|
Virus chikungunya (CHIKV) telah diketahui menginfeksi manusia danmenyebabkan penyakit di Indonesia sejak tahun 1982. Karakterisasi genetikyang berkelanjutan sangat diperlukan untuk membantu pengembanganupaya penanggulangan infeksi CHIKV di Indonesia. Penelitian dilakukanterhadap 14 isolat CHIKV hasil isolasi Viral Disease Program, US NAMRU-2,dalam tahun 2000--2005 dari Yogyakarta, Jember, Manado, Bandung, danJakarta dengan tujuan mengkarakterisasi genetik dan menggolongkangenotipe berdasarkan sekuens sebagian gen envelope-1 (E1) sepanjang260 nt dan gen envelope-2 (E2) sepanjang 220 nt. Sekuens kedua gendiperoleh melalui amplifikasi menggunakan empat primer (JMCL5, JMCR5,JMCL6, dan JMCR7) dan metode direct sequencing menggunakanautomated DNA sequencer. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik denganmetode neighbor-joining pada kedua wilayah gen menunjukkan seluruh isolatIndonesia berada dalam clade genotipe Asia. Seluruh isolat Indonesiaterkelompok dalam cluster yang monofiletik, mengindikasikan adanyakarakter spesifik. Tingkat kesamaan sekuens di antara isolat-isolat Indonesiabernilai lebih besar pada wilayah gen E1 (98,8--100%) daripada wilayahgen E2 (97,7--100%). Hasil alignment dengan strain vaksin, strain Nagpur,strain S27, dan strain 37997 menunjukkan terjadinya delapan substitusinukleotida pada masing-masing wilayah gen E1 dan gen E2 isolat-isolatIndonesia dengan tiga di antaranya mengakibatkan perubahan asam aminoiv(E1-F81L, E2-T92M, dan E2-T116I). Karakter-karakter molekular yang uniktersebut menunjukkan adanya potensi evolusi mikro CHIKV di Indonesia. |
S31443-Fredrik.pdf :: Unduh