Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Legionellosis is a collection of infection that emerged in the second half of the 2Oth century, and that are caused by Legionella pneumophila and related bacteria. Legionellosis consists of two clinical syndromes, Legionnaires?disease is characterisized by pneumonia and pontiac fever is self-limiting, influenza like illness. Outb According this study, the sensitivity of duplex PCR to detect Legionella pneumophila in sterile NaCl 0.9% is 2.8 CFU/ml. The sensitivity of the duplex PCR in seeded water samples are 62 CFU/400ml of tap water sample, 32 CFU/400ml of sterile distiiled water and 32 CFU/400 ml of sterile NaCl 0.9%. The culture method in this study can not recovered Legionella from seeded water samples. The presence of Legionella .spp and Legionella pneumophila in cooling tower water was investigated using the duplex PCR. Of 9 cooling tower water sample and 3 tap water sample, 8 were positive for Legionella spp, 1 were positive for Legionella pneumophila and 3 were negative. According detection Legionella in seeded water samples and cooling tower water, the culture method can not be used to recover Legionella, but the duplex PCR can be used as rapid detection for Legionella spp and Legionella pneumophila.

---

Legionella pneumophila merupakan penyebab utama lgionellosis yang mulai muncul pada pertengahan abad 20. Legionellosis dapat berkembang menjadi dua keadaan klinik, pertama Legionnares? disease yang merupakan penyakit multi sistem pneumonia, kedua Pontiac fever suatu penyakit mirip dengan flu dan dapat sembuh dengan sendirinya. Umumnya kasus legionellosis terjadi akibat dari kontaminasi pada sistem air panas maupun dingin pada gedung bertingkat seperti cooling tower, kondensor, spa, kolam renang, Oleh karena itu deteksi bakteri Legionellla pada sistem air di gedung bertingkat dan rumah sakit diperlukan untuk mencegah legionellosis nosokomial ataupun komunitas. Deteksi legionella dengan metode konvensional memerlukan media khusus dan waktu inkubasi yang lama. Pada penelitian ini duplex PCR dikembangkan untuk mendeteksi Legionella spp dan Legionella pneumophila pada sampel air cooling lower, dengan primer dari sekuens gen 16S rRNA unluk mendeteksi Legionella spp Serta primer sekuens gen nano untuk mendeteksi Legionella pneumophila. Pada penelitian ini Duplex PCR dapat digunakan untuk mendeteksi Legionella pneumophila dalam suspensi NaCl 0.9% hingga batas deteksi 2,8 CFU/ml. Hasil uji simulasi menggunakan sampel air yang ditambahkan pengenceran berseri Legionella pneumophila menunjukkan batas deteksi hingga 62 CFU/ 400 ml air kran, 32 CFU/400 ml akuadest steril dan 32 CFU/ 400 ml NaCl 0.9% stril. Hasil uji sirnulasi dengan metode kultur tidak menunjukkan pertumbuhan koloni pada agar BCYE plus. Hasil uji coba Duplex PCR terhadap 9 sampel air cooling tower dan 3 sampel air kran adalah satu sampel menunjukkan pita spesiiik L. pneumophia, 8 sampel yang menunjukkan pita spesifik Legionella spp dan 3 sampel negatif. Berdasarkan uji simulasi dan pemeriksaan sampel air cooling lower; metode kultur pada penelitian ini belum dapat mendeteksi keberadaan bakteri Legionella, sedangkan deteksi Legionella spp dan L. pneumophila dapat dilakukan dengan metode duplex PCR."

"Latar belakang: Dari 36,9 juta orang yang terinfeksi oleh Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada akhir tahun 2018 di seluruh dunia, terdapat sekitar 1-2 juta yang terinfeksi HIV-2. Meskipun HIV-2 kurang patogen dibandingkan dengan HIV-1, misdiagnosis infeksi HIV-2 dapat menyebabkan kegagalan pengobatan yang berujung pada perkembangan Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Diagnostik yang akurat diperlukan untuk menentukan apakah suatu individu telah terinfeksi HIV-1, HIV-2 atau koinfeksi HIV-1 dan HIV-2. Metode: Penelitian ini menggunakan DNA sintetik penyandi antigen rekombinan gp125-gp36 HIV-2 yang bersifat immunodominan, lestari, telah dioptimasi kodon untuk sistem ekspresi E. coli, dan telah dianalisis struktur sekunder mRNAnya. DNA sintetik diklona ke plasmid pQE80L untuk diekspresikan, kemudian dipurifikasi menggunakan kromatografi afinitas Ni-NTA. Antigen rekombinan kemudian diuji reaktivitasnya dengan antibodi anti-HIV-2, serta 7 serum positif HIV-1, HBV, HCV, dan serum normal.Hasil: Gen sintetik berhasil dikonstruksi pada plasmid pQE80L dan dapat diekspresikan dengan induksi 0,1 mM IPTG selama 4 jam. Antigen rekombinan terpurifikasi secra optimal pada kondisi denature dengan pH elusi 4,5. Selanjutnya, hasil uji reaktivitas menunjukkan hasil reaktif untuk antibodi anti HIV-2 dan tidak tidak reaktif untuk 7 sampel serum positif HBV, HCV, dan serum normal. Sedangkan untuk serum positif HV-1, terdapat hasil reaktif pada sampel serum nomor 3 yang diduga disebabkan oleh protein kontaminan dari E. coli.Kesimpulan: Antigen rekombinan gp125-gp36 HIV-2 untuk deteksi antibodi anti-HIV-2 telah berhasil dikembangkan, akan tetapi perlu dilakukan optimasi lebih lanjut untuk mendapatkan antigen rekombinan yang benar-benar murni.

---

Background: From 36.9 million people worldwide infected by the Human Immunodeficiency Virus (HIV) at the end of 2018, 1-2 million are infected by HIV-2. Although HIV-2 is less patogenic than HIV-1, misdiagnostic of HIV-2 infection could effect to treatment failure which leads to development of Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Accurately diagnostic is required to ascertain whether an individual has been infected HIV-1, HIV-2, or HIV-1 and HIV-2 co-infection.

Method: This study used immunodominant and sustainable synthetic DNA encoding of recombinant antigen gp125-gp36 HIV-2 which was optimized by codon for E. coli expression system, and analyzed the secondary structure of its mRNA. Synthetic DNA was cloned to the pQE80L plasmid to be expressed, purrifyed using Ni-NTA affinity chromatography. Recombinant antigen therefore was verified for reactivity by anti-HIV-2 antibodies and 7 positive serum of HIV-1, HBC, HCV, and normal serum.

Result: The synthetic gene was succesfully constructed on pQE80L plasmid and able to be expressed by induction of 0.1 mM IPTG for 4 hours. Recombinant antigen was optimally purified in denature conditions due to elusion pH of 4.5. Furthermore, the reactivity test revealed reactive result for anti HIV-2 antibodies and unreactive to 7 positive sample serum of HBC, HCV, and normal serum. While positive serum HIV-1 demonstrate a reactive result in sample serum number 3 supposed causing by protein contaminants from E. Coli. Conclusion: Recombinant antigen gp125-gp36 HIV-2 for the detection anti HIV-2 antibodies has been succesfully developed, however further optimization is required in case to obtain truly pure recombinant antigens."

"Amplifikasi DNA virus hepatitis B (VHB) dari sampel plasma sulit dilakukan apabila kadar DNA VHB <10.000 kopi/ml. Sehingga, langkah awal ekstraksi menjadi penting bagi keberhasilan amplifikasi dan sekuensing. Peningkatan konsentrasi DNA dalam jumlah yang cukup dan berkualitas baik memerlukan metode isolasi yang optimal. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan teknik isolasi DNA yang optimal untuk menghasilkan DNA VHB dalam jumlah yang cukup sehingga dapat digunakan untuk mendeteksi perubahan genetik gen polimerase VHB terkait resistensi obat antivirus pada kasus hepatitis B kronik. Optimasi prosedur penanganan sampel untuk mengekstraksi partikel DNA VHB dilakukan dengan mengisolasi sampel plasma dengan kadar virus 105 kopi/ml menggunakan delapan perlakuan yang berbeda yaitu 1 ml dan 200 µL plasma disentrifugasi 4000xg selama 20 menit pada suhu 25°C (P1 dan P2), 1 ml dan 200 µL plasma disentrifugasi 16000xg selama 1 jam pada suhu 4°C (P3 dan P4), 1 ml plasma disentrifugasi 21000xg selama 1 jam pada suhu 4°C (P5), 1 ml plasma dalam PEG6000 20% diinkubasi semalaman pada 2-8°C kemudian disentrifugasi 21000xg selama 1 jam pada suhu 4°C (P6), 1 ml plasma dalam PEG6000 20% dan NaCl 0.5M diinkubasi semalaman pada 2-8oC kemudian disentrifugasi 21000xg selama 1 jam pada suhu 4°C (P7), dan 200 µL sampel plasma tanpa penambahan perlakuan (P8). Kadar virus diukur menggunakan kuantitatif realtime PCR, dan hasil dari setiap perlakuan sampel dibandingkan dengan kontrol (P8). Uji simulasi dilakukan pada sampel plasma dengan kadar virus 105; 104; 103 dan 102 kopi/ml yang diberikan perlakuan 3 (P3) yang dipilih berdasarkan hasil sebelumnya, DNA kemudian disekuensing untuk dianalisis mutasi resistensinya terhadap obat antivirus dan hasilnya dibandingkan dengan sampel yang tanpa diberikan perlakuan. Hasil menunjukkan bahwa terjadi peningkatan konsentrasi DNA pada rerata sampel yang diisolasi menggunakan P3 jika dibandingkan dengan kontrol (P8). Sedangkan hasil sekuensing untuk analisis mutasi pada gen polimerase terkait resistensi terhadap obat antivirus dapat dilakukan pada sampel dengan kadar virus 105; 104; 103 kopi/ml baik yang diberikan perlakuan maupun tanpa perlakuan. Namun, sampel dengan kadar virus 102 kopi/ml hanya dapat dianalisis mutasi resistensinya pada sampel yang ditambahkan perlakuan 3 (P3). Kesimpulan: 1 ml plasma yang disentrifugasi 16000xg selama 1 jam pada suhu 4°C (perlakuan 3) merupakan metode isolasi DNA yang mampu meningkatkan perolehan DNA secara optimal dari sampel plasma penderita hepatitis B kronik, sehingga analisis resistensi terhadap obat antivirus menggunakan teknik in-house assay dapat di lakukan pada sampel dengan kadar virus <10.000 kopi DNA/ml.

---

The amplification of hepatitis B virus DNA from plasma samples is difficult when HBV DNA levels <10.000 copies/ml. Thus, the initial step of extraction become crucial for the success of amplification and sequencing. Increasing concentrations of DNA in sufficient quantity and good quality need an optimal isolation method. The aim of this study is to obtain an optimal DNA isolation technique and generate HBV DNA in sufficient quantities, so that it can be used to detect genetic changes of HBV polymerase gene related to drugs resistance on chronic hepatitis B. The optimization of sample handling procedure for extracting HBV DNA particles were performed by isolating plasma samples with viral load 105 copies/ml using eight different kinds of treatment are 1 ml and 200 µL of plasma was centrifuged at 4000×g for 20 minutes at 25°C (P1 and P2); 1 ml and 200 µL of plasma centrifuged at 16000×g for 1 hour at 4°C (P3 and P4); 1 ml of plasma centrifuged at 21000×g for 1 hour at 4°C (P5); 1 ml of plasma in 20% PEG6000 were incubated overnight at 2-8°C then centrifuged at 21000xg for 1 hour at 4°C (P6), 1 ml of plasma in 20% PEG6000 and 0.5M NaCl were incubated overnight at 2-8oC then centrifuged at 21000xg for 1 hour at 4°C (P7), and 200 µL of plasma without treatment (P8). Hepatitis B virus level were measured using quantitative real-time PCR, and the results of each treatment compared to the control samples (P8). Simulation test performed on plasma samples with grading of virus level (i.e 105; 104; 103 and 102 copies/ml) were given treatment 3 (P3) were selected based on previous results, the DNA was sequenced and then analyzed for drugs resistance and the results were compared with samples without treatment.

Result showed that an increasing in average concentration of DNA samples was isolated using the P3 when compared with controls (P8). While the results of sequencing for analysis of mutations in polymerase gene associated with drugs resistance can be performed on samples with virus level 105; 104; 103 copies/ml were given either treatment or no treatment. However, samples with virus level 102 copies/ml can be analyzed only

on treatment samples.

Conclusion: 1 ml plasma were centrifuged at 16000xg for 1 h at 4°C (treatment 3) is a DNA isolation method that can improve the recovery of optimal DNA from plasma samples of patients with chronic hepatitis B, so that the analysis of drug resistance using in-house assay techniques can be done on samples with virus levels <10,000 copies/ml."

"Background: VP6 protein is an intermediate layer on rotavirus outer capsid shell which is the major structural protein and play an important role in replication cycle. VP6 protein is a conserved region that can induce immune response as target protein of T cell with cross-reactive epitopes within another genotypes.Objectives: This research conducted to determine the molecular characterization of rotavirus VP6 recombinant protein of Indonesia strain, and to determine the clone and expression of VP6 protein in Escherichia coli BL21 for development of rotavirus vaccine.Methods: Rotavirus RNA was extracted from clinical sample of R55 and R10 strains that having correlation with genotipes I and II rotavirus. RNA samples were amplified with RT-PCR reaction and produced 1194 bp amplicon, and sequencing reaction were conducted to confirm and analyze the molecular characterization of VP6 protein in bioinformatics. VP6 gene as insert and pQE-80L plasmids as vector were double restricted and then ligated by ligation enzyme. Product of ligation were transformed to E.coli Top 10 competent cells and the clones were selected to get the recombinant plasmids which bearing VP6 gene. The recombinant plasmid than subcloned to E.coli BL21 competent cells and induced by IPTG and its pellets were loaded directly onto SDS-PAGE, approximately 45 kDa protein was observed on the SDS-PAGE. The protein was analyzed using Western-blotting.Results: Level of amino acids homology from R55 and R10 rotavirus strain compared with vaccine strains and vaccine candidate strains showed high level of homology, with the conserved regions of T-cell epitopes. R55 strain having close relativity with genotype I while R10 strain having close relativitywith genotype II. there are the same level of hydrophobicity between R55 and R10 which indicated as surface proteins or as a hydrophilic protein. The differences of secondary structure between R55 and R10 in amino acids position of 149-152 and 341-349. The VP6 cloned obtained from E.coli Top 10 with pQE-80L plasmid. The profile of expressed VP6 recombinant protein from R55 and R10 strains in SDS-PAGEshowed the different intensity of protein between induced condition with IPTG and non-induced condition, indicated that VP6 protein might be successfully expressed.The Western-Blot assay showed the same result between the cell that induced and non-induced, but it still need another confirmation.Conclusion: The resultof molecular characterization from VP6 recombinant protein and the cloned of VP6 gene that obtained from R55 and R10 rotavirus strains of Indonesia could beapplied as a preliminary study to develop rotavirus candidate vaccine based on subunit vaccine.

---

Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, danmerupakan bagian yang paling lestaridan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin.Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus.Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot.Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitopyang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut.Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut."