Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Inflamasi yang tidak terkontrol menjadi penyebab kematian yang signifikan di seluruh dunia dan merupakan faktor penting dalam kasus COVID-19 yang parah. EmponEmpon (EE), merupakan jamu tradisional Indonesia secara empiris diyakini mampu menyembuhkan COVID-19 yang parah. Namun, mekanisme kerja senyawa utama dalam mengobati keparahan COVID-19 masih belum jelas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi senyawa utama EE dan mekanisme molekulernya dalam mengendalikan inflamasi pada COVID-19. Senyawa EE diidentifikasi menggunakan KNApSAcK, protein/target yang terhubung senyawa dikumpulkan menggunakan database: ChemBL, GeneCard, dan Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology (TCMSP), sedangkan target terhubung penyakit dikumpulkan menggunakan GeneCard database. Analisis protein-protein interaction (PPI) dibangun menggunakan String, analisis Gene Ontology (GO) dan Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment menggunakan ShinyGO 0.8. Jaringan interaksi senyawa-target-pathway divisualisasikan dan dianalisis menggunakan Cytoscape 3.10. Analisis penambatan molekul menggunakan PyRx 0.98 serta analisis molecular dynamics simulation (MD) menggunakan NAMD. Diperoleh sebanyak 336 senyawa dalam EE, 28 senyawa diantaranya memenuhi kriteria penyaringan berdasarkan bobot molekul (BM): 200-500 dalton, Oral bioavailability (OB) ≥ 30%, drug-likeness (DL) ≥ 0.18, tidak menghambat CYP2D6 di hati, toksisitas ≥ III. sebanyak 578 target EE diidentifikasi terlibat dalam inflamasi dan COVID-19. Analisis GO dan KEGG mengungkap bahwa aksi farmakologi EE melalui berbagai jalur, termasuk jalur kanker, lipid dan aterosklerosis, serta COVID-19. Analisis PPI diperoleh sebanyak 6 target yang memainkan peran essensial dalam mengendalikan inflamasi dan mengobati COVID-19, yaitu: MAPK3, EGFR, AKT1, PTGS2, TNF dan IL-6. Analisis penambatan molekul menunjukkan bahwa α-amyrin, Biochanin-A, Delphinidin, Sesamin, Isorhamnetin, Guaiacin, dan Ellagic acid adalah senyawa yang mampu terikat kuat pada MAPK3, EGFR, AKT1, PTGS2, TNF dan IL-6; hasil ini diperkuat oleh analisis MD yang mengkonfirmasi bahwa interaksi antara senyawa dengan kompleks target esensialnya stabil. Temuan ini memberikan landasan teoritis mekanisme EE dalam mengendalikan inflamasi pada COVID-19, yang dapat digunakan untuk mengembangkan jamu berbasis EE

---

Uncontrolled inflammation is a significant cause of death worldwide and is an essential factor in severe cases of COVID-19. Empon-Empon (EE), a traditional Indonesian herbal medicine, is empirically believed to be able to cure severe COVID-19. However, the mechanism of action of the main compound in treating the severity of COVID-19 is still unclear. This study aims to identify the main compounds of EE and their molecular mechanisms in controlling inflammation in COVID-19. EE compounds were identified using KNApSAcK, and compound-related proteins/targets were collected using ChemBL, GeneCard, and Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology (TCMSP) databases. In a while, disease-linked targets were collected using the GeneCard database. Protein-protein interaction (PPI) analysis was built using String, Gene Ontology (GO) analysis, and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment using ShinyGO 0.8. The compound-target-pathway interaction network was visualized and analyzed using Cytoscape 3.10. Molecular docking analysis using PyRx 0.98 and molecular dynamics simulation (MD) analysis using NAMD. A total of 336 compounds were obtained in EE, 28 of which met the screening criteria based on molecular weight (BM): 200-500 daltons, Oral bioavailability (OB) ≥ 30%, drug-likeness (DL) ≥ 0.18, does not inhibit CYP2D6 in the liver, toxicity ≥ III. A total of 578 EE targets were identified as being involved in inflammation and COVID-19. GO and KEGG analyses revealed the pharmacological actions of EE through various pathways, including cancer, lipid and atherosclerosis, and COVID-19 pathways. PPI analysis revealed six essential targets in controlling inflammation and treating COVID19, namely MAPK3, EGFR, AKT1, PTGS2, TNF, and IL-6. Molecular docking analysis showed that α-amyrin, Biochanin-A, Delphinidin, Sesamin, Isorhamnetin, Guaiacin, and Ellagic acid were compounds that were able to bind strongly to MAPK3, EGFR, AKT1, PTGS2, TNF, and IL-6; these results were confirmed by MD analysis which confirmed that the interaction between the compound and its essential target complex was stable. These findings provide a theoretical basis for the mechanism of EE in controlling inflammation in COVID-19, which can be used to develop EE-based herbal medicine."

"Insufisiensi ovarium primer (IOP) adalah sindrom klinik yang ditandai dengan hilangnya aktivitas ovarium sebelum usia 40 tahun, disertai gangguan menstruasi, peningkatan gonadotropin dan rendahnya kadar estradiol. Kondisi tersebut menyebabkan infertilitas. Diagnosis IOP ditegakkan berdasarkan hormon FSH, tetapi memerlukan 2 kali pemeriksaan dalam waktu 4-6 minggu, sehingga digunakan persentil wiweko untuk mengetahui kadar AMH sebagai prediktor cadangan ovarium. Kadar AMH rendah menunjukkan cadangan ovarium juga rendah; diduga karena ada mutasi gen AMH sehingga perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui hubungan antara mutasi gen dengan hormon AMH. Penelitian potong lintang ini dilakukan di Rumah Sakit dr Cipto Mangunkusumo (RSCM) Jakarta dalam kurun waktu Juni 2021-Maret 2022. Subjek penelitian adalah pasien yang dikonsulkan ke RSCM untuk masalah gangguan menstruasi. Subjek dibagi tiga kelompok yaitu kelompok IOP, SOPK dan kontrol, kemudian dilakukan uji karyotiping dengan G-banding untuk mengetahui normalitas kromosom. Selanjutnya diperiksa urutan gen AMH dan SNP menggunakan sanger sekuensing, sedangkan kadar AMH diperiksa dengan uji ELISA. Data diolah dengan SPSS versi 20 dan uji statistik yang digunakan adalah Uji Mann Whitney, chi square, exact fisher dan uji korelasi spearman. Dari total 31 subjek penelitian, 8 subjek masuk dalam kelompok IOP, 16 subjek SOPK, dan 7 subjek kontrol. Terdapat 30 mutasi dengan 2 mutasi novel pada promoter gen AMH dan 3 mutasi novel pada struktur gen AMH. Terdapat 14 SNP pada kelompok IOP dan 15 SNP pada kelompok SOPK, dengan nilai LDI > 0,8 yang berarti kemunculan satu mutasi diikuti oleh mutasi di titik lain. Mutasi struktural gen AMH, SNP P247Q, menyebabkan perubahan prolin menjadi glutamin. Mutasi itu mengubah folding pada model prediksi 3D protein AMH. Mutasi pada kelompok IOP memiliki nilai HW 0,014; artinya, mutasi tidak diwariskan ke generasi selanjutnya. Terdapat perbedaan bermakna distribusi frekuensi mutasi promoter gen AMH antara kelompok IOP dengan SOPK, pada titik mutasi 19:g.2249146T>G (p=0,007) dengan rasio prevalens RP (95%CI) = 5(1,6-14,9) terhadap SOPK, sehingga genotipe TG 5 kali lebih besar kemungkinan menjadi IOP. Disimpulkan terdapat mutasi pada promoter dan struktural gen AMH pada semua kelompok, yang menyebabkan perbedaan urutan basa; namun tidak bermakna. Model prediksi struktur 3D AMH menunjukkan perubahan folding di titik P247Q yang mengalami mutasi, sehingga mengakibatkan perubahan struktur protein. Jumlah dan jenis mutasi pada struktural gen AMH tidak berhubungan dengan kadar AMH. Jumlah mutasi di promoter gen AMH tidak memengaruhi kadar AMH pada semua kelompok.

---

Primary ovarian insufficiency (POI) is a clinical syndrome characterized by the loss of ovarian function before the age of 40, resulting in menstrual irregularities, elevated gonadotropin levels, and decreased estradiol levels. It leads to infertility. Diagnosis of POI requires two FSH hormone tests within a 4-6 week period. To predict ovarian reserve, AMH levels are measured using the Wiweko percentile. Low AMH levels indicate diminished ovarian reserve, possibly due to AMH gene mutations. Hence, a study was conducted at Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM) in Jakarta from June 2021 to March 2022.

The study included three groups: POI, polycystic ovary syndrome (PCOS), and control. G-banding karyotyping determined chromosomal normality, while Sanger sequencing examined AMH gene sequence and single nucleotide polymorphisms (SNPs). ELISA was used to measure AMH levels. Statistical analysis employed SPSS version 20, including tests like Mann-Whitney, chi-square, exact Fisher, and Spearman correlation.

Out of 31 subjects, 8 had POI, 16 had PCOS, and 7 were controls. The study identified 30 mutations, including 2 novel promoter mutations and 3 novel missense mutations in the AMH gene structure. The POI group had 14 SNPs, while the PCOS group had 15, with an LDI value > 0.8 indicating multiple mutations. The SNP P247Q caused a proline to glutamine change, impacting the protein structure. The HW value of POI mutations was 0.014, suggesting no inheritance.

There was a significant difference in the distribution of AMH gene promoter mutation frequencies between the IOP and PCOS groups, at the mutation point 19:g.2249146T>G (p=0.007) with a prevalence ratio of RP (95%CI) = 5(1.6-14.9) to PCOS, so that the TG genotype is 5 times more likely to become IOP.. In conclusion, mutations occurred in both promoter and structural regions of the AMH gene but did not significantly impact AMH levels. The 3D model predicted structural changes at the P247Q mutation point. The number and type of structural mutations were unrelated to AMH levels. The number of promoter gene mutations did not affect AMH levels in any group."