Implementasi algoritma regularized markov clustering pada jaringan interaksi protein gen-gen kandidat faktor risiko penyakit skizofrenia = Implementation of regularized markov clustering algorithm on protein interaction networks of schizophrenia s risk factors candidate genes
Rizky Ginanjar;
Alhadi Bustamam, supervisor; Hengki Tasman, supervisor; Gatot Fatwanto Hertono, examiner; Siti Aminah, examiner; Devvi Sarwinda, examiner
([Publisher not identified]
, 2016)
|
|
ABSTRAK Skizofrenia telah diderita oleh lebih dari 21 juta orang di seluruh dunia. Masalahgenetik dan lingkungan menjadi salah satu faktor yang berkontribusi dalamperkembangan penyakit ini. Beberapa penelitian menunjukkan beberapa gen yangberhubungan dapat meningkatkan risiko penyakit ini. Gen-gen kandidat yangdiperoleh dari beberapa penelitian ternyata membentuk sebuah jaringan besar padainteraksi tingkat proteinnya. Oleh karena itu, perlu dilakukan studi terhadapjaringan interaksi protein dari gen kandidat. Algoritma Regularized MarkovClustering (RMCL) adalah salah satu metode graph clustering yang merupakanpengembangan dari algoritma Markov Clustering (MCL). Dalam skripsi ini,dibahas mengenai implementasi algoritma RMCL pada data jaringan interaksiprotein gen-gen kandidat faktor risiko skizofrenia yang dibangun menggunakanbahasa pemrograman R. Simulasi algoritma RMCL dilakukan dengan parameterpenggelembungan berbeda-beda. Kemudian, hasil simulasi algoritma RMCLdibandingkan dengan hasil simulasi algoritma MCL dengan parameter yang sama.Algoritma RMCL memberikan hasil dalam bentuk overlapping cluster, hal inimenunjukkan keterikatan antar cluster yang terbentuk. Sehingga, berdasarkanhasil simulasi algoritma RMCL, terdapat hubungan antar cluster protein daribeberapa gen kandidat, salah satunya adalah hubungan gen NRG1 dan CACNG2. ABSTRACT Schizophrenia has been suffered by over 21 million people worldwide. Geneticand environmental issues are one of the contributing factors in the development ofthis disease. Some research suggests that several related genes may increase therisk of this disease. Candidate genes that obtained from several research turns up alarge network of protein-protein interaction. Therefore, it is necessary to study theprotein-protein interaction network of the candidate gene. Regularized MarkovClustering Algorithm (RMCL) is a graph clustering method which is thedevelopment of Markov Clustering Algorithm (MCL). This minithesis discussedabout implementation of the RMCL algorithm on protein-protein interactionnetworks on schizophrenia?s risk factors candidate genes data that is built using aprogramming language R. RMCL algorithm simulation performed with differentinflation parameters. Then, the results of the RMCL algorithm simulationcompared with MCL algorithm simulation with the same parameters. RMCLalgorithm provides results in the form of overlapping clusters, which mean thereare relation between clusters. Thus, based on the results of RMCL algorithmsimulation, there are relation between protein clusters of several candidate genes,one of which is the relationship of gene NRG1 and CACNG2. |
 S63944-Rizky Ginanjar.pdf :: Unduh
|
| No. Panggil : | S63944 |
| Entri utama-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama badan : | |
| Subjek : | |
| Penerbitan : | [Place of publication not identified]: [Publisher not identified], 2016 |
| Program Studi : |
| Bahasa : | ind |
| Sumber Pengatalogan : | LibUI ind rda |
| Tipe Konten : | text |
| Tipe Media : | unmediated ; computer (rdadontent) |
| Tipe Carrier : | volume ; online resource |
| Deskripsi Fisik : | xiii, 64 pages : illustration ; 30 cm +appendix |
| Naskah Ringkas : | |
| Lembaga Pemilik : | Universitas Indonesia |
| Lokasi : | Perpustakaan UI Lantai 3 |
| No. Panggil | No. Barkod | Ketersediaan |
|---|---|---|
| S63944 | 14-18-051659115 | TERSEDIA |
| Ulasan: |
| Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20430611 |
