Pengelompokan sekuens protein virus herpes menggunakan tribe markov clustering (tribe-MCL) = Clustering of protein sequences herpes virus using tribe markov clustering (tribe-MCL) / Nurlaili Lisma Febriyani

Nurlaili Lisma Febriyani, author

Pengelompokan sekuens protein virus herpes menggunakan tribe markov clustering (tribe-MCL) = Clustering of protein sequences herpes virus using tribe markov clustering (tribe-MCL) / Nurlaili Lisma Febriyani

Nurlaili Lisma Febriyani; Alhadi Bustaman, supervisor; Titin Siswantining, supervisor; Djati Kerami, examiner; Dian Lestari, co-promotor ([Publisher not identified] , 2015)

Abstrak

[ABSTRAK

Berdasarkan data World Health Organization (WHO) diketahui prevalensi herpes

di negara-negara berkembang lebih tinggi dibandingkan dengan di negara maju.

Virus herpes dapat ditemukan dimana saja dan salah satu ciri penting adalah

kemampuannya yang dapat menimbulkan infeksi akut dan kronik pada waktuwaktu

tertentu. Akibat infeksi tersebut memungkinkan terjadi komplikasi yang

lebih berat. Virus herpes terdiri atas genome DNA tertutup inti yang mengandung

protein dan dibungkus oleh glikoprotein. Dengan mempelajari ekspresi gen

(sekuen DNA/protein) dan didukung oleh kemajuan di bidang bioinformatika,

dapat ditemukan sub-sub bagian penting dan kelompok gen. Virus-virus ini dapat

dikelompokkan dengan menganalisa sekuens protein dari virus herpes dengan

menggunakan algoritma Tribe Markov Clustering (Tribe-MCL). Tribe-MCL

merupakan metode clustering efisien berdasarkan teori rantai Markov chain,

untuk mengelompokkan barisan keluarga protein. Data sekuens protein virus

herpes diperoleh di GenBank yang dapat diakses pada situs National Center for

Biotechnology Information (NCBI), kemudian disejajarkan menggunakan

program BLASTp. Hasil pengelompokan sekuen protein virus herpes

menggunakan algoritma Tribe-MCL dengan program R diperoleh enam

kelompok . Semua kelompok menunjukkan jenis protein yang sama, dalam hal

ini jenis protein yang digunakan adalah glikoprotein B, M, dan H pada delapan

jenis virus herpes yang terjangkit pada manusia.

ABSTRACT

Based on World Health Organization (WHO) data, the prevalence of herpes in

developing countries is higher than in developed countries. The herpes virus can

be found anywhere and one of the important characteristics is its ability to cause

acute and chronic infection at certain times. Due to infections enables more

severe complications occur. The herpes virus is composed of DNA containing

protein and wrapped by glycoproteins. By studying the expression of genes

(sequences of DNA / protein) and is supported by advances in bioinformatics, can

be found an important sub-sections and groups of genes. These viruses can be

classified by analyzing the sequence of the protein-sequence of the herpes virus

using algorithm Tribe Markov Clustering (Tribe-MCL). Tribe-MCL is an efficient

clustering method based on the theory of Markov chains, to classify sequences of

protein families. Herpes virus protein sequence data obtained in GenBank which

can be accessed on the website National Center for Biotechnology Information

(NCBI), then aligned using BLASTp program. The results of clustering protein

sequences herpes virus using algorithms (Tribe-MCL) with a program of R

obtained six cluster. All clusters showed the same type of protein, in this case the

type of protein used is a glycoprotein B, F, and H in eight types of herpes virus

that infected humans, Based on World Health Organization (WHO) data, the prevalence of herpes in