Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Tuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia. Salah satu penyebab tingginya kasus TB disebabkan adanya resistensi Mycobacterium tuberculosis (Mtb) terhadap obat anti tuberkulosis. Isoniazid (INH) yang merupakan salah satu obat lini pertama dalam pengobatan TB adalah pro-drug yang akan diubah menjadi bentuk aktifnya melalui aktivitas protein KatG Mtb. Mutasi pada gen katG yang mengkode protein KatG kemungkinan mempengaruhi aktivitas katalase dan peroksidase protein sehingga menyebabkan resistensi Mtb terhadap INH. Dalam studi ini, dilakukan kontruksi plasmid rekombinan protein KatG tipe liar dan protein KatG dengan mutasi baru pada residu N330D dan H400Y, serta mutasi yang umum dijumpai pada residu S315T dan S315N. Ekspresi protein KatG rekombinan dilakukan menggunakan host E. coli. Over ekspresi kelima protein rekombinan KatG terjadi setelah induksi IPTG. Purifikasi protein KatG rekombinan dilakukan berdasarkan prinsip kromatografi afinitas menggunakan Nikel sepharose. Setelah purifikasi diperoleh protein KatG yang murni. Aktivitas katalase dan peroksidase protein rekombinan KatG diukur pada berbagai konsentrasi substrat yang diperlukan dalam pengukuran efisiensi katalitik kedua aktivitas protein KatG. Hasilnya menunjukkan bahwa mutan protein KatG memiliki efisiensi katalitik yang lebih rendah dari protein KatG tipe liar. Penurunan efisiensi katalitik aktivitas katalase mutan N330D dan H400Y sebesar 31% dan 37% dan untuk aktifitas peroksidase sebesar 39% dan 3% dibandingkan KatG tipe liar. Struktur 3 dimensi protein KatG dari mutan tersebut dibuat menggunakan perangkat Modeller dan divisualisasikan menggunakan perangkat Pymol. Tidak terdapat adanya perubahan konformasi 3 dimensi protein KatG mutan dibandingkan dengan struktur 3 dimensi protein KatG tipe liar. Namun, letak residu N330D dan H400Y yang berada dekat daerah aktif ikatan INH pada protein KatG kemungkinan berpengaruh terhadap penurunan aktivitas enzimatik protein KatG.

---

ABSTRACT
Tuberculosis (TB) is currently a major health problem in Indonesia. One of the many causes of the high incident of TB is due to the resistance of the Mycobacterium tuberculosis (Mtb) to anti-TB drugs. Isoniazid (INH), one of the first line anti-TB drugs for TB treatment, is a pro-drug that is converted to its active form through the activity of Mtb KatG protein. Mutations in the katG gene encoding KatG may affect the catalytic efficiency of the catalase and peroxidase activities of the protein that eventually confers resistance to INH. In this study, recombinant plasmids containing katG gene that have new mutations on residue N330D dan H400Y, wild type, as well as mutant proteins with common mutations at residue S315T and S315N were constructed. Expression of recombinant KatG was performed using E. coli as an expression host. Over expression of recombinant KatG was facilitated by IPTG induction. Purification of recombinant KatG was performed using affinity chromatography employing Nickel sepharose. Pure recombinant proteins were obtained, and the catalase and peroxidase activities of the recombinant KatG protein were measured at various concentration of substrates. Result showed that mutant KatGs have a lower catalytic efficiency for both catalase and peroxidase activities than the wild type protein. Decreasing catalytic efficiency for catalase of mutants N330D and H400Y were 31% and 37% than that of wild type KatG, while catalytic efficiency for peroxidase of mutants N330D and H400Y were 39% and 3% lower than that of wild type. Three dimensional structures of mutant KatGs were generated using Modeller and visualized using PyMol softwares. The three dimensional structural of mutant KatG showed no conformational change compared with that of wild type KatG. However, the location of residues N330D and H400Y which are in the close proximity to the active site of KatG for INH binding is likely to have an effect on the decreased enzymatic activities of mutant KatG proteins.

Abstrak :
Zika virus (ZIKV) adalah flavivirus yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes yang biasanya hanya menyebabkan gejala demam ringan pada orang dewasa yang sehat, tetapi membawa risiko cacat lahir yang tinggi pada fetus jika terinfeksi selama kehamilan. ZIKV bisa bermutasi dan kemungkinan untuk menyebar ke area baru. Dengan belum adanya vaksin Zika yang disetujui, bahan alam seperti xanthone yang didapatkan dari ekstrak dari tanaman seperti manggis merupakan salah satu agen antivirus yang menjanjikan. Studi ini mengkarakterisasi infektifitas strain ZIKV Indonesia, kemudian meneliti efek antivirus alpha-mangostin (a-M), sejenis xanthone yang diekstraksi dari kulit buah manggis, terhadap ZIKV dalam tiga skenario perlakuan. Infeksi dan pertumbuhan ZIKV di galur sel secara signifikan berbeda antar sel dan dari waktu ke waktu (two-way ANOVA p < 0,01 di semua assay) dan bereplikasi dengan baik di galur sel A549 dan ginjal, tetapi tidak pada galur sel HepG2 atau sel darah putih. a-M secara efektif mengurangi titer virus dalam skenario full- dan post-treatment dengan selektivitas yang baik (SI = 6,14, 3,31, masing-masing), tetapi kurang efektif dalam mengurangi protein virus intraseluler (SI = 2,21, 1,78, masing-masing), dengan ribavirin (sebagai control) menunjukkan lebih sedikit efek, tetapi selektivitas yang lebih baik di semua skenario. Molecular docking menunjukkan a-M mengikat dengan baik ke kantung protein yang relevan pada protein replikasi ZIKV: NS1, NS3-helicase dan RdRp. Studi ini menyimpulkan bahwa ZIKV Indonesia mempunyai sifat yang mirip dengan strain lain di dunia dan a-M adalah antivirus ZIKV yang menjanjikan dengan toksisitas yang relatif rendah, dan bekerja dengan menghambat replikasi ZIKV, namun masih perlu dikonfirmasi dengan penelitian lebih lanjut. ......Zika virus (ZIKV) is a flavivirus transmitted by the bite of Aedes mosquitoes which usually causes only mild fever symptoms in healthy adults, but carries a high risk of birth defects in fetuses if infected during pregnancy. ZIKV has a history of mutations and is likely to spread to new areas. With no approved vaccine, xanthones in extracts from plants such as mangosteen represent promising antiviral agents. This study first characterized the infection patterns of the Indonesian ZIKV strain, then investigated antiviral effects of alpha-mangostin (a-M), a xanthone extracted from mangosteen pericarp, against it in three treatment scenarios. ZIKV infection progressed significantly differently between cells and over time (two-way ANOVA p < 0.01 in all assays) and replicated well in A549 and kidney cell lines, but not HepG2 or white blood cell lines. a-M effectively reduced viral titer in A549 in full and post treatment scenarios with good selectivity (SI = 6.14, 3.31, respectively), but was less effective in reducing intracellular viral protein (SI = 2.21, 1.78, respectively), with ribavirin showing less effect, but better selectivity in all scenarios. Molecular docking showed a-M binding well to pockets of interest on the ZIKV replication proteins NS1, NS3-helicase and RdRp. This study concludes that Indonesian ZIKV is similar to other strains in terms of cell line infectivity and a-M is a promising antiviral agent with relatively low toxicity, and works by inhibiting ZIKV replication, which should be confirmed with further research.

Abstrak :
Indonesia termasuk dalam negara endemik dengue dengan kasus tertinggi di Asia Tenggara. Salah satu upaya pencegahan penyakit demam berdarah dengue (DBD) yang sedang dilakukan saat ini adalah pengembangan vaksin yang efektif. Namun, studi mengenai karakter pertumbuhan dan sensitivitas terhadap suhu dari empat serotipe virus dengue (DENV) asal Indonesia belum pernah dilakukan untuk mendukung upaya tersebut. Pada penelitian ini, uji kinetika pertumbuhan dilakukan untuk mengetahui karakter pertumbuhan empat serotipe DENV (DENV-1, DENV-2, DENV-3, & DENV-4), karakter pertumbuhan tiga genotipe (genotipe I, genotipe II, & genotipe IV) dari DENV-1, dan kemampuan empat serotipe DENV bereplikasi pada dua suhu yang berbeda, yaitu 37C dan 39C. Hasil uji kinetik pertumbuhan menunjukkan adanya perbedaan profil pertumbuhan antar serotipe DENV dan antar genotipe pada DENV-1. Di sisi lain, tidak ada perbedaan profil pertumbuhan antar serotipe DENV pada suhu 37C dan 39C. ...... Indonesia belongs to dengue endemic countries with highest number of cases in Southeast Asia. One way to prevent dengue disease that has been attempted is the development of an effective dengue vaccine. However, the studies of growth characteristic and temperature sensitivity of the four dengue virus (DENV) serotypes from Indonesia have not been undertaken to support the vaccine development. In this study, growth kinetic assay was carried out to examine the growth characteristic of the four DENV serotypes (DENV-1, DENV-2, DENV-3, & DENV-4), the growth characteristic of three genotypes (genotype I, genotype II, & genotype IV) of DENV-1, and replication of the four DENV serotypes at two different temperatures, 37C and 39C. The results showed that there are differences in growth replication profiles among the four DENV serotypes and among genotypes of DENV-1. On the other hand, no differences in the growth profiles among the four DENV serotypes at 37C and 39C was observed.

Abstrak :
Optimasi uji imunofluoresensi untuk mendeteksi dan membedakan serotipe virus dengue telah dilakukan. Berdasarkan hasil, galur sel Vero76 merupakan sel terbaik untuk visualisasi dengan konsentrasi optimum antibodi primer yaitu 3,5 µg/ml untuk 4G2 (Anti Flavivirus), 3,8 µg/ml untuk 15F3 (Anti DEN1), 4,1 µg/ml untuk 3H5 (Anti DEN2), 4,4 µg/ml untuk 5D4 (Anti DEN3), dan 5,8 µg/ml untuk 1H10 (Anti DEN4), antibodi sekunder FITC sebesar 10 µg/ml, dan 7 µg/ml untuk antibodi dilabel Alexa Fluor. Uji sensitivitas menunjukkan bahwa uji imunofluoresensi mampu mendeteksi virus hingga 10-3 (0,001) plaque forming unit (PFU)/ml. Uji spesifisitas menunjukkan antibodi monoklonal yang diproduksi spesifik terhadap setiap serotipe. ......Optimization of immunofluorescence assay (IFA) for detecting and serotyping dengue virus had been done. The results showed that Vero76 cell line was the best cell for visualization, with optimum concentration for primary antibody was 3.5 µg/ml for 4G2 (Anti Flavivirus), 3.8 µg/ml for 15F3 (Anti DEN1), 4.1 µg/ml for 3H5 (Anti DEN2), 4.4 µg/ml for 5D4 (Anti DEN3), and 5.8 µg/ml for 1H10 (Anti DEN4), while for FITC-labelled secondary antibody was 10 µg/ml, and 7 µg/ml for Alexa Fluor-labeled antibody. The sensitivity showed that IFA were able to detect viruses up to 10-3 PFU/ml. The specificity assay demonstrated that the monoclonal antibodies were specific to each serotype.

Abstrak :
Penelitian dengue secara in vitro banyak dilakukan untuk mengetahui mekanisme pasti patogenesis infeksi degue. Namun, sedikitnya informasi mengenai karakter pertumbuhan virus dengue pada galur sel model menjadi salah satu faktor pembatas. Karakterisasi pertumbuhan kinetik dilakukan untuk mengetahui dengan melihat karakter pertumbuhan kinetik virus dengue pada galur sel C6/36, Vero76, MDCK, 293, HepG2, dan A549. Parameter pertumbuhan virus dengue pada tiap sel diketahui dengan melihat kecepatan replikasi, ekspresi protein NS1, dan deteksi genom virus dengue. Hasil uji kinetik menunjukkan adanya perbedaan profil pertumbuhan tiap serotipe virus dengue pada tiap galur sel, dengan pertumbuhan relatif lebih tinggi pada sel A549 dibandingkan dengan galur sel lainnya. Hasil uji ELISA menunjukkan ekspresi protein NS1 pada sel A549 meningkat seiring peningkatan titer virus. Keberadaan RNA genom virus dengue pada sel A549 dikonfirmasi menggunakan RT-PCR. Dengan demikian, keseluruhan hasil penelitian ini menunjukkan virus dengue mampu tumbuh dengan baik pada galur sel A549, sehingga dapat digunakan sebagai galur sel mamalia alternatif untuk propagasi dan penelitian infeksi virus dengue lebih lanjut. ......In vitro dengue research has been routinely used to study the pathogenesis of dengue infection. The little information about the growth characteristics of dengue viruses in various cell lines model has become the limiting factor of dengue research. Dengue virus growth characterization was conducted to determine the growth kinetics of dengue viruses in several cell lines i.e. in C6/36, Vero76, MDCK, 293, HepG2, and A549 cell lines. Growth characteristics of dengue virus in each cell were measured by looking at the rate of replication, NS1 protein expression, and detection of dengue virus genome. The replication kinetic assay indicated the difference growth characteristics of each serotype of dengue virus in each cell line, with the relatively higher growth was observed in A549 cell line compared to other cell lines. ELISA result showed an increased expression of NS1 protein in A549 cell in parallel with increasing viral titer. The presence of dengue virus RNA genome in A549 cells was confirmed using RTPCR assay. This study observed the ability of dengue viruses to grow well in A549 cell line and this cell line could be used as an alternative mammalian cell line for propagation and further study of dengue virus infection.

Abstrak :
Virus Zika (ZIKV), dengue (DENV), dan chikungunya (CHIKV) menyebabkan penyakit Zika, dengue, dan chikungunya yang memiliki gejala klinis yang mirip sehingga rentan terhadap kesalahan diagnosis di daerah di mana virus-virus tersebut ditemukan secara simultan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari tingkat kerentanan dan respon peripheral blood mononuclear cell (PBMC) manusia yang direfleksikan dari titer virus, kuantitas RNA virus, serta ekspresi gen sitokin kemokin yang dipicu oleh infeksi ZIKV, DENV, dan CHIKV secara in vitro. PBMC dipisahkan dari darah donor yang sehat. Setelah periode adaptasi dalam kultur sel, PBMC diinfeksi dengan ZIKV, DENV, dan CHIKV kemudian diinkubasi selama 48 jam. Metode plaque assay dan qRT-PCR dilakukan untuk menentukan titer virus hidup dan kuantitas RNA virus dalam sistem. Ekspresi gen TNF-a, IL-10, dan IP-10 diukur dengan metode qPCR yang dikalkulasi menggunakan metode 2-AACT. Titer virus hidup dan RNA virus intraseluler dari PBMC yang terinfeksi DENV secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan ZIKV dan CHIKV (p 0,01). Sementara itu, RNA ZIKV intra- dan ekstra-seluler memiliki kuantitas yang tertinggi (p 0,01). Ekspresi gen sitokin TNF-a meningkat pada semua PBMC yang terinfeksi arbovirus, namun tidak terdapat perbedaan yang signifikan antar virus. Ekspresi gen sitokin IL-10 mengalami penurunan yang signifikan pada PBMC yang terinfeksi DENV sebesar 0,52 0,29 kali relatif terhadap PBMC tak terinfeksi. Di sisi lain, terdapat peningkatan ekspresi gen kemokin IP-10 pada PBMC yang terinfeksi DENV sebesar 107,80 54,88 kali relatif terhadap PBMC tak terinfeksi. Profil ekspresi gen sitokin kemokin dari PBMC yang terinfeksi DENV menunjukan respon inflamasi yang paling tinggi dibandingkan dengan PBMC yang terinfeksi ZIKV dan CHIKV yang ditunjukan dari peningkatan ekspresi gen sitokin TNF-a dan kemokin IP-10 serta penurunan ekspresi gen sitokin IL-10. Analisis korelasi menunjukan bahwa terdapat korelasi negatif yang kuat dan signifikan antara respon inflamasi yang ditunjukan oleh PBMC dengan titer arbovirus hidup dan kuantitas RNA arbovirus yang menginfeksi PBMC. Penelitian ini merupakan studi pertama yang secara langsung membandingkan kerentanan dan profil sitokin kemokin dari PBMC yang terinfeksi ZIKV, DENV, dan CHIKV. Terbatasnya jumlah donor PBMC serta jenis sitokin/kemokin yang dianalisis merupakan keterbatasan utama penelitian ini. Oleh karena itu, dibutuhkan studi lebih lanjut yang dapat menganalisis profil sitokin/kemokin secara lengkap. Sehingga, pengetahuan mengenai profil tersebut dapat digunakan untuk pengembangan biomarker yang dapat membedakan antara infeksi ZIKV, DENV, dan CHIKV. ......The Zika (ZIKV), dengue (DENV), and chikungunya (CHIKV) viruses are the causative agent of Zika, dengue, and chikungunya diseases manifested as similar clinical symptoms which may lead to misdiagnosis in the area where these viruses simultaneously exist. This study aims to investigate the susceptibility and response of human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) reflected from the virus titer, viral RNA quantity, and cytokine chemokine genes expression against in vitro ZIKV, DENV, and CHIKV infections. PBMCs were isolated from the whole blood of healthy donors. Following the cell culture adaptation period, the PBMCs were infected with ZIKV, DENV, and CHIKV allowing exposure for 48 hours post-infection. The standard plaque assay method and qRT-PCR were performed to determine the viable virus titer and viral RNA quantity in the system, respectively. The relative gene expression of TNF-a, IL-10, and IP-10 was determined using qPCR employing the 2-AACT method. Both levels of viable virus and intracellular viral RNA quantity were significantly lower in DENV compared to ZIKV and CHIKV (p 0,01). Meanwhile, ZIKV RNA quantity was the highest in intra- and extra-cellular (p<0,01). The TNF-a cytokine gene was up-regulated in all virus-infected PBMCs, but there was no significant difference among them. The IL-10 cytokine gene expression was down-regulated to 0,52 0,29 times relative to the uninfected PBMC in DENV-infected PBMCs. On the other hand, the IP-10 chemokine gene expression was up-regulated to 107,80 54,88 times relative to the uninfected PBMC in ZIKV-infected PBMCs. The cytokine/chemokine gene expression profile of DENV-infected PBMCs showed the most rigorous inflammation response compared to ZIKV- and CHIKV-infected PBMCs which reflected from the up-regulation of TNF-a cytokine gene and IP-10 chemokine gene also the down-regulation of IL-10 cytokine gene. Correlation analysis showed a strong and significant negative correlation between inflammation response from PBMC with viable arbovirus titer and arbovirus RNA quantity which infected the PBMC. Our study is the first study to directly compare the susceptibility and cytokine/chemokine profile of ZIKV-, DENV-, and CHIKV-infected PBMCs. The limitation of our study including the number of PBMCs donor and the incomplete set of cytokine/chemokine which was examined. Therefore, further investigation is needed to obtain the complete cytokine chemokine profile. Thus, these profiles can be used for the development of biomarkers which can distinguish between ZIKV, DENV, and CHIKV infection.

Abstrak :
ABSTRAK Virus Dengue (DENV) dan virus Chikungunya (CHIKV) merupakan arbovirus yang menyebabkan infeksi di negara tropis dan subtropis. Penularan kedua virus ini diperantarai oleh vektor yang sama yaitu nyamuk Aedes aegypti. Baik infeksi DENV maupun CHIKV, akan memunculkan respon imun spesifik yang disebabkan oleh sekresi sitokin, kemokin, dan faktor pertumbuhan sebagai mediator inflamasi. Respon imun ini menimbulkan gejala klinis yang mirip hingga sulit dibedakan antara infeksi kedua virus ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis profil ekspresi sitokin antara infeksi DENV dan CHIKV dengan sistem galur sel A549 dan HepG2. Untuk mencapai tujuan tersebut, metode yang dilakukan yaitu dengan metode Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) untuk menentukan tingkat infeksi tertinggi pada masing-masing galur sel dan Enzyme Linked Immunosorbent (ELISA) untuk analisis sitokin/kemokin. Hasil FACS menunjukkan tropisme DENV terhadap galur sel A549 dan CHIKV terhadap galur sel HepG2. Dari keempat sitokin dan kemokin yang diuji yakni IL-8, IL-4, IL-13, dan MCP-3, hasil signifikan ditunjukkan ekspresi IL-8 dan MCP-3. Profil ekspresi kemokin IL-8 lebih tinggi pada galur sel A549 dibandingkan HepG2 sedangkan profil ekspresi kemokin MCP-3 lebih tinggi pada galur sel HepG2 dibandingkan A549. Perbandingan profil ekspresi keduanya, lebih tinggi pada galur sel yang terinfeksi DENV (DENV-4) dibandingkan CHIKV. Penelitian ini membuktikan adanya perbedaan ekspresi sitokin/ kemokin pada galur sel A549 dan HepG2 terhadap infeksi DENV dan CHIKV.

---

ABSTRACT Dengue Virus (DENV) and Chikungunya virus (CHIKV) are arboviruses infect human living in tropical and subtropical countries. These two viruses are transmitted by the same vector, Aedes aegypti mosquito. DENV and CHIKV infection induce unique immune response characterized by the secretion of cytokines, chemokines, and growth factors as inflammatory mediators. This immune response produces similar clinical symptoms, therefore it is difficult to distinguish between DENV and CHIKV infection. This study was aimed to compare the expression profiles of cytokine/chemokine expression in A549 and HepG2 cell lines infected with DENV and CHIKV. The study used Fluorescence Activated Cell Sorter (FACS) method to determine the infection rate in cell line and Enzyme Linked Immunosorbent (ELISA) for cytokine/chemokine analyses. The FACS results showed the tropism DENV in A549 cells and CHIKV in HepG2 cells. Among four cytokines and chemokines examined, i.e. IL-8, IL-4, IL-13, and MCP-3, significant different in expression was observed for IL-8 and MCP-3. The IL-8 expression was higher in A549 than HepG2 cells, whereas the profile of MCP-3 expression was higher in HepG2 than that in A549 cells. The IL-8 and MCP-3 expression was higher in cell lines infected with DENV (DENV-4) than CHIKV. This study demonstrated the differences of cytokine/chemokine expression in A549 and HepG2 cell lines infected with DENV and CHIKV.

Abstrak :
ABSTRAK
Penyakit Dengue adalah penyakit infeksi akibat virus dengue yang memiliki manifestasi klinis mulai dari demam ringan hingga berat seperti demam berdarah dan sindrom renjatan dengue. Patogenesis dengue sampai saat ini belum sepenuhnya diketahui. Ada dua faktor utama yang mempengaruhi manifestasi klinis, yaitu adanya variasi serotipe virus dengue (DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan DEN-4) dan faktor pejamu, yaitu peranan imunitas yang diantaranya diperantarai oleh sel fagosit mononuklear. Pada penelitian ini kemampuan empat serotipe virus dengue untuk menginduksi respon imun dilihat dengan memaparkan ke empat serotipe virus dengue dengan sel imun yang berasal dari manusia sehat berupa makrofag yang berasal dari monosit (monocyte derived macrophages atau MDM) dan peripheral blood mononuclear cells (PBMC) dan kemudian diukur ekspresi delapan macam sitokin/kemokin. Penelitian diawali dengan isolasi PBMC dari darah vena dengan menggunakan metode sentrifugasi gradien menggunakan Ficoll. MDM dideferensiasi dari monosit menggunakan faktor pertumbuhan MCSF. MDM dan PBMC yang diperoleh kemudian dipaparkan berbagai serotipe virus dengue. Replikasi virus diukur dengan metode plaque assay dan pengukuran kadar NS1 dengan cara ELISA. Ekspresi sitokin/kemokin dianalisa menggunakan LuminexTM microbead assay. Hasil penelitian menunjukkan adanya perbedaan pola ekspresi sitokin/kemokin akibat paparan ke empat serotipe virus pada MDM, di mana DEN-1 menunjukkan kecenderungan untuk menginduksi ekspresi sitokin/kemokin lebih cepat dan lebih tinggi dibandingakan serotipe lain. Analisa statistik pada PBMC menunjukkan adanya perbedaan kinetika ekspresi yang signifikan pada sitokin IL-10 pada 24 jam pasca infeksi dan kemokin IP-10 pada 36 dan 60 jam pasca infeksi. Sebagai kesimpulan, pada penelitian ini diperlihatkan adanya perbedaan pola kinetik ekspresi sitokin/kemokin keempat serotipe virus dengue baik pada MDM dan PBMC.

---

ABSTRACT
Dengue is a disease caused by dengue virus infection, which has clinical manifestations ranging from mild fever to severe forms such as the dengue haemorrhagic fever and dengue shock syndrome. The pathogenesis of dengue infection is not fully known. There are two main factors that influence clinical manifestations. The first is the virus factor which represented by the variation of dengue virus serotypes (DEN-1, DEN-2, DEN-3, and DEN-4) and the second factor is the host factors, which mainly involved the host’s immunity mediated by immune cells such as the mononuclear phagocytic cells. In this study, the ability of the four serotypes of dengue virus to induce immune response was studied by infecting the four serotypes of dengue virus into healthy human macrophages derived from monocytes (monocyte-derived macrophages or MDM ) and peripheral blood mononuclear cells (PBMC). The expressions of eight cytokines/chemokines were measured. Isolation of PBMCs was performed using Ficoll gradient centrifugation. MDMs were differentiated from monocytes using the growth factor M-CSF. MDM and PBMCs obtained were infected with various serotypes of dengue virus. Viral replication was measured by plaque assay methods and NS1 ELISA. Expressions of cytokines/chemokines were analyzed using LuminexTM microbead assay. The results showed differences in the expression patterns of cytokines/chemokines into four serotypes of the virus in MDM, in which DEN-1 induced the expression of cytokine/chemokines faster and at higher levels compared to other serotypes. While virus infection in PBMCs showed significant differences in the kinetics of expression of cytokines IL-10 at 24 hours post-infection and the chemokine IP-10 at 36 and 60 hours post infection. In conclusion, this study observed different patterns of cytokine/chemokines expression in response to four serotypes of dengue virus both in MDM and PBMCs.

Abstrak :
ABSTRAK
Benih bawal bintang memperlihatkan perubahan tingkah laku seperti kehilangan kemampuan berenang dan berkumpul di dasar kolam, diduga terinfeksi RSIVD. Real time PCR dengan SBYR green telah diaplikasikan secara luas untuk diagnosis penyakit. Kesederhanaan, sensitifitas, rentang deteksi yang dinamis, reproduktifitas, dan jaminan skrining dengan kecepatan waktu yang tinggi membuat real time PCR sesuai untuk mendeteksi virus (Niesters, 2002). Oleh karena itu dilakukan aplikasi metode real time PCR dengan SYBR green untuk mendeteksi RSIV pada benih bawal bintang. Penelitian ini menggunakan primer 1F dan 1R untuk skrining Megalocityvirus, grunt fin cell line untuk kultur RSIV, pengklonaan menggunakan vektor pGEM-T easy dan primer MCPspecR697-F4 dan MCP-specR888-R6 untuk deteksi RSIV dengan metode real time PCR menggunakan SYBR green. Karakterisasi dari CPE menunjukkan sel GF menjadi berbentuk bundar dan sel-sel GF terlihat berpendar pada inokulasi RSIV pada hari ke lima sampai ke tujuh. Kurva standar menghasilkan R2 0,99999, slope -2,41675 dan y-intercept 38,68938. Limit deteksi 10 salinan DNA. Spesimen klinis menunjukkan hasil positif pada jaringan hati, limpa dan ginjal. Jumlah salinan DNA paling banyak dari ekstraksi limpa yaitu: 6054 dan 4182 salinan DNA sedangkan pada organ ginjal sebanyak 72 dan 101 salinan DNA dan hati 1 dan 2 salinan DNA. Metode real time PCR menggunakan SYBR green berhasil diaplikasikan untuk mendeteksi RSIV pada benih ikan bawal bintang.

---

ABSTRACT
Snubnose pompano juvenile showed behavioral changes such as losed the ability to swim and congregated at the bottom of the pool, suspected of being infected RSIVD. Real time PCR with green SBYR has been widely applied to the diagnosis of the disease. Simplicity, sensitivity, dynamic range of detection, reproducibility, and the assurance screening with a high speed makes real time PCR according to detect viruses (Niesters, 2002). Therefore, it is done in real time application method with SYBR green PCR to detect RSIV on Snubnose pompano juvenile. This study using the primers 1F and 1R for screening Megalocityvirus, grunt fin cell line for RSIV culture, cloning using pGEM-T easy vector and primer MCPspecR697-F4 and MCP-specR888-R6 for RSIV detection by real-time PCR method using SYBR green.GF cells infected by RSIV showed round and flourescence as a result of CPE at day 5 to 7. Subnose pompano juvenile positive infected by RSIV at 191 bp. Standard curve equation R2: 0.99999, slope: -2.41675 and y-intercept: 38.68938. qPCR using primers MCP-specR674-F4 and MCP-specR888 R6 primer assay showed detection limit of 10 copies of the. Liver, spleen and kidneys of Subnose Dart juvenile were infected by RSIV, positively. The highest of copy number of DNA were shown in the spleen (6054 and 4182 copies DNA, respectively), while in kidney were 101 and 72 copies DNA respectively. The lowest copy number DNA were shown in the liver (1 to 2 copies DNA, respectively). SYBR green quantitative PCR method can be applied to detect RSIV on Subnose pompano juvenile.