Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Dengue adalah penyakit virus akut yang disebabkan oleh virus RNA dari famili Flaviviridae dan disebarkan oleh nyamuk Aedes betina. Setiap tahunnya terjadi sekitar 50 juta kasus infeksi dengue di seluruh dunia, dengan jumlah kematian sebesar 22.000, kebanyakan pada kanak-kanak. Gejala yang muncul dapat berkisar dari demam tanpa gejala hingga komplikasi yang ditakuti seperti demam berdarah dan syok. Virus Dengue (DENV) memiliki empat serotipe yang berbeda, yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Hingga saat ini vaksin atau pengobatan yang efektif untuk menangani endemi demam berdarah dengue belum ditemukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam flavonoid sebagai inhibitor protease NS2B-NS3 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protease NS2B-NS3 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam flavonoid. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa flavonoid dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protease NS2B-NS3 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam flavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protease NS2B-NS3 DENV berdasarkan nilai Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa-senyawa dengan substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 yang memiliki nilai Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik. ......Dengue is an acute viral disease caused by an RNA virus of the Flaviviridae family and is spread by the female Aedes mosquito. Every year there are about 50 million cases of dengue infection worldwide, with a death toll of 22.000, mostly in children. Presenting symptoms can range from asymptomatic fever to dreaded complications such as scarlet fever and shock. Dengue virus (DENV) has four different serotypes, namely DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. Until now, there is no effective vaccine or treatment to treat this endemic dengue hemorrhagic fever (DHF). This research aims to identify natural compounds flavonoids as protease inhibitors NS2B-NS3 on DENV virus serotypes 1–4 using in silico methods, to analyse the interaction between NS2B-NS3 protease and the flavonoid natural compound ligands, and to explain the pharmacokinetic processes which include Absorption, Distribution , Metabolism and Excretion (ADME), as well as toxicity characteristics of natural ligand compounds. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) website and the flavonoid compound ligands from the PubChem database. Screening for drug properties of the ligands was carried out using the OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were carried out using the rigid and induced fit docking protocol using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of ADME properties and drug toxicity was performed on the DataWarrior OSIRIS software, and pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of flavonoids have the potential to inhibit the DENV NS2B-NS3 protease based on its ?Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 with low ?Gbinding values, RMSD values below 2, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate.

Abstrak :
Kanker serviks adalah salah satu jenis kanker pada wanita yang paling umum di seluruh dunia. Human papillomavirus (HPV) merupakan salah satu jenis virus yang menjadi penyebab utama kanker serviks dengan jumlah setidaknya 70% dari seluruh kasus yang ada dan didominasi oleh serotipe 16 dan 18. Protein E6 adalah sebuah protein pada HPV yang dapat menyebabkan degradasi p53 akibat proses ubiquitinisasi yang diaktifkan dari pembentukkan sebuah trimetrik kompleks protein E6, p53 dan E6AP sehingga menghasilkan sebuah sel kanker. Inhibisi protein E6 dapat dilakukan untuk pencegahan kanker serviks. Dalam penelitian ini, senyawa SSYA10- 001 yang telah terbukti secara in vitro dapat menginhibisi protein E6 dilakukan modifikasi menggunakan organoboron dengan menggunakan metode in silico. Pada tahapan molecular docking, digunakan aplikasi MOE 2014.09 untuk mendapatkan informasi mengenai interaksi antara protein-ligan. Setelah dilakukan analisis energi pengikatan dan uji farmakologi serta dibandingkan dengan sebelum modifikasi, diperoleh 4 ligan modifikasi terbaik untuk masing-masing serotipe. Untuk serotipe 16, diperoleh mseq 82, 68, 76, dan 49 dengan energi ikatan masing-masing -7,3892 kkal/mol, -7,3456 kkal/mol, -7,3122 kkal/mol, dan -7,2373 kkal/mol. Sedangkan untuk serotipe 18, diperoleh mseq 95, 69, 76, dan 68 dengan energi ikatan masing-masing - 6,2324 kkal/mol, -6,1602 kkal/mol, -6,0606 kkal/mol, dan -6,0266 kkal/mol. Hal ini menunjukkan peningkatan yang signifikan dalam energi ikatan dan jumlah interaksi yang lebih tinggi dibandingkan sebelum modifikasi, dengan nilai energi ikatan sebelumnya -5,6250 kkal/mol untuk serotipe 16 dan -4,6169 kkal/mol untuk serotipe 18. ......Cervical cancer is one of the most common types of cancer in women worldwide. Human papillomavirus (HPV) is a virus that primarily responsible for at least 70% of all cases, with serotypes 16 and 18 being the dominant ones. The E6 protein, found in HPV, can induce the degradation of p53 protein through the ubiquitination process, which is activated by forming a trimetric complex involving E6 protein, p53, and E6AP, resulting in the formation of cancer cells. Inhibiting the E6 protein can be done for cervical cancer prevention. In this study, the compound SSYA10-001, which has been proven to inhibit the E6 protein in vitro was modified using boron compound through in silico methods. The molecular docking stage utilized the MOE 2014.09 application to obtain information regarding the interaction between the protein and ligands. After analyzing the binding energy and conducting pharmacological tests, the top four modified ligands were obtained for each serotype. For serotype 16, the mseq 82, 68, 76, and 49 were obtained with energy binding values of -7.3892 kcal/mol, -7.3456 kcal/mol, -7.3122 kcal/mol, and -7.2373 kcal/mol, respectively. Meanwhile, for serotype 18, the mseq 95, 69, 76, and 68 were obtained with energy binding values of -6.2324 kcal/mol, -6.1602 kcal/mol, -6.0606 kcal/mol, and -6.0266 kcal/mol, respectively. This indicates a significant improvement in energy binding and a higher number of interactions compared to before modification, where the energy binding values were -5.6250 kcal/mol for serotype 16 and -4.6169 kcal/mol for serotype 18.

Abstrak :
Jerawat (acne vulgaris) adalah penyakit pada kulit yang dapat disebabkan oleh bakteri patogen Cutibacterium acnes. Asam glikolat diketahui memiliki aktivitas antibakteri terhadap C. acnes. Untuk meningkatkan efektivitasnya, asam glikolat dapat dienkapsulasi oleh niosom dengan menggunakan surfaktan Span® 60 dan tokoferol asetat. Membran bilayer yang mengandung tokoferol asetat diketahui dapat digunakan untuk aplikasi penyembuhan luka. Pada penelitian ini, niosom dibuat dengan metode hidrasi lapis tipis dengan berbagai variasi formula. Efisiensi enkapsulasi untuk niosom asam glikolat tanpa tokoferol asetat sebesar 66,41%, niosom dengan 5%mmol tokoferol asetat sebesar 44,13%, dan niosom dengan 10%mmol tokoferol asetat sebesar 43,86%. Hasil karakterisasi dengan particle size analyzer (PSA) menunjukkan bahwa niosom pada penelitian ini memiliki ukuran ³ 1000 nm dengan nilai potensial zeta pada kisaran -3 mV hingga -0,8 mV. Uji aktivitas antimikroba niosom terhadap C. acnes dilakukan dengan menggunakan metode broth dilution. Niosom yang memiliki aktivitas antimikroba terbaik adalah niosom tanpa tokoferol asetat dengan nilai %inhibisi 96,3%. ......Acne vulgaris or simply acne is a skin disease that can be caused by pathogenic bacteria, Cutibacterium acnes. Glycolic acid is known to have antibacterial activity against C. acnes. To enhance its activity, glycolic acid can be encapsulated by niosome using surfactant Span® 60 and tocopherol acetate. It is known that bilayer membrane containing tocopherol acetate can be used for wound healing application. In this research, niosomes were prepared using the thin-film hydration method with several variations of the formula. Results of the encapsulation efficiency of glycolic acid niosome without tocopherol acetate is 66,41%, niosome with 5%mmol tocopherol acetate is 44,13%, and niosome with 10%mmol tocopherol acetate is 43,86%. Results of the characterization using particle size analyzer (PSA) in this research shows that the particle size of the niosome is ³ 1000 nm with the zeta potential value range from -3 mV to -0,8 mV. The antimicrobial activity of niosomes against C. acnes was tested using the broth dilution method. Niosome with the best antimicrobial activity is glycolic acid niosome without tocopherol acetate with 96,3% %inhibition value.

Abstrak :
Dengue adalah penyakit akut yang disebabkan oleh virus RNA yang termasuk dalam keluarga Flaviviridae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam Isoflavon sebagai inhibitor protein NS5 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protein NS5 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa Isoflavon dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protein NS5 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam isoflavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protein NS5 DENV berdasarkan nilai ∆Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa- senyawa dengan substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 yang memiliki nilai ∆Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2 Å, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.

---

Dengue is an acute disease caused by an RNA virus belonging to the Flaviviridae family. The aim of this study is to identify natural compound isoflavone as an in silico inhibitor of the NS5 protein in DENV serotypes 1–4, analyze the interactions between the NS5 protein and isoflavone compound ligands, and elucidate the pharmacokinetic processes, including Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion (ADME), as well as toxicity of the natural compound ligands. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB), and isoflavone compound ligands were sourced from PubChem. Drug property screening against the ligands was conducted using OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were performed using rigid and induced fit docking protocols on the NS5 protease using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of drug ADME properties and toxicity was carried out using OSIRIS DataWarrior as well as pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of Isoflavonoids have the potential to inhibit the DENV NS5 protein based on its ∆Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 with low ∆Gbinding values, RMSD values below 2 Å, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate.