Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sitokrom P450 3A4 (CYP3A4) terlibat dalam 50% metabolisme dari obat-obatan yang digunakan dalam terapi. Saat ini, struktur CYP3A4 telah diperoleh melalui teknik kristalografi dan struktur ini menunjukkan bahwa CYP3A4 memiliki situs aktif yang fleksibel sehingga memberikan berbagai kemungkinan interaksi dengan ligan. Inhibitor HIV-Protease merupakan salah satu golongan senyawa yang menghambat aktivitas CYP3A4. Interaksi inhibisi CYP3A4 oleh inhibitor HIV-Protease perlu diteliti lebih lanjut karena golongan senyawa ini sering digunakan bersama obat-obatan lain dalam terapi HIV dan masih terus dikembangkan. Metode in silico melalui teknik penambatan molekuler digunakan dalam penelitian ini untuk mempelajari inhibisi CYP3A4 oleh inhibitor HIV-Protease karena metode ini lebih efisien daripada metode in vitro dan in vivo. Hasil penambatan molekuler inhibitor HIV-Protease pada CYP3A4 menunjukkan bahwa empat interaksi hidrofobik dan sedikitnya satu ikatan hidrogen terlibat dalam inhibisi CYP3A4 oleh inhibitor HIV-Protease.Cytochrome P450 3A4 (CYP3A4) contributes to the metabolism of 50% of drugs used in therapy. Nowadays, the structures of CYP3A4 are available through crystallography technique and these structures show that CYP3A4 has a flexible active site which allows many probabilities of ligand interaction. HIV-Protease inhibitor is a group of drugs that inhibit CYP3A4's activity. Inhibition of CYP3A4 by HIV-Protease inhibitor should be studied more because these drugs are often used with other drugs in the therapy of HIV and are still being developed. In silico method through molecular docking is used in this research to study the inhibition of CYP3A4 by HIV-Protease inhibitor because this method is more efficient than in vitro and in vivo method. The result of molecular docking of HIV-Protease inhibitor to CYP3A4 shows that four hydrophobic interactions and at least one hydrogen bond are responsible for the inhibition of CYP3A4 by HIV-Protease inhibiton."

"Demam berdarah, penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue, telah menjadi masalah kesehatan yang utama di negara tropis dan subtropis Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis yang dapat berperan sebagai innibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan tujun buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulficia sistein Ialu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui moleoular docking menunjukkan banwa ketujun ligan tersebut memiliki afinitas dan potensi innibisi yang Iebih baik dari ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H. Hasil terbaik ditunjukkan oleh ligan KRK dengan energi ikatan -8,39 kkal/mol dan Ki 0,707 uM. Analisis interaksi kompleks enzim-ligan menunjukkan banwa terdapat 16 Contact residu dan sembilan residu asam amino enzim yang membentuk ikatan nidrogen dengan ligan serta terjadi kesesuaian konformasi ligan terhadap binding site enzim."

"Gout merupakan suatu penyakit berupa inflammatory arthritis yang berhubungan erat dengan gangguan metabolisme purin yang memicu peningkatan kadar asam urat dalam darah (hiperurisemia). Pengobatan yang umum dilakukan untuk menurunkan kadar asam urat dalam serum darah adalah dengan melakukan inhibisi aktivitas enzim Xanthine Oxidase (XO). Penelitian sebelumnya menemukan enyawa baru dari propolis Tetragonula Sapiens dapat menginhibisi enzim XO dan berpotensi menjadi zat aktif obat anti-gout. Penelitian ini dilakukan studi komputasi untuk memahami jenis dan mekanisme inihibisi XO oleh senyawa baru propolis T. sapiens. Penambatan molekuler dilengkapi dengan MPS Approach dan protein side-chain flexibility. Hasil penambatan molekuler menunjukkan energi ikatan terendah antara ligan dan reseptor terjadi pada domain intermediate dan bukan pada situs aktif, yang berpotensi inhibisi terjadi secara non-kompetitif. Kemudian dibuat dua sistem dengan dan tanpa inhibitor dan dilakukan simulasi MD. RMSD sistem tanpa inhibitor berada pada rentang 0,3-0,4 nm dan dengan inhibitor pada rentang 0,2-0,3 nm. Nilai Rg masing-masing secara berurutan sebesar 3,18 nm dan 3,19 nm. Okupansi ikatan hidrogen yang terbentuk mencapai 100% dengan residu Asp1170(1171). Hasil simulasi menunjukkan bahwa kompleks XO dengan senyawa propolis terjadi ekspansi struktur dibandingkan kompleks tanpa inhibitor dan inhibisi memiliki interaksi yang stabil.

---

Gout is a disease in the form of inflammatory arthritis that is closely related to purine metabolism disorders that trigger increased levels of uric acid in the blood (hyperuricemia). A common treatment to reduce uric acid levels in blood serum is by inhibiting the activity of the Xanthine Oxidase (XO) enzyme. Previous research found a new compound from propolis Tetragonula Sapiens can inhibit the enzyme XO and has the potential to be an active substance in anti-gout drugs. This research is a computational study to understand the type and mechanism of XO inhibition by the new compound T. sapiens propolis. Molecular docking is complemented by the MPS Approach and protein side-chain flexibility. The molecular docking results show that the lowest binding energy between the ligand and the receptor occurs in the intermediate domain and not at the active site, which has the potential for inhibition to occur in a non-competitive manner. Then two systems with and without inhibitors were made and MD simulation was performed. The RMSD of the system without the inhibitor was in the range of 0.3-0.4 nm and with the inhibitor in the range of 0.2-0.3 nm. The Rg values ​​were respectively 3.18 nm and 3.19 nm, respectively. Occupancy of hydrogen bonds formed reaches 100% with Asp1170(1171) residues. The simulation results showed that the XO complex with propolis had a structural expansion compared to the complex without inhibitor and the inhibition had a stable interaction."

"Tuberkulosis adalah bakteri penyebab penyakit infeksi menular yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis. Robert Koch menemukan bakteri Mycobacterium tuberculosis pada tanggal 2 Maret 1882. Penyakit tuberkulosis selama ini diobati dengan senyawa yang menghambat kerja salah satu enzim pada bakteri tersebut. Umumnya bakteri ini dapat diobati dengan isoniazid atau rifampin, atau kombinasi senyawa tersebut yang nantinya akan dibiosintesis oleh bakteri dan menghasilkan produk yang dapat menghambat kerja enzim InhA dalam bakteri tersebut. InhA adalah suatu enzim yang terdapat pada bakteri genus Mycobacterium yang berperan dalam pembentukan asam mikolat yang merupakan senyawa utama pada dinding sel bakteri genus tersebut, sehingga bakteri tersebut dapat dikendalikan dengan menggunakan obat yang dapat mengganggu kerja enzim tersebut. Namun beberapa mutasi pada InhA pada rantai 94 yang merubah asam amino serin menjadi alanin dalam bakteri genus Mycobacterium membuat bakteri tersebut resisten dengan isoniazid, sehingga dibutuhkan jenis antimikroba baru yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri tersebut. Senyawa flavonoid dikenal sebagai senyawa bahan alam yang relatif aman dalam berbagai penggunaannya dan juga memiliki sifat antimikroba yang menarik perhatian dunia kesehatan. Dalam penelitian ini, akan dicari kandidat obat baru dari senyawa golongan flavonoid. Penelitian dilakukan dengan cara in silico. Untuk simulasi molecular docking, digunakan software MOE 2014.09 untuk mendapat informasi energi yang dilepas saat enzim berikatan dengan ligan dan nilai RMSD dari ikatan tersebut. Melalui uji farmakologi dengan pkCSM, 8 dari 10 senyawa flavonoid memiliki sifat toksisitas, sehingga hanya 2 senyawa flavonoid yang dapat menjadi kandidat obat tuberkulosis

---

Tuberculosis is an infecting contagious disease that caused by Mycobacterium tuberculosis. Robert Koch first to discover Mycobacterium tuberculosis bacteria at 2 March 1882. Tuberculosis disease can be cured by substance that can inhibit one of the enzyme in that bacteria. Generally this bacteria can be cured by isoniazid or rifampin, or combination of that substance later will be biosynthesized by that bacteria and make a product that can inhibit InhA enzyme of that bacteria. InhA are one of the enzyme that found in Mycobacterium genus bacteria that used in mycolic acid synthesis that make up the cell wall of that bacteria, therefore that bacteria can be controlled by drug that can disturb that enzyme work. But some mutation of InhA of the bacteria at chain number 94 that change from amino acid serine to alanine make the bacteria more resist against the isoniazid, therefore there is urgency to find new antimicrobe that can inhibit the bacteria growth. Flavonoid substances known for their antimicrobe properties that caught attention in pharmation world. In this research will find new drug candidate from flavonoids. The research will run in silico. For molecular docking simulation, MOE 2014.09 software will be used to get information about energy released by protein and ligand binding and RMSD value from the bond. From pharmacological studies with pkCSM, 8 out of 10 have toxicity properties, therefore only 2 flavonoid substances that can be new drug candidate for tuberculosis."

"Penyakit demam berdarah dengue merupakan penyakit yang telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara, dengan lebih dari 2,5 miliar orang dalam kondisi beresiko untuk terjangkit penyakit ini secara epidemik. Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank dengan kode PDB 2FOM. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan 49 buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulfida sistein lalu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui hasil molecular docking didapatkan 2 ligan peptida siklis yang memiliki ΔGbinding rendah dan lebih baik daripada ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H dan ligan pembanding KRK dengan hasil terbaik adalah ligan RKR dengan ΔGbinding -22, 6955 kkal/mol. Analisis drug scan memberikan hasil yang terbaik untuk ligan RKR, dimana berdasarkan aturan Lipinsky, ligan RKR masuk kriteria sebagai obat yakni memiliki nilai LogP -8,05 < 5, donor H 4 < 5 dan acceptor H 2 < 10. Molecular dynamic dilakukan untuk melihat perubahan dari pergerakan konformasi kompleks enzim-ligan. Didapatkan per satuan waktu (0, 25, 50, 75, 100 piko detik) yang menunjukkan adanya perubahan pergerakan, namun tidak memperlihatkan perpindahan ligan dari sisi aktif enzim."

"Kawasan tropis dan subtropis merupakan tempat yang sesuai untuk berkembangnya virus dengue. Virus ini penyebarannya kepada manusia melalui nyamuk aedes aegypti. Dari data WHO sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue terjadi di seluruh dunia setiap tahunnya, tetapi belum terdapat vaksin maupun antivirus yang bisa mencegah dan mengobati penyakit ini. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangat diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim α- glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Tujuan dari penelitian ini adalah memanfaatkan bahan alam flavonoid untuk menghibisi aktivitas enzimatis dari sisi aktif enzim alfa-glukosidase 1 yang berperan dalam mensintesis cap- RNA virus dengue. Metode yang digunakan pada penelitian secara in silico ini adalah metode penapisan virtual (virtual screening). Senyawa inhibitor yang digunakan adalah ligan flavonoid yang diunduh dari pangkalan data PubChem. Penelitian ini akan melakukan penambatan molekul (molecular docking) terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Selanjutnya, pada senyawa inhibitor terbaik dilakukan uji farmakologi untuk mengetahui kesesuaian karakteristik senyawa kandidat dengan karakteristik senyawa obat yang telah beredar di pasaran.

---

The tropical and subtropics area is a suitable place to develop its viral dengue, this virus is a message to mankind through the mosquito Aedes egypti, from the data WHO around 50- 100 million cases of dengue worldwide infections each year. But there is no vaccine or antivirus that can prevent and treat this disease. The antiviral development for DENV infections is often subjected to problems. This is due to DENV having more than one type of serotype. The development of an antiviral that can handle infections of all types of DENV serotypes is indispensable. This antiviral can be developed through the inhibition of host proteins involved in the DENV lifecycle. One of the host proteins that can be targeted is the enzyme α-glucosidase I. This enzyme has an important role in the proeses of maturation of envelope glycoprotein from DENV. The development of fragment-based antiviral in silico can result in renewable drug candidates with good binding affinity the purpose of this study is to utilize natural ingredients of flavonoids to hyddate the enzymatic activity of The active side of the enzyme alpha-glucosidase 1 which plays a role in synthesizes cap-RNA virus with dengue. The method used in silico in this study is a virtual screening method. The inhibitor compounds used are the Flavonod ligands downloaded from the PubChem database. This research will conduct molecular docking against inhibitors on the active side of the target proteins. Furthermore, the best inhibitor compounds will be conducted pharmacological test to be used as a candidate for drug."

"Sitokrom P450 isoform 2C9 (CYP2C9) merupakan enzim utamapemetabolisme fenitoin. Inhibisi enzim ini dapat menyebabkan peningkatankadar plasma fenitoin. Simetidin diketahui meningkatkan kadar plasmafenitoin dalam tubuh. Saat ini, interaksi antara fenitoin dan simetidin secaramolekuler belumlah jelas. Suatu metodologi komputasional, penambatanmolekuler, berorientasi pada afinitas ikatan struktur kompleks yang terbentukantara ligan dengan makromolekul target secara tiga dimensi (3D). Berdasaralasan tersebut, peneliti dapat menggunakannya untuk menganalisis interaksiyang terdapat pada struktur kompleks yang terbentuk. Program penambatanmolekuler yang paling banyak digunakan, AutoDock, memperlihatkanefisiensi kegunaan menilai ligan yang terikat pada situs aktifnya, sehinggadapat digunakan untuk memahami interaksi antara fenitoin dan simetidinpada CYP2C9.Struktur 3D CYP2C9 yang digunakan adalah struktur kompleksdengan flurbiprofen (PDB ID 1R9O) yang memiliki konformasi terbuka danstruktur kompleks dengan S-warfarin (PDB ID 1OG5) yang memilikikonformasi tertutup. Hasil penambatan molekuler menggunakan strukturkristal 1R9O lebih efektif dibandingkan 1OG5. Substrat fenitoin distabilkanpengikatannya pada CYP2C9 dengan adanya ikatan hidrogen, interaksidengan Arg108 sebagai residu kationik, interaksi hidrofobik khususnya dengan residu Phe114. Sedangkan inhibitor simetidin distabilkan pengikatannya pada CYP2C9 dengan adanya ikatan hidrogen denganbeberapa residu asam amino termasuk Glu300 yang juga berperan sebagairesidu anionik, serta adanya interaksi hidrofobik. Simetidin menjadi inhibitorkompetitif CYP2C9 pada situs pengenalan substrat fenitoin."

"Inhibitor Dipeptidil peptidase 4 (DPP-4) merupakan salah satu golongan obat anti diabetes oral yang bekerja menghambat DPP-4 dalam menginaktivasi GLP-1 yang umumnya terjadi secara cepat. Namun, karena masih sedikit variasi obat antidiabetes golongan inhibitor DPP-4, membuka peluang untuk ditemukannya senyawa lain yang berfungsi sebagai inhibitor DPP-4. Studi ini bertujuan untuk mempelajari analisis penambatan molekul senyawa turunan arilmetilamin dengan DPP-4 dan menemukan parameter farmakofor yang optimum untuk proses selanjutnya yaitu, menemukan senyawa kandidat dari turunan arilmetilamin sebagai inhibitor DPP-4. Proses penambatan molekul dilakukan menggunakan software Autodock terhadap senyawa turunan arilmetilamin pada salah satu makromolekul kokristal DPP-4. Parameter farmakofor yang optimum didapatkan dari software LigandScout. Fitur farmakofor yang dihasilkan dari 33 senyawa turunan arilmetilamin divalidasi menggunakan test set yang terdiri dari senyawa actives dan decoy yang didapatkan dari DUD-E. Sebanyak 33 senyawa turunan arilmetilamin yang diuji dengan metode penambatan molekul menunjukan interaksi dengan triad katalitik (Glu 205, Glu 206, Ser 630) dari DPP-4 dan memiliki energi ikatan yang baik (G) yaitu dibawah-8,00 kkal/mol. Model farmakofor terbaik dengan nilai model farmakofor 0,9666 yang divalidasi dengan 1.079 active dan 41.373 decoy menghasilkan nilai parameter EF1% = 3,1, EF5% = 3,1, dan AUC100% = 0,50. Nilai tersebut di bawah parameter yang terdapat DUD-E. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa senyawa turunan arilmetilamin memiliki potensi sebagai inhibitor DPP-4 terbukti dari analisis interaksi yang terjadi dalam penambatan molekul, namun belum didapatkan fitur farmakofor yang optimum untuk proses penemuan senyawa kandidat senyawa turunan arilmetilamin sebagai DPP-4 inhibitor.

---

Dipeptydil Peptidase 4 (DPP-4) inhibitor is a class of oral antidiabetic drugs that works to inhibit activity of DPP-4 in process of inactivating GLP-1 which occurs quickly. However, there are few variations of antidiabetic drugs in that class, it opens up opportunities for other compounds to be developed as DPP-4 inhibitors. This study aims to learn about molecular docking analysis of arylmethylamine derivatives with DPP-4 and to find the optimum pharmacophore parameter for the next process. Therefore, this study can found lead compound from arylmethylamine derivatives as DPP-4 inhibitors. The molecular docking process was carried out using Autodock software. Meanwhile, the optimum pharmacophore parameters were obtained from LigandScout software. The pharmacophore features produced from arylmethylamine derivative compounds were validated using test set, consisting of actives and decoy compounds obtained from DUD-E. Molecular docking of 33 arylmethylamine derivative compounds show interactions with the catalytic triad (Glu 205, Glu 206, Ser 630) from DPP-4 and have good value of energy bond(G) which is below -8.00 kcal/mol. The best pharmacophore model with a value of scoring model pharmacophore 0.9666 was validated with 1,079 active and 41,373 decoys. This validation produced parameter values EF1% = 3.1, EF5% = 3.1, and AUC100% = 0.50 which are still below with parameters shown at DUD-E site. These results conclude that arylmethylamine derivatives have potential as DPP-4 inhibitors as showed by the interaction analysis that occurs in molecular docking, but the optimum pharmacophore feature has not been obtained for the process of finding arylmethylamine derivative lead compounds as DPP-4 inhibitors."

"Obat ndash, obat golongan statin berkhasiat sebagai penurun kolesterol dan digunakan sebagai pencegahan pertama penyakit - penyakit kardiovaskuler. Namun, beberapa studi menyatakan bahwa ditemukan berbagai efek samping akibat penggunaan statin. Pencarian senyawa sebagai alternatif untuk pengobatan hiperkolesterlemia ditemukan dalam kandungan ekstrak biji melinjo. Ekstrak diklormetan memperlihatkan aktivitas penghambatan terhadap Hidroksimetilglutaril KoA Reduktase HMGCR berdasarkan uji in vitro sehingga berpotensi mengurangi pembentukan kolesterol dalam darah. Percobaan melalui penambatan molekuler menggunakan Autodock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dilakukan sebagai pelengkap terhadap uji in vitro. Suhu yang diterapkan dalam simulasi adalah 300 K sebagai suhu acuan dan 310 K sebagai penyesuaian dengan suhu tubuh normal. Parameter ndash; parameter yang diamati antara lain interaksi senyawa ligan dengan residu, afinitas ikatan, RMSD, RMSF, analisis ikatan hidrogen, MMPBSA dan MMGBSA. Dalam simulasi ini, trans-resveratrol, trans-piceid, Gnemonol M, Gnemonosida B, Viniferin dan Gnetin C memberikan energi lebih rendah dibandingkan HMG yang berperan sebagai ligan alami, sehingga berpotensi sebagai inhibitor alternatif terhadap HMGCR. Rentang energi untuk docking ligan ndash; ligan adalah -5,43 kkal/mol hingga 8,63 kkal/mol, serta -11,1 kkal/mol hingga 31,38 kkal/mol untuk simulasi. Suhu simulasi yang lebih disukai adalah 310 K karena terbentuk lebih banyak interaksi dan diperoleh afinitas yang lebih tinggi dibandingkan suhu 300 K.

---

Statins are cholesterol lowering drug and used as primary prevention of cardiovascular diseases CVD , but numerous studies show adverse effects of statin medication. Recent study found alternative nature compounds as treatment of high blood cholesterol level which are contained within melinjo seed extract. Dichloromethane extract has inhibitory activity over Hydroxymethylglutaryl CoA Reductase HMGCR based on in vitro study, therefore has potent activity for lowering blood cholesterol. Molecular docking using Autodock and molecular dynamic simulation using AMBER are conducted for complementary study to in vitro experiment. Simulation was set at 300 K as default temperature and 310 K, normal human body temperature. The main parameters of this study are ligand residue interaction, binding affinity, RMSD, RMSF, hydrogen bonds analysis, MMPBSA and MMGBSA. In this simulation, trans resveratrol, trans piceid, Gnemonol M Gnemonoside B, Viniferin and Gnetin C have lower energy than HMG, the original ligand of HMGCR. Free energy binding obtained from docking range between 5,43 kcal mol to 8,63 kcal mol and 11,1 kcal mol to 31,38 kcal mol for the simulation. Also, simulation at 310 K is preferable than 300 K as more interactions are performed and higher affinity is obtained."

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."