Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Salah satu masalah bioinformatika adalah masalah rekonstruksi barisan DNA dengan metode Sequencing by Hybridization (SBH). Untuk melakukan rekonstruksi barisan DNA digunakan jalur Euler yang dicari pada graf DNA. Dalam skripsi ini dibahas beberapa algoritma untuk mencari jalur Euler, berikut kompleksitas algoritmanya, dan penggunaanya dalam SBH. Secara umum algoritma yang dibahas memiliki kompleksitas polinomial. Pada akhir skripsi dibahas algoritma yang dikatakan memiliki kompleksitas "linier"."

"Sequencing by Hybridization adalah salah satu metode untuk mencari barisan lengkap DNA dengan mencari jalur Euler pada graf DNA. Namun, tidak semua graf DNA memiliki jalur Euler. Hal ini terjadi antara lain bila terdapat busur pada graf DNA yang dilewati lebih dari satu kali, yang berarti terjadi pengulangan pada barisan DNA. Untuk mengkarakterisasi pola pengulangan yang dapat menyebabkan terbentuknya barisan DNA berbeda, graf DNA diubah menjadi graf pola utama.Graf pola utama adalah penyederhanaan dari graf pola. Graf pola yang berbeda dapat memiliki graf pola utama yang sama. Skripsi ini akan membahas penggunaan fungsi pembangkit untuk menghitung banyaknya graf pola dari suatu graf pola utama yang telah diberikan untuk sembarang pengulangan dan dengan cara pembentukan, dimana"

"Pengulangan dalam barisan DNA terjadi apabila terdapat sub untaian yang muncul lebih dari satu kali. Dalam pembentukan barisan DNA, terjadinya pengulangan dapat menghalangi pembentukan barisan yang unik. Banyaknya kemungkinan pembentukan barisan DNA bergantung pada pola pengulangan pada barisan DNA tersebut. Untuk setiap bentuk pengulangan DNA, banyaknya kemungkinan pembentukan barisan DNA dapat dihitung dengan bantuan digraf tereduksi dari digraf DNA. Sedangkan pola pengulangan barisan DNA dikarakterisasikan dengan menggunakan graf pola utama. Untuk barisan DNA dengan n pengulangan, bentuk pengulangan DNA yang dihasilkan dihitung sehingga akan menghasilkan k-cara pembentukan. Pada skripsi ini dibahas kemungkinan pembentukan barisan DNA dengan pengulangan menggunakan k-cara pembentukan, dengan 1 k 8."

"Pada skripsi ini dibahas penyejajaran tiga barisan DNA dengan penyajian secara geometris yang dinyatakan dalam tiga buah sumbu tegak pada ruang tiga dimensi. karakter barisan pertama dinyatakan pada sumbu kedua dengan arah horizontal ke belakang, dan karakter barisan ketiga dinyatakan pada sumbu ketiga dengan arah vertikal.proses penyejajaran dilakukan dengan cara memasangkan setiap karakter untuk mencari penyejajaran dengan skor maksimum. skor maksimum dari setiap penyejajaran dapat disajikan pada titik-titik koordinat dalam ruang dimensi tiga. suatu titik menyatakan keadaan skor penyejajarantiga barisan DNA yang berakhir pada suatu karakter dari barisan pertama, barisan kedua, dan barisan ketiga. proses dimulai dari titik awal (titik asal), kemudian dipilih titik selanjutnya yang memiliki skor maksimum di anatara titik-titik sekitarnya dan seterusnya sampai titik akhir."

"Sekuen konsensus adalah subsekuen yang paling sering muncul pada sekuen DNA. Sekuen ini berguna untuk menentukan letak dari protein. Dalam mencari sekuen konsensus harus memperhatikan posisi tiap basa dari sekuen DNA. Terdapat pola tertentuk untuk mentukan sekuen ini. Pencarian sekuen konsensus pada umumnya dilakukan dengan cara menyejajarkan subsekuen DNA dan memberikan skor, sekuen yang memberikan skor maksimum akan dijadikan sekuen konsensus. Pencarian skor maksimum ini dapat dilakukan dengan pemrograman linier. Dalam skripsi ini akan dibahas pencarian sekuen konsensus dan posisinya pada sekuen DNA dengan mencari skor maksimum menggunakan metode pemrograman linier.

---

Consensus sequence is the most frequent subsequences at DNA sequences. This sequence used to find binding site of protein. To searching consensus sequence it is important to consider location every nucleotides on DNA sequences. There is specific pattern to find this sequence. Searching consensus sequence commonly done by aligning DNA subsequences and giving score, a subsequence which give maximum score will be consensus sequence. Searching maximum score can use linear programming. In this paper will discuss how to find consensus sequence and its location on DNA sequence with searching maximum score using linear programming method."

"Pemodelan penjadwalan dalam sistem transportasi perkotaan dengan penjadwalan bus dan pengemudi dilakukan secara bersamaan, dibuat dengan menggunakan graf berarah. Pada graf ini, setiap simpul merepresentasikan keadaan yang spesifik, sedangkan busur merepresentasikan kemungkinan perpindahan keadaan. Model penjadwalan yang diperoleh berupa program linier. "