Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Rotavirus grup A merupakan penyebab utama penyakit diare pada bayi dan anak balita di seluruh dunia. Metode deteksi strain rotavirus yang cepat dan sensitif adalah dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan tingkat prevalensi infeksi rotavirus di Jakarta Utara dan menentukan hubungan data sebaran umur, jenis kelamin serta tingkat keparahan diare pasien terhadap proporsi strain rotavirus selama penelitian. Pada penelitian ini telah diperiksa 256 feses yang diambil pada bulan September 2005 sampai Januari 2006 dari anak-anak penderita diare akut di Jakarta Utara. Metode Enzyme Immunoassay (EIA) digunakan untuk skrining antigen VP6 pada feses, sebelum diteliti dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Ada 100 sampel feses yang mengandung antigen VP6 rotavirus grup A. Metode reverse transcription dan nested-multipleks PCR digunakan untuk mendeteksi gen VP7 (1.062 bp) dan VP4 (876 bp). Data prevalensi masing-masing serotipe P dan G dari pasien yang terinfeksi rotavirus di Jakarta Utara adalah: G1 9,3%; G2 9,3%; G3 2,1%; G9 6,2%;infeksi bersama G4 dan G9 47,4%; P[4] 12,4%; P[6] 12,4%, P[8] 32%; infeksi bersama P[6] dan P[8], 3,1%. Strain rotavirus yang paling banyak ditemukan adalah G4G9P[8] sebanyak 22,7% dan G4G9 dengan serotipe P yang tidak terdeteksi sebanyak 20,6%. Ada 8 sampel yang tidak berhasil dideteksi strainnya. Pada penelitian ini diketahui bahwa nilai tengah umur pasien strain rotavirus terdeteksi sama dengan nilai tengah umur pasien strain rotavirus tidak terdeteksi serta tidak ada perbedaan yang bermakna antara proporsi strain rotavirus terdeteksi dan strain rotavirus tidak terdeteksi berdasarkan jenis kelamin pasien dan tingkat keparahan diare pasien (p>0,05)."

"ABSTRAKSifilis merupakan penyakit multistadium yang ditularkan terutama melalui hubungan seksual. Saat ini penggunaan uji polymerase chain reaction (PCR) untuk Treponema pallidum telah banyak digunakan dan diharapkan mampu mengurangi masalah dalam uji diagnostik sifilis. Hasil uji PCR Treponema pallidum dipengaruhi oleh jenis spesimen, metode PCR dan gen target. Penelitian ini ditujukan untuk menilai penggunaan darah dan serum untuk uji multiplex nested PCR dengan gen target 23S rRNA Treponema pallidum. Studi potong lintang dilakukan dari bulan April 2015 - April 2016. Pengambilan sampel secara konsekutif dari pasien dengan gambaran klinis sifilis sekunder yang datang ke poliklinik Infeksi Menular Seksual (IMS) di Jakarta. Uji PCR dilakukan terhadap 122 spesimen klinis (61 darah dan 61 serum). Uji serologi rapid plasma reagin (RPR) dan Treponema pallidum Haemagglutination Assay (TPHA) dilakukan pada semua serum. Hasil positif uji PCR darah sebesar 22,95% dan serum sebesar 6,56%, sedangkan hasil positif uji serologi sebesar 68,85%. Pada hasil uji serologi positif, proporsi hasil positif uji multiplex nested PCR Treponema pallidum darah sebesar 30,95% dibandingkan serum 9,52%. Uji PCR terhadap darah mampu mendeteksi 3,25 kali lebih tinggi daripada serum. Penggunaan darah memberikan nilai kepositivan yang lebih tinggi dibandingkan serum pada uji multiplex nested PCR Treponema pallidum menggunakan gen target 23S rRNA

---

ABSTRACTSyphilis is a multistage disease transmitted primarily through sexual intercourse. Nowadays, polymerase chain reaction (PCR) test for Treponema pallidum has been widely used and expected to overcome problems in diagnostic test for syphilis. The PCR Treponema pallidum are influenced by type of specimens, PCR methods and gene targets. This study is aim to assess the use of blood and serum using multiplex nested PCR Treponema pallidum targeting 23S rRNA. Cross-sectional study was conducted from April 2015 - April 2016. Sampling was carried out consecutively from patients with clinical features of secondary syphilis who came to sexual transmitted infection (STI) clinics in Jakarta. PCR test performed on 122 clinical specimen ( 61 blood and 61 serum). All serum were tested with RPR and TPHA assay. The positive results of PCR test on blood was 22,95% and serum was 6,56%, while the positive results of serology was 68,85%. On positive serological test results, the proportion of positive results of multiplex nested PCR Treponema pallidum on blood was 30,95% compared to serum 9,52%. PCR test on blood is able to detect 3,25 times higher than serum. The use of blood give a higher positivity compared to serum in multiplex nested PCR Treponema pallidum using 23S rRNA gene target."

"Measles merupakan salah satu penyakit infeksi menular dengan jumlah kasus yang masih tinggi di Indonesia. Jumlah kasus yang tinggi tersebut perlu dilakukan konfirmasi secara laboratoris sehingga dapat dilakukan tindakan pencegahan secara cepat dan tepat. Penelitian ini menggunakan spesimen urin untuk pemeriksaan laboratorium measles dengan metode kultur virus dan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT-PCR. Kultur virus dilakukan dengan menggunakan sel vero/hSLAM lalu dilakukan pengamatan Cytopathic effect CPE, sedangkan RT-PCR digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen N menggunakan primer MeV 214 dan MeV 216. Hasil sampel didapatkan sebanyak 120 spesimen urin yang berasal dari 9 provinsi berbeda di Indonesia selama periode tahun 2016. Hasil pemeriksaan menunjukkan nilai positivitas kultur virus sebesar 7, sedangkan nilai positivitas RT-PCR sebesar 36. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode RT-PCR memiliki nilai positivitas yang lebih tinggi dalam mendeteksi virus measles dibandingkan dengan kultur virus.

---

Measles is one of infectious diseases with a high number of cases in Indonesia. The high number of cases needs to be confirmed in a laboratory so that precautions can be taken quickly and accurately. This study used urine specimens for laboratory measles examination using viral culture method and Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT PCR. Viral culture was done by using vero cells hSLAM then made observations cytopathic effect CPE, while RT PCR were used to amplify the N gene fragment using the primers 214 MeV and MeV 216. The results showed a number of 120 specimens of urine obtained from 9 different provinces in Indonesia during the period of 2016. the test results showed a virus culture positivity value of 7 while the value of RT PCR positivity of 36. The results showed that the RT PCR method has a higher positivity value in detecting measles virus compared to viral culture."

"Kanker kolorektal adalah kanker yang berlokasi dibagian kolon atau rektum dengan indikasi awal adalah keberadaan polip non-kanker. Kanker kolorektal menempati urutan ketiga sebagai kanker ganas dan urutan kedua dengan tingkat mortalitas tertinggi di tingkat dunia. Peningkatan morbiditas kanker kolorektal tercatat pada orang dewasa berusia 30-40 tahun. Prevalensi dan urgensi deteksi dini kanker kolorektal diperlukan untuk mendapatkan hasil diagnosis kanker sebagai solusi pengobatan kanker. Gen MDR1 sebagai gen penghabisan obat membentuk resistensi terhadap pengobatan yang menyebabkan kegagalan dalam kemoterapi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen MDR1 pada kanker kolorektal. Penelitian ini menggunakan metode qPCR yang bersifat spesifik dan sensitif pada satu target. Berdasarkan hasil qPCR diperoleh di antara 10 penderita kanker kolorektal terdapat 6 penderita yang positif terdeteksi gen MDR1 dan 4 penderita tidak mengekspresikan gen MDR1. Khususnya, ekspresi mRNA tertinggi diamati pada penderita yang telah mengalami metastasis terutama menuju hepar. Secara statistik, pengujian menggunakan Shapiro-Wilk (0,049 < 0,05) menyatakan data tidak terdistribusi normal antara kelompok jaringan normal dan kanker kolorektal. Sedangkan, pada uji Mann Whitney U (0,065 > 0,05) tidak terdapat perbedaan signifikan antara jaringan normal dan jaringan kanker kolorektal. Rekomendasi selanjutnya adalah dengan menggunakan sampel lebih banyak untuk melihat pola ekspresi gen.

---

Colorectal cancer is cancer located in the colon or rectum with the initial indication is the presence of non-cancerous polyps. Colorectal cancer ranks third as a malignant cancer and ranks second with the highest mortality rate in the world. The increase in colorectal cancer recorded in adults aged 30-40 years. The prevalence and urgency of early detection of colorectal cancer is obtained to get the results of a cancer diagnosis as a cancer treatment solution. The MDR1 gene as a drug efflux forms resistance to treatment causes failure in chemotherapy. This study aims to determine the expression of the MDR1 gene in colorectal cancer. This study uses the qPCR method which is specific and sensitive to one target. Based on the qPCR results, it was found that among 10 patients with colorectal cancer, there were 6 patients who were positive for the MDR1 gene and 4 patients were negative the MDR1 gene. In particular, the highest mRNA expression was observed in patients who had metastasized mainly to the liver. Statistically, the Shapiro-Wilk test (0.049 < 0.05) stated that the data were not normally distributed between the normal tissue groups and colorectal cancer. Meanwhile, the Mann Whitney U test (0.065 > 0.05) means that there is no significant difference between normal tissue and colorectal cancer tissue. The next recommendation is to use more samples to see the pattern of gene expression."

"Latar Belakang. Penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 dengan cepat menyebar dan menjadi Pandemi serta menimbukan kerugian yang sangat besar pada masyarakat di seluruh dunia. Deteksi virus yang cepat dan akurat memegang peranan penting untuk mengendalikan penyebaran di masyarakat dan membantu pasien untuk menghindari perkembangan penyakit lebih lanjut. Saat ini real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) merupakan reference standard diagnostic test dalam mendeteksi SARS-CoV-2 di seluruh dunia. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) merupakan metode amplifikasi asam nukleat isotermal yang memiliki sensitivitas dan spesifisitas tinggi dan waktu pengerjaan yang jauh lebih cepat dibandingkan real-time RT-PCR. Tujuan. Penelitian bertujuan untukiDetectTM SARS-CoV-2 Detection KitSARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini merupakan uji kesesuaian dengan studi potong lintang dan menggunakan metode pengumpulan sampel secara consecutive sampling. Subjek penelitian yaitu spesimen swab nasofaring dan orofaring dalam VTM (N=80) yang dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit menggunakan uji kesesuaian Kappa aplikasi SPSS versi 25.Hasil. Dari 72 sampel valid yang diperiksa dengan real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit dan real-time RT-PCR, 24 sampel terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR dan hanya tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP. Tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP termasuk ke dalam sampel - sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR. Secara statistik, uji reliabilitas / uji kesesuaian dari penelitian kedua alat diagnostik ini menunjukkan nilai Kappa yang sangat rendah, yaitu 0,16. Uji kesesuaian Kappa kedua alat ini menunjukkan bahwa hasil pemeriksaan alat real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2. Kesimpulan. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dan tidak dapat digunakan sebagai alat diagnostik dalam mendeteksi SARS-CoV-2.

---

Introduction. COVID-19 caused by SARS-CoV-2 quickly spread and became Global Pandemic and caused enormous losses to people around the world. Rapid and accurate virus detection plays an important role in controlling spread in the community and helping patients to avoid further disease progression. Currently, real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) is determined as the reference standard diagnostic test for detecting SARS-CoV-2 worldwide. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) is an isothermal nucleic acid amplification method that has high sensitivity and specificity and provide faster result than real-time RT-PCR. Aim. The research aims to compare real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Method. This research is a comparison test with a cross-sectional study and uses a consecutive sampling method to collect samples. The research subjects were nasopharyngeal and oropharynx swab specimens in VTM (N=80) which were analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. The data obtained from the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR test results were analyzed using Kappa test SPSS version 25.

Results. Of the 72 valid samples examined by the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR, 24 samples were detected positive by real- time RT-PCR and only three samples were detected positive by real-time RT-LAMP. Three samples that were detected positive by the real-time RT-LAMP were included in the samples that were detected positive by the real-time RT-PCR. Statistically, the comparison test of the research of these two diagnostic tools showed a very low Kappa value, which was 0.16. The Kappa suitability test of these two tools showed that the real- time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit were not compatible with the real- time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Summary. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit is not compatible with real-time RT-PCR and cannot be used as a diagnostic tool in detecting SARS-CoV-2."

"Penelitian deteksi fragmen gen NA virus avian influenza (AI) subtipe H5N1 telah dilakukan menggunakan 4 pasang primer NA yang dirancang oleh peneliti di Laboratorium IHVCB, yaitu NIF64 + NIR320, NIF306 + NIR537, NIF600 + NIR774, dan NIF757 + NIR975. Tujuan penelitian mengetahui spesifisitas dan sensitivitas primer yang telah dirancang dalam mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Teknik two-step RT-PCR digunakan untuk mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Uji spesifisitas PCR keempat pasangan primer dilakukan menggunakan sampel virus influenza A/chicken/Indonesia/2005 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2007 (H5N1); A/Indonesia/2007 (H3N2); A/Indonesia/2007 (H1N1); bakteri Streptococcus pneumonia, Neisseria meningitidis, dan Haemophilus influenzae. Uji sensitivitas PCR dilakukan dengan pengenceran bertahap terhadap cDNA virus influenza A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1) dengan nilai konsentrasi 0,1 pg/μl--10 ng/μl. Hasil penelitian menunjukkan keempat pasangan primer memiliki spesifisitas tinggi terhadap virus AI subtipe H5N1, tidak pada subtipe H1N1 dan H3N2, serta tidak terjadi reaksi silang antara primer dan gen bakteri patogen saluran pernapasan. Pasangan primer NIF306 + NIR537 mempunyai sensitivitas PCR paling tinggi dibandingkan ketiga pasangan primer lainnya karena dapat mendeteksi gen NA dengan nilai konsentrasi cDNA terendah sebesar 1 pg/μl sehingga paling baik digunakan pada uji diagnostik AI dengan RT-PCR."

"Rotavirus grup A merupakan agen penting penyebab penyakit diare dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi pada pasien bayi dan anak-anak khususnya di negara berkembang. Rotavirus diperkirakan telah menyebabkan lebih dari 800.000 kematian per tahunnya. Tingkat morbiditas dan mortalitas yang tinggi tersebut menjadi latar belakang yang mendorong untuk pengembangan vaksin yang efektif melalui karakterisasi molekular dari galur rotavirus yang bersikulasi. Oleh karena itu dibutuhkan metode yang spesifik, sensitif serta cepat untuk mendeteksi dan menentukan serotipe dari galur rotavirus grup A. Pada penelitian ini, 394 sampel feses yang diperoleh selama bulan September 2005 sampai dengan Januari 2006 dari bayi dan anak-anak dengan gejala diare di Mataram diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan 82 sampel menunjukkan hasil positif (20,8%). Sampel positif tersebut kemudian dianalisis lebih lanjut dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil uji tersebut menunjukkan bahwa prevalensi dari serotipe G4G9 dengan tipe P nonserotipe (33 dari 81 [40,7%]) merupakan galur rotavirus yang paling banyak ditemui di Mataram."

"Diare karena rotavirus adalah masalah kesehatan masyarakat di seluruh dunia. Rotavirus grup A yang menyerang manusia adalah penyebab terbesar dari penyakit gastroenteritis akut pada anak - anak baik di negara maju maupun negara berkembang. Rotavirus saat ini menjadi subjek penelitian dan ujicoba untuk pencarian vaksin yang efektif dan aman. Penelitian dilakukan untuk menentukan prevalensi rotavirus grup A di daerah Makassar selama bulan Oktober 2005 sampai Oktober 2006. Sampel feses dengan gejala diare dikumpulkan dari pasien pediatri sebanyak 326 sampel. Sampel kemudian diuji dengan metode ELISA dan menunjukkan 26,07% positif terinfeksi rotavirus grup A. Sampel positif tersebut kemudian dianalisis lebih lanjut dengan metode RT dan nested PCR menunjukkan bahwa prevalensi terbesar dari galur rotavirus grup A di daerah Makassar adalah serotipe G4G9P[8] sebanyak 36,55 (n = 31).

---

Rotavirus diarrhea is a public health problem throughout the world. Group A human rotaviruses are a major cause of acute gastroenteritis in young children in both developing and developed countries. Rotaviruses are at present the subject of intense vaccine research and trials worldwide to find an effective and safety vaccine. The study was conducted to determine the prevalence of group A rotavirus in Makassar on October 2005 until October 2006. Three hundred twenty six stool samples were collected from pediatric patient with diarrhea symptoms. The samples were tested by ELISA method and resulted as 26,07% positive of group A rotavirus. The ELISA positive samples were then analyzed by RT and nested PCR method, subsequently, and result showed that the major prevalence of group A rotavirus in Makassar that is 36,55% (n = 31) were G4G9P[8] serotype."

"ABSTRACTVibrio cholera, Vibrio parahaemolyticus and Vibrio vulnificus are opportunistic pathogens causing disease in weak shrimp and possible food poisoning in shrimp consumers. In this study, three pairs of primers were designed to amplify the target DNA fragments of three Vibrio spp. and together with one pair for internal amplification control. The PCR condition was optimized to detect three Vibrio spp. in one reaction tube. The specificity and sensitivity of the reaction were evaluated. The results showed that this technique can detect V. cholera, V. parahaemolyticus and V. vulnificus in the same reaction tube with high specificity. Sensitivity is moderate, 0.5 ng-10 pg. In the future, this technique can be used to detect these bacteria in shrimp. It is potentially useful for shrimp farmers and shrimp consumers."