Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Protein profiling with high-throughput proteomic technology, SELDI-TOF, is a new potential tool for diagnosis of human diseases. This advanced technique has increasingly been used for the detection of disease biomarker. However, analytical reproducibility is a significant challenge in SELDI-TOF profiling in order to have confidence in the results. Here, we showed a simple step to improve its analytical performance. IMAC 30-Cu Protein Chip was used to incubate denaturated samples to increase the number of peak detection and decrease peak intensity coefficient of variation. Incubation of denaturated samples overnight at 4oC increased significantly reproducibility and quality of proteomic profile of SELDI-TOF MS for IMAC30-Cu ProteinChip. This strategy could be applied to address reproducibility issue in protemictechnology in protein profiling.

Abstrak :
ABSTRAK
Salah satu penyebab kegagalan pengendalian tuberkulosis di Indonesia, adalah karena lemahnya diagnosis untuk deteksi dini kasus infeksi disamping kegagalan terapi kasus tuberkulosis yang resisten terhadap beberapa obat anti tuberkulosis dan hambatan dalam melakukan kontrol tuberkulosis secara global. Dengan ditemukannya teknik molekuler "spoligotyping" (spacer olygonucleotide typing) yang dilakukan berdasarkan analisis keragaman jumlah dan letak daerah diantara lokus direct repeat (DR) DNA M, tuberculosis dan hibridisasi menggunakan pelacak spacer oligonucleotide yang terletak diantara daerah DR ini akan dapat memperlihatkan perbedaan antar galur. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deleksi cepat sekaligus dapat membedakan galur M. tuberculosis langsung dari spesimen klinik tanpa melakukan kultur kuman.

Sebanyak 30 sampel yang terdiri dari 29 sampel klinik bakteri Al tuberculosis yang dikumpulkan dari 28 penderita tuberkulosis dan I sampel kuman standard Al BGC dilakukan pemeriksaan mikroskopik BTA, kultur pada media Lowenstein Jensen, uji bioldmia, uji resistensi serta ekstraksi DNA. DNA hasil ekstraksi kemudian diamplifikasi dengan menggunakan oligonukleotida DRa dan DRb 5'biotinylated sebagai primer untuk amplifikasi lokus direct repeat (DR) DNA M tuberculosis. DNA hasil amplifikasi dihibridisasi dengan pelacak (probe) yang terdiri dari I set oligonukleotida (43 jenis spacer oligonucleotides). Deteksi DNA hasil hibridisasi dilakukan dengan alat deteksi substrat kemiluminesen ECL (Amersham) dan dipaparkan pada film sinar-X ( Hyperfilm ECL; Amersham).

Dari hasil penelitian terlihat bahwa ekstraksi DNA M. tuberculosis dengan menggunakan metode Boom maupun Fenol-Kloroform dapat menghasilkan DNA dengan tingkat kemurnian atau nilai rasio absorbansi (a. 2601280) berkisar 1,4-1,9. Keberhasilan isolasi DNA ini telah dibuktikan dengan adanya pita DNA dalam gel agarosa dari hasil amplifikasi PCR dengan ukuran 541 bp, yang sesuai dengan fragmen DNA Al tuberculosis yang disintesis dengan menggunakan primer Pt8 dan Pt9. Hibridisasi telah dilakukan untuk menentukan galur pada 9 dari 30 sampel yang berhasil dikumpulkan dan di dapatkan 8 pola pita hibridisasi unik yang menunjukkan adanya 8 galur yang berbeda. Pada 2 sampel sputum yang dikumpulkan dalam 2 waktu pengambilan yang berbeda dari seorang penderita tuberculosis, memberikan pola pita hibridisasi yang sama. 4 galur MDR-TB (Multi Drug Resistance - Tuberculosis) dalam sampel penelitian ini mempunyai pola kekerabatan yang lebih dekat dibandingkan dengan 3 galur lainnya yang sensitif terhadap semua jenis Obat Anti Tuberculosis. Dari ke 9 sampel yang diidentifikasi dengan teknik spoligotyping, dapat menunjukkan perbedaan antar galur dan diperoleh 8 pola pita hibridisasi DNA Al. tuberculosis yang dapat digunakan sebagai penanda epidemiologi untuk bakteri penyebab penyakit tuberkulosis di Indonesia.

Teknik spoligotyping dapat menjadi alternatif disamping isolasi M. tuberculosis untuk mendeteksi adanya bakteri M. tuberculosis sekaligus dapat membedakan galur kuman pada penderita tuberkulosis, sehingga dapat digunakan untuk memantau penyebaran kuman penyakit tuberkulosis yang sangat penting untuk dikembangkan lebih lanjut.

Abstrak :
ABSTRACT
Dengue is an infectious disease caused by dengue virus. Dengue endemic region includes America, Western Pacific, Africa, East Mediterranian, and South East Asia including Indonesia. An early diagnostic system specific for Indonesia is needed to control dengue in Indonesia. In this research, cloning of Non Structural 1 (NS1) gene from dengue virus type 3 (Indonesian strain D3-1703) into pYES2/CT vector was performed. In the long run, NS1 recombinant protein will be expressed in Saccharomyces cerevisiae for diagnostic materials. Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification of NS1 gene fragments were done with optimal annealing temperature at 55 ºC. NS1 gene fragment and pYES2/CT were cut by Bam H I and Not I enzymes. The digested pYES2/CT was dephosphosrylated using Calf Intestine Alkaline Phospatase enzyme. Ligation with the vector:insert ratio of 1:12 and 1:20 resulted in 6 and 5 recombinant colony candidates respectively. Restriction enzyme and PCR verifications showed that 5 recombinant plasmids contained NS1 gene. Sequencing of the first 600 bp of one recombinant plasmid was performed. The blastn analysis showed that it had a 99% identity with dengue virus type 3 strain FW06. Finally, it was shown that NS1 clone within pYES2/CT was in the correct Open Reading Frame and ready to be expressed in S. cerevisiae.

Abstrak :
Pemeriksaan dahak secara mikroskopik dengan pewarnaan Basil Tahan Asam (BTA) merupakan pemeriksaan yang sederhana, cepat, murah, dan cukup sensitif untuk mendukung diagnosis penyakit tuberkulosis serta untuk menilai kemajuan pengobatan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan metoda pewarnaan BTA terbaik yang dapat digunakan secara rutin terutama di laboratorium dengan beban pekerjaan yang cukup tinggi. Sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif dan negatif tiga macam metode pewarnaan BTA, yaitu Tan Thiam Hok, Ziehl Neelsen, dan Fluorokrom, dibandingkan terhadap hasil biakan dahak pada medium padat Lowenstein Jensen sebagai baku emas. Intepretasi hasil pewarnaan mengacu pada skala IUTLD. Pertumbuhan Mycobacterium tuberculosis didapatkan pada 27 dari 98 spesimen sputum (27,6%) berasal dari 98 penderita tersangka tuberculosis. Sensitivitas metoda pewarnaan Tan Thiam Hok, Ziehl Neelsen, dan Fluorokrom adalah 62,9%, 81,5%, dan 92,6%, sedangkan spesifisitasnya berturut-turut adalah 92,9%, 91,6%, dan 91,1%. Nilai prediksi positif berturut-turut adalah 77,3%, 78,6%, dan 71,4%, sedangkan nilai prediksi negatif adalah 86,8%, 92,9%, dan 96,8%. Dari penelitian ini didapatkan bahwa Ziehl Neelsen merupaka metoda terbaik dan dapat dilakukan di laboratorium sederhana.

---

Comparison of Tan Thiam Hok, Ziehl Neelsen and Fluorochrome as Acid-Fast Bacilli Staining Methods in Sputum. Because of its simplicity, rapidity, low cost and relatively sensitive, sputum acid-fast bacilli (AFB) smear microscopy is the primary tool for detecting pulmonary tuberculosis and follow up of therapy. This experiment is aimed to determine the best acid-fast staining method that can be used for routine laboratory examination, especially in the high burdened clinical laboratory. We compared the sensitivity, specivity, and the positive and negative predictive value of 3 kinds of methods : Tan Thiam Hok, Ziehl Neelsen and Fluorochrome, using culture on Lowenstein-Jensen media as the gold standard. The smear results were observed using IUTLD scale. Twenty seven of 98 sputum specimens from 98 patients with clinical suspicion of tuberculosis (27,6 %) were positive by culture. The sensitivity of Tan Thiam Hok, Ziehl Neelsen and Fluorochrome were 62,9%, 81,5% and 92,6%, while the specivity were 92,9%, 91,6% and 91,1% respectively. The positive predictive value were 77,3 %, 78,6 %, 71,4 % , and the negative predictive value were 86,8 %, 92,9 %, 96,8 % respectively. Although fluorochrome gave the highest sensitivity, it needs special expensive equipments. We conclude that Ziehl Neelsen is still the method of choice for detecting AFB in sputum microscopically.