Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Indonesia merupakan negara kepulauan yang memiliki banyak kekayaan dari bahan alam laut. Flora dan fauna laut terbukti menghasilkan senyawa kimia yang dapat menghasilkan senyawa bioaktif. Akan tetapi, hingga saat ini penelitian senyawa kimia bahan laut untuk menjadi kandidat obat masih minim sekali. Hal ini disebabkan belum tersedianya pangkalan data senyawa kimia bahan laut yang lengkap dan gratis untuk dilakukan penelitian in silico. Penelitian ini bertujuan membuat pangkalan data senyawa kimia bahan laut yang lengkap dan gratis agar pangkalan data dapat membantu penelitian in silico untuk pengembangan obat baru dari bahan laut. Penelitian ini diawali dengan mengumpulkan data-data senyawa kimia bahan laut yang pernah dilakukan Fakultas Farmasi Universitas Indonesia. Kemudian dilakukan optimasi dan validasi struktur menggunakan metode MMFF94 dan AM1-BCC, pengumpulan parameter fisikokimia dan informasi ADME/T serta sumber referensinya. Setelah data-data ini berhasil dikumpulkan, dibuatkanlah basis data menggunakan bahasa pemrograman PHP/MySQL yang dapat diakses menggunakan website. Pangkalan data senyawa kimia bahan laut ini dapat diakses secara gratis melalui laman sementara  https://marine-db.vercel.app/ dan akan dipindah ke marinedb.herbaldb.info diharapkan dapat memperbanyak penelitian obat dari senyawa kimia bahan laut dilakukan.

---

Indonesia is a country that consists of many island which has a lot of wealth from natural marine materials. Marine flora and fauna have been proven to produce chemical compounds that can produce bioactive compounds. However, until now research on chemical compounds from marine materials to become drug candidates is still minimal. This is due to the unavailability of a complete and free database of marine chemical compounds for in silico research. This research aims to create a complete and free database of marine chemical compounds so that the database can assist in silico research for the development of new drugs from marine ingredients. This research began by collecting data on chemical compounds from marine materials which had been carried out by the Faculty of Pharmacy, University of Indonesia. Then optimization and validation of the structure were carried out using the MMFF94 and AM1-BCC methods, collecting physicochemical parameters and ADME/T information as well as reference sources. After this data has been collected, a database is created using the PHP/MySQL programming language which can be accessed using the website. The marine compound database temporarily accessible at https://marine-db.vercel.app/and will be migrated to marinedb.herbaldb.info is expected to improve drug discovery and development from marine bioactive compounds.

 

"

"Lebih dari 20 tahun, Indonesia telah menjadi target penelitian dari senyawa bioaktif laut. Hingga saat ini, lebih dari 100 senyawa telah diisolasi dari organisme laut Indonesia seperti spons, soft coral, ascidians, alga, dan dilaporkan pada lebih dari 70 publikasi. Alkaloid, terpenoid, steroid, dan jenis senyawa bioaktif baru lainnya yang dilaporkan paling banyak berasal dari spons dan soft coral Indonesia. Di antara invertebrata laut lainnya, spons merupakan sumber terkaya bahan aktif produk farmasetika. Hal ini dikarenakan spons merupakan pembawa berbagai mikroorganisme melalui pori-pori tubuhnya sehingga ketika terjadi interaksi antara inang dan mikroorganisme simbiotiknya akan menghasilkan berbagai senyawa kimia di dalam spons. Namun, saat ini belum terdapat basis data struktur tiga dimensi senyawa kimia sebagai sumber lead compound dari organisme laut di Indonesia terutama spons yang dibutuhkan dalam pengembangan obat baru secara in silico, padahal spons mempunyai potensi yang besar dalam pengembangan obat baru di Indonesia yang terlihat dari peningkatan jumlah publikasi tentang penemuan-penemuan senyawa bioaktif spons dari tahun ke tahun.. Berdasarkan hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk memperoleh suatu basis data struktur tiga dimensi senyawa kimia dari spons di Indonesia dan memberikan rekomendasi perangkat lunak yang lebih unggul untuk pembuatan basis data tersebut. Pada penelitian ini, basis data dibuat menggunakan tiga perangkat lunak yaitu MarvinSketch, OpenBabel, dan VegaZZ, serta PyMOL untuk visualisasi struktur. Basis data terdiri dari 212 senyawa kimia dari 53 spesies spons Indonesia serta 1043 SDF, 1258 MOL, dan 2930 PDB format file struktur tiga dimensi. Struktur tiga dimensi senyawa kimia yang valid dan sesuai dengan referensi sebanyak 914 file format SDF, 916 format MOL, dan 72 format PDB. Berdasarkan visualisasi dari struktur tiga dimensi senyawa tersebut, peranti lunak yang relatif unggul untuk digunakan dalam pembuatan basis data adalah MarvinSketch dengan format file SDF atau MOL karena struktur tiga dimensi senyawa yang dihasilkan sesuai dengan literatur dan lebih sedikit terjadi kerusakan.

---

More than 20 years, Indonesia had become a target for the research of marine bioactive compounds. In recent years, more than 100 marine bioactive compounds had been isolated from Indonesia marine organisms and reported in more than 70 publications. Alkaloids, terpenoids, steroids, and other types of new bioactive compounds were reported to be mostly derived from Indonesian sponges and soft corals. Among other marine invertebrates, sponges were the richest source of the bioactive compound of pharmaceutical products. Sponges were the feeder filter organisms that carrier of various microorganisms through the pores of their body caused the interaction between the host and the symbiotic microorganisms produced various chemical compounds. However, currently there was not the three dimensional chemical structure database as a the lead compound resources from marine organisms in Indonesia, especially sponges, needed in the drug discovery by in silico methods, whereas sponges had great potential in the development of new drugs in Indonesia as seen from the increase in the number of publication of the new bioactive compounds isolated from sponges. Therefore, the purpose of this study was to obtain a three dimensional structure database and give the recommendation of preferred software for generating the three dimensional structure of chemical compounds of Indonesian sponges database. In this study, the database was established by using three software which are MarvinSketch, Open Babel, and Vega ZZ, also PyMOL for structure visualization. The database gave us a result of 212 chemical compounds from 53 Indonesian sponges species and 1043 SDF, 1258 MOL, and 2930 PDB format files of the three dimensional structure. The valid and correct three dimensional structure of chemical compound were 914 SDF format files, 916 format MOL files, and 72 PDB format files. From the three dimensional structures visualization, the database prefers established by using MarvinSketch with SDF or MOL format files since the results appropriated to literature and less of error."

"ABSTRAKObesitas dan diabetes melitus tipe 2 merupakan penyakit yang banyak diderita oleh masyarakat saat ini. Dalam beberapa tahun belakangan, perkembangan senyawa antiobesitas dan antidiabetes tipe 2 diarahkan pada pengobatan dengan menginhibisi PTP1B. Hal ini dikarenakan PTP1B mendefosforilasi residu tirosin pada reseptor insulin dan substrat reseptor insulin yang dapat menyebabkan diabetes melitus tipe 2. Selain itu PTP1B juga mendefosforilasi janus kinase 2 pada jalur persinyalan leptin di hipotalamus yang dapat menyebabkan obesitas. Eksplorasi senyawa bioaktif dari bahan alam laut telah mendapat perhatian khusus akhir-akhir ini sebagai alternatif pengobatan. Pada penelitian ini dilakukan pembuatan pangkalan data senyawa bioaktif dari bahan alam laut, secara spesifik dari filum Echinodermata, fungi laut, dan rumput laut, serta penapisan secara in silico untuk memperoleh senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PTP1B menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan 9 senyawa aktif sebagai inhibitor PTP1B yang memiliki permeabilitas baik, yaitu FU0016, FU0050, FU0094, FU0156, FU0183, FU0184, FU0193, FU0194, dan FU0226. Empat senyawa diantaranya dapat menembus sawar darah otak, yaitu FU0156, FU0183, FU0194, dan FU0226. Senyawa tersebut berasal dari fungi laut genus Neosartortya, Aspergillus dan Penicillium. Selanjutnya diharapkan dapat dilakukan pembaharuan berkala pangkalan data dan eksplorasi lebih lanjut terhadap senyawa bioaktif dari bahan alam laut., serta pengujian lebih terhadap senyawa inhibitor PTP1B yang direkomendasikan.

---

ABSTRACTObesity and type 2 diabetes mellitus are diseases which have a big number of prevalence nowadays. In the past few years, drug development for anti obesity and anti type 2 diabetes has been conducted to PTP1B inhibitors. It is because PTP1B dephosphorylates tyrosine residues in insulin receptor and insulin receptor substrate which cause type 2 diabetes mellitus. Besides, PTP1B also dephosphorylates janus kinase 2 in leptin signalling pathway which causes obesity. The exploration of bioactive compounds from marine materials as medication alternative has become a major concern lately. This study created a marine bioactive database, specifically from Echinodermata phylum, marine fungi, and alga, and conducted an in silico screening to obtain potential bioactive compounds as PTP1B inhibitor by using AutoDock and AutoDock Vina. Based on the screening results, nine compounds have been identified as inhibitor PTP1B which have good permeability, they are FU0016, FU0050, FU0094, FU0156, FU0183, FU0184, FU0193, FU0194, and FU0226. Four from them can also pass through blood brain barrier, which are FU0156, FU0183, FU0194, and FU0226. Those compounds are from genus Neosartortya, Aspergillus dan Penicillium. Therefore, periodically update of the marine database and further exploration about marine bioactive compound should be conducted, also further research towards the recommended inhibitor PTP1B compounds."

"Metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia diketahui memiliki aktivitas antivirus yang baik. SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebar luas menyebabkan pandemi sehingga menyebabkan kebutuhan mendesak untuk pencarian obat efektivitas tinggi dengan efek samping yang lebih sedikit daripada antivirus yang tersedia saat ini. Penelitian dilakukan untuk mencari kandidat senyawa melawan SARS-CoV-2 dengan menggunakan pendekatan komputasi. Sebanyak 137 senyawa disaring menggunakan AutodockVina. Sifat fisikokimia dan profil farmakokinetik yaitu Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, dan Toksisitas (ADMET) diprediksi menggunakan ADMETLab. Penambatan molekul dilakukan pada dua protease SARS-CoV-2 yaitu 3CLpro dan PLpro menggunakan AutoDockTools. Hasil penambatan molekul, kandidat senyawa Pre-neo-kaluamine dari spesies Acanthostrongylophora ingens memiliki potensi menghambat 3CLpro, dengan nilai energi ikatan sebesar -10,35 kkal/mol. Cortistatin F dari spesies Corticium complex memiliki nilai energi ikatan sebesar -10,62 kkal/mol terhadap PLpro. Acanthomanzamine C dari spesies Acanthostrongylophora ingens dapat melakukan penargetan ganda pada kedua protease 3CLpro dan PLpro, dengan nilai energi ikatan berkisar dari -10 kkal/mol hingga -14 kkal/mol. Semua senyawa kandidat menunjukkan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan ligan referensi dari masing masing protease yaitu nirmatrelvir dan 3k. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan AMBER 22 dan memberikan hasil yang sejalan dengan penambatan molekul yaitu menunjukkan stabilitas ikatan yang baik antara ligan uji dan protease.

---

The secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates are known to have good antiviral activity. SARS-CoV-2, a widespread virus causing a pandemic, necessitates an urgent search for high-effectiveness drugs with fewer side effects than currently available antivirals. This research utilized a computational approach to identify candidate compounds against SARS-CoV-2. AutodockVina filtered 137 compounds, while ADMETLab predicted their physicochemical properties and pharmacokinetic profiles (ADMET). Subsequently, AutoDockTools performed molecular docking on the SARS-CoV-2 proteases, 3CLpro and PLpro. The results showed that Pre-neo-kaluamine from Acanthostrongylophora ingens has the potential to inhibit 3CLpro with a bond energy of -10.35 kcal/mol, and Cortistatin F from Corticium complex has a binding energy of -10.62 kcal/mol to PLpro. Acanthomanzamine C from Acanthostrongylophora ingens can double target both proteases with binding energy ranging from -10 kcal/mol to -14 kcal/mol. All candidate compounds exhibited higher affinity than the reference ligands (nirmatrelvir and 3k). Molecular dynamics simulations using AMBER 22 supported the docking results and confirmed good bond stability between the test ligands and the proteases."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"Lautan merupakan sumber produk alami yang unik secara struktural yang sebagian besar terakumulasi dalam organisme hidup dimana mereka menunjukkan aktivitas farmakologis yang beragam dan sangat membantu untuk penemuan senyawa bioaktif. Namun studi mengungkapkan bahwa sumber daya alam laut ini belum sepenuhnya dieksplorasi. Penelitian ini bertujuan untuk menyusun data senyawa kimia sebagai dasar pembuatan pangkalan data bahan alam laut. Informasi tentang sifat fisikokimia, farmakokinetika, dan aktivitas biologis dari senyawa-senyawa tersebut akan dikumpulkan dan disusun secara sistematis dalam pangkalan data yang dapat diakses oleh peneliti, ilmuwan, dan pihak terkait lainnya. Parameter sifat  fisikokimia diprediksi menggunakan aplikasi KNIME, parameter ADMET (absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas) diprediksi menggunakan ADMETlab 2.0, dan informasi aktivitas biologis diperoleh dengan menggunakan metode pengumpulan data dari sumber-sumber yang terpercaya, seperti jurnal ilmiah. Tinjauan ini merangkum keragaman senyawa-senyawa bioaktif yang diisolasi alga, echinodermata, fungi laut, spons, karang lunak, dan tunikata dengan keragaman struktural yang didominasi oleh senyawa alkaloid, terpenoid, dan fenolik serta merangkum fungsi biologis dari senyawa bioaktif diantaranya sebagai antikanker, antidiabetes, antibakteri, antijamur, antivirus. Harapannya dapat menjadi  sebagai sumber informasi berharga bagi penelitian lanjutan, memberikan pemahaman yang lebih baik tentang potensi dan aplikasi bahan alam laut serta peluang dalam pengembangan obat.

---

The ocean is a source of structurally unique natural products most of which accumulate in living organisms where they exhibit diverse pharmacological activities and are helpful for the discovery of bioactive compounds. However, studies revealed that these marine natural resources have not been fully explored. This study aimed to compile data on chemical compounds as a basis for creating a database of marine natural materials. Information on the physicochemical properties, pharmacokinetics and biological activities of these compounds will be collected and arranged systematically in a database that can be accessed by researchers, scientists and other related parties. Physicochemical property parameters were predicted using the KNIME application, ADMET parameters (absorption, distribution, metabolism, excretion, toxicity) were predicted using ADMETlab 2.0, and biological activity information was obtained using data collection methods from reliable sources, such as scientific journals. This review summarized the diversity of bioactive compounds isolated from algae, echinoderms, marine fungi, sponges, soft corals, and tunicates with structural diversity dominated by alkaloids, terpenoids, and phenolic compounds and summarized the biological activities of bioactive compounds including as anticancer, antidiabetic, antibacterial, antifungal, antiviral. This research is expected to be a valuable source for further research, providing a better understanding of the potential and application of marine natural ingredients as well as opportunities in drug development."

"Teripang merupakan salah satu biota laut yang banyak ditemukan di perairan Indonesia. Meskipun demikian, penelitian tentang zat bioaktif teripang dari perairan Indonesia masih terbatas. Tujuan dari penelitian adalah untuk menganalisis jenis-jenis teripang yang memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri penyebab jerawat dan menangkal radikal bebas (antioksidan), serta komponen senyawa kimia yang terkandung dalam ekstrak dan fraksi teripang yang berperan sebagai antibakteri dan antioksidan. Semua jenis teripang yang digunakan dalam penelitian ini dikumpulkan dari perairan Lampung, Indonesia. Metode ekstraksi yang digunakan adalah metode maserasi menggunakan pelarut metanol. Uji aktivitas antibakteri menggunakan metode difusi agar dan uji aktivitas antioksidan menggunakan metode ABTS. Identifikasi senyawa dalam ekstrak dan fraksi teripang menggunakan GC-MS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hanya fraksi n-heksan Stichopus quadrifasciatus dan ekstrak metanol Holothuria lessoni yang menunjukkan aktivitas antibakteri terhadap Propionibacterium acnes. Ekstrak metanol H. lessoni dan fraksi etil asetat H. leucospilota terhadap Staphylococcus aureus; Sedangkan fraksi n-heksan S. quadrifasciatus, ekstrak metanol H. lessoni dan Bohadschia marmorata terhadap S. epidermidis. Tingkat aktivitas antioksidan tertinggi ditunjukkan oleh fraksi butanol H. lessoni dengan nilai IC50 109,7408 μg/mL, diikuti oleh ekstrak metanol H. leucospilota (155,0729 μg/mL), faksi n-heksan S. quadrifasciatus (157,9000 μg/mL), ekstrak metanol H. lessoni (163,8317 μg/mL) dan fraksi etil asetat H. leucospilota (181,8804 μg/mL). Analisis GC-MS menunjukkan bahwa senyawa utama yang diidentifikasi dalam sampel uji terdiri dari siklononasiloksan, oktadekametil-, sikloheksasiloksan, dodekametil-, dan siklooktasiloksan, heksadekametil-. Dapat disimpulkan bahwa teripang H. lessoni merupakan salah satu jenis teripang yang memiliki potensi sebagai sumber antibakteri dan antioksidan alami di masa depan.

---

Sea cucumbers are one of the many marine biotas found in Indonesian waters. Nevertheless, research on the bioactive substances of sea cucumbers from Indonesian waters is still limited. The purpose of this study was to analyze the types of sea cucumbers that have antibacterial activity against acne-causing bacteria and free radicals scavengers (antioxidants), as well as the components of chemical compounds contained in the extracts and fractions of sea cucumbers that have antibacterial and antioxidant activity. All types of sea cucumbers used in this study were collected from Lampung waters, Indonesia. The maceration method was used for extraction with methanol as the solvent. The agar diffusion method was used to test antibacterial activity, and the ABTS method was used to test antioxidant activity. GC-MS was used for identification of compounds in the extract and fractions of sea cucumbers. The results showed that only the n-hexane fraction of Stichopus quadrifasciatus and the methanol extract of Holothuria lessoni showed antibacterial activity against Propionibacterium acnes. The methanol extract of H. lessoni and the ethyl acetate fraction of H. leucospilota were effective against Staphylococcus aureus, while the n-hexane fraction of S. quadrifasciatus, methanol extract of H. lessoni, and Bohadschia marmorata was effective against S. epidermidis. The highest level of antioxidant activity was shown by the butanol fraction of H. lessoni with an IC50 value of 109.7408 μg/mL, followed by the methanol extract of H. leucospilota (155.0729 μg/mL), the n-hexane faction of S. quadrifasciatus (157.9000 μg/mL), the methanol extract of H. lessoni (163.8317 μg/mL) and the ethyl acetate fraction of H. leucospilota (181.8804 μg/mL). GC-MS analysis showed that the main compounds identified in the test samples consisted of cyclononacyloxane, octadecamethyl-, cyclohexasiloxane, dodecamethyl-, and cyclooctasiloxane, hexadecamethyl-. It can be concluded that the sea cucumber H. lessoni is one type of sea cucumber that has potential as a source of natural antibacterials and antioxidants in the future."

"Teripang merupakan salah satu biota laut yang banyak ditemukan di perairan Indonesia. Meskipun demikian, penelitian tentang zat bioaktif teripang dari perairan Indonesia masih terbatas. Tujuan dari penelitian adalah untuk menganalisis jenis-jenis teripang yang memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri penyebab jerawat dan menangkal radikal bebas (antioksidan), serta komponen senyawa kimia yang terkandung dalam ekstrak dan fraksi teripang yang berperan sebagai antibakteri dan antioksidan. Semua jenis teripang yang digunakan dalam penelitian ini dikumpulkan dari perairan Lampung, Indonesia. Metode ekstraksi yang digunakan adalah metode maserasi menggunakan pelarut metanol. Uji aktivitas antibakteri menggunakan metode difusi agar dan uji aktivitas antioksidan menggunakan metode ABTS. Identifikasi senyawa dalam ekstrak dan fraksi teripang menggunakan GC-MS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hanya fraksi n-heksan Stichopus quadrifasciatus dan ekstrak metanol Holothuria lessoni yang menunjukkan aktivitas antibakteri terhadap Propionibacterium acnes. Ekstrak metanol H. lessoni dan fraksi etil asetat H. leucospilota terhadap Staphylococcus aureus; Sedangkan fraksi n-heksan S. quadrifasciatus, ekstrak metanol H. lessoni dan Bohadschia marmorata terhadap S. epidermidis. Tingkat aktivitas antioksidan tertinggi ditunjukkan oleh fraksi butanol H. lessoni dengan nilai IC50 109,7408 µg/mL, diikuti oleh ekstrak metanol H. leucospilota (155,0729 µg/mL), faksi n-heksan S. quadrifasciatus (157,9000 µg/mL), ekstrak metanol H. lessoni (163,8317 µg/mL) dan fraksi etil asetat H. leucospilota (181,8804 µg/mL). Analisis GC-MS menunjukkan bahwa senyawa utama yang diidentifikasi dalam sampel uji terdiri dari siklononasiloksan, oktadekametil-, sikloheksasiloksan, dodekametil-, dan siklooktasiloksan, heksadekametil-. Dapat disimpulkan bahwa teripang H. lessoni merupakan salah satu jenis teripang yang memiliki potensi sebagai sumber antibakteri dan antioksidan alami di masa depan.

---

Sea cucumbers are one of the many marine biotas found in Indonesian waters. Nevertheless, research on the bioactive substances of sea cucumbers from Indonesian waters is still limited. The purpose of this study was to analyze the types of sea cucumbers that have antibacterial activity against acne-causing bacteria and free radicals scavengers (antioxidants), as well as the components of chemical compounds contained in the extracts and fractions of sea cucumbers that have antibacterial and antioxidant activity. All types of sea cucumbers used in this study were collected from Lampung waters, Indonesia. The maceration method was used for extraction with methanol as the solvent. The agar diffusion method was used to test antibacterial activity, and the ABTS method was used to test antioxidant activity. GC-MS was used for identification of compounds in the extract and fractions of sea cucumbers. The results showed that only the n-hexane fraction of Stichopus quadrifasciatus and the methanol extract of Holothuria lessoni showed antibacterial activity against Propionibacterium acnes. The methanol extract of H. lessoni and the ethyl acetate fraction of H. leucospilota were effective against Staphylococcus aureus, while the n-hexane fraction of S. quadrifasciatus, methanol extract of H. lessoni, and Bohadschia marmorata was effective against S. epidermidis. The highest level of antioxidant activity was shown by the butanol fraction of H. lessoni with an IC50 value of 109.7408 µg/mL, followed by the methanol extract of H. leucospilota (155.0729 µg/mL), the n-hexane faction of S. quadrifasciatus (157.9000 µg/mL), the methanol extract of H. lessoni (163.8317 µg/mL) and the ethyl acetate fraction of H. leucospilota (181.8804 µg/mL). GC-MS analysis showed that the main compounds identified in the test samples consisted of cyclononacyloxane, octadecamethyl-, cyclohexasiloxane, dodecamethyl-, and cyclooctasiloxane, hexadecamethyl-. It can be concluded that the sea cucumber H. lessoni is one type of sea cucumber that has potential as a source of natural antibacterials and antioxidants in the future."

"Sekitar 70% dari permukaan bumi ditutupi oleh lautan yang menyimpan sumber daya hayati yang berpotensi menjadi obat. Oleh karena itu, pengembangan obat dari bahan laut menjadi fokus penelitian di saat ini. Akan tetapi, pengembangan obat dari bahan alam laut harus menghadapi tantangan mulai dari biaya tinggi, kompleksitas molekul, keterbatasan sumber daya, dan permasalahan lingkungan. Untuk mengatasi masalah ini, penelitian in silico digunakan sebagai pendekatan komputasi untuk mengidentifikasi potensi senyawa obat dari bahan alam laut. Dalam penelitian in silico, diperlukan basis data senyawa kimia dengan struktur tiga dimensi yang valid untuk meningkatkan akurasi penelitian in silico. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan pengumpulan data bahan alam laut dengan 770 senyawa tetapi data tersebut belum dihimpun menjadi suatu basis data. Data tersebut juga tidak memuat struktur tiga dimensi bahan alam laut tersebut. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk membuat, mengoptimasi, dan melakukan validasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan metode AM1-BCC serta membuat suatu basis data senyawa kimia dari bahan alam laut. Validasi dilakukan terhadap 769 struktur tiga dimensi senyawa dari bahan alam laut menggunakan perangkat lunak PyMOL. Berdasarkan hasil validasi, struktur tiga dimensi senyawa dengan format mol2 memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan visualisasi terbaik dan paling sesuai. Pada penelitian ini, telah diperoleh basis data senyawa kimia dari bahan alam laut dengan komponen 770 SMILES, 770 struktur dua dimensi dalam format file png dan sdf, 769 struktur tiga dimensi dalam format mol2, pdb, dan pdbqt.

---

Approximately 70% of the Earth's surface is covered by oceans, which harbor valuable biological resources that have the potential to become medicines. Therefore, the development of drugs from marine sources has become a focus of research at present. However, the development of drugs from marine natural compounds faces challenges such as high costs, molecular complexity, limited resources, and environmental issues. To address these problems, in silico research has been used as a computational approach to identify potential drug compounds from marine natural sources. In in silico research, a database of chemical compounds with valid three-dimensional structures is required to improve the accuracy of the research. In previous studies, data collection of marine natural compounds with 770 compounds has been conducted, but this data has not been compiled into a database. Moreover, the data does not include the three-dimensional structures of the marine natural compounds. Therefore, this study aims to create, optimize, and validate the three-dimensional structures of marine natural compounds using the AM1-BCC method, as well as to establish a database of chemical compounds from marine natural sources. Validation was performed on 769 three-dimensional structures of compounds from marine natural sources using the PyMOL software. Based on the validation results, the three-dimensional structures in mol2 format provided the best and most suitable visualization. In this study, a database of chemical compounds from marine natural sources was obtained, consisting of 770 SMILES components, 770 two-dimensional structures in png and sdf file formats, and 769 three-dimensional structures in mol2, pdb, and pdbqt formats."

"Ekosistem laut menawarkan sumber daya ekologis yang berlimpah dan memberikan peluang besar dalam penemuan metabolit sekunder baru yang memiliki manfaat ilmiah dan kesehatan. Namun, pengembangan obat dari organisme laut sering menghadapi kendala sulitnya mendapatkan bahan komplementer yang cukup, waktu yang lama, biaya yang mahal, dan eksploitasi berlebihan terhadap sumber daya laut. Pendekatan komputasi (in silico) digunakan untuk mengatasi masalah tersebut dan telah menjadi alternatif yang lebih mudah diakses, lebih murah, dan lebih cepat daripada pendekatan konvensional. Pada pendekatan komputasi dibutuhkan pangkalan data dengan struktur tiga dimensi yang sesuai. Struktur tiga dimensi perlu dioptimasi dan divalidasi untuk meningkatkan validitas pangkalan data. Dalam penelitian-penelitian sebelumnya, terdapat sebanyak 770 senyawa kimia bahan alam laut yang belum dihimpun menjadi satu pangkalan data. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan force field MMFF94, memvalidasi struktur tiga dimensi tersebut dengan visualisasi struktur, serta membangun pangkalan data senyawa kimia dari bahan alam laut.  Pada penelitian ini, diperoleh masing-masing 760 struktur tiga dimensi dengan format file MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), dan Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt). Berdasarkan hasil visualisasi, struktur tiga dimensi dengan format MDL Sdfile (sdf) dan Tripos Mol2 (mol2) memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan kerusakan paling sedikit dan sesuai dengan struktur tiga dimensi referensi.

---

Marine ecosystems offer abundant ecological resources and provide great opportunities for the discovery of new secondary metabolites that have scientific and health benefits. However, the development of marine natural compounds often faces difficulties, such as obtaining sufficient complementary materials, long time needed, high costs, and over-exploitation of marine resources. The application of the computational method (in silico) resolves those problems and has become a more accessible, cheaper, and faster alternative than the conventional method. The computational method requires a database with a valid three-dimensional structure. The three-dimensional structure needs to be optimized and validated to increase the validity of the database. In previous studies, 770 marine natural chemical compounds were identified and haven’t been collected into one database. Therefore, this study aimed to optimize the three-dimensional structure of marine natural materials with the MMFF94 force field, validate the three-dimensional structure with structural visualization, and establish a database of marine natural compounds. In this study, 760 three-dimensional structures were obtained in the MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), and Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt) file format. Based on the visualization results, the three-dimensional structure with the MDL Sdfile (sdf) and Tripos Mol2 (mol2) formats gives the best results of a three-dimensional structure with the least damage and matched with the reference."