ABSTRAK
Protein memiliki peranan yang sangat penting dalam kehidupan. Setiap proteinberinteraksi dengan protein-protein lain, DNA, dan molekul-molekul lainnya, sehinggaterbentuklah jaringan interaksi protein yang berukuran sangat besar. Untuk memudahkandalam menganalisisnya, diperlukan metode clustering. Algoritma Soft RegularizedMarkov Clustering (SR-MCL) merupakan pengembangan metode clustering yangmengurangi kelemahan dari Regularized Markov Clustering dan Markov Clustering.Namun, SR-MCL masih memiliki kelemahan yaitu parameter inflasi yang selaludimasukkan secara manual oleh peneliti. Penelitian ini, SR-MCL digabung denganAlgoritma Firefly yang selanjutnya disebut Firefly Soft Regularized Markov Clustering,dimana posisi setiap firefly menggantikan parameter inflasi. Posisi firefly akan terusdiperbaharui dan proses clustering akan terus dilakukan sampai memperoleh global chaoskurang dari threshold. FSR-MCL akan diterapkan secara paralel menggunakan OpenMP,yaitu setiap thread menjalankan SR-MCL dengan posisi setiap firefly yang berbeda.Proses clustering data HIV-1 diperoleh sembilan protein sebagai pusat cluster yangsangat berpengaruh dalam pembentukan dan penyebaran virus, yaitu TAT, REV, ENV,GAG, POL, VPU, VPR, NEF, dan VIF, serta didapat parameter inflasi terbaiknya 8,0dengan speed up 4,66 kali. Proses clustering data SC5314 diperoleh enam protein sebagaipusat cluster yang merupakan protein penting dalam penyebarannya, yaitu HSP90,CBK1, MED8, NOP1, CEK1, dan CDC4, serta didapat parameter inflasi terbaiknya 5,5dengan speed up 3,01 kali.
ABSTRACT
Protein has a very important role in life. Each protein interacts with other proteins, DNA,and other molecules, resulting in a very large protein-protein interaction. To make it easierto analyze it, clustering method is needed. Soft Regularized Markov Clustering (SRMCL)algorithm is a development of clustering method that reduces the weakness ofRegularized Markov Clustering and Markov Clustering. However, SR-MCL still has aweakness that is the parameter of inflation that is always entered manually by researchers.This study, SR-MCL combined with Firefly Algorithm, hereinafter called Firefly SoftRegularized Markov Clustering, where the position of each firefly replace the parametersof inflation. The firefly position will continue to be updated and the clustering processwill continue until the global chaos is less than the threshold. FSR-MCL will be appliedin parallel using OpenMP, ie each thread runs SR-MCL with the position of each differentfirefly. The process of clustering the HIV-1 data obtained by nine proteins as the centerof the cluster is very influential in the formation and spread of the virus, namely TAT,REV, ENV, GAG, POL, VPU, VPR, NEF, and VIF, and got the best inflation parameter8.0 with speed up 4.66 times. SC5314 data clustering process obtained six proteins as thecenter of the cluster which is an important protein in its spreading, namely HSP90, CBK1,MED8, NOP1, CEK1, and CDC4, and got the best inflation parameter 5.5 with speed up3.01 times. |
T49442-M. Syamsuddin Wisnubroto.pdf :: Unduh