Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sintesis dibenzil tereftalat dilakukan melalui degradasi poli(etilena tereftalat) secara refluks dalam benzil alkohol pada temperatur 145-150 oC selama 20, 24, dan 28 jam menggunakan katalis zink asetat. Hasil degradasi dimurnikan dengan rekristalisasi dalam metanol dan kemudian titik leleh, spektra FTIR, RMN 1H, dan pemisahan secara TLC ditentukan. Titik leleh produk degradasi selama 28 jam adalah 98-99oC. Berdasarkan spektra FTIR diketahui senyawa hasil degradasi memiliki gugus OH dari benzil alkohol pengotor (3431,1 cm-1), C=O (1716,5 cm-1), C-O (1272,9 cm-1), CH alifatik (sekitar 2950 cm-1), dan aromatik (sekitar 3050 cm-1), benzen monosubstitusi (727,1 dan 696,3 cm-1), dan benzen disubstitusi (383,8 cm-1), sedangkan pada spektra RMN 1H menunjukkan pergeseran kimia pada 8,2 ppm (s, 10 H aromatik monosubstitusi), 7,5 ppm (s, 9 H yaitu 4 H aromatik disubstitusi dan 5 H aromatik benzil alkohol), 5,4 ppm (s, 1 H yang berikatan dengan O pada benzil alkohol), 4,8 ppm (s, 4 H metilen), dan 2,9 ppm (s, 7 H dari pengotor lain). Pada lempeng TLC terlihat noktah tunggal pada hasil degradasi selama 28 jam, yang dapat menunjukkan senyawa tunggal. Berdasarkan hasil karakterisasi ini dapat disimpulkan bahwa senyawa hasil degradasi adalah dibenzil tereftalat yang masih mengandung benzil alkohol dan pengotor lain.

---

Synthesis Dibenzyl Terephthalate Through Depolimerization of Poly(ethylene terephthalate) as Alternative of Waste Plastics Recycling. Synthesis dibenzyl terephathalate were done through PET degradation by refluxing in benzyl alcohol at 145oC temperature for 20, 24, and 28 hours in the presence of zinc acetate catalyst. The result of degradation was purified by recristalization in methanol and then melting point (mp), FTIR, 1H NMR spectra, and TLC spot were determined. The melting point of product degradation for 28 hours was 98-99 oC. Based FTIR spectra known that compunds of product degradation have OH, C=O, C-O, CH, monosubstituted benzene, disubstituted benzene groups, while on 1H NMR spectra showed chemical shift at 8.2 ppm (s, 10 H of monosubtituted benzene), 7.5 ppm (s, 9 H consist of 4 H disubstituted benzene and 5 H of aromatic benzyl alcohol), 5.4 ppm (s, 1 H from OH benzyl alcohol), 4.8 ppm (s, 4 H of methylene), and 2.9 ppm (s, 7 H of other traces). The single spot of TLC plate indicated that product degradation for 28 hours might be a single compund. Based these characterization concluded that compound of product degradation was dibenzyl terephthalate contains benzyl alcohol and other traces."

"Hipertensi adalah penyakit dengan prevalensi yang tinggi, terutama pada kelompok lanjut usia. Obat golongan calcium channel blocker (CCB) kelompok dihidropiridin merupakan salah satu obat lini pertama dalam pengobatan hipertensi yang telah terbukti baik dari sisi efikasi dan keamanannya. Namun, efek samping yang dihasilkan adalah refleks takiaritmia sehingga dikembangkan CCB dihidropiridin generasi keempat seperti cilnidipine bertujuan untuk mengurangi efek samping ini dengan mekanisme kerja pada dua lokasi, yaitu menghambat kanal kalsium tipe L dan tipe N sehingga dapat dirancang analog-analog senyawa baru berdasarkan cilnidipine. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh prediksi potensi dari beberapa senyawa yang dirancang berdasarkan analog dari cilnidipine dan memperoleh salah satunya, yaitu senyawa dibenzil 4-(3-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat melalui proses sintesis serta hasil uji karaterisasi. Penelitian ini diawali dengan penambatan molekuler senyawa target terhadap makromolekul tipe-L (6JP5) dan tipe-N (7VFW) dengan hasil energi bebas ikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi (Ki) yang lebih baik dibandingkan cilnidipine pada kedua makromolekul. Senyawa target kemudian disintesis menggunakan microwave dalam pelarut etanol. Hasil sintesis dimurnikan menggunakan kromatografi lapis tipis preparatif dan diperoleh rendemen sebesar 1,02%. Elusidasi struktur dilakukan terhadap senyawa target dan diperoleh senyawa target dengan nama IUPAC dibenzil 4-(3-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat yang telah dikonfirmasi dengan spektroskopi IR, 1H-NMR,13C-NMR, dan LC–MS/MS.

---

Hypertension is a disease with a high prevalence, especially in the elderly. The dihydropyridine group of calcium channel blocker (CCB) is one of the first-line drugs in the treatment of hypertension which has been proven in terms of efficacy and safety. However, the resulting side effect is tachyarrhythmia reflex, so the fourth generation of dihydropyridine CCBs such as cilnidipine was developed. The aim is to reduce this side effect by acting at two locations, by inhibiting type L and type N calcium channels so that new analogue compounds based on cilnidipine can be designed. This study aims to obtain potential predictions of several compounds designed based on analogues of cilnidipine and to obtain one of them, namely dibenzyl 4-(3-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate through synthesis process and characterization. This research was initiated by molecular docking of target compound to macromolecules of type-L (6JP5) and type-N (7VFW) with better bond free energy (ΔG) and inhibition constant (Ki) results than cilnidipine in both macromolecules. The target compound was then synthesized using a microwave in ethanol solvent. The synthesis results were purified using preparative thin layer chromatography with a yield of 1.02%. Structural elucidation was carried out on the target compound and the target compound with IUPAC name dibenzyl 4-(3-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate was obtained which was confirmed by IR spectroscopy, 1H-NMR, 13C-NMR, and LC–MS/MS."

"Golongan calcium channel blocker (CCB) turunan 1,4-dihidropiridin (DHP) merupakan terapi farmakologis lini pertama dalam hipertensi, dengan bukti efikasi dan profil keamanan yang baik. Obat-obat ini secara selektif menargetkan kanal kalsium tipe L. Namun, terdapat efek samping pada CCB DHP generasi ketiga yang paling sering diresepkan, yaitu amlodipine, berupa aktivasi mekanisme kompensasi homeostasis tubuh dalam meregulasi tekanan darah kembali ke tingkat patologis, serta seringnya terjadi edema perifer. Hal ini dapat menyebabkan penurunan efikasi terapi jangka panjang serta kepatuhan pasien. Pengembangan DHP generasi keempat seperti cilnidipine difokuskan untuk mengurangi kejadian efek samping ini dengan adanya tambahan aksi pada kanal kalsium tipe N. Oleh sebab itu, dapat dirancang analog-analog senyawa baru berdasarkan cilnidipine. Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan menguji analog senyawa-senyawa ini dengan metode penambatan molekuler, serta melakukan sintesis dan karakterisasi terhadap salah satu senyawa yang dirancang, yaitu senyawa baru dibenzil 4-(2-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat. Penambatan molekuler dilakukan dengan Autodock 4 terhadap makromolekul 6JP5 (tipe L) dan 7VFW (tipe N). Senyawa yang disintesis memiliki nilai ΔG –9,82 kkal/mol dan Ki sebesar 63,49 nM terhadap makromolekul 6JP5, serta memiliki ΔG sebesar –9,82 kkal/mol dan Ki sebesar 63,09 nM terhadap makromolekul 7VFW. Senyawa target disintesis dengan reaksi Hantzsch dengan bantuan microwaveselama 30 menit pada daya 400 W dalam etanol, lalu dipurifikasi dengan kromatografi lapis tipis preparatif, menghasilkan yield sebesar 0,598%. Elusidasi dan karakterisasi terhadap senyawa hasil sintesis dengan 1H dan 13C-NMR, densitometri, LC–MS/MS, dan spektroskopi inframerah telah mengonfirmasi bahwa senyawa hasil sintesis adalah benar merupakan senyawa target.

---

The 1,4-dihydropyridine (DHP) derivatives of calcium channel blocker (CCB) are the first-line pharmacological therapy of hypertension, with the evidence of acceptable efficacy and safety profile. These drugs selectively target the L-type calcium channels. However, there are some side effects from the commonly prescribed DHP CCB, namely amlodipine, in the activation of homeostatic compensation mechanism to regulate blood pressure back to the pathological state, as well as the common incidence of peripheral edema. These can cause the reduction of long term efficacy and patients’ compliance. The development of fourth generation DHP such as cilnidipine is focused towards reducing the incidence of these side effects, by having an additional action against N-type calcium channels. Thus, analogs of new compounds based on cilnidipine can be designed. This study was aimed to design and test these compounds by molecular docking, and to synthesize and characterize one of the compound, which was dibenzyl 4-(2-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate. Molecular docking was done with AutoDock 4 against macromolecules 6JP5 (L-type) and 7VFW (N-type). The synthesized compound respectively yielded a ΔG and Ki value of –9,82 kcal/mol and 63,49 nM against 6JP5, and –9,82 kcal/mol and 63,09 nM against 7VFW. Synthesis was done with the Hantzsch reaction in microwave for 30 minutes at 400 W power in ethanol, followed by purification with preparative thin-layer chromatography, which gave a yield of 0,598%. Elucidation and characterization of the synthesized compound with 1H and 13C-NMR, densitometry, LC–MS/MS, and infrared spectroscopy had confirmed the identity of the target compound."

"Reaksi penggantian nukleofilik merupakan salah satu reaksi yang memerlukan katalis untuk mempercepat reaksi, biasanya digunakan katalis transfer fasa. Katalis transfer fasa yang digunakan seperti eter mahkota tidak ramah lingkungan sehingga diganti dengan cairan ionik. Cairan ionik bisa digunakan sebagai pelarut sekaligus katalis pada reaksi katalitik. Cairan ionik memiliki banyak keuntungan sebagai katalis, misalnya mudah diregenerasi. Pada penelitian ini, digunakan cairan ionik [BMIM]PF6 yang diimobilisasi ke dalam silika gel sebagai katalis. Katalis cairan ionik ini merupakan katalis heterogen yang mudah dipisahkan dari reaktan. Karakterisasi silika gel dan [BMIM]PF6-silika gel dilakukan menggunakan FTIR. Spektrum FTIR pada [BMIM]PF6-silika gel menunjukkan adanya puncak serapan pada 846.75 cm-1 yang merupakan puncak serapan PF6-.Dalam penelitian ini, dilakukan uji katalisis [BMIM]PF6–silika gel pada reaksi penggantian nukleofilik SN-2 antara benzil klorida dan kalium sianida. Pada reaksi SN-2 ini, dipilih aseton sebagai pelarut polar aprotik. Penelitian ini dilakukan untuk menentukan waktu dan berat katalis optimum pada suhu 30oC. Karakterisasi hasil reaksi dilakukan menggunakan GC dan GC-MS. Dari hasil GC, diketahui bahwa kondisi optimum reaksi tercapai pada waktu 15 jam dengan % berat katalis/substrat sebesar 7%. Untuk perbandingan, katalis cairan ionik [BMIM]PF6 digunakan pada reaksi penggantian nukleofilik SN-2 antara benzil klorida dengan kalium sianida dan diperoleh bahwa katalis [BMIM]PF6 yang diimmobilisasi dalam silika gel lebih efektif.

---

Nucleophilic substitution is the one reaction that requires a catalyst to accelerate the reaction, usually phase transfer catalyst was used. Phase transfer catalyst such as crown ethers are not environmental friendly so are replaced by ionic liquids. Ionic liquids can be used as a solvent as well as catalyst in the catalytic reaction. Ionic liquids have many advantages as catalyst, such as easily regenerated. In this study, ionic liquids [BMIM] PF6 was immobilized into silica gel and was used as catalyst. This ionic liquid catalyst [BMIM]PF6-silica gel is a heterogeneous catalyst that easily separated from the reactants. Characterization of silica gel and [BMIM] PF6-silica gel were performed using FTIR. The FTIR spectrum of [BMIM] PF6-silica gel showed peak absorptions at 846.75 cm-1 which is the peak absorption of PF6-.

In this research, catalyst [BMIM] PF6-silika gel was used for the nucleophilic substitution SN-2 between benzyl chloride and potassium cyanide. In this SN-2 reaction, acetone was chosen as aprotic polar solvents. This research was conducted to determine the optimum condition for reaction time and the weight of catalyst at the temperature of 30oC. The reaction products were characterized using GC and GC-MS which showed that the optimum reaction was achieved in 15 hours and weight ratio of catalyst/substrate 7 %. For comparison, ionic liquids catalyst [BMIM] PF6 was used for the nucleophilic substitution SN-2 between benzyl chloride and potassium cyanide and it was found that the immobilized ionic liquid catalyst [BMIM] PF6-silica gel was more effective."

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."