ABSTRAK
Penyakit dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virusdengue dengan empat serotipenya yaitu DENV-1, 2, 3, dan 4. Untukmengurangi terjadinya penyakit dengue dari keempat serotipe yang ada,maka perlu dirancang vaksin peptida yang bersifat tetravalen danmencegah infeksi semua serotipe dengue menggunakan protein E(envelope) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope sel T protein EDENV1-4 menggunakan server MULTIPRED dengan HLA kelas II DR danalgoritma Hidden Markov Model (HMM), dan prediksi epitope sel B proteinE DENV-3 menggunakan Conformational Epitope Prediction (CEP) server.Perancangan vaksin dilakukan dengan mensubstitusikan epitope sel Thighest binders protein E DENV-1,2, dan 4 ke dalam epitope sel T nonbinders backbone protein E DENV-3. Dengan memvariasi posisi epitopepensubstitusi maka diperoleh enam rancangan vaksin peptida dengueyang bersifat tetravalen. Hasil BLASTp menunjukkan keenam rancanganvaksin mempunyai 93% identity dengan protein E DENV-3 native. Strukturtersier vaksin diprediksi melalui homology modeling. Dari hasil analisisstruktur tersier diperoleh empat rancangan vaksin yang terbaik, yaituHMM1-2-4, HMM1-4-2, HMM2-1-4, dan HMM4-1-2 dengan persentaseresidu non glisin pada disallowed region berkisar 2% dan score VAST61,5. Prediksi sistem ekspresi protein menghasilkan sel serangga sebagai host yang sesuai untuk mengekspresikan keempat vaksin tersebut.Rancangan DNA rekombinan menggunakan plasmid pBlueBac4.5sebagai vektor transfer baculovirus dan insersi sekuens DNA vaksinmenggunakan enzim restriksi BamH1 dan EcoR1. Prediksi modifikasi posttranslation menunjukkan hanya modifikasi N-glikosilasi yang palingmungkin terjadi terhadap protein vaksin dalam sel serangga. |
T40054-Syamsudin.pdf :: Unduh