Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominan disebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapat dilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkan vaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein ini merupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV dan memiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan isolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transforman Saccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan dengan meningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution buffer dari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diuji secara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metode Bichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3 telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300 mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusi dengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi protein diperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%.

---

ABSTRACT
Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominan disebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapat dilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkan vaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein ini merupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV dan memiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan isolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transforman Saccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan dengan meningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution buffer dari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diuji secara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metode Bichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3 telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300 mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusi dengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi protein diperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%.

Abstrak :
ABSTRAK
Gen Maturase-K (matK) merupakan gen yang terdapat pada kloroplas. matK digunakan sebagai penanda untuk melihat variasi genetik kakao Trinitario dan Forastero asal Indonesia dan introduksi. Sampel kakao yang digunakan dalam penelitian adalah Sul-1, MCC-01, dan Pa-191 yang merupakan varietas Forastero serta HJ-5 dan PB-1 yang merupakan Trinitario. Hasil penelitian menunjukkan urutan basa nukleotida daerah matK pada kelima sampel berhasil diketahui dan terdapat perbedaan basa nukleotida daerah matK yang diamplifikasi dengan primer mac02 pada sampel Sul-1 dan Pa-191 dan dengan primer mac09 pada sampel PB-1. Data yang diperoleh dibentuk menjadi dendogram yang menunjukkan bahwa terjadi pengelompokkan antara kakao varietas Trinitario dan Forastero.

---

ABSTRACT
Maturase-K gene (matK) is a gene found in chloroplast. The matK used as a marker to determine genetic variation of Indonesian’s Trinitario and Forastero cacao and cacao’s introduced from England. Samples of cacao used in the study are Sul-1, MCC-01, and Pa-191 grouped as Forastero and HJ-5 and PB-1 grouped as Trinitario. The results of research showed that matK’s sequence of the five samples has successfully identified and there were variations in nucleotides sequence of matK which were amplified by mac02 primer on Sul-1 and Pa-191 and by mac09 primer on PB-1. Subsequently, the data obtained were formed into dendogram grouped between Trinitario and Forastero.

Abstrak :
ABSTRAK
Penelitian telah dilakukan untuk melihat variasi genetik pada tanaman kakao (Theobroma cacao L.) Trinitario yang diperoleh dari hasil eksplorasi dan seleksi di Provinsi Lampung, yaitu HJ1, HJ2, HJ3 dan HJ4 serta tanaman kakao Trinitario tetua, yaitu DR2. Identifikasi dilakukan dengan membandingkan sekuen daerah matK pada genom DNA kloroplas. Isolasi genom dilakukan pada sampel daun kakao yang tua dan segar. Selanjutnya, dilakukan amplifikasi dengan menggunakan dua primer yang berbeda, yaitu Mac 02 (872 bp) dan Mac 09 (1.153 bp). Hasil sekuensing yang diperoleh menunjukkan terdapat variasi genetik pada sampel HJ3 yang diamplifikasi dengan menggunakan primer Mac 09. Dendrogram yang dikonstruksi menggunakan metode UPGMA menunjukkan bahwa tanaman kakao hasil eksplorasi dan seleksi (HJ1, HJ2, HJ3 dan HJ4) mengelompok ke dalam satu cluster, dan sampel DR2 merupakan tetua dari keempat tanaman kakao hasil eksplorasi dan seleksi tersebut.

---

ABSTRACT
The research was conducted to know the genetic variation in the Trinitario cacao plant (Theobroma cacao L.) obtained from exploration and selection in Lampung Province, named HJ1, HJ2, HJ3 and HJ4 and the elder Trinitario cacao crop, named DR2. The identification was performed by comparing the DNA sequence of the matK region in chloroplasts DNA genome. Genomic isolation was carried out on samples of an old and fresh cacao leaf. Furthermore, the amplification was conducted using two different primers, named Mac 02 (872 bp) and Mac 09 (1.153 bp). The sequencing results obtained indicate genetic variations in samples that amplified using Mac 09 primer. Dendrogram that was constructed using UPGMA method showed that the cacao plant from the exploration and selection (HJ1, HJ2, HJ3 and HJ4) are grouped into one cluster, and the DR2 plant are the elder of that four cacao plant.

Abstrak :
Transferin merupakan salah satu faktor yang berperan penting dalam transportasi zat besi dalam darah dan dapat mampu menyebabkan ikan nila (Oreochromis niloticus) hidup pada rentang salinitas yang cukup besar. Penelitian bertujuan merekonstruksi primer PCR spesifik untuk gen transferin pada ikan nila (Oreochromis niloticus). Gen transferin yang diuji berasal dari 10 strain ikan nila yang mewakili populasi ikan nila di Indonesia. Hasil PCR gen transferin ikan nila strain GESIT, Red Nifi, dan Selfam kemudian diklona dan disekuensing. Sekuen DNA yang didapatkan dihomologikan dengan sekuen gen transferin yang terdapat pada gene bank. Hasil homologi menunjukkan adanya daerah yang conserved sebesar 83 pb. Primer didesain untuk mengamplifikasi fragmen gen transferin tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer TrfNF dan TrfNR mampu mengamplifikasi gen transferin dari 10 strain ikan nila. ......Transferrin is one of many factors that makes Nile Tilapia fish (Oreochromis niloticus) can live in very wide salinity range. The purpose of this research is to reconstruct specific primer for transferrin gene in Nile tilapia fish (Oreochromis niloticus). The transferrin gene was taken from 10 variant of Nile Tilapia fish which represent the population of Nile Tilapia fish in Indonesia. The result from amplification process of transferrin gene from Nile Tilapia variant GESIT, Red Nifi, and Selfam was cloned and was sequenced. The result of sequencing process was arranged to find the conserved region. The conserved region has found and the size is 83 bp. PCR primer was designed to amplify transferrin gene fragmen. The result of this research is TrfNF primer and TrfNR primer can amplify transferrin gene from 10 variant Nile Tilapia fish.

Abstrak :
Penelitian untuk mengetahui keanekaragaman genetik bakteri dari usus ikan nila melalui teknik metagenom sequence-based telah dilakukan. Hasil amplifikasi gen 16S rRNA dari usus sebesar 1550 pb, kemudian dilakukan sequencing pada isolat dari Kolam Laboratorium PTPP, Serpong (L1, L2); Tambak Ikan Nila Salin, Karawang (Mu, Pu); dan KJA Waduk Cirata, Purwakarta (A1, C1). Identifikasi ke-6 isolat bakteri berdasarkan BLAST menunjukkan bahwa terdapat similaritas terhadap 4 spesies bakteri dengan nilai max identity tertinggi. Hasil analisis pohon filogenetik menggunakan metode neighbor-joining memperlihatkan bahwa isolat L1, L2 dan C1 diduga berkerabat dekat dengan bakteri Ochrobactrum anthropi, isolat A1 diduga berkerabat dekat dengan Lysinibacillus boronitolerans, isolat Pu diduga berkerabat dekat dengan Stenotrophomonas maltophilia, sementara isolat Mu diduga berkerabat dekat dengan Cetobacterium somerae. Berdasarkan hasil yang didapat, maka terbukti bahwa terdapat keanekaragaman gen 16S rRNA dari usus ikan nila yang dianalisis melalui teknik metagenom sequence-based. ......Research to know the genetic diversity of intestinal bacterias in Tilapia gut had been done using sequence-based metagenome. 16S rRNA gene amplification produced PCR fragment with 1550 bp length, then followed by sequencing of isolates from Outdoor Laboratory, Serpong (L1, L2); Saline Tilapia Ponds, Karawang (Mu, Pu); and Cirata Reservoir, Purwakarta (A1, C1). Identification six bacteria isolates based on BLAST showed that there are 4 different species of bacteria with the highest value of max identity. Phylogenetic analysis using neighbor-joining method showed that L1, L2, and C1 isolates is close relatives to Orchrobacterum anthropi, while A1 isolates is close relative to Lysinibacillus boronitolerans, Pu isolate is having close relationship with Stenotrophomonas maltophilia, and Mu isolates with Cetobacterium somerae. Thus, based on the results, it is proven that there is 16S rRNA gene diversity from tilapia intestines using metagenome sequence-based method.

Abstrak :
Gen tilapia Growth Hormone (tiGH) merupakan gen pengkode hormon pertumbuhan dari ikan nila yang berperan untuk meningkatkan pertumbuhan. Penelitian bertujuan melakukan kloning dan ekspresi gen tiGH untuk memproduksi protein rekombinan hormon pertumbuhan ikan nila (Oreochromis niloticus). Penelitian meliputi tahapan isolasi gen tiGH dari pMBA_tiGH, ligasi ke dalam pETBlue-2, serta transformasi vektor rekombinan ke dalam sel inang dengan menggunakan elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa vektor rekombinan dapat ditransformasi ke dalam sel inang E. coli BL2 dengan efisiensi transformasi 1,12x103 cfu/μg. Ekspresi gen tiGH dilakukan menggunakan induksi IPTG 0,4 mM dan dipurifikasi menjadi protein rekombinan growth hormone dengan berat molekul sebesar 22 kDa. ......Tilapia growth hormone gene (tiGH) is a gene encoding growth hormone from the tilapia whose folr is to increase the growth. The research objective is to do cloning and expression tiGH gene to produce growth hormone recombinant proteins of tilapia (Oreochromis niloticus). Stages of research include isolation tiGH gene from pMBA_tiGH, ligation into pETBlue-2, and the transformation recombinant vector into host cells by using electroporation. The result showed that recombinant vectors have been successfully transformed into the host cell E.coli BL21with transformation efficiency reached 1.12 x103 cfu/μg. Expression tiGH gene performed using 0.4 mM IPTG induction and purified recombinant protein growth hormone with a molecular weight of 22 kDa.