However, immune disorders can cause this fungus to turn into a pathogen. This microorganism is one of the causes of mortality and morbidity in the world. The use of antiseptics is useful for preventing and treating fungal infections. Moringa oleifera is a plant that is often found in Africa and Asia and has various bioactive components that have potency as antiseptic. Method: The fungus used in this research was C. albicans ATCC 14053. The sample whose effectiveness was tested was M. oleifera leaf extract with ethanol 70% solvent. This research was carried out by measuring the growth of C. albicans colonies on controls and samples with contact times of 1, 2 and 5 minutes. The effectiveness of antiseptics was assessed by calculating according to the percentage kill principle. Results: The results of calculating C. albicans colonies using the percentage kill method in contact times of 1, 2, and 5 minutes were 62.39%, 80.85%, and 90%, respectively. A contact time of 5 minutes has good effectiveness. Concl\\\: M. oleifera leaf extract has the potential to be an effective antiseptic against C. albicans
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Syarafina Ramadhanisa Kurnianto
Abstrak :
Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol. ......COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Simarmata, Ara Gamaliel Boanerges
Abstrak :
Penyakit COVID-19 yang merebak di seluruh dunia pada akhir tahun 2019 diakibatkan oleh virus SARS-CoV-2. Penelitian ini membahas simulasi penambatan serta dinamika molekuler dari beberapa senyawa herbal dari tumbuhan Anredera cordifolia (binahong) yaitu procyanidin, metil linoleat, asam oleat dan vitexin dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Simulasi dinamika molekuler dilakukan selama 20 ns. Selain itu, analisis toksikologi dan farmakologi (ADMET) dilakukan untuk setiap ligan. Hasil simulasi ini dibandingkan dengan ligan kontrol quercetin yang sudah terbukti memiliki interaksi yang baik dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Hasil prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan baik untuk dijadikan obat, kecuali metil linoleat dan asam oleat. Simulasi penambatan molekuler menunjukkan procyanidin serta vitexin memiliki skor penambatan dan binding energy paling baik. Hasil dinamika molekuler juga membuktikan procyanidin, vitexin dan quercetin memiliki nilai RMSD dan RMSF paling baik dan menunjukkan interaksi paling stabil dan kompleks dengan protein target. Sehingga, secara keseluruhan, procyanidin dan vitexin berpotensi untuk menjadi inhibitor Mpro SARS-CoV-2. ......COVID-19 that spread across the globe at the end of 2019 is caused by the SARS-CoV-2. This virus attacks human respiratory cell. Until now, there is no efficacious drug to treat this disease. This sudy discusses molecular docking and molecular dynamics simulations of four herbal compounds from Anredera cordifolia (binahong), which are procyanidin, methyl linoleate, oleic acid, as well as vitexin with Mpro SARS-CoV-2 as the protein target. The molecular dynamics simulations were carried out for 20 ns. In addition, toxicological and pharmacological analyses (ADMET) were performed for each ligand. The results were compared to quercetin as the control ligand, which has been shown to have good interaction with the protein target. ADMET prediction results show that all ligands are good for use as drugs, except methyl linoleic and oleic acid. Molecular docking simulation results show that procyanidin and vitexin have the docking scores and binding energy scores. The results of molecular dynamics also prove that procyanidin, vitexin and quercetin have the best RMSD and RMSF values ​​and show the most stable as well as complex interactions with target proteins. Thus, procyanidin and vitexin have the potential to be Mpro SARS-CoV-2 inhibitors.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5   >>