Microarray merupakan salah satu teknologi pada bidang biologi yang memberikaninformasi tentang ekspresi gen. Data microarray mentah berupa gambar, yang harusdiubah menjadi matriks ekspresi gen dimana baris menunjukkan gen, kolommenunjukkan kondisi eksperimental. Namun, pada praktiknya data microarray banyakditemukan missing values yang tentunya akan menghambat proses dari analisis datanya.Imputasi merupakan salah satu solusi yang dapat mengatasi adanya missing values padadata microarray. Dengan menggunakan imputasi, nilai missing values yang terdapat padamatriks data diprediksi atau diestimasi sehingga diperoleh matriks data yang lengkap.Metode imputasi yang digunakan pada penelitian ini bernama bi-KNN-RLSP, yangmenggunakan konsep biclustering, principal component analysis, dan regresi kuantil.Dalam proses pembentukan biclustering, dibutuhkan matriks lengkap sementara yangdiperoleh melalui proses praimputasi dengan KNNimpute. Percobaan bi-KNN-RLSPdilakukan pada data ekspresi gen garis sel kanker serviks dengan menerapkan missingrate yang berbeda, yaitu 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, dan 30% dengan menggunakanparameter k=10 pada proses praimputasi KNNimpute. Hasil percobaan tersebut dievaluasiperformanya menggunakan normalized root mean squared error. Nilai rata-rata NRMSEpada percobaan yang dilakukan sebanyak lima kali memiliki nilai yang lebih rendahdibandingkan dengan metode bi-RLSP dan row average. Waktu komputasi untuk metode bi-KNN-RLSP dan bi-RLSP tidak jauh berbeda, sehingga dengan waktu yang tidaksignifikan berbeda, metode bi-KNN-RLSP dapat menghasilkan nilai NRMSE yang lebih kecil dibandingkan dengan bi-RLSP. Oleh karena itu, dapat dikatakan bahwa modifikasi praimputasi row average pada metode bi-RLSP menjadi KNNimpute dapat menghasilkan performa imputasi yang lebih bagus. Selain itu, diperoleh hasil bahwa nilai NMRSE untuk metode bi-KNN-RLSP meningkat seiring dengan meningkatnya missing rate.
Microarray is a technology in biology that provides information about gene expression. The raw microarray data is in the form of images, which must be converted into a gene expression matrix where rows indicate genes, columns indicate experimental conditions. However, in practice, many missing values are found in microarray data, which of coursewill hinder the process of data analysis. Imputation is one solution that can overcome the missing values in microarray data. By using imputation, the missing values contained in the data matrix are predicted or estimated so that a complete data matrix is obtained. The imputation method used in this study is called bi-KNN-RLSP, which uses the concept ofbiclustering, principal component analysis, and quantile regression. In the process of forming biclustering, a temporary complete matrix is needed which is obtained through the pre-imputation process with KNNimpute. The bi-KNN-RLSP experiment was carried out on cervical cancer cell line gene expression data by applying different missing rates,namely 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, and 30% using the parameter k=10. in the KNNimpute pre-imputation process. The results of these experiments were evaluated for their performance using the normalized root mean squared error. The average value of NRMSE in the five times experiment has a lower value than the bi-RLSP and row average methods. The computation time for the bi-KNN-RLSP and bi-RLSP methods is not much different, so with the time that is not significantly different, the bi-KNN-RLSP method can produce a smaller NRMSE value compared to bi-RLSP. Therefore, it can be said that the modification of the row average preimputation in the bi-RLSP method to KNNimpute can produce better imputation performance. In addition, it was found that the NMRSE value for the bi-KNN-RLSP method increased along with the increase in the missing rate. |
S-Nurul Shabrina.pdf :: Unduh