Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Keberagaman spesies jamur yang dapat menyebabkan infeksi, serta resistensinya terhadap pengobatan antijamur, bervariasi tergantung terhadap wilayah dan factor lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sebaran spesies dan kerentanan antijamur isolat jamur di Jakarta, Indonesia, untuk membantu membuat diagnosa dan tatalaksana yang personal terhadap pasien. Metode: Penelitian analitik retrospektif ini memanfaatkan data yang dikumpulkan selama periode tertentu. Spesimen jaringan pasien di Jakarta, Indonesia, diperiksa melalui mikroskop langsung dengan metode KOH dan kultur. Uji kerentanan dilakukan terhadap berbagai obat antijamur. Analisis data dilakukan dengan menggunakan SPSS. Hasil: Rata-rata usia pasien yang diduga (n= 289) dan terindikasi (n= 130) menderita infeksi jamur adalah masing-masing 39,23 dan 41,09 tahun. Lebih dari setengah jamur tidak terdeteksi pada pemeriksaan KOH, juga tidak tumbuh pada kultur (55%, n=159/289). Sebagian besar spesimen jaringan berasal dari sistem pernapasan (48.8%, n=141), khususnya sinus (21.1%, n= 61). Dari spesies jamur yang terisolasi, Candida muncul sebagai spesies yang paling menonjol (57/119), diikuti oleh Aspergillus (29/119) dan Mucorales (13/119). Pengujian kerentanan kami menunjukkan bahwa Candida menunjukkan pola kerentanan yang sebagian besar konsisten dengan penelitian yang dilakukan di Semarang dan Jakarta (72-100% sensitive); namun, jika dibandingkan dengan data dari berbagai negara lain, pola kerentanannya berbeda. Sebagian besar isolat Aspergillus sensitive (81-100%) terhadap antijamur umum. Namun demikian, profil kerentanannya bergantung pada variabilitas lokal. Kesimpulan: Penelitian ini memberikan data terkini mengenai distribusi spesies dan kerentanan antijamur dari isolat jamur di Jakarta, Indonesia. Studi ini beharap bisa membantu diagnosis dan strategi pengobatan yang ter-personalisasi terhadap masing- masing pasien infeksi jamur. ......Background: The diversity of fungal species that can cause infections, along with their resistance to antifungal treatments varies depending on region and other factors. This study aims to investigate species distribution and susceptibility profile of fungals in Jakarta, Indonesia, to provide epidemiological data to develop tailored diagnosis and treatment. Methods: This retrospective analytic study utilized data collected over the specified period. Tissue specimens from patients in Jakarta, Indonesia, were examined through direct microscopy with KOH and culture methods. Susceptibility testing was performed for various antifungal drugs. Data analysis was conducted using SPSS. Results: The average age of patients suspected (n= 289) and indicated (n= 130) to have fungal infections was approximately 39.23 and 40.67 years, respectively. Most fungi that are not detected in direct examination with KOH, does not grow in culture (55%, n=159/289). Most tissue specimens came from the respiratory system (48.8%, n=141) particularly sinus (21.1%, n= 61). Out of the isolated fungal species, Candida emerged as the most prominent (57/119), followed by Aspergillus (29/119) and Mucorales (13/119). Our susceptibility testing revealed that Candida demonstrated susceptibility patterns that were largely consistent with studies conducted in Semarang and Jakarta (72-100% sensitive); however, when compared to regions outside of Indonesia, results differ. Most of Aspergillus isolates were sensitive (81-100%) to common antifungals. Nevertheless, its susceptibility profiles are subject to local variability. Conclusions: This study provides an updated data on the species distribution and antifungal susceptibility of fungal isolates in Jakarta, Indonesia. This study hopes to improve diagnosis and treatment strategies of fungal infections.

Abstrak :
Introduction The emerging of chronic kidney disease (CKD) as one of the dominant causes for death and suffering over the past two decades has been concerning. Additionally, increase oxidative stress in urban area and its association with other chronic diseases raising a notion of increase in chronic disease in area with low socio-economic status, namely, urban kampung. Due to that, this research was carried out to find the association between plasma MDA and factors related to decrease renal function in adult urban kampung population. Method This is cross-sectional research that used secondary data from participant with age ranging from 30-60 years and living in four area in Jakarta-Tangerang. Participants’ MDA level was measured as an indicator for oxidative stress. Kidney markers including eGFR, urea, and creatinine were also measured. Results From 153 participants, high level of oxidative stress was not found and all within normal capacity (0.1−2.9 µmol/L). Overall kidney function using eGFR showed 58.8% normal condition and function and 41.2% with decreased kidney function. Only 1.3% had increased creatinine levels (>1.3 mg/dL), while 51% of participants had increased urea level (>20 mg/dL). Conclusion No association between high plasma MDA and decreased kidney marker was found in adult participant of urban kampung area in Jakarta-Tangerang. ......Latar Belakang Meningkatnya angka penyakit ginjal kronik sebagai salah satu penyebab kematian dan penderitaan pasien sangat menghawatirkan. Peningkatan stress oksidatif di wilayah urban dan hubungannya dengan banyak penyakit kronis menyebabkan dugaan peningkatan penyakit kronik di wilayah dengan sosio-ekonomik yang rendah seperti di kampung urban. Oleh karena itu penelitian ini dilaksanakan untuk mencari tahu adanya hubungan asosiatif antara hasil plasma MDA sebagai indikator stress oksidatif dengan penurunan fungsi ginjal. Metode Metode penelitian merupakan penelitian potong lintang (cross-sectional) dengan data sekunder yang berasal dari partisipan berumur 30-60 tahun di 4 wilayah kampung kota Jakarta-Tangerang. Partisipan dinilai menggunakan Plasma MDA sebagai indikator stress oksidatif dan penanda fungsi ginjal yaitu eGFR, urea, dan creatinin. Hasil Dari 153 partisipan, tidak ditemukan tingkat oksidatif tinggi dan semua berada pada batas normal (0.1−2.5 µmol/L). Hasil kondisi ginjal partisipan menggunakan eGFR terdiri dari 58.8% kondisi ginjal normal dan 41.2% mengalami penurunan funsi ginjal. Hanya 1.3% mengalami kenaikan nilai creatinine (>1.3 mg/dL) dan lebih dari 51% partisipan mengalami kenaikan nilai ureum (>20 mg/dL). Kesimpulan Hubungan Asosiatif antara tinggi plasma MDA dan penanda penurunan fungsi ginjal tidak ditemukan pada partisipan dewasa yang tinggal di daerah kampung urban

Abstrak :
Kanker payudara menempati urutan kedua penyebab kematian akibat kanker tertinggi di Indonesia. Keterbatasan tatalaksana kanker payudara yang tersedia saat ini mendorong potensi tanaman herbal sebagai pengobatan alternatif, salah satunya daun suruhan (Peperomia pellucida) yang studinya masih terbatas di Indonesia. Serbuk daun suruhan dimaserasi menggunakan tiga jenis pelarut sehingga diperoleh ekstrak etanol, etil asetat, dan n-heksana. Uji fitokimia dan KLT dilakukan untuk mengetahui jenis dan jumlah komponen fitokimia. Aktivitas antioksidan diketahui melalui uji DPPH, sedangkan sitotoksisitas terhadap sel kanker payudara MCF-7 diketahui melalui uji MTT. Adapun korelasi antara aktivitas antioksidan dan sitotoksisitas ekstrak daun suruhan ditentukan melalui uji korelasi Pearson. Komponen fitokimia yang terkandung dalam ekstrak daun suruhan mencakup alkaloid, flavonoid, tannin, steroid, dan triterpenoid. Uji KLT menunjukkan bahwa ekstrak daun suruhan mengandung 20 komponen fitokimia. Ekstrak etanol dan etil asetat daun suruhan menunjukkan aktivitas antioksidan yang sangat kuat (IC₅₀ = 14,45 µg/ml dan 22,12 µg/ml), sedangkan ekstrak n-heksana memiliki aktivitas antioksidan yang sedang (IC₅₀ = 102,71 μg/mL). Ketiga jenis ekstrak memiliki efek sitotoksisitas yang kuat terhadap sel kanker payudara MCF-7 dengan kisaran nilai IC₅₀ = 10,68 - 62,73 µg/ml. Adapun aktivitas antioksidan dan sitotoksisitas ekstrak daun suruhan menunjukkan korelasi yang sangat tinggi dan bernilai positif (r = 0,99). Ekstrak daun suruhan memiliki kandungan senyawa fitokimia, aktivitas antioksidan, dan efek sitotoksisitas terhadap sel kanker payudara MCF-7. Semakin kuat aktivitas antioksidan ekstrak daun suruhan, semakin kuat juga efek sitotoksisitasnya. Oleh karena itu, ekstrak daun suruhan berpotensi untuk dikembangkan menjadi agen terapeutik dalam tatalaksana kanker payudara. ...... Breast cancer is the second most common cancer to cause mortality in Indonesia. Suruhan leaf (Peperomia pellucida), whose research is still limited in Indonesia, has the potential to be used as an alternative treatment for breast cancer due to the limitations of currently existing therapies for the disease. Suruhan leaf powder was macerated in three solvents to produce ethanol, ethyl acetate, and n-hexane extract. The type and amount of phytochemical were determined using phytochemical and TLC assays. Antioxidant activity was assessed using the DPPH method, and cytotoxicity effect on MCF-7 cells was determined with the MTT method. The correlation between antioxidant activity and cytotoxicity was determined using the Pearson correlation test. The suruhan leaf extract comprises alkaloids, flavonoids, tannins, steroids, and triterpenoids. TLC assay identified 20 phytochemical components within the suruhan leaf extract. The ethanol and ethyl acetate extracts displayed very strong antioxidant properties (IC₅₀ = 14.45 µg/ml and 22.12 µg/ml), while the n-hexane extract exhibited moderate antioxidant activity (IC₅₀ = 102.71 µg/ml). All three extract types demonstrated strong cytotoxicity effect against MCF-7 breast cancer cells, with IC₅₀ values ranging from 10.68 - 62.73 µg/ml. The antioxidant activity and cytotoxicity effect showed a very high correlation and had a positive value (r = 0.99). Suruhan leaf extract possesses phytochemicals, antioxidant activity, and cytotoxicity against MCF-7 breast cancer cells. The stronger the antioxidant activity of suruhan leaf extract, the stronger the cytotoxic effect. Therefore, suruhan leaf extract has the potential to be developed as a breast cancer therapeutic.

Abstrak :
Latar Belakang Pengobatan acne vulgaris menggunakan antibiotik eritromisin dan klindamisin memiliki risiko terjadinya resistensi antibiotik sehingga dibutuhkan pengobatan alternatif yaitu propolis. Propolis memiliki berbagai zat aktif seperti flavonoid yang dapat berperan sebagai antimikroba terhadap bakteri. Mikroenkapsulasi propolis merupakan metode pengolahan untuk meningkatkan solubilitas dan stabilitas propolis. Saat ini belum diketahui mengenai efek antimikroba mikroenkapsulasi ekstrak propolis stingless bee Indonesia (Tetragonula sapiens) terhadap bakteri Staphylococcus epidermidis secara in vitro. Metode Uji broth microdilution dilakukan untuk melihat efek antimikroba dari mikroenkapuslasi ekstrak propolis Tetragonula sapiens, wax ekstrak propolis Tetragonula sapiens, serta kontrol positif berupa antibiotik klindamisin terhadap bakteri Staphylococcus epidermidis ATCC 12228. Hasil Didapatkan nilai Minimal Inhibitory Concentration (MIC) terhadap bakteri S. epidermidis dari uji broth microdilution. MIC90 dari dari mikroenkapuslasi ekstrak propolis Tetragonula sapiens adalah 512 g/mL. Pada sampel wax ekstrak propolis Tetragonula sapiens belum ditemukan nilai MIC90, namun terdapat MIC50 yaitu pada kosentrasi 10.000 g/mL. MIC90 untuk klindamisin adalah 2 g/mL. Kesimpulan Mikroenkapsulasi ekstrak propolis Tetragonula sapiens memiliki efek antimikroba terhadap bakteri S. epidermidis pada konsentrasi 512 g/mL. Kemampuan menghambat pertumbuhan bakteri mikroenkapsulasi ekstrak propolis Tetragonula sapiens lebih baik dibandingkan dengan ekstrak propolis Tetragonula sapiens dalam bentuk wax ditandai dengan nilai MIC yang lebih rendah pada mikroenkapsulasi ekstrak propolis. Daya hambat dari mikroenkapsulasi ekstrak propolis Tetragonula sapiens tidak sebaik terapi standar antibiotik klindamisin, namun mikroenkapsulasi ekstrak propolis Tetragonula sapiens memiliki potensi sebagai antimikroba S. epidermidis. ......Introduction Treatment of acne vulgaris using the antibiotics erythromycin and clindamycin carries a risk of antibiotic resistance, so alternative treatment is needed, such as propolis. Propolis has various active compounds such as flavonoids which can act as antimicrobials against bacteria. Propolis microencapsulation is a processing method to increase the solubility and stability of propolis. Currently, it is not known about the in vitro antimicrobial effect of microencapsulated Indonesian stingless bee (Tetragonula sapiens) propolis extract against Staphylococcus epidermidis. Method The broth microdilution test was carried out to see the antimicrobial effect of microencapsulation of Tetragonula sapiens propolis extract, Tetragonula sapiens propolis extract wax, as well as a positive control in the form of the antibiotic clindamycin against the bacteria Staphylococcus epidermidis ATCC 12228. Results The Minimum Inhibitory Concentration (MIC) value was obtained for S. epidermidis bacteria from the broth microdilution test. The MIC90 of microencapsulated Tetragonula sapiens propolis extract is 512 g/mL. In the Tetragonula sapiens propolis extract wax sample, no MIC90 value was found, but there is an MIC50 at 10,000 g/mL. The MIC90 for clindamycin is 2 g/mL. Conclusion Microencapsulation of Tetragonula sapiens propolis extract has an antimicrobial effect against S. epidermidis bacteria at a concentration of 512 g/mL. The ability to inhibit bacterial growth of microencapsulated Tetragonula sapiens propolis extract is better compared to Tetragonula sapiens propolis extract in wax form, indicated by the lower MIC value in microencapsulated propolis extract. The inhibitory power of microencapsulated Tetragonula sapiens propolis extract is not as good as standard antibiotic clindamycin therapy however, microencapsulated Tetragonula sapiens propolis extract has potential as an antimicrobial for S. epidermidis.

Abstrak :
SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA. ......SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine.

Abstrak :
Latar Belakang Salah satu penyebab penuaan adalah adanya radikal bebas yang berperan dalam stres oksidatif. Glutation (GSH) berperan dalam mekanisme pertahanan tubuh terhadap kerusakan oksidatif dengan menangkal radikal bebas melalui elektron yang didonorkannya. Spirulina sp. merupakan antioksidan alami yang dapat meningkatkan kadar glutation. Penelitian ini difokuskan untuk mengetahui pengaruh pemberian ekstrak etanol Spirulina plantesis terhadap kadar glutation ginjal tikus. Metode Penelitian ini menggunakan desain penelitian eksperimental. Sampel berjumlah 30 tikus wistar jantan dari berbagai usia (12, 18, dan 24 minggu) masing-masing terdiri dari kelompok spirulina dan kontrol, sehingga total 6 kelompok. Kadar GSH diuji dengan metode Elman. Analisis data dilakukan dengan uji ANOVA. Hasil Data menunjukkan kadar GSH pada ginjal tikus berusia 12 dan 18 minggu yang diberi ekstrak etanol spirulina lebih tinggi daripada kelompok kontrol. Tikus kontrol berusia 24 minggu memiliki kadar GSH yang jauh lebih tinggi daripada yang berusia 12 dan 18 minggu. Tidak terdapat perbedaan bermakna di antara usia yang berbeda pada kelompok tikus yang diberi ekstrak etanol spirulina. Kesimpulan Pengaruh pemberian ekstrak etanol Spirulina platensis terhadap penundaan penuaan organ ginjal tampak lebih dominan khususnya di usia muda. ......Introduction One of the causes of aging is the presence of free radicals which play a role in oxidative stress. Glutathione (GSH) plays a role in the body's defense mechanism against oxidative damage by removing free radicals through donating electrons. Spirulina sp. is a natural antioxidant that can increase glutathione levels. This study focused on determining the effect of administration of Spirulina plantesis ethanol extract on rat kidney glutathione levels. Method This study uses an experimental research design. The sample consisted of 30 male wistar rats of various ages (12, 18, and 24 weeks), with each consisting of spirulina and control groups, though the total was 6 groups. GSH levels were tested using the Elman method. Data analysis was performed by ANOVA test. Results Data showed that GSH levels in the kidneys of rats aged 12 and 18 weeks which were given spirulina ethanol extract were higher than the control group. Control mice aged 24 weeks had significantly higher levels of GSH than those aged 12 and 18 weeks. There were no significant differences between different ages in the group of mice given spirulina ethanol extract. Conclusion The effect of Spirulina platensis ethanol extract to delay the aging of the kidney organs was dominant especially at a young age.

Abstrak :
Pigmentasi merupakan proses fisiologis yang ditandai dengan perubahan warna kulit yang terjadi secara kompleks dan dapat dipengaruhi oleh profil genetik. Hingga saat ini, belum terdapat penelitian serta publikasi yang membahas bagaimana profil genetik dapat mempengaruhi karakteristik pigmentasi di Indonesia. Analisis Genome-Wide Association Study (GWAS) pada penelitian ini dilakukan terhadap 94 subjek wanita pada populasi di Jakarta. Penelitian meliputi pengambilan dan pengolahan data, uji asosiasi, dan analisis pengayaan menggunakan berbagai basis data. Uji asosiasi menunjukkan terdapat dua SNP yang memiliki asosiasi terhadap indeks melanin dengan nilai P <1x10-5 yaitu rs10031234 (nilai P: 3,229x10-6) dan rs11548325 (nilai P: 7,808x10-6). Analisis pengayaan menunjukkan SNP rs10031234 terletak pada region gen SORCS2, sementara SNP rs11548325 terletak pada region gen PSAPL1. Gen SORCS2 terekspresi pada jaringan kulit khususnya pada sel yang berkaitan dengan akar rambut dan fibroblast. Variasi rs11548325 terjadi pada domain SapA diketahui berkaitan dengan metabolisme sphingolipid. Analisis pengayaan fungsi menunjukkan kaitan gen-gen yang terasosiasi dengan proses keratinisasi. Namun demikian, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut menggunakan sampel yang lebih besar agar dapat diperoleh nilai signifikansi yang lebih bermakna serta analisis korelasi antar kedua SNP rs10031234 dan rs11548325 dengan fungsi molekuler. ......Skin pigmentation is a physiological process characterized by changes in the color of the skin and can be influenced by genetic profiles. To date, there have been no studies and publications that discuss how genetic profiles can affect skin pigmentation in Indonesia. Genome-Wide Association Study (GWAS) was conducted on 94 female subjects who live in Jakarta. The research procedure includes data collection and processing, association testing, and enrichment analysis using various databases. The association test showed that there were two SNPs associated with the melanin index with a P value <1x10-5, which are rs10031234 (P value: 3.229x10-6) and rs11548325 (P value: 7.808x10-6). Enrichment analysis showed that SNP rs10031234 was located in the SORCS2 gene region, while SNP rs11548325 was located in the PSAPL1 and SORCS2 gene regions. SORCS2 gene is expressed in skin tissue, especially in cells associated with hair roots and fibroblasts. The rs11548325 variation located in the SapA domain which is known to be related to glycosphingolipid metabolism. Functional enrichment analysis showed the association of genes associated with the keratinization process. However, it is necessary to carry out further research using a larger sample to obtain a higher significance value, and also conducting correlation analysis between SNP rs10031234 and rs11548325 with molecular.

Abstrak :
Kanker payudara masih menjadi jenis kanker yang paling umum terjadi di dunia. Kanker payudara merupakan penyakit kompleks yang disebabkan oleh berbagai faktor. Pemeriksaan histopatologi dapat memberikan informasi penting mengenai fenotipe, yaitu karakteristik fisik atau morfologi dari jaringan yang diperiksa. Pemeriksaan genotipe juga dapat dilakukan untuk mengidentifikasi varian gen pada mutasi gen tertentu, yang dapat memberikan informasi tentang faktor risiko genetik seseorang terhadap penyakit tertentu dan respons terhadap terapi target yang ditujukan pada mutasi gen tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi mutasi gen penetrasi non-BRCA dan hubungan antara genotipe-fenotipe pada pasien kanker payudara. Pada penelitian ini, pemeriksaan genotipe dilakukan menggunakan metode targeted sequencing. Pada penelitian ini ditemukan sebanyak 18 gen kerentanan dengan varian pathogenic dan likely-pathogenic (P/LP). Kelompok varian gen dibandingkan dengan fenotipe pasien yaitu diantaranya adalah usia, riwayat kanker payudara pada keluarga, status metastasis, subtipe molekuler, dan grade. Kesimpulannya, ditemukan mutasi gen penetrasi non-BRCA diantaranya SMAD4 H427Lfs*9, ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, dan MET K842Sfs*7, mutasi gen penetrasi SMAD4 H427Lfs*9 berhubungan dengan subtipe molekuler luminal B, mutasi gen penetrasi ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, dan MET K842Sfs*7 berhubungan dengan subtipe molekuler TNBC. Pada penelitian ini juga dilakukan homology modelling protein PTEN mutan terhadap protein PTEN wild type dan kaitannya dengan respons terapi target GSK2636771 dan AZD8186. ......Breast cancer is still the most common type of cancer in the world. Breast cancer is a complex disease caused by various factors. Histopathological examination can provide important information regarding the phenotype, namely the physical or morphological characteristics of the tissue being examined. Genotyping tests can also be performed to identify gene variants in certain gene mutations, which can provide information about a person's risk of genetic factors for certain diseases and response to targeted therapy aimed at certain gene mutations. This study aims to identify non-BRCA penetrance gene mutations and the relationship between genotypes in breast cancer patients. In this study, genotype examination was carried out using the targeted sequencing method. In this study, 18 susceptibility genes with pathogenic and likely-pathogenic (P/LP) variants were found. Gene variant groups were compared with the patient's phenotype, including age, family history of breast cancer, metastatic status, molecular subtype, and grade. In conclusion, non-BRCA penetrance gene mutations were found, including SMAD4 H427Lfs*9, ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, and MET K842Sfs*7. SMAD4 H427Lfs*9 penetrance gene mutation is associated with luminal molecular subtype B, ATM H1951Pfs penetrance gene mutation *39, PTEN Q219Rfs*2, and MET K842Sfs*7 are associated with TNBC molecular subtypes. In this study, homology modeling was also performed on wild type PTEN protein with mutant PTEN protein and its relation to the response to targeted therapy of GSK2636771 and AZD8186.

Abstrak :
Asam galat dan turunannya mendapatkan perhatian khusus karena berpotensi sebagai antikanker penyakit kanker payudara. Studi pendahuluan berhasil membuktikan bahwa senyawa asam galat, N-Oktil galamida, N-Ters-Butil galamida dan N-Isoamil galamida berpotensi sebagai agen pro-apoptosis pada sel MCF7 kanker payudara. Analisis model data profil ekspresi gen sebagai respon pro-apoptosis sel kanker terhadap pemberian asam galat (GSE158788) menghasilkan sejumlah Differentially Expressed Genes (DEG) selama proses kematian sel. Hasil analisis jaringan interaksi protein – protein, pengayaan Gene Ontology (GO) dan keterkaitannya dengan jalur pensinyalan apoptosis-kanker payudara berdasarkan database Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), berhasil menyeleksi peran signifikan tertinggi dimiliki oleh gen JUN, FOS, dan MAP2K6 pada jalur pensinyalan MAPK. Uji in silico berupa simulasi molekuler dilakukan untuk mengevaluasi interaksi pengikatan antara senyawa uji sebagai inhibitor protein regulator ketiga gen, yaitu protein hulu JNK, AKT1, dan DVL. Hasil memprediksi bahwa ikatan dan kestabilan kompleks terbaik terjadi antara senyawa N-Oktil Galamida dengan protein JNK dan DVL, serta N-Ters-Butil Galamida dengan protein AKT1. Konfirmasi ekspresi gen JUN, FOS, serta produk regulasi ekspresi oleh MAP2K6, yaitu p53 serta p38, pada sel MCF7 dilakukan menggunakan metode quantitative real-time PCR. Ekspresi gen JUN dan FOS relatif mengalami peningkatan dan p38 relatif mengalami penurunan pada konsentrasi IC50. ......Gallic acid and its derivatives receive special attention because they can act as anti-breat cancer agents. Preliminary studies have succeeded in proving that the compounds of gallic acid, N-Octyl gallamide, N-Ters-Butyl gallamide and N-Isoamyl gallamide have the potential to act as pro-apoptotic agents in breast cancer MCF7 cells. Model analysis of gene expression profile data as a pro-apoptotic response of cancer cells against administration of gallic acid (GSE158788) produced a number of Differentially Expressed Genes (DEG) during the cell death process. Protein-protein interaction network analysis, Gene Ontology (GO) enrichment and its relationship to the apoptosis-breast cancer signalling pathway based on the Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes (KEGG) database, have succeeded in selecting of the JUN, FOS, and MAP2K6 genes that showed the highest significant role on the MAPK. on the MAPK signalling pathway. Molecular simulations were carried out to evaluate the binding interactions between the test compounds as inhibitors of the regulatory proteins of the three genes, namely the upstream proteins of JNK, AKT1, and DVL. The results predict that the best binding interaction and stability of the complex occurs between the N-Octyl Gallamide compound with the JNK and DVL proteins, and N-Ters-Butyl Gallamide with the AKT1 protein. Confirmation of the expression of the JUN, FOS genes, as well as the expression regulation products by MAP2K6, namely p53 and p38, in MCF7 cells was carried out using the quantitative real-time PCR method. The expression of the JUN and FOS relatively increased and p38 gene relatively decreased when treated in IC50 concentration.