Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Gen mismatch repair (MMR) merupakan gen yang berperan dalam mekanisme DNA repair. Gen MMR dapat memperbaiki kesalahan pasangan basa, perubahan nukleotida dan kesalahan dalam unit pengulangan pasangan basa (microsatellites) selama proses replikasi DNA. Mutasi pada MMR yang umum terjadi pada gen MLH1 dan MSH2 memiliki asosiasi dengan terjadinya Lynch Syndrome pada pasien kanker kolon. Lynch Syndrome (LS) atau Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) merupakan sindrom kanker kolon herediter yang paling umum diwariskan. LS dapat ditandai dengan mutasi gen MLH1 dan MSH2 berupa delesi dan duplikasi large genomic. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) merupakan teknik kuantifikasi berbasis PCR yang dapat digunakan untuk mendeteksi perubahan copy number variant pada large genomic. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada kanker kolon dengan teknik Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA). Sebanyak 25 sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon yang dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais dikoleksi dari tahun 2018-2019. Mutasi gen MLH1 dan MSH diidentifikasi pada sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon dengan teknik MLPA menggunakan Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). Penelitian ini berhasil melakukan optimalisasi penggunaan teknik MLPA dengan terpenuhinya kualitas fragmen kontrol MLPA, kualitas fragment analysis, dan comparative analysis pada perangkat lunak Coffalayser.Net. Hasil screening pada 25 sampel menunjukkan tidak ditemukan adanya pola mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada sampel yang mengindikasikan tidak terjadinya Lynch Syndrome dan kanker kolon yang terjadi bersifat sporadis.

---

Mismatch repair genes (MMR) plays a role in the mechanism of DNA repair. The MMR genes correct base pair errors, nucleotide changes, and errors in base pair repeating units (microsatellites) during DNA replication. Mutations in MMR are common in MLH1 and MSH2 genes that have an association with the occurrence of Lynch Syndrome in colon cancer. Lynch Syndrome or Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) is the most common inherited hereditary colon cancer syndrome. LS is characterized by MLH1 and MSH2 gene mutations in the form of large genomic deletions and duplication. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) is a PCRbased quantification technique that can detect changes in copy number variants in large genomics. The aim of the study was to identify MLH1 and MSH2 gene mutations in colon cancer with Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) technique. Twenty-five blood samples of patients diagnosed with colon cancer were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2018-2019, retrospectively. Mutations in MLH1 and MSH2 genes were identified in blood samples of patients diagnosed with colon cancer by the MLPA technique using Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). This study succeeded in optimizing the use of MLPA technique by fulfilling the fragments quality control of MLPA, the quality of fragment analysis, and comparative analysis in Coffalayser.Net software. The results of 25 samples screening showed no pattern of MLH1 and MSH2 gene mutations in the sample. This data indicated that there was no Lynch Syndrome and the colon cancer was sporadic.

"

"Kanker kolorektal merupakan salah satu kanker yang paling umum terjadi di Indonesia. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker kolorektal dan diduga berkaitan dengan berkembangnya kanker tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mutasi gen KRAS pada ekson 2 kodon 12 dan 13 pada spesimen jaringan kanker kolorektal menggunakan metode Sanger sequencing. Sampel jaringan segar dari 50 pasien di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang sudah terkonfirmasi kanker kolorektal oleh dokter patologi anatomi dikumpulkan di Laboratorium Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel dikoleksi dari tahun 2018-2020. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi titik pada ekson 2 kodon 12 (9) dan kodon 13 (4). Mutasi pada kodon 12 ditemukan 2 jenis yaitu GGT>GAT dan GGT>GCT. Mutasi pada kodon 13 ditemukan 2 jenis yaitu GGC>GAC dan GGC>GCC. Berdasarkan hasil yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 jenis mutasi yang ditemukan pada penelitian ini

---

Colorectal cancer is one of the most occurred cancers in Indonesia. KRAS gene mutation often occurred in colorectal cancer and has been presumed to be related to development of this cancer. The aim of this study is to discover the mutation types of the KRAS gene exon 2 codon 12 and 13 in colorectal cancer tissue specimens in Dharmais Cancer Hospital. The fresh tissue from fifty patients in Dharmais Cancer Hospital confirmed colorectal cancer by pathology anatomy doctor were collected in Biobank Laboratory Dharmais Cancer Hospital. KRAS gene mutations were analyzed from fresh tissue using the Sanger Sequencing method. The result shows that 13 samples detected positive on KRAS gene mutation on exon 2 codon 12 (9) and codon 13 (4). Two types of KRAS gene mutation detected in codon 12 are GGT>GAT and GGT>GCT. Two types of KRAS gene mutation also detected in codon 13 are GGC>GAC and GGC>GCC. The conclusion of this study is four types of mutation has been discovered in this study."

"Mutasi gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF telah dilaporkan terjadi pada kanker kolorektal. Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) merupakan metode yang mampu mendeteksi variasi copy number dari suatu gen spesifik dan memiliki kelebihan dibandingkan metode lain. Deteksi mutasi gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF pada kanker kolorektal menggunakan metode MLPA di Indonesia belum dilaporkan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi metode MLPA dan mendeteksi mutasi gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF secara simultan pada kanker kolorektal menggunakan metode MLPA. Sampel penelitian berupa jaringan sebanyak 41 sampel yang berasal dari pasien kanker kolorektal di Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel penelitian telah dikumpulkan sejak tahun 2017 dan disimpan dalam biobank. Mutasi gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF dianalisis dari sampel jaringan menggunakan metode MLPA dengan Kit SALSA MLPA Probemix P298-A1 BRAF-HRAS-KRAS- NRAS (MRC-Holland) kemudian dilakukan fragment Analysis menggunakan mesin Capillary Electrophoresis [3500xL genetic analyzer]. Data hasil fragment analysis selanjutnya dianalisis menggunakan perangkat lunak Coffalyser.Net. Hasil penelitian menunjukkan optimasi metode MLPA berhasil dilakukan serta mutasi gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF berhasil dideteksi dengan membandingkan perubahan jumlah copy number pada ratio chart sampel jaringan kanker dan sampel jaringan normal. Berdasarkan hasil yang diperoleh, metode MLPA berhasil dioptimasi dan mutasi pada gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF berhasil terdeteksi. Mutasi gen HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF terdeteksi dari seluruh 41 sampel dengan persentase masing-masing 17.07%, 26.82%, 2.43%, dan 19.51%. Mutasi yang terdeteksi adalah mutasi duplikasi dan delesi.

---

HRAS, KRAS, NRAS, and BRAF gene mutation has been reported in colorectal cancer. Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) is a method capable of detecting copy number variation of a specific gene. This method has advantages over other methods, however, the detection of gene mutation in colorectal cancer using MLPA in Indonesia has not been reported so far. The aim of this study is to optimize MLPA method and detect HRAS, KRAS, NRAS, and BRAF gene mutation simultaneously on colorectal cancer using the MLPA method. Research samples consist of 41 fresh colorectal cancer tissues collected from colorectal cancer patients in Dharmais Cancer Hospital. Research samples has been collected and stored in a biobank since 2017. HRAS, KRAS, NRAS, and BRAF gene mutation are analyzed from the research samples using the MLPA method with SALSA MLPA Probemix P298-A1 BRAF-HRAS-KRAS-NRAS (MRC-Holland) kit. Afterwards, fragment analysis is done using the Capillary Electrophoresis [3500xL genetic analyzer] machine. The results are then analyzed using the Coffalyser.Net software. This research succeeds in optimizing the detection of HRAS, KRAS, NRAS, and BRAF gene mutation on colorectal cancer using MLPA method and detecting the gene mutation of HRAS, KRAS, NRAS, dan BRAF by comparing the ratio chart of a normal and cancer tissue. The MLPA method was successfully optimized and the HRAS, KRAS, NRAS, and BRAF gene mutation successfully detected. The HRAS, KRAS, NRAS, and BRAF gene mutation successfully detected from 41 samples, with percentages of 17.07%; 26.82%; 2.43%; and 19.51%. The detected mutations are duplication and deletion."

"Metilasi DNA merupakan perubahan epigenetik yang umum terjadi sebagai penyebab inaktivasi gen pada tumor suppressor genes (TSGs). Metilasi pada promoter TSG memiliki asosiasi dengan pembentukan kanker tiroid. Metode methylation-specific multiplex ligation dependent-probe amplification (MS-MLPA) merupakan salah satu metode berbasis PCR yang dapat melakukan identifikasi metilasi pada beberapa gen dan analisis copy number variant secara simultan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi metode MS-MLPA dan mengidentifikasi metilasi TSG pada kanker tiroid dengan metode MS-MLPA. Sebanyak 40 sampel fine needle aspiration biopsy (FNAB) dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel FNAB berasal dari pasien yang memiliki kelainan nodul tiroid. Metilasi TSG dianalisis dengan metode MS-MLPA menggunakan probemix Tumour Suppressor Mix 1 ME001-C2 (MRC-Holland). Sampel FNAB dibandingkan dengan reference sample berupa sampel darah yang berasal dari individu sehat. Penelitian ini berhasil mengoptimasi metode MS-MLPA dan mendeteksi metilasi pada 4 jenis tumor suppressor genes, yaitu gen RASSF1A, gen CASP8, gen FHIT, dan gen CHFR. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa terdapat 20 sampel tumor ganas dan 2 sampel tumor jinak mengalami metilasi.

---

DNA methylation is a common epigenetic change that causes gene inactivation in tumor suppressor genes (TSGs). TSGpromoter methylation has an association with the formation of thyroid cancer. Methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) is a PCR-based method that can identify methylation in several genes and copy number variant simultaneously. The aim of this study is to optimize methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) and to identify tumor suppressor genes methylation of thyroid cancer using MS-MLPA. Retrospectively 40 Fine Needle Aspiration Biopsy samples were collected in Dharmais Cancer Hospital. FNAB samples were collected from patients with thyroid nodules abnormalities. Tumor suppressor genes methylation were analyzed using Tumour Suppressor Mix 1 ME001-C2 probemix (MRC-Holland) as MS-MLPA reagents. FNAB samples were compared with reference sample from blood that were collected from healthy people. This study has successfully optimizing MS-MLPA method and detecting 4 methylated tumor suppressor genes, RASSF1A, CAPS8, FHIT and CHFR. Methylation identification shows 20 malignant histopathology samples and 2 benign histopathology samples were methylated.

"

"ABSTRAK

V600E adalah perubahan genetik yang paling banyak terjadi pada kanker tiroid, dan telah menjadi penanda diagnostik penting pada jenis histopatologi ganas, khususnya karsinoma papiler. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan dan memvalidasi teknik screnning BRAF V600E pada kanker tiroid menggunakan metode high resolution melting (HRM). Sebanyak 57 pasien dengan kelainan nodul tiroid dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang dikoleksi dari tahun 2012-2014. Mutasi gen BRAF V600E dianalisis dari sampel fine needle aspiration biopsy (FNAB) menggunakan teknik HRM reagen MeltDoctor HRM Master Mix (Applied Biosystem) yang divalidasi dengan teknik Sanger Sequencing. Penelitian ini berhasil mengoptimalisasi metode HRM dengan membedakan melting curve sampel kontrol positif mutasi gen BRAF V600E dengan sampel normal. Berdasarkan hasil validasi dengan teknik Sanger Sequencing, diperoleh hasil gambaran elektroferogram pada gen BRAF ekson 15 yang mengalami mutasi titik pada basa nukleotida ke 1799 T>A (V600E). Hasil screening menunjukkan bahwa terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi gen BRAF V600E pada jenis histopatologi ganas karsinoma tiroid papiler (12) dan karsinoma anaplastik (1). Tidak ditemukan satu pun mutasi gen BRAF V600E pada sampel dengan histopatologi jinak ataupun kontrol normal. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa teknik HRM dapat digunakan untuk screening mutasi gen BRAF V600E pada kanker tiroid.

---

ABSTRACT

BRAF V600E gene mutation is the most common genetic alteration that found in thyroid cancer and has been an important diagnostic marker for malignant histopathology, specifically papillary carcinoma. The aim of this study is to develop and validate BRAF V600E gene mutation screening technique on thyroid cancer patients using high resolution melting (HRM) method. Retrospectively 57 patients with thyroid nodules abnormalities were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2012-2014. Mutation in BRAF V600E gene were analyze from fine needles aspiration biopsy (FNAB) using MeltDoctor HRM Master Mix (Applied Biosystem) as the HRM reagen and validated using Sanger sequencing. This Study have optimalize HRM method by differentiating positive control BRAF V600E gene melting curve mutaion with normal sampel. Validation using Sanger sequencing depict electropherogram of BRAF gene on exon 15 point mutation on nucleotide 1799 T>A (V600E). Screening shows 13 samples detected positive on BRAF V600E gene mutation on malignant histopathology thyroid papillary carcinoma (12) and anaplastic carcinoma (1). No mutation found on benign histopathology samples and normal samples. The conclusion of this study is HRM technique can be use to screen mutation BRAF V600E on thyroid cancer.

"

"Metilasi DNA merupakan salah satu penyebab umum inaktivasi Mismatch Repair Gene (MMR). Gen MMR memperbaiki kesalahan penyisipan/penghapusan basa nukleotida pada proses sintesis DNA. Metilasi pada promoter gen MMR memiliki asosiasi dengan pembentukan kanker kolon, sehingga metilasi tersebut perlu diidentifikasi. Identifikasi gen MMR dapat dilakukan menggunakan teknik methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification amplification (MS-MLPA). Prinsip dari teknik MS-MLPA yaitu amplifikasi probe yang menempel pada sekuens termetilasi. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengoptimasi teknik MS-MLPA dan mengidentifikasi metilasi gen MMR pada kanker kolon dengan teknik MS-MLPA. Penelitian ini menggunakan 27 sampel jaringan frozen kanker kolon yang telah tersedia di Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais (RSKD). Sampel tersebut dianalisis menggunakan probemix Mismatch Repair Gene [ME011-C1][C1-0518] yang telah didesain khusus untuk mendeteksi pada beberapa gen MMR yakni MLH1, PMS2, MSH6, dan MSH2. Hasil penelitian menunjukkan optimasi teknik MS-MLPA telah berhasil dilakukan, sehingga identifikasi metilasi pada gen MMR telah berhasil diperoleh pada 4 sampel pasien. Gen MMR tersebut yakni MLH1 dan MSH6, dengan persentase masing-masing 75% dan 25%.

---

DNA methylation is one of the most common causes of mismatch repair gene (MMR) inactivation. The MMR gene corrects errors in the insertion/deletion of nucleotide bases in the DNA synthesis process. MMR gene promoter methylation has an association with the formation of colon cancer, so the methylation needs to be identified. Identification of the MMR gene can be done using the methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) technique. The principle of the MS-MLPA technique is the amplification of the probe attached to the methylated sequence. The purpose of this study was to optimize the MS-MLPA technique and identify MMR gene methylation in colon cancer using the MS-MLPA technique. This study used 27 samples of frozen colon cancer tissue that were available at the Dharmais Cancer Hospital Biobank (RSKD). The samples were analyzed using the Mismatch Repair Gene probemix [ME011-C1][C1-0518] which has been specially designed to detect several MMR genes, namely MLH1, PMS2, MSH6, and MSH2. The results show that the optimization of the MS-MLPA technique has been successfully carried out, so that the identification of methylation in the MMR gene has been successfully obtained in 4 patient samples. The MMR genes are MLH1 and MSH6, with a percentage of 75% and 25%, respectively. analyzed using probemix Mismatch Repair Gene [ME011-C1][C1-0518] which has been specifically designed to detect several MMR genes namely MLH1, PMS2,

MSH6, and MSH2. The results showed that the optimization of the MS-MLPA technique was successful, so that identification of the methylation in the MMR gene was successfully obtained in 4 patient samples. The MMR genes are MLH1 and MSH6, with percentages of 75% and 25% respectively."