Protease (PR) pada HIV berperan dalam proses maturasi virus agar dapatmenginfeksi sel inang. Proses tersebut berlangsung dalam sisi aktif PR denganmemotong poliprotein virus. Banyaknya ragam mutasi residu PR membuatinteraksi PR dengan obat yang diberikan dapat berbeda. Pasien dari Indonesiasendiri memiliki karakteristik galur tipe AE yang berbeda dengan galur B yangbanyak ditemukan di negara-negara barat. Dua PR pasien dari Indonesia dengankode RY1 (10 mutasi) dan DY1 (12 mutasi) disimulasikan dengan metodesimulasi dinamika molekuler untuk meninjau interaksi antara kedua PR denganobat amprenavir (APV). Berdasarkan hasil energinya, interaksi RY1-APV lebihkuat bila dibandingkan dengan DY1-APV. Hasil tersebut diperkuat dengan tinjuanstruktural dan ikatan hidrogen terhadap residu mutasi yang dimiliki kedua pasien.Model pasien RY1 memiliki mutasi di residu ke-45 yang diketahui membantumempertahankan interaksi PR-APV, sedangkan model pasien DY1 memilikimutasi pada residu ke-10 yang diketahui mengurangi interaksinya dengan obat.
Abstract
Protease (PR) on the HIV virus plays a role in the maturation process in order toinfect host cells. The process takes place in the active site PR by cutting viralpolyprotein. Many kinds of mutated residues at PR makes interaction with thedrug can vary. Patients from Indonesia itself has AE type strain that has differentcharacteristic with B type strain which are found in western countries. Two PRpatients from Indonesia with RY1 code (10 mutations) and DY1 code (12mutations) is simulated by molecular dynamics simulation methods to evaluatethe interaction between two PR with amprenavir (APV). Based on the energy,RY1-APV interaction is stronger when compared to DY1-APV. These results aresupported by structural insights and hydrogen bonding to residue mutations thatoccur in both patients. RY1 patient model have mutations in 45th residue, that isknown to help maintain the interaction of PR-APV. While the DY1 patient modelhave mutations in the 10th residue, that is known to reduce the interaction withthe drug. |
