:: UI - Tugas Akhir :: Kembali

UI - Tugas Akhir :: Kembali

Optimasi uji duplex real-time PCR untuk deteksi Corynebacterium Diphtheriae Potensial Toksigenik dan penerapan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri = Optimization of duplex real-time PCR assay for detection of potentially Toxigenic Corynebacterium Diphtheriae and application using throat swab of suspected diphtheria patient.

Luh Inta Prilandari; Yeva Rosana, supervisor; Andi Yasmono, supervisor; Ari Prayitno, supervisor; Agus Sjahrurachman, examiner; Budiman Bela, examiner; Mulya Rahma Karyanti, examiner (Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020)

 Abstrak

Latar belakang: Difteri merupakan penyakit infeksi bakteri yang diperantarai oleh
toksin. Corynebacterium diphtheriae adalah penyebab tersering difteri. Diagnostik
laboratorium harus dilakukan dengan cepat untuk menunjang diagnosis klinis difteri.
Pemeriksaan mikroskopik tidak direkomendasikan karena tidak spesifik, kultur dan uji
toksin yang merupakan uji baku emas cukup memakan waktu, membutuhkan
keterampilan dan pengalaman serta hanya dilakukan di laboratorium rujukan. PCR
merupakan metode pemeriksaan yang cepat, sensitif dan spesifik. Duplex real-time PCR
dapat mendeteksi bakteri penyebab tersering dan gen pengkode toksin secara simultan.
Tujuan penelitian: Melakukan optimasi uji duplex real time PCR untuk deteksi C.
diphtheriae potensial toksigenik dan menerapkannya pada spesimen usap tenggorok
pasien tersangka difteri.
Metode: Duplex real-time PCR menggunakan dua pasang primer dan probe dengan
target gen rpoB C.diphtheriae dan toksin difteri subunit A Tox. Parameter yang
dioptimasi adalah suhu penempelan, konsentrasi masing-masing primer dan probe,
inhibitor, reaksi silang dengan patogen lain dan ambang batas deteksi uji. Kemudian uji
diaplikasikan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri yang dirawat di
RSPI Sulianti Saroso pada periode 2018-2019. Sebagai perbandingan dilakukan uji Elek
untuk konfirmasi toksigenitas dan analisa data klinis pasien.
Hasil: Kondisi optimal uji didapat pada suhu penempelan 55oC, konsentrasi primer Cd
0,4 μM, primer Tox 0,6 μM, probe Cd 0,5 μM dan probe Tox 0,625 μM, volume elusi
ekstraksi DNA 50 μL, volume cetakan DNA 5 μL dan ambang batas deteksi 2 CFU/ml.
Uji tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme lain yang dicobakan. Dari 89 sampel,
proporsi positif C.diphtheriae potensial toksigenik dengan uji duplex real-time PCR
adalah 21,3%, sedangkan proporsi positif C.diphtheriae toksigenik menggunakan uji
baku emas adalah 11,2%.
Kesimpulan: Duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigenik
telah dioptimasi dan diaplikasikan pada pasien tersangka difteri. Diharapkan uji ini
dapat meningkatkan diagnosis laboratorium kasus difteri.

Background: Diphtheria is toxin-mediated bacterial infection. The most common
etiology is Corynebacterium diphtheriae. Laboratory diagnostic should be done
immediately to support clinical diagnosis. Microscopic examination is not
recommended, culture followed by toxin test is consider gold standard but timeconsuming,
require experience and only done in referral laboratory. PCR is fast,
sensitive and specific. Duplex real-time PCR can detect bacteria and toxin-encoding
gene simultaneously.
Objective: Optimizing duplex real-time PCR assay for detection of potentially
toxigenic C.diphtheriae and applicate the assay on throat swab of suspected diphtheria
patient.
Method: Two pair of primers and specific probe targeting rpoB gene of C.diphtheriae
and A-subunit of diphtheria toxin gene were used in this study. Parameters including
annealling temperature, concentration of primers and probes, inhibitors, cross reaction
and detection limit were being optimized to receive optimal condition. The optimized
assay was applicated on throat swab of suspected diphtheria patient in Sulianti Saroso
Infectious Disease Hospital at 2018-2019. Elek toxigenity test was used for comparison
and clinical data of the patient were analyzed.
Result: The optimum condition for duplex real-time PCR was received upon the
annealing temperature 60oC, concentration of Cd primer 0,4 μM, Tox primer 0,6 μM,
Cd probe 0,5 μM, Tox probe 0,625 μM, DNA elution volume 50 μL, DNA template
volume 5 μL and detection limit 2 CFU/ml. There was no cross reaction found with
other tested microorganisms. Of 89 samples, proportion of potentially toxigenic
C.diphtheriae was 21,3% and proportion of toxigenic C.diphtheriae confirmed by gold
standard was 11,2%.
Conclusion: Duplex real time PCR has been optimized for detection of potentially
toxigenic C.diphtheriae. This method can be used to detect C.diphtheriae and Tox
simultaneosly and increase supporting diagnosis.

 File Digital: 1

Shelf
 SP-Luh Inta Prilandari.pdf :: Unduh

LOGIN required

 Metadata

No. Panggil : SP-pdf
Entri utama-Nama orang :
Entri tambahan-Nama orang :
Entri tambahan-Nama badan :
Subjek :
Penerbitan : Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
Program Studi :
Bahasa : ind
Sumber Pengatalogan : LibUI ind rda
Tipe Konten : text
Tipe Media : computer
Tipe Carrier : online resource
Deskripsi Fisik : xvii, 83 pages : illustration ; 28 cm + appendix
Naskah Ringkas :
Lembaga Pemilik : Universitas Indonesia
Lokasi : Perpustakaan UI, lantai 3
  • Ketersediaan
  • Ulasan
No. Panggil No. Barkod Ketersediaan
SP-pdf TERSEDIA
Ulasan:
Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20503688