Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Tuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia. Salah satu penyebab tingginya kasus TB disebabkan adanya resistensi Mycobacterium tuberculosis (Mtb) terhadap obat anti tuberkulosis. Isoniazid (INH) yang merupakan salah satu obat lini pertama dalam pengobatan TB adalah pro-drug yang akan diubah menjadi bentuk aktifnya melalui aktivitas protein KatG Mtb. Mutasi pada gen katG yang mengkode protein KatG kemungkinan mempengaruhi aktivitas katalase dan peroksidase protein sehingga menyebabkan resistensi Mtb terhadap INH. Dalam studi ini, dilakukan kontruksi plasmid rekombinan protein KatG tipe liar dan protein KatG dengan mutasi baru pada residu N330D dan H400Y, serta mutasi yang umum dijumpai pada residu S315T dan S315N. Ekspresi protein KatG rekombinan dilakukan menggunakan host E. coli. Over ekspresi kelima protein rekombinan KatG terjadi setelah induksi IPTG. Purifikasi protein KatG rekombinan dilakukan berdasarkan prinsip kromatografi afinitas menggunakan Nikel sepharose. Setelah purifikasi diperoleh protein KatG yang murni. Aktivitas katalase dan peroksidase protein rekombinan KatG diukur pada berbagai konsentrasi substrat yang diperlukan dalam pengukuran efisiensi katalitik kedua aktivitas protein KatG. Hasilnya menunjukkan bahwa mutan protein KatG memiliki efisiensi katalitik yang lebih rendah dari protein KatG tipe liar. Penurunan efisiensi katalitik aktivitas katalase mutan N330D dan H400Y sebesar 31% dan 37% dan untuk aktifitas peroksidase sebesar 39% dan 3% dibandingkan KatG tipe liar. Struktur 3 dimensi protein KatG dari mutan tersebut dibuat menggunakan perangkat Modeller dan divisualisasikan menggunakan perangkat Pymol. Tidak terdapat adanya perubahan konformasi 3 dimensi protein KatG mutan dibandingkan dengan struktur 3 dimensi protein KatG tipe liar. Namun, letak residu N330D dan H400Y yang berada dekat daerah aktif ikatan INH pada protein KatG kemungkinan berpengaruh terhadap penurunan aktivitas enzimatik protein KatG.

---

ABSTRACT
Tuberculosis (TB) is currently a major health problem in Indonesia. One of the many causes of the high incident of TB is due to the resistance of the Mycobacterium tuberculosis (Mtb) to anti-TB drugs. Isoniazid (INH), one of the first line anti-TB drugs for TB treatment, is a pro-drug that is converted to its active form through the activity of Mtb KatG protein. Mutations in the katG gene encoding KatG may affect the catalytic efficiency of the catalase and peroxidase activities of the protein that eventually confers resistance to INH. In this study, recombinant plasmids containing katG gene that have new mutations on residue N330D dan H400Y, wild type, as well as mutant proteins with common mutations at residue S315T and S315N were constructed. Expression of recombinant KatG was performed using E. coli as an expression host. Over expression of recombinant KatG was facilitated by IPTG induction. Purification of recombinant KatG was performed using affinity chromatography employing Nickel sepharose. Pure recombinant proteins were obtained, and the catalase and peroxidase activities of the recombinant KatG protein were measured at various concentration of substrates. Result showed that mutant KatGs have a lower catalytic efficiency for both catalase and peroxidase activities than the wild type protein. Decreasing catalytic efficiency for catalase of mutants N330D and H400Y were 31% and 37% than that of wild type KatG, while catalytic efficiency for peroxidase of mutants N330D and H400Y were 39% and 3% lower than that of wild type. Three dimensional structures of mutant KatGs were generated using Modeller and visualized using PyMol softwares. The three dimensional structural of mutant KatG showed no conformational change compared with that of wild type KatG. However, the location of residues N330D and H400Y which are in the close proximity to the active site of KatG for INH binding is likely to have an effect on the decreased enzymatic activities of mutant KatG proteins.

Abstrak :
Zika virus (ZIKV) adalah flavivirus yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes yang biasanya hanya menyebabkan gejala demam ringan pada orang dewasa yang sehat, tetapi membawa risiko cacat lahir yang tinggi pada fetus jika terinfeksi selama kehamilan. ZIKV bisa bermutasi dan kemungkinan untuk menyebar ke area baru. Dengan belum adanya vaksin Zika yang disetujui, bahan alam seperti xanthone yang didapatkan dari ekstrak dari tanaman seperti manggis merupakan salah satu agen antivirus yang menjanjikan. Studi ini mengkarakterisasi infektifitas strain ZIKV Indonesia, kemudian meneliti efek antivirus alpha-mangostin (a-M), sejenis xanthone yang diekstraksi dari kulit buah manggis, terhadap ZIKV dalam tiga skenario perlakuan. Infeksi dan pertumbuhan ZIKV di galur sel secara signifikan berbeda antar sel dan dari waktu ke waktu (two-way ANOVA p < 0,01 di semua assay) dan bereplikasi dengan baik di galur sel A549 dan ginjal, tetapi tidak pada galur sel HepG2 atau sel darah putih. a-M secara efektif mengurangi titer virus dalam skenario full- dan post-treatment dengan selektivitas yang baik (SI = 6,14, 3,31, masing-masing), tetapi kurang efektif dalam mengurangi protein virus intraseluler (SI = 2,21, 1,78, masing-masing), dengan ribavirin (sebagai control) menunjukkan lebih sedikit efek, tetapi selektivitas yang lebih baik di semua skenario. Molecular docking menunjukkan a-M mengikat dengan baik ke kantung protein yang relevan pada protein replikasi ZIKV: NS1, NS3-helicase dan RdRp. Studi ini menyimpulkan bahwa ZIKV Indonesia mempunyai sifat yang mirip dengan strain lain di dunia dan a-M adalah antivirus ZIKV yang menjanjikan dengan toksisitas yang relatif rendah, dan bekerja dengan menghambat replikasi ZIKV, namun masih perlu dikonfirmasi dengan penelitian lebih lanjut. ......Zika virus (ZIKV) is a flavivirus transmitted by the bite of Aedes mosquitoes which usually causes only mild fever symptoms in healthy adults, but carries a high risk of birth defects in fetuses if infected during pregnancy. ZIKV has a history of mutations and is likely to spread to new areas. With no approved vaccine, xanthones in extracts from plants such as mangosteen represent promising antiviral agents. This study first characterized the infection patterns of the Indonesian ZIKV strain, then investigated antiviral effects of alpha-mangostin (a-M), a xanthone extracted from mangosteen pericarp, against it in three treatment scenarios. ZIKV infection progressed significantly differently between cells and over time (two-way ANOVA p < 0.01 in all assays) and replicated well in A549 and kidney cell lines, but not HepG2 or white blood cell lines. a-M effectively reduced viral titer in A549 in full and post treatment scenarios with good selectivity (SI = 6.14, 3.31, respectively), but was less effective in reducing intracellular viral protein (SI = 2.21, 1.78, respectively), with ribavirin showing less effect, but better selectivity in all scenarios. Molecular docking showed a-M binding well to pockets of interest on the ZIKV replication proteins NS1, NS3-helicase and RdRp. This study concludes that Indonesian ZIKV is similar to other strains in terms of cell line infectivity and a-M is a promising antiviral agent with relatively low toxicity, and works by inhibiting ZIKV replication, which should be confirmed with further research.

Abstrak :
ABSTRAK
Penyakit Dengue adalah penyakit infeksi akibat virus dengue yang memiliki manifestasi klinis mulai dari demam ringan hingga berat seperti demam berdarah dan sindrom renjatan dengue. Patogenesis dengue sampai saat ini belum sepenuhnya diketahui. Ada dua faktor utama yang mempengaruhi manifestasi klinis, yaitu adanya variasi serotipe virus dengue (DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan DEN-4) dan faktor pejamu, yaitu peranan imunitas yang diantaranya diperantarai oleh sel fagosit mononuklear. Pada penelitian ini kemampuan empat serotipe virus dengue untuk menginduksi respon imun dilihat dengan memaparkan ke empat serotipe virus dengue dengan sel imun yang berasal dari manusia sehat berupa makrofag yang berasal dari monosit (monocyte derived macrophages atau MDM) dan peripheral blood mononuclear cells (PBMC) dan kemudian diukur ekspresi delapan macam sitokin/kemokin. Penelitian diawali dengan isolasi PBMC dari darah vena dengan menggunakan metode sentrifugasi gradien menggunakan Ficoll. MDM dideferensiasi dari monosit menggunakan faktor pertumbuhan MCSF. MDM dan PBMC yang diperoleh kemudian dipaparkan berbagai serotipe virus dengue. Replikasi virus diukur dengan metode plaque assay dan pengukuran kadar NS1 dengan cara ELISA. Ekspresi sitokin/kemokin dianalisa menggunakan LuminexTM microbead assay. Hasil penelitian menunjukkan adanya perbedaan pola ekspresi sitokin/kemokin akibat paparan ke empat serotipe virus pada MDM, di mana DEN-1 menunjukkan kecenderungan untuk menginduksi ekspresi sitokin/kemokin lebih cepat dan lebih tinggi dibandingakan serotipe lain. Analisa statistik pada PBMC menunjukkan adanya perbedaan kinetika ekspresi yang signifikan pada sitokin IL-10 pada 24 jam pasca infeksi dan kemokin IP-10 pada 36 dan 60 jam pasca infeksi. Sebagai kesimpulan, pada penelitian ini diperlihatkan adanya perbedaan pola kinetik ekspresi sitokin/kemokin keempat serotipe virus dengue baik pada MDM dan PBMC.

---

ABSTRACT
Dengue is a disease caused by dengue virus infection, which has clinical manifestations ranging from mild fever to severe forms such as the dengue haemorrhagic fever and dengue shock syndrome. The pathogenesis of dengue infection is not fully known. There are two main factors that influence clinical manifestations. The first is the virus factor which represented by the variation of dengue virus serotypes (DEN-1, DEN-2, DEN-3, and DEN-4) and the second factor is the host factors, which mainly involved the host’s immunity mediated by immune cells such as the mononuclear phagocytic cells. In this study, the ability of the four serotypes of dengue virus to induce immune response was studied by infecting the four serotypes of dengue virus into healthy human macrophages derived from monocytes (monocyte-derived macrophages or MDM ) and peripheral blood mononuclear cells (PBMC). The expressions of eight cytokines/chemokines were measured. Isolation of PBMCs was performed using Ficoll gradient centrifugation. MDMs were differentiated from monocytes using the growth factor M-CSF. MDM and PBMCs obtained were infected with various serotypes of dengue virus. Viral replication was measured by plaque assay methods and NS1 ELISA. Expressions of cytokines/chemokines were analyzed using LuminexTM microbead assay. The results showed differences in the expression patterns of cytokines/chemokines into four serotypes of the virus in MDM, in which DEN-1 induced the expression of cytokine/chemokines faster and at higher levels compared to other serotypes. While virus infection in PBMCs showed significant differences in the kinetics of expression of cytokines IL-10 at 24 hours post-infection and the chemokine IP-10 at 36 and 60 hours post infection. In conclusion, this study observed different patterns of cytokine/chemokines expression in response to four serotypes of dengue virus both in MDM and PBMCs.