Pleurotus ostreatus atau jamur tiram putih merupakan salah satu jamur tiram konsumsi dengan kandungan nutrisi dan senyawa bioaktif yang bermanfaat bagi kesehatan, salah satunya adalah kandungan enzim lakase yang berpotensi sebagai senyawa agen antikanker. Enzim lakase memiliki tingkat aktivitas yang tinggi dalam menghambat proliferasi sel kanker. Salah satu gen yang dapat mengkode enzim lakase pada P. ostreatus adalah gen POXA1b. Gen POXA1b dipilih karena memiliki tingkat ekspresi gen paling tinggi pada tiga fase hidup (miselia, primordia, dan tubuh buah). Saat ini belum pernah dilakukan desain primer, isolasi, dan optimasi primer dalam amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mendesain tiga pasang primer secara in silico, mengisolasi gen POXA1b dari tubuh buah P. ostreatus dan amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibuktikan dengan analisis hasil sekuensing. Penelitian ini diawali dengan desain primer gen POXA1b yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI, PrimerBLAST, dan perangkat lunak Snapgene, kemudian persiapan sampel dan isolasi DNA dari tubuh buah P. ostreatus. Hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurniannya dengan spektrofotometer. Tahapan amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR. Hasil amplifikasi PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa lalu dilakukan analisis data. Konsentrasi isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus yang dihasilkan senilai 10,5—40,5 ng/nL dengan kemurnian senilai 1,694—2,189. Amplifikasi gen POXA1b dengan pasangan primer poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A pada suhu annealing 59°C dan 60°C menghasilkan amplikon 244 bp. Berdasarkan hasil tersebut, desain primer, isolasi, dan optimasi primer pada amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus hasil budidaya di Indonesia berhasil dilakukan dengan persentase homologi terhadap gen POXA1b dari P. ostreatus sebesar 100%.
Pleurotus ostreatus or white oyster mushroom is an edible oyster mushroom containing nutrients and bioactive compounds that are beneficial to health, one of them is the laccase enzyme content which has the potential as an anti-cancer agent. Laccase enzyme has a high level of activity in inhibiting the proliferation of cancer cells. One of the genes that encode the laccase enzyme in P. ostreatus is the POXA1b gene. The POXA1b gene was chosen because it has the highest gene expression in three life phases (mycelia, primordia, and fruit body) compared to other phenol oxidase genes. Currently, there has never been primer design, isolation, and primer optimization in the amplification of the POXA1b gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therefore, this study aims to design three pairs of primers in silico, isolate the POXA1b gene from fruiting bodies of P. ostreatus, and amplify the POXA1b gene from P. ostreatus as proven by analysis of the sequencing results. This study began with the design of POXA1b gene primers which was carried out with the NCBI website, PrimerBLAST, and Snapgene software, then sample preparation of P. ostreatus samples and DNA isolation from P. ostreatus fruiting body. The results of DNA isolation were measured for concentration and purity with a spectrophotometer. The stages of target gene amplification were carried out by PCR technique. The results of amplification were visualized by agarose gel electrophoresis and then data analysis was performed. The concentration of the DNA isolates from P. ostreatus fruiting bodies produced an average range of 10,5—40,5 ng/nL with a purity value of 1,694—2,189. The POXA1b gene amplification with primer pairs poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A at annealing temperature of 59°C dan 60°C produced amplicons in the range of 200—300 base pairs. Based on the results, primer design, isolation, and the primer optimization of the amplification of the POXA1b gene from the P. ostreatus cultivated in Indonesia were successfully with a homology percentage to the POXA1b gene from P. ostreatus of 100%. |
S-Adinda Rizki Putri.pdf :: Unduh