|
Avian influenza (H5N1) merupakan suatu penyakit yang disebabkanolen virus influenza tipe A yang dapat menyebabkan kematian cukup tinggi.Kasus virus influenza A yang mematikan bagi manusia antara lain H1 N1tahun 1918, H2N2 tahun 1957-1958, H3N2 pada tahun 1987-1988, dankasus terbaru adalah H1 N1 tahun 2009. Hal ini menjelaskan banwa mutasiyang terjadi dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza.Analisis mutasi secara in silico dapat dilakukan dengan menggunakanmetode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasiyang diamati untuk Hemagglutinin (HA) dilakukan pada daerah deavage site,sedangkan untuk Non Struktural (NS) 1 dan Matrik(M) 1 dilakukan padaseluruh daerah pada sekuen. Pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkongpada cleavage site HA adalah R-X-K/R-R, sedangkan sekuen subtipe H1 N1,H1 N2, dan H3N2 tidak memiliki pola ini. Pola ini menyebabkan HA H5N1mudan terpotong oleh furin sesuai hasil prediksi pro-P (furin). Mutasi spesifikpada sekuen NS1 untuk kontrol (A/Indonesia/5/2005 (H5N 1),A/Indonesia/CDC1 032/2007 (H5N 1), A/Hong Kong/1 56/97 (H5N 1), A/BrevigMission/1/18 (H 1N 1), A/Mexico/InDRE4487/2009 (H 1N 1) ) ternaclap subtipeH1 N1, H1 N2, dan H3N2 terdapat di posisi 53. Pada M1 tidak ditemukanposisi mutasi spesifik untuk kontrol yang identik untuk ketiga subtipe tersebutSekuen NS1 dan M1 kontrol maupun subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 memiliki nilai IC5O dibawan 5OnM sehingga masih dapat dikenali dengan baikoleh sistem imun host. Mutasi spesifik tidak terjadi pada daerah pengenalanepitope. Hasil mutasi spesifik yang terjadi ini baik untuk NS1 dan M1 tidakmempengaruhi perubahan struktur sekunder maupun struktur tersier proteinsecara signifikan dari kontrol dengan sekuen H1N1, H1N2, dan H3N2. Hal initerlihat dari nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) setelah dilakukansuperimpose terhadap struktur protein 3D nasil prediksi |
