Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Obat antiinflamasi non-steroid (AINS) bekerja dengan cara menghambat produksi prostaglandin melalui penghambatan enzim siklooksigenase, sehingga banyak digunakan dalam pengobatan inflamasi secara luas. Senyawa kimia 3-Fenil-2-stiril-4(3H)-kuinazolinon tersubstitusi sulfonamida atau sulfasetamida merupakan senyawa baru hasil sintesis. Beberapa senyawa diaril-4(3H)-kuinazolon tersubtitusi gugus SO2NH2 pada salah satu cincin arilnya diprediksi akan mempunyai aktivitas penghambatan COX-2 yang baik. Penelitian ini bertujuan mengamati dinamika interaksi inhibisi ikatan beberapa senyawa 3-Fenil-2-stiril- 4(3H)-kuinazolinon tersubstitusi sulfonamida atau sulfasetamida dengan COX-2. Pengujian dinamika interaksi dilakukan secara in silico melalui penambatan molekuler menggunakan AutoDock 4.0 dan simulasi dinamika molekuler selama dua nanodetik menggunakan Amber 11. Berdasarkan nilai ΔG hasil penambatan molekul, dapat dibagi menjadi 3 kelompok: kelompok sangat selektif yaitu senyawa 2i, 2e dan 2d (-10,92; -10,93 dan -11,33 kkal/mol) dibandingkan dengan SC-558 (-10,90 kkal/mol); kelompok selektif yaitu senyawa 2f, 2b, 2c dan 2a (- 10,68; -9,79; -9,57 dan -9,22 kkal/mol) dibandingkan dengan selekoksib (-10,63 kkal/mol); kelompok non-selektif yaitu senyawa 2aa, 2ba dan 2ca (-6,98; -6,87 dan -6,48 kkal/mol) dibandingkan dengan aspirin (-4,82 kkal/mol). Simulasi dinamika molekuler pada kompleks 6COX dengan senyawa 2a menunjukkan jumlahikatan hidrogen yang cenderung tidak stabil, sedangkan kompleks dengan senyawa 2aa, 2i dan SC-558 menunjukkan jumlah ikatan hidrogen yang cenderung stabil.

---

The Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs (NSAIDs) inhibit the production of prostaglandins by inhibiting cyclooxygenase (COX) activity, so that it is used in the treatment of a wide variety of inflammation conditions. Sulfonamides or sulfacetamides substituted of 3-Phenyl-2-styril-4(3H)-quinazolinones are the novel compound produced by synthesis. SO2NH2 substituted in one of the aryl ring of diaryl-4(3H)-quinazolones are predicted as a good COX-2 inhibitor. The aims of this research is to observe the inhibition activity of sulfonamides or sulfacetamides substituted of 3-Phenyl-2-styril-4(3H)-quinazolinones with COX- 2. The study of COX-2,binding inhibition and dynamics interaction was done with in silico method by molecular docking with AutoDock 4.0 and molecular dynamics in 2 nanoseconds with Amber 11. Those compound could be divided into 3 groups, based on ΔG scores of docking result: very selective group, compound 2i, 2e and 2d (-10.92; -10.93 and -11.33 kcal/mol) compared to SC-558 (-10.90 kcal/mol); selective group compound 2f, 2b, 2c and 2a (-10.68; -9.79; - 9.57 and -9.22 kcal/mol) compared to celecoxib (-10.63 kcal/mol); non-selective group, compound 2aa, 2ba and 2ca (-6.98; -6.87 and -6.48 kcal/mol) compared to aspirin (-4.82 kcal/mol). Molecular dynamics simulation of complex 6COX with compound 2a showed unstable hydrogen bond number, whereas complex with compound 2aa, 2i and SC-558 showed stable hydrogen bond number."

"Siklooksigenase (Cyclooxygenase - COX) merupakan enzim yang mengkonversi asam arakidonat menjadi prostaglandin. Prostaglandin berperan penting dalam menimbulkan respons inflamasi dan berbagai respons fisiologis lainnya. Dikenal dua jenis isozim siklooksigenase, COX-1 dan COX-2. Aktivasi siklooksigenase-2 umumnya terinduksi oleh rangsangan dan tidak terus-menerus sehingga menjadi target inhibisi dari obat-obat selektif inhibitor siklogenase terbaru. Kurkumin, senyawa aktif dari Curcuma longa, dan analog alamiahnya memiliki aktivitas inhibisi sikloksigenase-2 yang teramati secara in vitro dan in vivo pada penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini, dilakukan pengujian secara in silico melalui penambatan molekuler untuk mengamati aktivitas inhibisi siklooksigenase-2 beberapa analog kurkumin turunan dibenzilidenasikloheksanon. Dari hasil penambatan molekuler kemudian analog diperingkatkan konstanta inhibisinya, Ki. Analog yang paling poten sebagai inhibitor COX-2 dari hasil penelitian ini adalah analog III. Daerah pengikatan substrat penting untuk COX-2 yang teramati pada penelitan ini meliputi residu-residu Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, dan Trp 387.

---

Cyclooxygenase (COX) is an enzyme that converting arachidonic acid (AA) to prostaglandin. Prostaglandin has an important role of inducing inflammation and other physiological responses. There are two types of cyclooxygenase isozyme, COX-1 and COX-2. Cyclooxygenase-2 activation in general was induced by stimulation and was not constitutive therefore it became inhibition target of the newer selective cyclooxygenase inhibitor drugs. Curcumin, active compound from Curcuma longa, and its natural analogues were shown to have cyclooxygenase-2 inhibition activity. This activity has been observed by in vitro and in silico method in the previous researches. In this research, in silico test was done using molecular docking method to observe cyclooxygenase inhibition activity of some dibenzilydenecyclohexanone derived curcumin analogues. From the result of molecular docking, the analogues were ranked based on its ΔG binding energy and inhibition constant, Ki. In this research, the most potential analogue as COX-2 inhibitor was analogue III. Important binding area of the COX-2 substrate was comprised of Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, and Trp 387 residues."

"ABSTRAKKanker adalah suatu kondisi yang ditandai dengan adanya pertumbuhan abnormal dari sel-sel tubuh yang tidak terkontrol dan mampu mempengaruhi sel normal lainnya. Saat ini banyak dilakukan penelitian untuk mencari senyawa-senyawa baru yang berpotensi sebagai antikanker. Salah satu cara yang digunakan untuk mendukung analisis ini adalah dengan metode in silico. Selain itu, metode ini juga mendukung green chemistry yang cukup diminati akhir-akhir ini. Dalam penelitian ini, diteliti sepuluh senyawa dari basis data herbal hasil Virtual Screening yang memiliki aktivitas sebagai inhibitor enzim α-Glukosidase manusia. Model tiga dimensi (3D) enzim dikonstruksi berdasarkan struktur kristal α-glukosidase S. solphataricus (MalA) dan sub-unit N-terminal Maltase Glukoamilase manusia (NtMGAM). Penambatan sepuluh senyawa yang akan diuji; yakni 6-Deoxoteasterone, Diosgenin, Withangulatin A, Withanolide, Lanosterol, Cassiamin C, Asiatic Acid, Isoarborinol, Yamogenin, dan Lantic Acid, ditambatkan menggunakan AutoDock 4.2 dan hasilnya menunjukkan nilai ΔG secara berturut-turut yakni -9,09; -8,76; -8,73; -8,66; -8,65; -8,65; -8,64; -8,59; -8,48; dan -8,45 kkal/mol. Analisis kemudian dilanjutkan dengan melakukan simulasi diamika molekuler selama 2 nanodetik menggunakan Amber 11. Sebagai kontrol positif, digunakan senyawa Castanospermine dan 1,6-Epi-Cyclophellitol. Hasil analisis menunjukkan bahwa secara umum, pada kompleks senyawa ligan dan makromolekul ada interaksi yang kuat dan stabil pada residu Asp587, Asp511, Asp 398, Trp 274, dan Phe 620.

---

ABSTRACT

Cancer is a condition that characterized by the abnormal growth of cells that are not controlled and capable to affect normal cells. Nowadays, there's a lot of research to find new compounds that have the potential as an anticancer. One of the ways to support this analysis is the in silico. In addition, this method also supports green chemistry that considerable interest lately. This study will investigated ten compounds from Herbal Database that have been researched before through Virtual Screening, that have the activity as an inhibitor of α-glucosidase. Three-dimensional (3D)'s model was constructed by the crystal structure of the enzyme α-glucosidase S. solphataricus (mala) and sub-units of N-terminal human maltase Glucoamylase (NtMGAM). 6-Deoxoteasterone, Diosgenin, Withangulatin A, Withanolide, lanosterol, Cassiamin C, Asiatic Acid, Isoarborinol, Yamogenin, and Lantic Acid was tethered using Autodock 4.2 and the results show the value of ΔG are -9.09; -8.76; -8.73; -8.66; -8.65; -8.65; -8.64; -8.59; -8.48; and -8.45 kcal/mol. The analysis then continued by performing simulation on mollecular dynamics for 2 nanoseconds using Amber 11. Castanospermine and 1,6-Epi-Cyclophellitol was used as the positive control. The analysis showed that in general the complex of ligand and macromolecule, that there is a strong and stable interaction at residues Asp587, Asp511, Asp 398, Trp 274 and Phe 620."

"Kanker merupakan penyebab kematian utama di seluruh dunia. Salah satu faktor terjadinya kanker adalah modifikasi epigenetik yang abnormal (hipermetilasi). Hipermetilasi yang terjadi pada gen diyakini bahwa yang berperan besar dalam proses karsinogenesis adalah enzim DNA metiltransferase (DNMT). Penelitian-penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa inhibitor DNMT dari bahan alam. Salah satu metode yang mendukung untuk analisis ini adalah metode in silico. Dalam penelitian ini, diteliti beberapa senyawa pilihan dari basis data herbal Indonesia hasil penapisan virtual terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor DNMT. Hasil penambatan molekuler senyawa Cassiamin C, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallo-catechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallo-catechin-3-gallate (EGCG) (kontrol positif), dan sinefungin (kokristal) didapatkan nilai ΔG secara berturut-turut, -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, dan -9.11 kkal/mol. Senyawa cassiamin C, procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, withanolide, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin memiliki ΔG lebih rendah dari senyawa sinefungin (kokristal) dan EGCG (kontrol positif). Sehingga, tahap selanjutnya akan dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap tujuh ligan tersebut. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan aktivitas terbaik secara keseluruhan yaitu pada senyawa procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin. Residu asam amino yang penting bagi aktivitas inhibitor DNMT1 adalah Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, dan Val1580.

---

Cancer is the leading cause of death worldwide. Factors of cancer is an abnormal epigenetic modifications (hypermethylation). Hypermethylation that occur in genes believed that played a major role in process of carcinogenesis is DNA methyltransferase (DNMT) enzyme. Recent studies is conducted to find DNMT inhibitor compounds from natural materials. Method that support for this analysis is in silico studies. In this study, several selected compounds from herbal database Indonesia results of virtual screening will be studying for the activity as an inhibitor DNMT. Results molecular docking of Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4alphaent-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) (positive control), and Sinefungin (co-crystal) compounds, ΔG values obtained -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, and -9.11 kcal/mol, respectively. Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, and Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin compounds had lower ΔG than Sinefungin (co-crystal) and EGCG (positive control) compounds. Therefore, molecular dynamic simulation of seven selected compounds will be performed. The results of molecular dynamic simulation shows the best overall activity is Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, and Gallocatechin-4alpha-8-epi-catechin compounds. Amino acid residues which are important for the activity of DNMT1 inhibitor is Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, and Val1580."

"ABSTRAKKurkumin adalah senyawa aktif biologis yang terdapat dalam tumbuhan Curcuma longa L. yang tersebar luas di daerah tropis seperti Indonesia. Kurkumin telah lama digunakan sebagai tanaman obat keluarga dan diketahui memiliki aktivitas antiinflamasi, antioksidan, dan antikanker. Salah satu mekanisme kerja kurkumin sebagai antikanker adalah dengan menginhibisi aktivitas enzim 12-lipoksigenase. Mekanisme tersebut diketahui dari penelitian dengan melakukan penambatan molekuler kurkumin dengan enzim 12-lipoksigenase. Akan tetapi, hasil penambatan molekuler memiliki kelemahan karena dilakukan dalam keadaan senyawa dengan struktur yang kaku (rigid). Pada kenyataannya, makromolekul dan ligan yang ditambatkan memiliki torsi sehingga bergerak dengan dinamis dari waktu ke waktu. Analisis dinamika molekuler senyawa kompleks enzim 12- lipoksigenase dengan kurkumin dan dua turunan alaminya, demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin, dilakukan menggunakan hasil penambatan molekulernya, dan dianalisis dengan mengevaluasi nilai RMSF, energi potensial, dan kondisi ikatan hidrogen. Berdasarkan ketiga parameter tersebut, interaksi enzim 12-lipoksigenase dengan kurkumin, demetoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin menunjukkan kestabilan selama waktu simulasi 2000 pikodetik (2 nanodetik).

---

ABSTRACTCurcumin is the biologically active compound contained in the plant Curcuma longa L. which is widespread in tropical areas like Indonesia. Curcumin has long been used as plant medicine and is known to have anti-inflammatory activity, antioxidant, and anticancer. One of the mechanism of action as an anticancer activity is to inhibit the activity of 12-lipoxygenase. The mechanism is studied as the result from the molecular docking of curcumin with 12-lipoxygenase. However, the molecular dockings result have a weakness because it is done in a state of compounds with a rigid structure. In fact, macromolecules and the tethered ligand has the torque to move dynamically over time. Molecular dynamics analysis of complex compounds 12-lipoxygenase with curcumin and it?s two natural derivatives, demethoxycurcumin, and bisdemethoxycurcumin performed using the results of molecular docking and analyzed by evaluating the value of RMSF, the potential energy, and hydrogen bonding conditions. Based on these three parameters, the interaction of 12-lipoksigenase with curcumin, demethoxycurcumin, and bisdemethoxycurcumin showed stability during the 2000 (2 nanosecond) simulation time."

"Obat ndash, obat golongan statin berkhasiat sebagai penurun kolesterol dan digunakan sebagai pencegahan pertama penyakit - penyakit kardiovaskuler. Namun, beberapa studi menyatakan bahwa ditemukan berbagai efek samping akibat penggunaan statin. Pencarian senyawa sebagai alternatif untuk pengobatan hiperkolesterlemia ditemukan dalam kandungan ekstrak biji melinjo. Ekstrak diklormetan memperlihatkan aktivitas penghambatan terhadap Hidroksimetilglutaril KoA Reduktase HMGCR berdasarkan uji in vitro sehingga berpotensi mengurangi pembentukan kolesterol dalam darah. Percobaan melalui penambatan molekuler menggunakan Autodock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dilakukan sebagai pelengkap terhadap uji in vitro. Suhu yang diterapkan dalam simulasi adalah 300 K sebagai suhu acuan dan 310 K sebagai penyesuaian dengan suhu tubuh normal. Parameter ndash; parameter yang diamati antara lain interaksi senyawa ligan dengan residu, afinitas ikatan, RMSD, RMSF, analisis ikatan hidrogen, MMPBSA dan MMGBSA. Dalam simulasi ini, trans-resveratrol, trans-piceid, Gnemonol M, Gnemonosida B, Viniferin dan Gnetin C memberikan energi lebih rendah dibandingkan HMG yang berperan sebagai ligan alami, sehingga berpotensi sebagai inhibitor alternatif terhadap HMGCR. Rentang energi untuk docking ligan ndash; ligan adalah -5,43 kkal/mol hingga 8,63 kkal/mol, serta -11,1 kkal/mol hingga 31,38 kkal/mol untuk simulasi. Suhu simulasi yang lebih disukai adalah 310 K karena terbentuk lebih banyak interaksi dan diperoleh afinitas yang lebih tinggi dibandingkan suhu 300 K.

---

Statins are cholesterol lowering drug and used as primary prevention of cardiovascular diseases CVD , but numerous studies show adverse effects of statin medication. Recent study found alternative nature compounds as treatment of high blood cholesterol level which are contained within melinjo seed extract. Dichloromethane extract has inhibitory activity over Hydroxymethylglutaryl CoA Reductase HMGCR based on in vitro study, therefore has potent activity for lowering blood cholesterol. Molecular docking using Autodock and molecular dynamic simulation using AMBER are conducted for complementary study to in vitro experiment. Simulation was set at 300 K as default temperature and 310 K, normal human body temperature. The main parameters of this study are ligand residue interaction, binding affinity, RMSD, RMSF, hydrogen bonds analysis, MMPBSA and MMGBSA. In this simulation, trans resveratrol, trans piceid, Gnemonol M Gnemonoside B, Viniferin and Gnetin C have lower energy than HMG, the original ligand of HMGCR. Free energy binding obtained from docking range between 5,43 kcal mol to 8,63 kcal mol and 11,1 kcal mol to 31,38 kcal mol for the simulation. Also, simulation at 310 K is preferable than 300 K as more interactions are performed and higher affinity is obtained."

"Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1) merupakan retrovirus penyebab penyakit mematikan AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). Virusnya yang cepat bermutasi menyebabkan belum adanya obat yang dapat menyembuhkan penyakit ini secara total. Salah satu target enzim yang dapat diinhibisi untuk menghambat replikasi virus ini adalah protease HIV-1. Inhibisi pada enzim ini menyebabkan hambatan pemotongan protein pada tahap pematangan virus. Beberapa senyawa xanton dari tanaman Garcinia mangostana Linn. yakni α-, β-, dan -mangostin menunjukkan aktivitas inhibisi pada enzim ini. Strukturnya yang berupa nonpeptida memungkinan adanya mekanisme berbeda dari inhibitor lain. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamati model pengikatan dari analog mangostin tersebut. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penambatan molekuler secara in silico. Hasil menunjukkan bahwa terdapat dua model pengikatan dengan afinitas yang lebih tinggi pada sisi aktif kantung hidrofobik (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kkal/mol) dan pada sisi permukaan luar yang masih menunjukkan afinitas ikatan yang baik (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (- 5,3)-(-5,9) kkal/mol).

---

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) is a retroviral virus that cause deadly disease, AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). The virus that mutates so fast cause no drugs available to cure this disease totally yet. One of enzyme target that can be inhibited to block the replication of this virus is HIV-1 protease. Inhibition to this enzyme cause the blocking of protein cleavage in virus maturation process. Several xanthones compound from Garcinia mangostana Linn., α-, β-, dan -mangostin, has shown inhibition activity to this enzyme. The structure, which is non-peptide based, gives possibility to different mechanism than other inhibitor. This research?s aim is to search the binding modes of mangostin analogues. The method used in this research is in silico molecular docking. The result shows that there are two binding modes with higher affinity in hydrophobic pocket active site (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kcal/mol) and molecular surface site which still shows good affinity (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-5,3)-(-5,9) kcal/mol)."

"Sulokrin telah dilaporkan memiliki aktivitas sebagai inhibitor α-glukosidase. Model tiga dimensi (3D) enzim dikonstruksi berdasarkan struktur kristal α-glukosidase S. solphataricus (MalA) dan sub-unit N-terminal Maltase-Glukoamilase manusia (NtMGAM) (Saqib & Siddiqi, 2008) menggunakan Modeller9.10. Penambatan sulokrin dilakukan pada dua bentuk konformasi yakni berdasarkan energi terbaik dan klaster terbaik menggunakan Autodock4.2 dan hasilnya menunjukkan nilai G secara berturut-turut yakni -6,90; -6,44 kkal/mol dan Ki= 8,74; 19,13 M, sebagai kontrol inhibitor α-glukosidase digunakan akarbose, miglitol, voglibose, dan salasinol dengan skor nilai G= -7,80; -7,60; -6,56 dan -4,25 kkal/mol, serta Ki= 2,12; 2,77; 15,75 dan 482,55 M. Interaksi sulokrin pada situs aktif α-glukosidase manusia dipelajari melalui simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dan menunjukkan adanya interaksi kuat dan stabil pada residu Asp587, dibandingkan dengan akarbose yang menunjukkan interaksi dengan residu Asp587, Asp398, Asp511, dan Phe 518, sedangkan voglibose menunjukkan interaksi dengan residu Asp398 dan Asp511.

---

Sulochrin has reported active as α-glucosidase inhibitor. The three-dimensional (3D) model of enzyme is constructed based on the crystal structures of the S. solphataricus α-glucosidase (MalA) and Human N-terminal subunit of Maltase-Glucoamylase (NtMGAM) (Saqib & Siddiqi, 2008) by using Modeller9.10 program. Docking of sulochrin performed on two conformational form based on the best energy and best cluster by using Autodock4.2 and the result showed G value = -6.90, -6.44 kcal/mol and Ki value= 8.74, 19.13 M, respectively, as a control of α-glucosidase inhibitor is used acarbose, miglitol, voglibose, and salacinol with a score of G value= -7.80, -7.60, -6.56, -4.25 kcal/mol and Ki value= 2.12, 2.77, 15.75, 482.55 M, respectively. Interaction of sulochrin to active site of Human α-glucosidase has been studied by molecular dynamic simulation using AMBER and showed a strong and stable interactions with Asp587 residue, in comparison with acarbose showed interactions with Asp587, Asp398, Asp511, and Phe 518, while voglibose showed interactions with Asp398 and Asp511."