Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Identification of new HIV infection in a population is required for the evaluation of intervention strategy of HIV-1 transmission. The avidity assay has been promoted for estimation of HIV incidence. Avidity assay is an assay based on affinity strength of the epitopes of the HIV antigen against its specific corresponding antibodies. The antigen - antibody complex that is formed in the initial phase of infection is relatively weak and easy to break with chaotropic reagents. In contrary, the antigen-antibody binding in long-term infection is strong and not easily broken by addition of chaotropic reagents. Commercial avidity assays are available, however the antigens used might not be compatible with the circulating HIV strains in Indonesia. In order to identify the most appropriate antigen candidate for avidity assay, three structural proteins from HIV were used in this research namely, p24, IDR-gp41 and ID2-Pol from circulating HIV strains in Indonesia. The avidity assay was performed based on ELISA with sodium citrate, pH 3, chaotropic reagent. Serum samples were previously determined for their reactivity to HIV antigen by the Indonesian Red Cross. Each of the samples was tested in triplicate. The results of the avidity index were compared with the corresponding pattern of reactivity shown by Western Blotting. Comparative analysis of the avidity index using the IDR-Gp41 antigen showed correlation of increased value of avidity index with the completeness of the Western Blot reactivity pattern. This finding, however, not true in antigen ID2-Pol, and p24. Based on the results of the study, it can be concluded that IDR-Gp41 antigen has potential to be used in HIV avidity assay that is based on circulating strains of HIV in Indonesia.

---

Penentuan infeksi baru HIV-1 pada level populasi diperlukan guna evaluasi strategi intervensi pencegahan penularan HIV-1.  Uji aviditas telah diajukan sebagai salah satu uji deteksi HIV-1. Prinsip uji aviditas adalah kekuatan afinitas epitope antigen HIV terhadap antibodi spesifik yang mengenali epitop tersebut. Ikatan antigen - antibodi yang terbentuk pada fase awal infeksi merupakan ikatan yang lemah dan mudah diputuskan dengan pemberian reagensia chaotropic. Pada fase infeksi lama, ikatan antigen - antibodi yang terbentuk merupakan ikatan yang kuat sehingga tidak mudah diputuskan oleh pemberian reagensia chaotropic. Uji aviditas komersial telah tersedia namun antigen yang digunakan belum tentu sesuai dengan galur HIV yang beredar di Indonesia. Pada penelitian ini digunakan 3 kandidat antigen yaitu p24, IDR-gp41 dan ID2-Pol dari galur HIV yang beredar di Indonesia, untuk menentukan kandidat yang sesuai. Uji aviditas dilakukan dengan prinsip ELISA dengan sodium sitrat pH 3 sebagai reagensia chaotropic. Sampel yang diujikan adalah sampel serum yang telah ditentukan reaktivitasnya sebagai positif dan negatif oleh Palang Merah Indonesia. Sampel diuji secara triplikat. Hasil indeks aviditas sampel dibandingkan dengan pola reaktivitasnya pada uji Western Blot. Sampel dengan indeks aviditas tinggi akan menunjukkan korelasi dengan kelengkapan pola pita reaktivitas uji Western Blot. Analisis perbandingan menunjukkan bahwa peningkatan nilai indeks aviditas yang menggunakan antigen IDR-Gp41 berkorelasi dengan kelengkapan pola reaktivitas uji Western Blot. Hal ini tidak ditemukan pada pengujian menggunakan antigen IDR-Pol2, dan p24. Berdasarkan hasil penelitian, dapat disimpulkan bahwa antigen IDR-Gp41 berpotensi untuk digunakan lebih lanjut dalam pengembangan uji aviditas HIV berbasis galur HIV yang beredar di Indonesia."

"Latar belakang: Proses pematangan spermatozoa membutuhkan interaksi antar protein yang disintesis dan disekresikan oleh epitel epdidimis ke lumen di area tertentu. Gen yang terekspresi secara spesifik di region-region tertentu akan menciptakan lingkungan mikro yang kondusif untuk proses pematangan spermatozoa. Spink2 adalah salah satu gen yang diketahui berperan dalam pematangan spermatozoa yang ekspresinya terdekteksi di epididimis. Studi peran SPINK2 membutuhkan protein yang cukup untuk karakterisasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengklon, mengekspresikan, dan menguji aktivitas protein rekombinan SPINK2.Metode: Dalam penelitian ini gen mSpink2 dikonstruksikan secara sintetis. Plasmid pQE80L digunakan sebagai vektor ekspresi dan strain sel Escherichia coli yang digunakan adalah Top10 dan BL21. Proses pengklonaan diawali dengan transformasi plasmid pQE80L-mSpink2 ke E. coli Top10 kompeten menggunakan metode heatshock. Proses ekspresi dilakukan dengan penambahan agen induksi Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside (IPTG), dipurifikasi dengan kromatografi Ni-NTA. Kemudian dilakukan uji aktivitas protease dengan pembacaan panjang gelombang 660 nm.Hasil: Plasmid pQE80L-mSpink2 terkonfirmasi berhasil diklon dengan analisis enzim restriksi dan sekuensing. Hasil elekstroforesis menunjukan adanya fragmen DNA dengan panjang 4709 pb dan 258 pb. Hasil ekspresi SDS-PAGE dan western blot menunjukkan SPINK2 berhasil terekspresi pada waktu optimum induksi jam ke-4 dan terdapat pita tebal dengan ukuran 14 kDa. Protein rekombinan SPINK2 berhasil dipurifikasi dan ditunjukan dari hasil western blot pada elusi ke-1 hingga ke-4. Hasil uji aktivitas protease menunjukan terdapat penurunan aktivitas enzim tripsin setelah diberi protein rekombinan SPINK2 dengan konsentrasi optimum 0,6 mM.Kesimpulan: Protein rekombinan SPINK2 telah berhasil dikonstruksi secara sintetis, diklon pada vektor plasmid pQE80L, diekspresikan pada E.coli strain BL21 kompeten, dan diketahui dapat menghambat aktivitas enzim protease dengan konsentrasi 0,7 mM.

---

Background: The process of spermatozoa maturation requires interaction between proteins synthesized and secreted by the epididymal epithelium to the lumen in a particular area. The interaction between these protein produces a microenvironment for maturation process of spermatozoa. In this condition, it takes genes that are specifically expressed. Spink2 in one of the genes known have a role in the maturation of spermatozoa and expressed in the epididymis. The SPINK2 role study requires sufficient protein for characterization. The aim of this study was to clone, express, and protease assay of the recombinant protein SPINK2.

Methods: In this study the mSpink2 gene was constructed synthetically. The plasmid pQE80L was used as an expression vector and the cell Escherichia coli strains used were Top10 and BL21. The cloning process begins with transformation of the plasmid pQE80L-mSpink2 to a competent E. coli Top10. The expression process was carried out by adding the induction agent Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside (IPTG), purified by Ni-NTA chromatography. Then the protease activity assay was carried out with a wavelength 660 nm.

Results: The plasmid pQE80L-mSpink2 was confirmed to be cloned by restriction enzyme and sequencing analysis. The result showed that is formation of DNA with a length of 4709 bp and 258 bp. The SDS-PAGE and western blot result showed that SPINK2 was successfully expressed at the optimum time is 4th hour. There was a thick band with a size of 14 kDa. The SPINK2 recombinant protein was successfully purified and shown form the western blot. The result of the protease activity assay showed that there was a decrease in trypsin enzyme activity after being given SPINK2 recombinant protein with an optimum concentration is 0,6 mM.

Conclusion: Recombinant protein of SPINK2 has been successfully constructed synthetically, cloned, expressed, and tested for its protease inhibitor activity"

"ABSTRAKVirus dengue DENV dapat menginfeksi manusia tanpa batasan usia di daerah tropis dan subtropis. Vaksin DENV dari keempat serotype sangat diperlukan untuk mencegah infeksi DENV. Tujuan dari penelitian ini untuk melihat respon imun seluler CD4, CD8, dan CD25 pada mencit yang diimunisasi dengan vaksin DNA pUMD4 kla/b. Plasmid pUMD4 kla/b diproduksi dan diisolasi dengan menggunakan berbagai metode. Uji ekspresi pUMD4 kla/b dilakukan dengan transfeksi pada sel Chinese Hamster Ovary. Plasmid yang telah mengekspresikan protein preM-E DENV-4 selanjutnya diimunisasikan pada mencit ddY pada hari ke-0, ke-21, dan ke-42. Hasil analisis limpa tanpa induksi dengan menggunakan uji flow cytometry menunjukkan persentase CD4 pada mencit yang diimunisasi lebih rendah jika dibandingkan dengan kelompok pUMVC4a dan kelompok tanpa imunisasi. Akan tetapi persentase CD8 dan CD25 menunjukkan hasil yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan kelompok pUMVC4a dan kelompok tanpa imunisasi. Analisis limpa dengan induksi pada mencit yang diimunisasi sebesar 3,7 CD4 , 9,7 CD8 , dan 13 CD25 secara berurutan dan persentase CD4, CD8, dan CD25 lebih tinggi jika dibandingkan dengan kelompok pUMVC4a dan kelompok tanpa imunisasi setelah imunisasi ke-3. Kesimpulan penelitian ini adalah adanya aktivasi imun seluler pada mencit setelah imunisasi dengan pUMD4 kla/b.

---

ABSTRACTDengue virus infected humans in every ranges of ages at tropical and subtropical regions. In previous study DNA vaccine pUMD4 kla b was constructed. The purpose of this research is to inform cellular immune responses CD4, CD8, and CD25 in mice those were immunised by pUMD4 kla b. pUMD4 kla b plasmid was isolated by many methods. Expression test of pUMD4 kla b was held by transfection on CHO cells. pUMD4 kla b that had expressed preM E dengue proteins was immunised in ddY mice in aged 5 6 weeks on day 0, day 21, and day 42. Evaluation of immunizations could be seen from flow cytometry test on mice rsquo s splenocytes. pUMD4 kla b could express preM E dengue proteins. Result showed enhancements on percentages rsquo numbers of CD4 cells 2.6 , CD8 cells 4.4 , and CD25 6 in ddY mice without induction, and CD4 cells 3.7 , CD8 cells 9.7 , and CD25 13 with induction after third immunizations. Percentages of CD4, CD8, and CD25 in pUMD4 kla b rsquo s immunizations are higher than in pUMVC4a rsquo s immunizations and without immunizations. Conclusion there were cellular immunity activations after immunized with pUMD4 kla b."

"Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis peran mutasi gen FLT3 dalam resistensi terapi induksi D3A7 pada pasien LMA, melalui pengamatan perubahan struktur protein reseptor FLT3, aktivitas jalur persinyalan downstream FLT3 yaitu PI3K/AKT, menggunakan persentasi jumlah sel yang berapoptosis dan proliferasi sebagai indikator dalam mekanisme multidrug resistance terhadap terapi induksi D3A7. Selain itu dilakukan juga analasis peran sub populasi sel punca leukemia CD34+CD38-CD123+ dan marka ALDH dalam resistensi terapi Induksi D3A7, untuk mengetahui hubungannya denagn resistensi terapi induksi D3A7. Metode Deteksi mutasi gen FLT3 dilakukan dengan PCR-sekuensing dari sampel darah sumsum tulang pasien LMA de novo yang telah selesai diberikan terapi induksi D3A7. Sikuens gen yang termutasi kemudian dianalisis menggunakan studi in silico untuk menilai dampak dari mutasi gen terhadap perubahan struktur dan aktivitas pengikatan protein terhadap regimen sitarabin. Analisis aktivitas fosforilasi protein PI3K dan AKT dilakukan dengan metode sandwich ELISA. Penghitungan persentasi jumlah sel yang mengalami apoptosis dan proliferasi, serta deteksi sel punca leukemia dengan penanda CD34+, CD38-, CD123+, dan ALDH menggunakan Flowcitometry. Hasil Ditemukan mutasi baru Ins_572G573 (Insersi-G) pada domain juxtamembran dari protein reseptor FLT3 dengan frekuensi sebesar 30% dari total 20 pasien LMA yang direkrut, sementara frekuensi mutasi FLT3-ITD yang diperoleh sebesar 20%. Kelompok pasien dengan mutasi gen FLT3 mengalami peningkatan fosforilasi protein PI3K dan AKT yang bermakna secara statistik, mengalami peningkatan rerata persentasi jumlah proliferasi sel dan penurunan rerata jumlah apoptosis sel dibandingkan kelompok tanpa mutasi. Kelompok pasien dengan outcome terapi resistensi juga mengalami peningkatan fosforilasi protein PI3K dan AKT, penurunan rerata jumlah sel yang mengalami apoptosis dan peningkatan rerata jumlah sel yang berproliferasi. Penanda sel punca leukemia CD34+, CD38-, CD123+, dan ALDH memiliki hubungan tidak bermakna dengan resistensi terapi induksi D3A7. Kesimpulan Penelitian ini menunjukkan bahwa mutasi gen FLT3 tidak berhubungan lansung pada resistensi terapi D3A7. Namun perubahan struktur protein akibat mutasi berperan penting dalam mekanisme resistensi melalui aktivasi jalur pro-proliferasi dan anti papoptosis dari persinyalan PI3K/AKT. Salain itu, penanda sel punca leukemia tidak berhubungan dengan resistensi terapi induksi D3A7.

---

Introduction This study aims to analyze the role of FLT3 gene mutations in the resistance of AML therapy induction with D3A7 in patients, through observing changes in FLT3 receptor protein structure, the activity of downstream FLT3 signaling pathways such as PI3K/AKT, and using the percentage of apoptotic and proliferative cells as indicators in the mechanism of multidrug resistance against D3A7 induction therapy. Additionally, the study also analyzes the role of leukemia stem cell subpopulations CD34+CD38-CD123+ and ALDH markers in resistance to D3A7 induction therapy, to understand their relationship with resistance to D3A7 induction therapy. Method Detection of FLT3 gene mutations was performed by PCR-sequencing from bone marrow blood samples of de novo AML patients who had completed D3A7 induction therapy. Sequences of the mutated genes were then analyzed using in silico studies to assess the impact of gene mutations on structural changes and protein binding activity with cytarabine regimens. Analysis of PI3K and AKT protein phosphorylation activity was conducted using sandwich ELISA. Calculation of the percentage of cells undergoing apoptosis and proliferation, as well as detection of leukemia stem cells marked by CD34+, CD38-, CD123+, and ALDH, was performed using Flow cytometry. Results A novel mutation, Ins_572G573 (Insertion-G), was found in the juxtamembrane domain of the FLT3 receptor protein with a frequency of 30% among a total of 20 recruited AML patients. Meanwhile, FLT3-ITD mutation frequency was obtained at 20%. Patients with FLT3 gene mutations showed statistically significant increases in PI3K and AKT protein phosphorylation, as well as higher average percentages of proliferating cells and lower average percentages of apoptotic cells compared to the non-mutation group. Patients in the therapy-resistant outcome group also exhibited increased PI3K and AKT protein phosphorylation, decreased average percentages of apoptotic cells, and increased average percentages of proliferating cells. However, leukemia stem cell markers CD34+, CD38-, CD123+, and ALDH did not show statistically significant associations with resistance to D3A7 induction therapy. Conclusion This study indicates that FLT3 gene mutations do not directly correlate with resistance to D3A7 therapy. However, structural changes in proteins due to mutations play a crucial role in resistance mechanisms through the activation of pro-proliferation and anti-apoptosis pathways via PI3K/AKT signaling. Additionally, leukemia stem cell markers are not associated with resistance to D3A7 induction therapy."

"Latar Belakang: Virus Newcastle Disease (ND) menyebabkan kerugian ekonomi yang sangat tinggi pada peternakan unggas. Walaupun penggunaan vaksinasi merupakan pilihan terbaik saat ini dalam mencegah infeksi virus, namun dalam suatu kondisi dibutuhkan pengembangan antiviral. Hingga saat ini langkah terapi profilaktik terhadap infeksi virus pada peternakan unggas belum pernah dikembangkan, sedangkan penggunaan antiviral yang beredar saat ini sangat tidak mungkin digunakan dengan pertimbangan ekonomi. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan suatu senyawa berupa sialidase asal bakteri Clostridium perfringens yang berpotensi sebagai antiviral dan membuktikan efek penghambatan infeksi virus sehingga dapat digunakan sebagai terapi profilaktik terhadap infeksi virus ND.Metode: Penelitian diawali dengan memproduksi enzim sialidase yang berasal dari hasil supernatan kultur bakteri C. perfringens tipe A. Sialidase dipurifikasi dengan metode presipitasi ammonium sulfat, ion exchange chromatography dan affinity chromatography. Sialidase tersebut selanjutnya diuji aktivitas dan stabilitasnya terhadap beberapa pH dalam waktu inkubasi tertentu. Uji kemampuan hidrolisis reseptor sialic acid dan toksisitas terhadap sel dilakukan pada beberapa dosis pemberian sialidase menggunakan sel kultur primer Chicken Embryonic Fibroblast (CEF). Pembuktian kemampuan sialidase dalam menghambat infeksi virus pada sel host dilakukan dengan menghitung viral copy number dan ekspresi gen penyandi molekul sitokin yang berperan terhadap respon sel akibat infeksi virus ND.Hasil: Sialidase dari bakteri C. perfringens tipe A pada penelitian ini mampu diproduksi dengan efisien secara native dan dapat dimurnikan sehingga diperoleh aktivitas spesifik sebesar 75 U/mg serta stabil selama 72 jam pada suhu 37℃. Dosis tertinggi sialidase yang dapat ditolerir oleh sel CEF yakni sebesar 187,5 mU/ml dan mampu menghidrolisis reseptor sialic acid pada permukaan sel. Pemberian sialidase pada dosis tertinggi hingga dosis terendah mampu menurunkan secara drastis replikasi virus pada sel host. Hal tersebut juga didukung berdasarkan pengamatan terhadap perbedaan ekspresi gen penyandi molekul sitokin pada sel yang ditreatment dengan sialidase dibandingkan kontrol infeksi virus NDKesimpulan: Sialidase asal bakteri C. perfringens tipe A berpotensi dapat digunakan sebagai terapi profilaksis antivirus melalui aktivitas competitive inhibition terhadap reseptor sialic acid pada sel host.

---

Introduction: Newcastle Disease (ND) virus causes very high economic losses on poultry farms. Although vaccination is the best option in preventing viral infections, but under certain conditions development of antivirals is required. Prophylactic treatment against viral infection in poultry have not been developed, while the use of currently circulating antivirals is very unlikely to be used due to economic considerations. This study aims to produce a substance called sialidase from Clostridium perfringens that potential as an antiviral and demonstrate its inhibitory effect on viral infection so that it can be used as prophylactic therapy against ND virus infection.

Methods: This research was initiated by producing sialidase enzyme derived from the supernatan culture of C. perfringens type A bacteria. Sialidase was purified by ammonium sulfate precipitation method, ion exchange chromatography and affinity chromatography. The sialidase was tested for its activity and stability on several pH within a certain incubation time. Hydrolysis ability of sialic acid receptors and cell toxicity were carried out at several doses of sialidase administration using primary cultured Chicken Embryonic Fibroblast (CEF) cells. The capacity of sialidase to prevent viral infection in host cells was demonstrated by estimating the viral copy number and expression of genes encoding cytokine molecules that play a role in cell response due to ND virus infection.

Results: In this study, C. perfringens type A bacteria were able to produce sialidase then natively purified to obtain specific activity of 75 U/mg and stable for 72 hours at 37℃. The highest dose of sialidase that CEF cells can tolerate and capable to hydrolyze sialic acid receptors on the cell surface is 187.5 mU/ml. Sialidase dosages ranging from 750 mU/ml to 46.87 mU can drastically reduce viral replication in CEF cells. This is also supported by observations expression alteration of genes encoding cytokine molecules in sialidase treated cells and ND virus infection.

Conclusion: Sialidase from Clostridium perfringens tipe A has the potential to be used as prophylactic antiviral therapy through its competitive inhibition activity against sialic acid receptors on host cells."