Analisis biclustering menggunakan metode plaid model dan implementasinya pada data ekspresi gen = Biclustering analysis uses the plaid model method and its implementation on gene expression data
Achmad Eriza Aminanto;
Titin Siswantining, supervisor; Devvi Sarwinda, supervisor; Sarini Abdullah, examiner; Mila Novita, examiner
(Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019)
|
|
Analisis biclustering merupakan pengembangan analisis clustering, dimana analisis biclustering merupakan proses partisi data matriks menjadi sub-matriks berdasarkan baris dan kolom secara simultan. Salah satu metode analisis bicluster yaitu dengan menggunakan model probabilistik, contohnya adalah Plaid model yang dapat memberikan hasil bicluster yang bersifat overlapping. Plaid model, memperhitungkan nilai elemen yang diberikan dari suatu sub-matriks tertentu, sehingga pada analisis biclustering dapat dilihat sebagai jumlah kontribusi atau efek dari bicluster tertentu. Tahapan analisis biclustering dengan plaid model diawali dengan input data berbentuk matriks, kemudian dilakukan penaksiran model awal dan membuat matriks residual dari model tersebut. Kemudian penentuan kandidat bicluster. Kandidat tersebut ditaksir parameter efeknya dan parameter keanggotaan bicluster. Terakhir dilakukan pemangkasan kandidat bicluster tersebut. Implementasi dilakukan pada data matriks ekspresi gen berupa data numerik yaitu data penyakit kanker usus, dimana baris berisikan observasi atau pasien sedangkan kolom berisikan jenis dari gen yang dilakukan dalam 6 skenario. Masing-masing skenario menggunakan parameter model dan nilai threshold berbeda. Validasi hasil implementasi menggunakan indeks Jaccard yaitu kedektahan hasil anggota bicluster dan variansi koherensi. Hasil implementasi menunjukkan penggunaan model yang lebih sederhana yang hanya menggunakan efek mean memberikan variansi koherensi yang lebih tinggi dibandingkan penggunaan model yang berisi mean, efek baris, dan efek kolom dari bicluster. Biclustering analysis is the development of clustering analysis, which is the process of partitioning matrix data into sub-matrices based on rows and columns simultaneously. One method of bicluster analysis is using probabilistic model, for example the Plaid model that provide overlapping bicluster. Plaid model, calculates the value of an element given from a particular sub-matrix, thus can be seen as number of contributions of particular bicluster. The process begins with matrix data input, then an initial model is assessed and makes a residual matrix from the model. Then determining bicluster candidates. The candidate assessed for its effect parameters and bicluster membership parameters. Finally, the bicluster candidate was prunned. The implementation is carried out on the gene expression matrix data in form of numerical data, namely colon cancer data, where the rows contain observations while the columns contain the types of genes carried out in 6 scenarios. Each scenario uses different model parameters and threshold values. Validation of the implementation results using Jaccard index and coherence variance. Implementation results show that simpler model which only uses mean effect gives higher coherence variance than using model that contains mean, row, and column effect of the bicluster. |
 S-Achmad Eriza Aminanto.pdf :: Unduh
|
| No. Panggil : | S-pdf |
| Entri utama-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama orang : | |
| Entri tambahan-Nama badan : | |
| Subjek : | |
| Penerbitan : | Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019 |
| Program Studi : |
| Bahasa : | ind |
| Sumber Pengatalogan : | LibUI ind rda |
| Tipe Konten : | text |
| Tipe Media : | computer |
| Tipe Carrier : | online resources |
| Deskripsi Fisik : | xv, 46 pages : illustration ; appendix |
| Naskah Ringkas : | |
| Lembaga Pemilik : | Universitas Indonesia |
| Lokasi : | Perpustakaan UI |
| No. Panggil | No. Barkod | Ketersediaan |
|---|---|---|
| S-pdf | 14-22-09812201 | TERSEDIA |
| Ulasan: |
| Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20501598 |
