Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRACTInfeksi virus Dengue DENV merupakan salah satu masalah kesehatan di Indonesia yang hingga saat ini belum memiliki penanganan antivirus yang efektif. Tanaman Garcinia dulcis telah diketahui memiliki aktivitas antikanker, anti inflamasi, antimikroba maupun antivirus.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas antivirus ekstrak daun tanaman Garcinia dulcis dalam menghambat replikasi virus Dengue serotipe 2 DENV-2 . Uji dilakukan secara in vitro pada sel Huh 7.5 terinfeksi DENV2 dengan multiplicity of infection 0.5 yang kemudian diberi ekstrak dalam berbagai konsentrasi 20 g/ml , 10 g/ml, 5 g/ml, 2,5 g/ml, dan 1,25 g/ml . Setiap kelompok perlakuan mendapat pengulangan sebanyak enam kali. Laju inhibisi replikasi DENV-2 dinilai melalui jumlah fokus virus yang terbentuksetelah proses immunostaining. Secara statistik, pemberian ekstrak daun Garcinia dulcis pada konsentrasi 20 g/ml , 10 g/ml, 5 g/ml, 2,5 g/ml menunjukkan penghambatan signifikan terhadap replikasi DENV2 p < 0,05 kecuali pada kelompok perlakuan ekstrak 1,25 g/ml p = 0,079 . Hambatan maksimum terlihat pada pemberian konsentrasi 20 g/ml dengan daya hambat replikasi sebesar 52,57 . Kata kunci: antivirus, Garcinia dulcis, virus Dengue.

---

ABSTRACTDengue Virus DENV infection remains a health problem in Indonesia without any specific antiviral treatment available yet. Garcinia dulcis has been known to have anticancer activity, antiinflamatory, antimicrobial activity, including antiviral. The aim of this research is to determine the antiviral activity of G.dulcis leaves extract in inhibiting the replication of DENV infection. This study conducted in vitro on Huh7.5 cellinfected by DENV2 with multiplicity of infection 0,5 followed by given the extract of G.dulcis in various concentrations 20 g ml, 10 g ml, 5 g ml, 2,5 g ml, 1,25 g ml . The treatment done in six time repetition to each groups. The inhibiton rate of DENV2 replication was assessed using focus assay after immunostaining process conducted. Treatment of G.dulcis leaves extract at concentration 20 g ml, 10 g ml, 5 g ml, 2,5 g ml shown a significant value inhibiting DENV2 replication p 0,05 , except the concentration of 1,25 g ml p 0,079 was insignificantly inhibits DENV2. Maximum inhibition shown at concentration of 20 g ml, which was inhibit 52,57 replication of DENV2. Keywords Antiviral, Dengue virus, Garcinia dulcis. "

"ABSTRACTInfeksi virus Dengue DENV merupakan salah satu masalah kesehatan di Indonesia yang hingga saat ini belum memiliki tatalaksana kausatif berupa antivirus yang efektif. Ficus pandurata merupakan salah satu tanaman yang diketahui memiliki aktivitas antibakteri dan antivirus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas antivirus dari ekstrak daun F. Pandurata pada konsentrasi 20 g/ml , 10 g/ml, 5 g/ml, 2,5 g/ml, dan 1,25 g/ml, dalam menghambat replikasi DENV serotipe 2 DENV-2 pada sel Huh 7.5 yang diinfeksi dengan nilai multiplicity of infection moi sebesar 0,5. Penghambatan pertumbuhan virus dibandingkan dengan kelompok sel Huh 7.5 terinfeksi DENV-2 tanpa pemberian ekstrak sebagai kontrol positif. Setiap kelompok perlakuan dan kontrol diulang sebanyak enam kali dan pertumbuhan virus divisualisasikan melalui immunostaining. Secara statistik, pemberian ekstrak daun F. Pandurata pada seluruh konsentrasi uji secara signifikan p < 0,001 menghambat replikasi DENV-2. Hambatan maksimum pada penelitian ini terlihat pada pemberian ekstrak dengan konsentrasi 10 g/ml dengan daya hambat terhadap replikasi DENV-2 sebesar 50,73.

---

ABSTRACTDengue virus DENV infection remains a health problem in Indonesia without any specific antiviral as a causative treatment. Ficus pandurata has been known to have antibacterial and antiviral activity. The aim of this research is to determine the antiviral activity of F. pandurata leaves extract at concentration of 20 g ml, 10 g ml, 5 g ml, 2,5 g ml, and 1,25 g ml in inhibiting the replication of Dengue virus serotype 2 DENV 2 on Huh 7.5 cell infected by the viruses with multiplicity of infection moi in the amount of 0,5. The inhibition rate then compared with the group of Huh 7.5 cells infected by DENV 2 without any extract given as a positive control. Each treatment done in six repetitions and the growth of viruses can be visualized by undergoing the immunostaining process. Statistically, all concentration of F. pandurata leaves extract given gives a significant value p 0.001 in inhibiting the replication of DENV 2. Maximum inhibitory rate is shown at concentration of 10 g ml, which was inhibit 50,73 replication of DENV 2."

"Kasus demam berdarah dengue DBD masih menjadi salah satu masalah kesehatan di dunia dan di Indonesia dengan tingginya angka kematian yang diakibatkan. Sampai saat ini belum terdapat terapi antiviral spesifik, sehingga terapi masih berupa suportif. Ekstrak daun Cynometra ramiflora Linn diketahui memiliki efek bakterisida, analgesik, antiviral, anti-inflamasi, dan anti-alergi. Kemampuan ekstrak daun Cynometra ramiflora Linn pada konsentrasi 20 ?g/ml , 10 ?g/ml, 5 ?g/ml, 2,5 ?g/ml, dan 1,25 ?g/ml sebagai anti-dengue virus DENV diujikan pada sistem in-vitro menggunakan sel Huh-7.5 terinfeksi DENV2 dengan multiplicity of infection moi 0,5. Kontrol positif dalam penelitian ini adalah sel Huh-7.5 yang terinfeksi DENV2, sel Huh-7.5 dengan pemberian pelarut dimethyl sulfoxide DMSO sebagai kontrol negaitf dan kontrol sel Huh-7.5 tanpa perlakuan, dengan enam ulangan pada setiap kelompok.. Efek hambat ekstrak terhadap replikasi DENV dinilai menggunakan metode foci-forming immunoassay. Secara statistik pemberian ekstrak daun Cynometra ramiflora Linn pada seluruh konsentrasi menunjukkan penghambatan signifikan terhadap replikasi DENV-2 p < 0,05 dibandingkan dengan kontrol positif. Tingkat penghambatan berturut-turut sebesar 36,06 , 45,96 , 47,35 , 55,94 , 62,70 pada konsentrasi 1,25 ?g/ml, 2,5 ?g/ml, 5 ?g/ml, 10 ?g/ml, dan 20 ?g/ml. Hasil penelitian ini menunjukkan ekstrak daun Cynometra ramiflora Linn berpotensi sebagai antiviral dengue.

---

Dengue hemorraghic fever DHF remains a major health problem of world particularly in Indonesia due to high moratlity rate of it. Until now, there is no specific antiviral therapy for DENV yet and the treatment is still supportive. The extract of Cynometra ramiflora Linn leaves known to have some effects such as bactericide, analgesic, antiviral, anti inflamation, and anti allergy. The potency Cynometra ramiflora Linn leaves extract at concentration of 1,25 g ml, 2,5 g ml, 5 g ml, 10 g ml, dan 20 g ml as anti viral dengue DENV was performed in vitro on Huh 7.5 cell infected by DENV 2 with MOI 0.5. Positive control in this research was Huh 7.5 cell infected by DENV 2, group of Huh 7.5 with dimethyl sulfoxide DMSO as negative control, and group of Huh 7.5 cell only as cell control. Each group was done in six repetition. The inhibition rate of the extract to DENV replication was measured using foci forming immunoassay. Statistically administration Cynometra ramiflora Linn leaves extract showed significant inhibition at each concentration p 0,05 compared with positive control. The inhibition rate were 36,06 , 45,96 , 47,35 , 55,94 , 62,70 at concentration of 1,25 g ml, 2,5 g ml, 5 g ml, 10 g ml, dan 20 g ml respectively. The result of this study showed that extract of Cynometra ramiflora Linn leaves has potency as antiviral dengue."

"ABSTRAKInfeksi virus Dengue DENV masih menjadi masalah kesehatan global. Tingginya angka infeksi dan belum adanya vaksin maupun obat spesifik terhadap virus Dengue meningkatkan risiko kematian yang ditimbulkan. Tanaman Gonystylus bancanus banyak terdapat di wilayah Indonesia yang memiliki efek analgesik, antialergi, antiinflamasi, antibakteri, dan antivirus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas ekstrak daun Gonystylus bancanus dalam menghambat pertumbuhan virus Dengue serotipe 2 DENV-2 . Penelitian dilakukan secara in vitro menggunakan sel Huh 7.5 yang diinfeksi DENV-2 dengan multiplicity of infection m.o.i 0,5. Sampel penelitian terdiri dari kultur sel terinfeksi DENV-2 sebagai kontrol positif dan kelompok perlakuan dengan ekstrak daun Gonystylus bancanus pada konsentrasi 20 g/mL, 10 g/mL, 5 g/mL, 2,5 g/mL, dan 1,25 g/mL. Aktivitas antivirus dinilai berdasarkan jumlah fokus virus yang terbentuk pada proses immunostaining. Diperoleh hasil bahwa seluruh konsentrasi ekstrak daun Gonystylus bancanus yang diujikan secara signifikan menghambat replikasi DENV-2 p < 0,05 . Aktivitas penghambatan replikasi DENV-2 berbanding lurus dengan konsentrasi uji ekstrak daun Gonystylus bancanus dengan hambatan replikasi tertinggi terjadi pada konsentrasi 20 g/mL yang dapat menekan pertumbuhan virus sebesar 46,10 . Penelitian lebih lanjut dapat dilakukan untuk mengetahui senyawa spesifik pada ekstrak Gonystylus bancanus yang memiliki kemampuan menghambat replikasi DENV-2 maupun fase replikasi DENV-2 yang dihambat.

---

ABSTRAKDengue Virus DENV infection remains a global health problem. Since the high infection rate without any specific vaccine or antiviral yet increase the mortality risk. Gonystylus bancanus plant which widely available in Indonesia having analgesic, antialergic, antiiinflamatory, antibacterial, and antiviral property. This research aims to investigate the leaf extract of Gonystylus bancanus in inhibiting DENV serotipe 2 DENV 2 replication using Huh 7.5 cells infected by DENV 2 with multiplicity of infection m.o.i 0.5 in vitro. Sample of this research consist of DENV 2 infected cell culture as positive control and the treatment groups of Gonystylus bancanus leaf extract given in 20 g mL,10 g mL, 5 g mL, 2,5 g mL, and 1,25 g mL concentration. Antiviral activity was examined based on foci forming unit using immunostaining method. The statistic analysis shows that various concentrations of given Gonystylus bancanus natural extract are significantly inhibit the DENV 2 replication p 0,05 . Inhibitory activity towards the DENV 2 are directly proportional to the concentration of given Gonystylus bancanus leaf extract with maximum inhibition activity in 20 g mL concentration which able to inhibit 46,10 of the viral replication. Further research could be conducted to investigate the specific compounds of Gonystylus bancanus extract which inhibit the DENV 2 replication and the specific replication phase of DENV 2 inhibited by it."

" ABSTRAKInfeksi virus Dengue DENV masih menjadi masalah kesehatan global terutama didaerah tropis dan subtropis termasuk di Indonesia. Sampai saat ini belum ditemukanvaksin dan antiviral yang efektif untuk mencegah dan mengobati infeksi DENV.Ekstrak daun mengkudu Morinda citrifolia Linn diketahui memiliki efekmenghambat infeksi beberapa jenis virus dan bakteri. Penelitian ini bertujuan untukmengetahui kemampuan ekstrak daun Morinda citrifolia Linn pada konsentrasi 20 g/ml, 10 g/ml, 5 g/ml, 2,5 g/ml, dan 1,25 g/ml dalam menghambatpertumbuhan DENV2 pada sel Huh-7,5 yang diinfeksi DENV2 dengan multiplicityof infection 0,5. Fokus virus yang terbentuk divisualisasi melalui immunoassay danjumlah fokus antara kelompok perlakukan dibandingkan dengan kelompok kontrolpositif berupa sel Huh-7.5 yang terinfeksi DENV2 tanpa penambahan ekstrak daunMorinda citrifolia Linn. Secara statistik, pemberian ekstrak daun mengkudu dengankonsentrasi 1,25 ?g/ml memberikan hasil penghambatan yang signifikan p 0,05 .Kata kunci: DENV2, mengkudu Morinda citrifolia Linn , replikasi virus

---

ABSTRAKDengue viral infection remains become one of the global health burden particularlyin tropical and subtropical area include in Indonesia. Till nowadays there is nospecific vaccine and antiviral to prevent and cure Dengue viral infection. Morindacitrifolia Linn leave extract has been known has the antiviral and antibacterialactivity. This research is aimed to know the effects of Morinda citrifolia Linn leavesextract in five different concentrations 20 g ml, 10 g ml, 5 g ml, 2,5 g ml, and1,25 g ml in inhibiting the replication of DENV2 on Huh 7.5 cells infected byDENV2 with multiplicity of infection 0,5. Foci that formed is visualized byimmunoassay and the amount of foci in each group is compared to positif controlthat Huh 7.5 cells is infected by DENV2 without addition of Morinda citrifolia Linnleaves extract. Statistically, addition 1,25 g ml of Morinda citrifolia Linn leaveextract shows significant inhibiting result p 0,05 .Key Words DENV2, Morinda citrifolia Linn, viral replication"

"Latar belakang: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) menyebabkan TBC paru dan TBC ekstraparu (TBEP) yang infeksinya dapat menunjukkan angka morbiditas dan mortalitas yang signifikan. Real-time polymerase chain reaction(RT-PCR) adalah metode molekuler yang digunakan dalam diagnosis dengan durasi pengerjaan yang singkat dan sensitivitas yang tinggi. RT-PCR dapat mempersingkat waktu diagnosis, inisiasi tata laksana pengobatan, dan upaya pengendalian transmisi TBC. Pada studi ini, dilakukan analisis prevalensi TBEP positif dengan diagnosis RT-PCR di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) pada tahun 2020-2021.Metode: Penelitian ini bersifat cross-sectional menggunakan data rekam medis yang terdaftar di LMK FKUI pada tahun 2020-2021 secara consecutive sampling. Populasi penelitian merupakan spesimen klinis dengan permintaan pemeriksaan MTBC secara RT-PCR. Spesimen penelitian adalah spesimen dengan hasil positif MTBC beserta informasi usia dan jenis kelamin. Data disajikan dalam bentuk grafik dan dianalisis secara deskriptif, meliputi positivity rate TBEP dan persentase jenis spesimen klinis.Hasil: Sebanyak 108 spesimen pemeriksaan TBEP pada tahun 2020, 33 diantaranya menunjukkan hasil positif MTBC (30,56% positivity rate) sementara di tahun 2021, terdapat 593 spesimen pemeriksaan TBEP dengan 42 diantaranya positif MTBC (7,08% positivity rate). Informasi usia dan jenis kelamin dari spesimen tidak dapat dianalis karena keterbatasan data. Spesimen jaringan dan LCS menduduki peringkat tertinggi TBEP positif pada tahun 2020 dan 2021. Kesimpulan: Terjadi penurunan positivity rate TBEP positif sebesar 76,83 % dari tahun 2020 ke tahun 2021 dengan jenis sampel dominan jaringan dan LCS. Terjadi peningkatan jumlah sampel yang diterima LMK FKUI sebesar 449,074% (485 data) pada tahun 2021.

---

Background: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causes pulmonary TB and extrapulmonary TB (EPTB) whose infection can show significant morbidity and mortality rates. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) is a molecular method used in diagnosis with a short duration and high sensitivity. RT-PCR can shorten the time for diagnosis, initiation of treatment, and efforts to control TB transmission. In this study, an analysis of the prevalence of positive EPTB with RT-PCR diagnosis was carried out at the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, University of Indonesia (LMK FKUI) in 2020-2021.

Method: This research is cross-sectional using medical record data registered at LMK FKUI in 2020-2021 using consecutive sampling. The study population was clinical specimens with requests for MTBC examination using RT-PCR. Research specimens are specimens with positive MTBC results along with information on age and gender. Data are presented in graphical form and analyzed descriptively, including the EPTB positivity rate and percentage of clinical specimen types.

Results: A total of 108 EP TB examination specimens in 2020, 33 showed positive MTBC results (30.56% positivity rate) while in 2021, 42 showed MTBC positive out of 593 EPTB examination specimens (7.08% positivity rate). Age and gender information from the specimens could not be analyzed due to data limitations. Tissue and CSF specimens ranked highest in positive EPTB in 2020 and 2021.

Conclusion: There was a decrease in the positive TBEP positivity rate by 76.83% from 2020 to 2021 with the dominant sample types are tissue and CSF. There has been an increase in the number of samples received by LMK FKUI by 449.074% (485 data) in 2021."

"Tuberkulosis (TB) disebabkan oleh infeksi kuman Mycobacterium tuberculosis merupakan satu dari sepuluh penyebab kematian tertinggi di dunia yang dapat dicegah melalui vaksinasi. Vaksin BCG sebagai satu-satunya vaksin TB, memiliki beberapa kekurangan, diantaranya tingkat proteksi yang tidak merata di populasi orang dewasa dan kekhawatiran aplikasinya pada populasi imunokompromais, hal ini mendorong dikembangkannya vaksin TB alternatif. PE11 merupakan protein yang bertanggung jawab dalam rekonstruksi komponen lipid dinding sel M. tuberculosis dan berdasarkan analisis in-siliko diketahui memiliki domain pengenalan terhadap antibodi dan MHC-II. Dalam studi ini, gen pe11 dari M. tuberculosis strain Beijing diinsersikan ke dalam plasmid pcDNA3.1, pcDNA3.1-pe11, yang kemudian diuji kemampuannya dalam menginduksi respon imun humoral dan mediator seluler pada mencit Balb/c sebagai bentuk DNA vaksin. Berdasarkan uji western blot, respon imun humoral berupa IgG spesifik terhadap protein rekombinan PE11-His berhasil dikonfirmasi. Selain itu, mediator imun seluler dari splenosit mencit pasca vaksinasi dan pajanan antigen secara in-vitro menunjukkan adanya peningkatan produksi IL-12, IFN-γ dan IL-4 dibandingkan dengan kelompok kontrol, namun tidak terhadap sitokin IL-10.

---

Tuberculosis (TB) caused by infection bacteria Mycobacterium tuberculosis, one of ten causes of death in the world that can be prevented through vaccination. The BCG vaccine, as the only TB vaccine, has several drawbacks, including an uneven level of protection in adult population and risk application in immunocompromised population, this has led to the development of an alternative TB vaccine. PE11 is a protein that is responsible for the reconstruction of the lipid component of the cell wall of M. tuberculosis and based on in-silico analysis is known to have the recognition domain for antibodies and MHC-II. In this study, the pe11 gene from the Beijing strain of M. tuberculosis was inserted into the plasmid pcDNA3.1, pcDNA3.1-pe11, then tested for its ability to induce humoral immune responses and cellular mediators in Balb/c mice as a form of vaccine DNA. Based on the western blot test, the specific IgG humoral immune response to the recombinant protein PE11-His was confirmed. In addition, cellular immune mediators from post-vaccination mice splenocytes and in-vitro antigen exposure showed increased production of IL-12, IFN-γ and IL-4 compared to the control group, but not to the IL-10 cytokine."

"ABSTRAK Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit infeksi kronis yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dengan angka kematian yang tinggi diseluruh dunia. Vaksin pencegah yang tersedia saat ini adalah Bacillus Calmette-Guerin (BCG) yang berasal dari Mycobacterium bovis. BCG memiliki beberapa kelemahan yakni efikasi yang berbeda pada setiap individu, tidak memberikan perlindungan TB paru pada individu dewasa serta reaktivasi subsekuen. Hal ini mendorong penelitian terkait perlunya vaksin jenis baru untuk TB. Protein yang terbentuk dari gen resuscitation promoting factors B (rpfB) M. tuberculosis memiliki karakteristik biologi dan imunologi tertinggi diantara protein lain dalam famili Rpfs. Protein ini mampu menginduksi proliferasi bakteri TB dorman pada infeksi laten TB. Oleh karena itu protein ini kemudian banyak dikembangkan sebagai kandidat vaksin TB. Pada penelitian ini gen rpfB M. tuberculosis strain Beijing diamplifikasi dengan PCR kemudian diklon kedalam plasmid pcDNA3.1. Kemampuan plasmid rekombinan pcDNA3.1-rpfB dalam menginduksi respon imun humoral diuji dengan memberikan imunisasi plasmid rekombinan pada mencit Balb/C jantan. Hasil western blot menggunakan serum mencit hasil imunisasi menunjukkan bahwa gen rpfB berhasil menginduksi respon imun humoral mencit dengan adanya pita spesifik pada kisaran 66 kDa, sedangkan transfeksi plasmid rekombinan pada sel CHO-K1 memperlihatkan protein RpfB berhasil terekspresi pada sel mamalia berdasarkan uji imunostaining. Dengan demikian penelitian ini berhasil memperlihatkan bahwa protein RpfB M. tuberculosis strain Beijing mampu diekspresikan pada sel mamalia serta terbukti merupakan antigen yang dapat menginduksi respon imun humoral pada mencit.

---

ABSTRACT

Tuberculosis (TB) is a chronic infection disease caused by Mycobacterium tuberculosis and has a high death-rate worldwide. Bacillus Calmette-Guerin is the only TB vaccine which is currently available with several drawbacks, such as its different efficacy for different individuals, lack of protection for lung TB in adults and subsequent reactivation which lead the research for novel TB vaccine approach. Resuscitation-promoting factor (rpf) protein in M. tuberculosis is a protein cluster which play a big role in TB dormancy during latent infection. Member from this cluster protein is RpfB which shows the greatest biological and immunological characteristics among other proteins in the rpf family, now is widely explored as novel TB vaccine candidate. In this study, the rpfB gene of the M. tuberculosis Beijing strain was amplified using PCR and then cloned into pcDNA3.1 plasmids. The ability of recombinant pcDNA-rpfB to induce humoral immune response was tested through Balb/C mice immunization. A positive recombinant RpfB protein ~66 kDa was detected through western blot analysis using immunized mice sera. Meanwhile, recombinant pcDNA-rpfB was transfected in to CHO-K1 mammalian cell line and recombinant rpfB antigen expression was confirmed through immunostaining. Therefore, we have succesfully express the recombinant RpfB proten of M. tuberculosis strain Beijing in mammalian expression system which proven to be antigenically induced humoral immune response in mice model."

"ABSTRAKDemam chikungunya adalah penyakit yang disebabkan oleh virus chikungunya (CHIKV) yang dapat menginfeksi manusia melalui gigitan nyamuk. CHIKV ditularkan melalui nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus. CHIKV juga merupakan penyakit arbovirus yang penting karena morbiditas yang tinggi. Kejadian Luar Biasa (KLB) infeksi CHIKV pertama kali dilaporkan pada tahun 1973 di Kalimantan Timur dan DKI Jakarta. Dengan besarnya frekuensi KLB dan tingginya prevalensi infeksi CHIKV di Indonesia maka diperlukan studi genotipe CHIKV. Faktor virus seperti variasi genotipe diyakini berperan dalam menentukan derajat keparahan penyakit. Pada penelitian ini menggunakan sampel yang tersimpan di Badan Litbangkes Jakarta sebagai Pusat Rujukan pemeriksaan infeksi CHIKV. Variasi genetik CHIKV dari 19 sampel dari 8 Propinsi di Indonesia tahun 2012?2014 dikerjakan dengan melakukan amplifikasi dan sekuensing gen E1 dan Capsid. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel pada penelitian adalah genotipe Asian. Homologi nukleotida dan asam amino gen E1 ditemukan berkisar 97,8%-100% dan 95,6%-100% untuk asam aminonya. Analisis epitop sel B dan sel T pada gen capsid memperlihatkan tidak adanya perbedaan antara CH12_069 dengan genotipe CHIKV di dunia. Epitop sel B di gen E1 ada beberapa perbedaan antara CH12_069 dengan genotipe Asian yaitu K196R dan L203I, sedangkan epitop sel T pada gen E1 tidak ditemukan perubahan asam amino.

---

ABSTRACT

Chikungunya fever is a disease caused by the chikungunya virus (CHIKV) that can infect humans through mosquito bites. CHIKV is transmitted by Aedes aegypti and Aedes albopictus mosquitos. CHIKV is also an important arbovirus disease because of the high morbidity. The outbreaks of CHIKV infection was first reported in 1973 in East Kalimantan and Jakarta. With the magnitude of the frequency of outbreaks and the high prevalence of CHIKV infection in Indonesia, CHIKV genotype study is needed. Viral factor such as genotype variation is suggested play a role in determining the degree of severity of the disease. In this study, we used the stored samples in National Institute of Health Research and Development Jakarta as a Reference Laboratory Center of CHIKV infection. Genetic variation CHIKV of 19 samples from 8 provinces in Indonesia in 2012? 2014 done by performing amplification and sequencing of genes E1 and capsids. Phylogenetic analysis showed that all samples in this study were Asian genotype. E1 gene nucleotide homology was found ranging from 97.8%-100% and 95.6%- 100% for the amino acid. Analysis of B cell epitops and T cells epitop in the capsid gene showed no differences between CH12_069 with CHIKV genotype in the world. B cells epitops in E1 gene were showed no specific distinction between CH12_069 among CHIKV strains all over the world. B cell epitops in E1 gene there were some differences between CH12_069 with the Asian genotype such as K196R and L203I, whereas T cell epitops in E1 gene not found amino acid changes."

"SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA.

---

SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine."