Studi bioinformatika gen human papillomavirus (HPV) sebagai salah satu langkah pengembangan alat deteksi dini kanker mulut rahim
Siagian, Hulman;
Tambunan, Usman Sumo Friend, supervisor; Endang Saefudin, examiner; Budiawan, examiner; Endang Asijati Widijaningsih Ichsan, examiner
(Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2004)
|
| Kanker mulut rahim adalah Ranker yang paling banyak terjadi diantarasemua jenis kanker yang ada dan merupakan penyebab angka kematlanterbesar di dunia termasuk di Indonesia. Penyebab utama kanker mulut rahimadalah Human Paviloma Vims (HPV), virus yang termasuk dalam kelompokpapova virus. Tindakan yang umum dilakukan pada pencegahan danpengobatan kanker mulut rahim dilakukan dengan mengamati perkembangansel kanker mulut rahim dengan metode pap smear. Perkembangan terakhir/■adalah pengembangan Hybrid Capture, kit pendeteksi kanker mulut rahimdengan memonitoring virus HPV penyebab kanker tersebut yang mendeteksimateri genetik HPV penyebab kanker mulut rahim. Terobosan ini menjadisangat menjanjikan seiring perkembangan bioteknologi dan bioinformatikyang sangat pesat pada tahun-tahun terakhir. Pada penelitian ini dilakukanstudi bioinformatik pada genom HPV dan desain primer yang selektif hanyaterhadap tipe HPV penyebab kanker mulut rahim untuk selanjutnyadigunakan sebagai pengganti probe pada modifikasi Hybrid Capture. Metodeyang digunakan adalah dengan melakukan serangkaian multiple alignmentterhadap genom HPV untuk mencari conserve region spesifik. Conserveregion ini akan digunakan sebagai template perancangan primer. Multiplealignment dilakukan terhadap genom HPV yang terlebih dulu dikelompokkanmenurut tempat hidup virus dan keterkaitan virus dengan kanker mulut rahim.Conserve region hasil multiple alignment dari masing-masing-kelompok kemudian dipisahkan dari sikuens genom totalnya dan selanjutnya dilakukanmultiple alignment terhadap conserve region yang didapat pada masingmasingkelompok HPVuntuk mendapatkan conserve region spesifik.Keseluruhan proses multiple alignment yang dilakukan menghasilkan 6conserve region yang spesifik hanya dimiliki oleh kelompok virus penyebabkanker mulut rahim {genital high-risk cancer dan genital low-risk cancer)dengan ukuran sikuens yang beragam. Kemudian enam conserve regiontersebut digunakan sebagai template perancangan primer spesifik terhadaptipe virus penyebab kanker mulut rahim. Terhadap kandidat primer hasilrancangan menggunakan enam conserve region yang dihasilkan, dilakukanuji selektivitas dengan menggunakan BLAST pada database sehinggadidapatkan satu conserve region terbaik dengan ukuran 117pb yangmenghasilkan 3 primer yang memiliki selektivitas tertinggi diantara kandidatprimer yang didapat. |
 S-Hulman Siagian.pdf :: Unduh
|
| No. Panggil : | S-Pdf |
| Entri utama-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama badan : | |
| Subjek : | |
| Penerbitan : | Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2004 |
| Program Studi : |
| Bahasa : | ind |
| Sumber Pengatalogan : | LibUI ind rda |
| Tipe Konten : | text |
| Tipe Media : | computer |
| Tipe Carrier : | online resource |
| Deskripsi Fisik : | x, 51 pages : illustration ; appendix |
| Naskah Ringkas : | |
| Lembaga Pemilik : | Universitas Indonesia |
| Lokasi : | Perpustakaan UI |
| No. Panggil | No. Barkod | Ketersediaan |
|---|---|---|
| S-Pdf | 14-19-985419514 | TERSEDIA |
| Ulasan: |
| Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20179798 |
