|
Currently, we reported results of a nested polymerase chain reaction (PCR) assay specific 5` untranslated region (UTR)region of hepatitis C virus (HCV) genome that showed three different patterns of deoxyribonucleic acid (DNA)fragments (single expected specific DNA band, single DNA band higher in size than an expected band, and multipleDNA bands). Three isolates (Isolate A, B, and C), representing all the three DNA bands, were analyzed by usingphylogenetic trees. The results showed that the Isolate A, B, and C were classified into HCV genotypes 2, 1, and 3,respectively. The Isolate A and B were very closely related to viral isolates from Madagascar and Brazil, respectivelyand were not closely related to other Indonesia isolates. In contrast with the Isolate A and B, the Isolate C was veryclosely related to another Indonesia isolate. Among all there isolates, the Isolate C was very closely related to anIndonesia isolate detected from a cirrhosis patient, indicating that the Isolate C might be more virulence than the IsolateB and C. However, a complete genome-based comprehensive genetic characterization for all the three isolates needs tobe conducted in future research to confirm all findings in this study.Analisis Filogenetik Berbasis Region5` yang Tidak Ditranslasikan Sebagian (Partly 5` UTR) terhadap Tiga IsolatVirus Hepatitis C di Jakarta, Indonesia: Kajian Pendahuluan. Makalah ini adalah laporan hasil pengujian genomHCV dengan metode nested PCR 5` UTR spesifik yang menunjukkan adanya tiga pola fragmen DNA yang berbeda(untai DNA spesifik yang diekspektasi tunggal, untai DNA tunggal yang berukuran lebih tinggi daripada untai yangdiekspektasi, dan untai DNA majemuk). Tiga isolat (Isolat A, B, dan C) yang mewakili tiga berkas DNA itu dianalisisdengan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Isolat A, B, dan C tergolong genotipe HCV 2, 1, dan 3secara berturut-turut. Isolat A dan B masing-masing berhubungan erat dengan isolat virus dari Madagaskar dan Brazil,meskipun keduanya tidak berhubungan erat dengan isolat dari Indonesia. Berbeda dengan isolat A dan B, Isolat Cberhubungan erat dengan isolat dari Indonesia. Di antara ketiga isolat, Isolat C memiliki hubungan paling erat denganisolat Indonesia yang ditemukan pada seorang pasien kirosis. Hal ini menunjukkan adanya kemungkinan bahwa Isolat Clebih berbahaya daripada Isolat B dan C. Bagaimanapun, karakterisasi genetis komprehensif berbasis genom yanglengkap terhadap ketiga isolat perlu dilaksanakan pada kajian-kajian berikutnya untuk mendukung hasil penelitian ini. |
