|
Gen var merupakan famili gen pada Plasmodium falciparum yangmengkode PfEMP1 (Plasmodium falciparum Erythrocyte Membrane Protein1) pada permukaan eritrosit yang terinfeksi parasit. Penelitian bertujuanmengkarakterisasi variasi ekspresi gen var dan melihat motif conserved(homolog) sekuens gen var pada domain DBLγ dari isolat klinis P. falciparumpada penderita malaria di Rumah Sakit Mitra Masyarakat, Timika, Papua.Penelitian dilakukan di Laboratorium Malaria 2, Lembaga Biologi MolekulerEijkman selama 8 bulan. Domain DBLγ pada PfEMP1 diamplifikasi secara invitro dengan teknik PCR menggunakan primer DBLγ degenerate, yangmenghasilkan pita dengan kisaran ukuran 500--700 pb. Produk PCR DBLγkemudian diligasikan dengan vektor plasmid pGEM®-T easy danditransformasikan ke dalam Escherichia coli strain DH5α dengan metodeheat shock. Transforman diseleksi pada medium agar Luria-Bertani ampisilin.Hasil penapisan biru-putih dan PCR insert checking menunjukkan adanya 1--33 koloni yang positif mengandung insert dari masing-masing sampel.DeoxyriboNucleic Acid koloni positif tersebut kemudian di-sequencing. Hasilsequencing dan alignment menunjukkan adanya variasi ekspresi gen var danmotif conserved (homolog) dari isolat klinis P. falciparum dari Timika, Papua.Berdasarkan alignment sekuens asam amino, terdapat 1--9 variasi ekspresigen var pada klona tiap sampel. Rekonstruksi pohon filogenetik dilakukandengan metode Neighbour-Joining dengan program komputer PHYLIP.ivBerdasarkan pohon tersebut, terdapat hubungan kekerabatan ataupersamaan sekuens asam amino antara sampel isolat klinis P. falciparumdari Timika, Papua dan sekuens asam amino DBLγ dari database(www.ncbi.nlm.nih.gov) dan (www.plasmodb.org). |
S31455-Nugradzia.pdf :: Unduh