:: UI - Skripsi Membership :: Kembali

UI - Skripsi Membership :: Kembali

Prediksi lokasi exon dengan menggunakan hidden Markov model pada gen drosophila melanogaster, homo sapiens serta zea mays

Atik Ariyani; Dadang Gunawan, supervisor (Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2005)

 Abstrak

DNA merupakan komponen penting dalam tubuh makhluk hidup dalam kaitannya dengan sintesis asam amino penyusun protein. Informasi mengenai sintesis asam amino tersebut direpresentasikan oleh empat buah karakter nukleotida A, T, C dan G yang mempakan simbol basa-basa nitrogen penyusun DNA. Rangkaian DNA makhluk hidup tersusun atas gen-gen yang panjangnya jutaan bahkan milyaran karakter nukleotida. Namun, yang terpakai sebagai kode genetik dalam sintesis asam amino hanya karakter nukleotida yang terdapat pada suatu daerah pengkodean yang disebut exon dalam setiap gen.
Hidden Markov Model (HMM) merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk memprediksi lokasi exon pada DNA. HMM memiliki dua buah fase, yakni fase training dan fase tes. Sequence-sequence DNA ditraining untuk mendapatkan estimasi matrik transisi dan estimasi matrik emisi melalui proses iterasi. Matrik transisi dan matrik emisi ini kemudian digunakan untuk mengetes sequence DNA yang bersangkutan. Pada skripsi ini, simulasi dilakukan dengan menggunakan tiga jenis organisme, Drosophila melanogaster (lalat buah). Homo sapiens (manusia), serta Zea mays (padi).
Data yang diperoleh dari simulasi berupa nilai sensitivity (Sn) dan specificity (Sp) hasil prediksi lokasi exon gen yang bersangkutan. Dari perhitungan nilai akurasi untuk Drosophila melanogaster didapat nilai akurasi Sn sebesar 92.5% dan nilai Sp sebesar 88%, pada Homo sapiens dengan nilai akurasi Sn sebesar 69.7% dan nilai Sp sebesar 44.7% serta pada Zea Mays dengan nilai akurasi Sn sebesar 55.6% dan nilai Sp sebesar 78.6%.

 File Digital: 1

Shelf
 S40070-Atik Ariyani.pdf :: Unduh

LOGIN required

 Metadata

No. Panggil : S40070
Entri utama-Nama orang :
Entri tambahan-Nama orang :
Entri tambahan-Nama badan :
Penerbitan : Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2005
Program Studi :
Bahasa : ind
Sumber Pengatalogan : LibUI ind rda
Tipe Konten : text
Tipe Media : unmediated ; computer
Tipe Carrier : volume ; online resource
Deskripsi Fisik : ix, 32 pages : illustration ; 28 cm + appendix
Naskah Ringkas :
Lembaga Pemilik : Universitas Indonesia
Lokasi : Perpustakaan UI, Lantai 3
  • Ketersediaan
  • Ulasan
No. Panggil No. Barkod Ketersediaan
S40070 14-20-584373273 TERSEDIA
Ulasan:
Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20242587