Perancangan Pentapeptida Siklis sebagai inhibitor Neuramidase Virus H5N1 melalui Docking dan simulasi dinamika molekul = Designing Cyclopentapeptide inhibitor of Neuraminidase H5N1 Virus through Docking and Molecular dynamics simulation / Yossy Carolina Unadi
Yossy Carolina Unadi;
Tambunan, Usman Sumo Friend, supervisor; Sumi Hudiyono PWS, promotor; Endang Saefudin, examiner; Yoki Yulizar, examiner; Any Yanuar, supervisor
([Publisher not identified]
, 2013)
|
|
ABSTRAK Highly Pathogenic Avian Influenza H5N1 telah menarik banyak perhatian sebagaivirus yang memiliki potensi pandemik pada manusia sejak pertama kalidibuktikan sebagai penyebab kematian manusia. Neuraminidase memiliki perananyang penting dalam replikasi virus, sehingga menjadikannya sebagai target utamadalam perancangan antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virusyang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalamiresistensi. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptida memilikiaktivitas dan selektivitas yang baik. Jembatan disulfida pada perancangan liganpeptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan. Perancangan ligan dilakukanberdasarkan polaritas residu asam amino pada sisi aktif neuraminidase. Hasilperancangan ligan diperoleh 4200 pentapeptida siklis sebagai kandidat antiviral.Simulasi molecular docking menggunakan MOE 2008.10 dilakukan untukmenapis ligan berdasarkan nilai afinitas pada sisi aktif enzim (Gbinding). UjiADME Tox (adsorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi dan toksisitas) dilakukanuntuk mengetahui toksisitas ligan. Interaksi intra dan intermolekuler, termasukperubahan bentuk ikatan diuji melalui simulasi dinamika molekul pada temperatur310K dan 312K. Hasil simulasi molecular docking dan uji toksisitas menunjukkanbahwa ligan CLDRC, CILRC dan CIWRC binding terendah, yaitu-40,5854 kkal/mol, -40,3614 kkal/mol dan -39,9721 kkal/mol serta tidak bersifatmutagenik dan karsinogenik. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukkanbahwa ligan CILRC mempunyai konformasi yang cenderung stabil padatemperatur 310K dan 312K. Jadi dapat disimpulkan bahwa ligan CILRC dapatdigunakan sebagai kandidat antiviral neuraminidase virus H5N1. ABSTRACT Highly Pathogenic Avian Influenza H5N1 has attracted much attention as apotential pandemic virus in humans since it was first shown to cause human death.Neuraminidase has an important role in viral replication, making it a key target inthe design of antiviral influenza virus. But very rapid mutation viral developmentscauses some antiviral drugs began to experience resistance. Selection of peptidesas drug candidates because peptides have activity and good selectivity. Disulfidebridges in the peptide ligand design aims to enhance system stabilitu. The designis based on the polarity of the ligand amino acid residues in the active site ofneuraminidase. The results obtained designing ligands cyclical pentapeptide 4200as a candidate antiviral. Molecular docking simulations performed using MOE2008.10 to filter based on the value of the affinity ligand in the active site ofbinding). To determine the toxicity of the ligands tested in ADMETox(adsorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity). Intra andintermolecular interactions, including changes in the form of bonds tested bymolecular dynamics simulations at temperatures of 310K and 312K. Results ofmolecular docking simulation and toxicity indicates that the ligand CLDRC,binding CIWRC have lowest value, which is -40.5854 kcal / mol, -40.3614 kcal / mol and -39.9721 kcal / mol, also non-mutagenic and carcinogenic.The results of molecular dynamics simulations have shown that ligandconformation CILRC stable at temperatures 310K and 312K. So it can beconcluded that the ligands can be used as a candidate CILRC antiviralneuraminidase H5N1 virus. |
 T32565-Yossy Carolina Unadi.pdf :: Unduh
|
| No. Panggil : | T32565 |
| Entri utama-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama badan : | |
| Subjek : | |
| Penerbitan : | [Place of publication not identified]: [Publisher not identified], 2013 |
| Program Studi : |
| Bahasa : | ind |
| Sumber Pengatalogan : | LibUI ind rda |
| Tipe Konten : | text |
| Tipe Media : | unmediated ; computer |
| Tipe Carrier : | volume ; online resource |
| Deskripsi Fisik : | xv, 76 pages ; 28 cm + appendix |
| Naskah Ringkas : | |
| Lembaga Pemilik : | Universitas Indonesia |
| Lokasi : | Perpustakaan UI, Lantai 3 |
| No. Panggil | No. Barkod | Ketersediaan |
|---|---|---|
| T32565 | TERSEDIA |
| Ulasan: |
| Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20336071 |
