Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.

---

Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."

"Telah dilakukan penelitian dengan tujuan melihat perbedaan jumlah salinan mtDNA pada ibu hamil malnutrisi sebelum dilakukan suplementasi dalam penelitian SUMMIT (Supplementation of multiple micronutrient intervention trial). Sampel yang digunakan berupa sampel darah kering dari penelitian SUMMIT yang berjumlah 72. Jumlah salinan mtDNA diestimasi dengan metode qPCR. Analisis statistik menunjukkan tidak ada perbedaan jumlah salinan mtDNA yang signifikan pada kelompok IFA dan MMN (p > 0,05), subkelompok BBLR dan BBLN kelompok IFA (p > 0,05), subkelompok BBLR dan BBLN kelompok MMN (p > 0,05), dan antar subkelompok (p > 0,05). Namun, hasil analisis rerata jumlah salinan mtDNA menunjukkan adanya indikasi awal perbedaan jumlah salinan mtDNA, dengan rerata jumlah salinan mtDNA kelompok MMN (28,57) > kelompok IFA (22,89) dan rerata jumlah salinan mtDNA subkelompok BBLR kelompok MMN (38,01) > subkelompok BBLR kelompok IFA (26,81). Walaupun demikian, hasil tersebut tidak konklusif karena secara statistik tidak menunjukkan signifikansi. Diperlukan jumlah sampel yang lebih banyak dan homogenisasi variabel lain yang dapat memengaruhi jumlah salinan mtDNA untuk penelitian selanjutnya.

---

This research aims to determine the variation of mtDNA copy number in undernourished pregnant mothers before supplementation in SUMMIT (Supplementation of multiple micronutrient intervention trial) study. Seventy-two of dried blood samples from SUMMIT study were used in this study and mtDNA copy number was estimated with qPCR method. Statistical analysis (U-Mann Whitney and Kruskal-Wallis) test showed no significant difference of mtDNA copy number between IFA and MMN group (p > 0,05), subgroup LBW and NBW in IFA group (p > 0,05), subgroup LBW and NBW in MMN group (p > 0,05), and among all subgroup (p > 0,05). However, the result of mean analysis indicated that mtDNA copy number had different means: mtDNA copy number in MMN group (28,57) > IFA group (22,89), meanwhile subgroup LBW in MMN group (38,01) > subgroup NBW in IFA group (26,81). These finding was still not conclusive due to the absent of statistical significant. More samples and consideration of other variables were needed for further study."

"Enzim L-asparaginase merupakan enzim yang menghidrolisis L-asparagin menjadi asam L-aspartat dan ammonia. Enzim tersebut berfungsi untuk kemoterapi penyakit Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). Penelitian bertujuan untuk melakukan subkloning dan ekspresi gen L-asparaginase yang berasal dari bakteri Bacillus circulans ke Escherichia coli DH5α di bawah kontrol promoter xyn AQ1. Gen yang mengkode L-asparaginase dari Bacillus circulans yang digabungkan dengan promoter xyn AQ1 diamplifikasi dengan menggunakan metode overlap PCR. Produk PCR berhasil disubkloning ke vektor pGEM®-T Easy di dalam E. coli DH5α.Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen sisipan memiliki persentase kemiripan sebesar 100 % dengan sekuen B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (yang merupakan bagian promoter xyn AQ1) dan 99 % kemiripan dengan gen L-asparaginase dari B. subtilis BSn5. Aktivitas enzim L-asparaginase dari E. coli yang mengandung plasmid dengan promoter xyn AQ1 dan open reading frame (ORF) L-asparaginase dari B. circulans lebih tinggi daripada plasmid yang hanya mengandung ORF L-asparaginase dari B. circulans

---

L-Asparaginase is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of L-asparagine to L-aspartic acid and ammonia. It has important role in treatment of Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). The purpose of this research is to subclone the encoding gene of L-asparaginase and to express this gene in Escherichia coli DH5α under the control of xyn AQ1 promoter. The gene encoding for L-asparaginase from Bacillus circulans combined with xyn AQ1 promoter have been amplified using overlap PCR. The PCR product successfully subcloned into pGEM®-T Easy vector in E. coli DH5α.

The sequencing results showed that the insert had 100% homology with sequence of B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (part of xyn AQ1 promoter) and 99 % homology with L-asparaginase gene from B. subtilis BSn5. The activity of L-asparaginase enzyme from E. coli containing plasmid with xyn AQ1 promoter and L-asparaginase open reading frame (ORF) from B. circulans was higher than plasmid with L-asparaginase ORF from B. circulans only."

"Japanese encephalitis (JE) merupakan penyakit endemik di Asia, bahkan telah menjadi penyakit hiperendemik di Bali, Indonesia. Keterbatasan vaksin dan belum adanya obat anti virus JE telah menjadi kendala utama dalam mengatasi penyakit tersebut. Salah satu alternatif adalah penemuan kandidat obat berupa inhibitor RNA helikase virus JE.Penelitian bertujuan mengisolasi suatu substansi inhibitor aktivitas ATPase RNA helikase virus JE dari kultur Streptomyces achromogenes (Okami dan Umezawa, 1953). Protein RNA helikase virus JE berfungsi sebagai substrat diekspresikan dari plasmid pET-21b yang telah ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Substansi inhibitor diisolasi dari supernatan S. achromogenes yang telah dikultur selama 3 hari. Supernatan medium kultur menghasilkan persentase inhibisi sebesar 26,8%. Protein inhibitor telah berhasil diisolasi dengan pengendapan amonium sulfat 0--75 %, dialisis, dan kromatografi filtrasi gel menggunakan Sephadex G-50 fine.Uji aktivitas inhibisi dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase dan dianalisis dengan SDS-PAGE 12%. Substansi hasil pengendapan amonium sulfat sebelum dialisis menunjukkan persentase inhibisi sebesar 82,36% dan setelah dialisis sebesar 87,77%. Hasil kromatografi filtrasi gel menunjukkan aktivitas inhibisi tinggi mulai dari fraksi 4--11 dengan aktivitas inhibisi berturutturut 78,89%; 78,59%; 78,08%; 74,59%; 69,09%; 65,58%; 65,85%; 55.13%. Analisis SDS-PAGE hasil isolasi dan pemurnian protein inhibitor menunjukkan substansi protein inhibitor RNA helikase virus JE memiliki berat molekul kurang lebih 37 kDa."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star?(DE3) telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21 Star?(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3 mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71 (accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star?(DE3) berhasil dilakukan."

"Keragaman enterovirus di Indonesia belum banyak diketahui, terutama enterovirus nonpolio spesies Human enterovirus C (HEV-C) yang dapat berekombinasi dengan poliovirus galur oral poliovirus vaccine (OPV).Penelitian bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi enterovirus pada anakanak balita di Desa Antajaya yang memiliki fasilitas sanitasi minim. Sampel feses dikumpulkan selama bulan Februari--Juni 2008 dari 100 anak-anak balita partisipan serta dianalisis melalui metode CODEHOP VP1 RT-snPCR, sequencing parsial gen pengkode kapsid VP1, penelusuran BLAST, dan rekonstruksi pohon filogenetik. Prevalensi enterovirus paling tinggi yang terdeteksi dan teridentifikasi terdapat pada kelompok umur 12--23 bulan dengan kecenderungan penurunan prevalensi pada kelompok umur yang semakin besar. Analisis pohon filogenetik dari 65 sampel positif enterovirus memperlihatkan 14 cluster berbeda yang sesuai dengan 14 serotipe enterovirus hasil penelusuran BLAST, yaitu coxsackievirus A2 (CVA2), CVA5, CVA10 dari spesies HEV-A (16,92%); echovirus 1 (E1), E9, E14, E21, E25, coxsackievirus B3 (CVB3), CVB4 dari spesies HEV-B (38%); dan poliovirus 2 (PV2), CVA1, CVA20, CVA24 dari spesies HEV-C (24,62%). Prevalensi enterovirus nonpolio spesies HEV-C yang relatif tinggi dalam penelitian dapat menjadi salah satu dasar pertimbangan penggunaan inactivated poliovirus vaccine (IPV) di Indonesia untuk mencegah wabah poliomielitis akibat rekombinasi antara poliovirus galur OPV dan enterovirus nonpolio spesies HEV-C."