Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang: Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk mengetahui secara lebih mendalam mekanisme molekuler fenomena respons adaptasi pada penduduk Mamuju, Sulawesi Barat sebagai area radiasi latar tinggi (high background radiation area/HBRA) di Indonesia khususnya ditinjau dari jalur inflamasi dan stress oksidatif.Metode: Penduduk Dusun Tande-Tande, Mamuju sebagai area radiasi latar tinggi dan penduduk Desa Topoyo, Mamuju Tengah sebagai kelompok kontrol direkrut dalam penelitian. Pemeriksaan kerusakan DNA, aberasi kromosom tidak stabil, stabil, mikronukleus, indeks mitosis, nuclear division index, aktivitas enzim SOD, GPx konsentrasi CAT serum dan darah lengkap dilakukan pada penelitian. Analisis G2 MN dilakukan untuk memvalidasi respons adaptasi pada penduduk Dusun Tande-Tande. Pengukuran konsentrasi sitokin dan protein pro-inflamasi, anti-inflamasi, p-Akt, Akt, dan NFkB dilakukan untuk mengetahui keterlibatan jalur inflamasi dan stress oksidatif pada fenomena respons adaptasi. Hasil: Analisis kerusakan DNA, aberasi kromosom tidak stabil, stabil, aktivitas SOD, aktivitas GPx menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang bermakna antara kedua kelompok penelitian. Rerata konsentrasi CAT kelompok kasus lebih rendah secara bermakna dibandingkan kelompok kontrol. Nilai indeks mitosis dan nuclear division index (NDI) pada kelompok kasus lebih tinggi secara bermakna dibandingkan kelompok kontrol. Rerata konsentrasi sitokin proinflamasi dan anti-inflamasi pada serum kelompok kasus lebih rendah secara bermakna dibandingkan kelompok kontrol. Rerata konsentrasi protein marker inflamasi CRP pada serum kelompok kasus lebih rendah tetapi tidak bermakna secara statistik dibandingkan kelompok kontrol. Hasil pemeriksaan darah lengkap memperlihatkan bahwa jumlah sel darah merah kelompok kasus lebih tinggi secara bermakna sedangkan jumlah limfosit, nilai MCV, MCH, MCHC, dan RDW kelompok kasus lebih rendah secara bermakna dibandingkan kelompok kontrol. Rerata nilai rasio p-Akt/Akt dan konsentrasi NFkB kelompok kasus lebih rendah secara bermakna dibandingkan dengan kelompok kontrol. Kesimpulan: Fenomena respons adaptasi terhadap radiasi terjadi pada penduduk Dusun Tande-Tande, Mamuju. Hasil penelitian belum dapat membuktikan peningkatan antioksidan serta sitokin tertentu baik sitokin pro maupun anti-inflamasi pada kelompok kasus. Aktivasi jalur Akt dan NFkB pada kelompok kasus belum dapat dibuktikan mengingat nilai rasio p-Akt/Akt serta konsentrasi NFkB lebih rendah secara bermakna dibandingkan dengan kelompok kontrol.

---

Background: This study aim is to investigate the molecular mechanism of radioadaptive response in inhabitants of Mamuju, West Sulawesi as one of the high background radiation areas of Indonesia, particularly from inflammatory and oxidative stress perspectives.

Methods: Tande-Tande sub-village, Mamuju district inhabitants as high background radiation areas, and Topoyo Village inhabitants in Middle Mamuju district were recruited in this study. Evaluation of DNA damage, unstable and stable chromosomal aberrations, micronucleus, mitotic index, nuclear dividon index, SOD and GPx activities, serum catalase concentration and complete blood count were performed in this study. The G2 MN assay for validating the radioadaptive response phenomenon was performed in this study. Measurement of pro and anti-inflamamatory cytokines, p-Akt, AKt and NFkB were performed to find out the involvement of infllmation and stress oxidative on radioadaptive response phenomenon.

Results: The levels of DNA damage and stable and unstable chromosomal aberrations were not significantly different between the two groups. The rate of cell proliferation represented by the mitotic and nuclear dividion indexes showed a significantly higher rate in the case group. The SOD and GPx activities were not significantly different between the two groups. Interestingly, the CAT concentration was significantly lower in the case group. A significant lower level of both pro- and anti-inflammatory cytokines was also found in the case group. A lower level of CRP concentration as an inflammatory marker protein also showed in the present study, although it was not statistically significant. The complete blood counts analysis revealed a significant increase in RBC numbers and a significant decrease in lymphocyte numbers (MCV, MCH, MCHC, and RDW values) in the case group. The p-Akt/Akt ratio and NFkB concentration were also found to be statistically lower in the case group.

Conclusion: It can be concluded that the radioadaptive response phenomena induced by chronic low radiation dose exposure existed in Tande-Tande sub-village inhabitants. However, this present study failed to find a significant increase of antioxidant enzymes and inflammatory cytokines in Tande-Tande sub-village inhabitants. The activation of Akt and NFkB pathways in Tande-Tande sub-village inhabitants was also not found in this present study. "

"Kanker payudara merupakan tipe kanker yang paling banyak terjadi didunia dan menjadi penyebab kematian terbanyak pada negara berkembang. Subtipe kanker payudara saat ini dapat diklasifikasikan berdasarkan profil ekspresi gennya dengan immunohistokimia (IHK) menjadi subtipe Luminal A, Luminal B, HER2+, dan TNBC. Namun, IHK memiliki beberapa keterbatasan yang dapat menyebabkan kesalahan klasifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan integrasi data multi-omik (genomik, epigenomik, dan transkriptomik) serta penggunaan machine learning dalam penentuan biomarker subtipe kanker payudara.Metode Isolat DNA dari pasien kanker payudara yang menjalani pengobatan di RSUPN Cipto Mangunkusumo dan RS Kanker Dharmais Jakarta sebanyak 48 subjek digunakan dalam penelitian ini. Untuk mengidentifikasi mutasi dan metilasi DNA, digunakan kit Illumina Infinium Asian Screening Array dan Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 yang kemudian dilakukan pembacaan dengan Illumina iScan. Biomarker mutasi dan metilasi DNA kemudian dianalisis dengan machine learning untuk mendapatkan biomarker subtipe kanker payudara. Pendekatan transkriptomik dengan analisis DEG (Differentially Expressed Genes) dilakukan dengan menggunakan dataset yang berada pada basis data GEO (Gene Expression Omnibus), yaitu dataset GSE33447 dan GSE20685. Studi translasional untuk identifikasi biomarker metilasi DNA, dilakukan dengan metode MSP (methylated specific PCR).Hasil Didapatkan biomarker mutasi dan metilasi DNA yang signifikan berasosiasi dengan masing-masing subtipe kanker payudara serta berkaitan dengan ekspresi gennya, yaitu Luminal A (rs2355062 dan cg14397888), Luminal B (rs36087647 dan cg14397888), HER2+ (rs4925108 dan cg25910261), TNBC (rs137966431, rs886040223 dan cg26371957). Adanya mutasi pada BRCA2 (rs886040223) pada pasien TNBC, diprediksi akan memberikan respon yang sensitif terhadap pemberian terapi inhibitor PARP. Kit diagnostik berbasis biomarker omik dengan metode methylation-specific PCR (MSP) dapat menentukan status metilasi DNA pada biomarker cg14397888 untuk subtipe Luminal A dan Luminal B dengan akurasi 75% dan 76%.Kesimpulan Pendekatan biomarker multiomik pada pasien kanker payudara dapat digunakan sebagai pilihan untuk melakukan klasifikasi subtipe kanker payudara dan memprediksi pilihan terapi yang tepat.

---

Introduction

Breast cancer is the predominant form of cancer globally and is the primary cause of mortality in emerging nations. Currently, breast cancer subtypes can be classified using immunohistochemistry (IHC) into four subtypes: Luminal A, Luminal B, HER2+, and TNBC. Nevertheless, the IHC possesses various constraints that may result in misclassification. The objective of this study is to combine multiple types of biological data (genomic, epigenomic, and transcriptomic) and apply machine learning techniques to identify biomarkers for different subtypes of breast cancer.

Method

DNA isolates obtained from 48 breast cancer patients who were receiving therapy at RSUPN Cipto Mangunkusumo and Dharmais Cancer Hospital Jakarta. The Illumina Infinium Asian Screening Array and Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 kits were employed to detect mutations and DNA methylation which were then read using Illumina iScan. Machine learning was used to examine DNA mutation and methylation biomarkers in order to identify biomarkers specific to different subtypes of breast cancer. The transcriptomics approach was employed to analyze differentially expressed genes (DEGs) utilizing datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, namely the GSE33447 and GSE20685 datasets. The MSP approach was employed to conduct translational research to identify DNA methylation biomarkers.

Results

Significant DNA mutations and methylation biomarkers were discovered to be linked to each subtype of breast cancer and were found to be associated with gene expression, namely, Luminal A (rs2355062 and cg14397888), Luminal B (rs36087647 and cg14397888), HER2+ (rs4925108 and cg25910261), and TNBC (rs137966431, rs886040223 and cg26371957). Predictions suggest that the presence of mutations in the BRCA2 gene (rs886040223) in TNBC patients will likely result in a highly responsive reaction to PARP inhibitor treatment. A diagnostic kit utilizing the methylation-specific PCR (MSP) approach can accurately assess the DNA methylation status of the cg14397888 biomarker for Luminal A and Luminal B subtypes with an accuracy of 75% and 76%, respectively.

Conclusion

The utilization of the multiomics biomarker strategy in breast cancer patients offers a viable method for categorizing breast cancer subtypes and forecasting suitable therapy interventions.                                                                                                                                                                    "

"Pendahuluan: Cancer-associated fibroblasts (CAFs) merupakan populasi sel yang heterogen dan memiliki hubungan timbal balik dengan sel tumor. Bagaimana mekanisme molekuler yang mendasari pengaruh CAFs terhadap prognosis karsinoma kolorektal (KKR) masih belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh sekretom CAFs terhadap transisi epitel-mesenkim (TEM), invasi dan kepuncaan sel KKR melalui jalur pensinyalan hepatocyte growth factor (HGF)/c-mesenchymal-transition receptor (c-Met)Metode: Dilakukan pemeriksaan histopatologi pada tiga puluh dua blok paraffin KKR untuk menilai tipe CAFs dan stroma, imunoekspresi α-SMA dan HGF, tumor budding, kedalaman invasi dan metastasis kelenjar limfe. Pemeriksaan in vitro berupa suplementasi sekretom fibroblast primer dari area tumor (CAFs) dan area non tumor dari tiga pasien KKR kepada sel lestari KKR (HT-29) untuk menilai pengaruhnya terhadap TEM, invasi dan kepuncaan sel KKR. Analisis statistik menggunakan uji beda proporsi, uji beda rerata berpasangan serta uji korelasi. Nilai p<0,05 dianggap bermakna secara statistik.Hasil: Tipe CAFs dan metastasis kelenjar limfe berhubungan bermakna dengan derajat tumor budding. Sedangkan variabel lain pada pemeriksaan histopatologi tidak memperlihatkan hubungan yang bermakna. CAFs yang diisolasi dari pasien KKR memperlihatkan ekspresi mRNA α-SMA yang lebih tinggi, sedangkan ekspresi mRNA dan protein HGF memperlihatkan pola yang berbeda diantara ketiga pasang fibroblast. Suplementasi sekretom CAFs kepada sel HT-29 meningkatkan ekspresi mRNA c-Met sebagai reseptor HGF, meningkatkan ekspresi mRNA dan protein vimentin dan E-cadherin sebagai marka TEM, meningkatkan ekspresi mRNA MMP-2 sebagai marka invasi dan meningkatkan ekspresi mRNA CD44 dan CD133 sebagai marka kepuncaan. Terdapat korelasi positif bermakna antara c-Met dengan TEM dan kepuncaan serta korelasi positif kuat dan bermakna antara TEM dan kepuncaan sel KKR.Kesimpulan: Sekretom CAFs menginduksi TEM, invasi dan kepuncaan sel KKR melalui pensinyalan HGF/c-Met. Mekanisme molekuler ini mendasari hubungan yang bermakna antara tipe CAFs dengan tumor budding."

"Latar BelakangBiosimilar merupakan produk bioterapeutik yang memiliki kemiripan/kesetaraan mutu, dengan originator, sedangkan biobetter merupakan versi produk biologis lain yang dimodifikasi. Tocilizumab (TCZ) merupakan rekombinan antibodi monoklonal manusia yang dapat menghambat interaksi IL6R dengan IL6 saat inflamasi kronis seperti pada penyakit Rhematoid Arthritis (RA). Saat ini, paten TCZ telah habis, oleh karena itu penelitian ini akan dikembangkan kandidat biosimilar dan biobetter TCZ.MetodePenelitian ini merupakan studi in silico dan in vitro untuk pengembangan kandidat biosimilar dan biobetter TCZ dengan mendesain gen kandidat biosimilar TCZ yang dapat terekspresi di sel mamalia dan dilakukan pengujian hasil transfeksi dengan immunofluorescence, pemeriksaan ELISA, SDS-PAGE dan SPR.HasilHasil penelitian didapatkan struktur 3D kandidat biosimilar TCZ nilai Ramachandran Plot 97.16%, score molecular docking biosimilar TCZ light chain dengan IL6R sebesar -16.0 kcal mol-1 dan lebih besar dari nilai kontrol yaitu -12.5 kcal mol-1. Didapatkan nilai RMSF antara IL6R dengan kandidat biosimilar TCZ rerata <2. Hasil transfeksi kandidatbiosimilar TCZ yang dinilai menggunakan ratio of fluorescence intensity memiliki nilai intensitas diatas 2 sedangkan kontrol memiliki nilai 0. Terdapat dua pita pada 50kDa dan 25 kDa sesuai dengan ukuran protein TCZ reference. Koofisien afinitas IL6R dengan kandidat biosimilar TCZ 9.44e-8 dan menyerupai dengan koofisien afinitas IL6R dengan TCZ Actemra® yaitu sebesar 2.64e-8. Dilakukan modifikasi asam amino pada TCZ light chain paten 1 untuk membuat kandidat biobetter yaitu Ala43, Tyr87 dan Gly41. Hasil validasi 3D kandidat biobetter TCZ dengan hasil 96.70% pada Ramachandran Plot, energi bebas TCZ light chain biobetter sebesar -18.7 kcal mol-1.KesimpulanProduk kandidat biosimilar TCZ memiliki ukuran molekul protein yang sesuai dengan originator TCZ (Actemra®). Selain itu produk biosimilar ini terbukti dapat berikatan spesifik dengan IL6R alfa dengan koofisien afinitas menyerupai Actemra® secara in vitro. Desain in silico kandidat biobetter TCZ dengan modifikasi asam amino Ala43, Tyr87 dan Gly41 menunjukkan afinitas ikatan IL6R alfa lebih kuat dibandingkan Actemra® sehingga diharapkan dapat meningkatkan potensi dalam mengatasi badai sitokin.

---

Background

A biosimilar is a biotherapeutic product that closely matches the quality of the original product, while a biobetter is a modified version of another biological product. Tocilizumab (TCZ) is a synthetic antibody derived from human cells that can block the binding of IL6R to IL6, hence reducing chronic inflammation in conditions like rheumatoid arthritis (RA). At now, the patent for TCZ has lapsed, thus this study aims to create biosimilar candidates and improved versions of TCZ, known as TCZ biobetter candidates.

Method

This research involves both in silico and in vitro methods to produce biosimilar and biobetter TCZ candidates. The aim is to build a biosimilar candidate TCZ gene that can be expressed in mammalian cells. The transfection results will be tested using immunofluorescence, ELISA, SDS-PAGE, and SPR investigations.

Results

The research results showed that the TCZ biosimilar candidate possessed a Ramachandran Plot value of 97.16% for its 3D structure. Additionally, the molecular docking score of the TCZ light chain biosimilar with IL6R was -16.0 kcal mol-1, which was higher than the control value of - 12.5 kcal mol-1. The analysis showed that the average Root Mean Square Fluctuation (RMSF) value between IL6R and TCZ of the biosimilar candidate was less than 2. The TCZ transfection results of the biosimilar candidate were evaluated by measuring the ratio of fluorescence intensity. The biosimilar candidate had an intensity value more than 2, while the control had a value of 0. Two bands were observed at 50 kilodaltons (kDa) and 25 kDa, corresponding to the size of the reference TCZ protein. The IL6R signal affinity of the biosimilar candidate TCZ is 9.44e-8, which is comparable to the IL6R signal affinity of Actemra® TCZ, which is 2.64e-8. The TCZ light chain patent 1 underwent amino acid changes to generate improved biobetter candidates, specifically Ala43, Tyr87, and Gly41. The 3D validation results of TCZ biobetter show a yield of 96.70% on the Ramachandran Plot. Additionally, the free energy of TCZ light chain biobetter is -18.7 kcal mol-1.

Conclusion

The TCZ biosimilar candidate product has a protein molecular size that is identical to the TCZ (Actemra®). Furthermore, this biosimilar product has demonstrated the ability to selectively attach to IL6R alfa with a signal affinity comparable to Actemra® in laboratory tests. The computational design of the biobetter TCZ candidate, incorporating alterations to the amino acids Ala43, Tyr87, and Gly41, demonstrates an enhanced affinity for IL6R alfa compared to Actemra®. This raises the expectation that it may enhance its efficacy in mitigating cytokine storms."