Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

---

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."

"Hemagglutinin 1 (HA1) adalah glikoprotein permukaan virus influenza yang banyak dikembangkan sebagai vaksin subunit rekombinan. Hal tersebut dikarenakan HA1 mampu menginduksi antibodi penetralisasi. Sejauh ini, vaksin influenza yang diproduksi di embrio telur ayam tidak efektif, khususnya dalam mengatasi masalah pandemik. Protein rekombinan yang diekspresikan di E. coli juga tidak efektif, sedangkan sel mamalia dan insekta membutuhkan keahlian khusus dan biaya yang mahal. Pada penelitian ini, dilakukan ekspresi protein HA1 pada ragi P. pastoris yang sudah diketahui memiliki banyak keuntungan dalam ekspresi protein rekombinan. Fragmen HA1 diperoleh dari galur Indonesia DKI271/2011 yang diamplifikasi dengan teknik PCR. Fragmen gen HA1 kemudian diinsersikan dalam vektor pPICZα-A dan ditransformasikan ke dalam P. pastoris. Protein HA1 diekspresikan dengan menginduksi sel ragi tersebut dengan metanol. Hasil menunjukkan bahwa P. pastoris yang berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan mengandung sisipan gen HA1 dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Mutasi juga tidak ditemukan pada sekuens asam amino yang menjadi epitope pengenalan oleh sel T dan B. Konfirmasi ekspresi pada kultur P. pastoris melalui western bloth menunjukkan bahwa pita protein sesuai dengan besar HA1. Protein tersebut selanjutnya dapat digunakan dalam pengembangan vaksin influenza subunit rekombinan.

---

Hemagglutinin 1 (HA1) of influenza virus is a surface glycoprotein that has been developed as a recombinant subunit vaccine. It is because HA1 subunit was able to induce neutralizing antibodies. So far, influenza vaccines that are produced in chicken eggs embryos is not effective especially in addressing pandemic influenza. Recombinant proteins expressed in E. coli was also not effective, while mammalian and insect cells requires special skills and high cost. In this study, HA1 expressed in the yeast P. pastoris were already known to have many advantages in the expression of recombinant proteins. HA1 gen fragment was obtained from Indonesian strain DKI271/2011 throughout PCR technique. This fragment then inserted in the vector pPICZα-A and transformed to P. pastoris. HA1 recombinant proteins was expressed by induced yeast with methanol. The results indicate P. pastoris which is successfully transformed by recombinant plasmid containing the HA1 gene insertion with good orientation and correct reading frame. It is also found no mutations in the amino acids sequence into cell epitope recognition by T and B. Confirmation HA1 recombinant protein in P. pastoris culture throughout western bloth showed protein bands as expected. HA1 recombinant proteins that have been successfully expressed in P. pastoris can be used in the development of subunit influenza vaccines."

"Avian influenza H5N1 ningga november 2007 telan menyerang dan menevvaskan 81orang dari 102 orang yang terinfeksi di Indonesia. Pada saat ini, masalan penting yang dikuatirkan oleh para anli adalah kemungkinan munoulnya subtipe baru virus influenza yang mampu menular antar manusia_ Hal ini dapat terjadi senubungan dengan adanya virus subtipe baru yang mungkin terbentuk akibat mutasi atau reasorsi (reassortment) virus avian influenza asal unggas dan virus human imfuenza. lV|utasi pada virus influenza dapat menimbulkan perubanan komposisi atau susunan asam amino pada virus yang dapat mempengaruni aktivitas virus.Penelitian melalui bioinformatika pada beberapa virus avian imfuenza menunjukkan banvva, dibandingkan dengan NA (Neuraminidase) dan NP (Nuk/eoprotein), ternyata HA (Haemagg/utinin) Iebin mudan mengalami mutasi_ Kemampuan virus Avian imfuenza untuk melakukan mutasi memungkinkan virus untuk berubah sifat patogenisitasnya.Pada penelitian ini dilakukan analisis mutasi yang terjadi pada virus H5N1 yang terjadi di Indonesia, dengan Cara melihat perubanan nukleotida dan analisis posisi epitop pada asam aminonya. Dengan demikian dapat diperkirakan apakan mutasi tersebut dapat mempengaruhi patogenitas atau tidak. Virus yang dianalisis diambil hanya dari kasus H5N1 yang menyerang manusia.Penelitian ini menggunakan metode Sequence allignment dengan program MAFFT dan prediksi epitop menggunakan program IMMUNEEPITOPE Didapatkan banyak sekali perubanan nukleotida pada sekuen hemagglutinin pada H5N1 di Indonesia, namun berdasarkan prediksi epitope ternyata belum mengalami mutasi yang cukup drastis ningga menguban patogenitas virus tersebut."

"Latar Belakang : Sebuah virus influenza baru berasal dari babi, muncul di Amerika Utara pada tahun 2009, dengan cepat menyebar ke seluruh dunia dan mengakibatkan pandemi influenza A 2009. Virus ini diklasifikasikan sebagai subtipe H1N1 menurut antigenisitas dari hemaglutinin (HA) dan protein neuraminidase (NA). Pandemi influenza tahun 2009 yang disebabkan virus H1N1 telah berakhir. Namun, kemungkinan terjadinya gelombang pandemi (H1N1) 2009 kedua sulit diprediksi. Vaksin DNA merupakan pendekatan baru yang sangat menjanjikan untuk vaksinasi. Vaksin ini dapat merangsang respons imun dengan batas yang sangat luas termasuk respons antibodi, respon sel T sitotoksik dan sel T helper. Dalam penelitian ini, plasmid DNA yang mengekspresikan antigen HA dan NA dari virus H1N1 diinjeksikan pada mencit Balb/C dengan berbagai komposisi dan lokasi injeksi. Imunisasi dilakukan pada mencit Balb/C untuk mengobservasi respon antibodi yang dihasilkan. Metode : Plasmid DNA yang mengekspresikan HA dan NA dan digunakan untuk imunisasi mencit Balb/C pCDNA 3.1 diperbanyak dalam E.Coli Top 10 dan dipurifikasi atau dimurnikan dengan menggunakan Qiagen Plasmid Purification. Mencit dibagi ke dalam 5 kelompok imunisasi, yaitu : kelompok pertama diimunisasi dengan vaksin pcDNA3.1-HA/pcDNA3.1, kelompok kedua diimunisasi dengan vaksin pcDNA 3.1-HA/pcDNA 3.1-NA yang dicampurkan, kelompok ketiga diimunisasi dengan vaksin pcDNA 3.1-NA/pcDNA3.1, kelompok keempat diimunisasi dengan vaksin tunggal pcDNA 3.1-HA yang disuntikan pada paha kiri dan pcDNA 3.1-NA pada paha kanan, kelompok kelima diimunisasi dengan kontrol pCDNA3.1. Respons antibodi spesifik terhadap HA diukur dengan metode ELISA. Hasil : Kelompok mencit Balb/C yang diimunisasi dengan vaksin pcDNA 3.1 HA/pcDNA 3.1 dan pcDNA 3.1-HA/ pcDNA 3.1-NA menunjukkan kenaikan titer abtibodi yang signifikan setelah diimunisasi primer dan booster ke-3.

---

Background : A new influenza virus originated in pigs, appeared in North America in 2009, quickly spread throughout the world and cause pandemic influenza A 2009. The virus is classified as H1N1 subtype according to the antigenicity of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase protein (NA). The 2009 influenza pandemic caused by the H1N1 virus has ended. However, the possibility of a wave of H1N1 pdm 2009 is difficult to predict. DNA vaccines are a very promising new approach to vaccination. This vaccine can stimulate an immune response with a very broad limits, including antibody responses, cytotoxic T cell responses and T helper cells. In this study, Plasmid DNAs espressing HA and NA antigen of influenza A H1N1 virus were injected into Balb/C mice with various compositions and site of injection. Immunization performed on Balb / C mice was performed to observe specific antibody response towards.

Methods : Plasmid DNAs expressing hemagglutinin and neuraminidase were used for Balb/C mice immunization transformed into a plasmid pCDNA3.1. Plasmid pCDNA 3.1 that express hemagglutinin and neuraminidase propagated in E. coli Top 10 and purified using Qiagen Plasmid Purification. Mice were divided into 5 groups of immunization, namely: the first group was immunized with pcDNA 3.1-HA/pcDNA 3.1 vaccine, the second group was immunized with pcDNA 3.1-HA/pcDNA 3.1-NA vaccine, The third group was immunized by pcDNA 3.1-NA/pcDNA 3.1 vaccine, fourth group were injected by pcDNA 3.1-HA vaccine in the left thigh by and pcDNA 3.1-NA vaccine in the right thigh and the fifth group immunized with the control pCDNA3.1.vaccine. HA-specific antibody responses measured by ELISA method.

Results : The group of Balb / C mice which were immunized with pcDNA 3.1- HA/pcDNA3.1 and pcDNA 3.1-HA/pcDNA3.1-NA vaccines show an significantly increase antibody titer after primary immunization and third booster."

"Latar BelakangDi Indonesia, virus AI HSN] telah bersirkulasi lebih dari lima tahun. Tingginya kasus AI HSNI pada manusia dan status endemis AI pada peternakan di Indonesia memungkinkan munculnya virus AI subtipe H5N1 yang lebih mudah beradaptasi dengan manusia. Semeniara itu, data penelitian tentang karakter virus AI subtipe HSN] asal unggas yang menginfeksi manusia maupun yang berasal dari sektor peternakan masih sangat terbatas. Keterbatasan dalam beberapa hal rncmbuat penelitian tentang virus AI asal Indonesia masih sangat sedikit dilakukan. Pada penelitian bertujuan untuk mengetahui karakter molekuler virus AI dari berbagai lata: belkang yang berbeda. Latar belakang tersebut diantaranya adalah virus asal unggas tanpa vaksinasi, virus yang berasal dari petemakan yang melalcukan vaksinasi AI serta virus asa] unggas disekitar kasus infeksi AI subtipe' HSNI pada manusia.MetodologiDua puluh isolat virus AI subtipe H5N1 asal imggas yang koleksi tahun 2003 sampai dengan 2008 digunakan dan dianalisis pada penelitian Empat belas virus diisolasi dari wabah/dugaan AI pada unggas dan enam virus diisolasi dari unggas disekitar kejadian infeksi virus AI subdpc HSN I pada rnanusia. Selcuensing dan analisis dilakukan lerhadap hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), matrix (M) dan non struktuxal (NS) karena berkaitan dengan perannya sebagai binding reseptor, epitop, patogenisitas, virulensi dan resistensi amantadin. Uji amantadin secara in vitro dilakukan menggunakan metode cell-based virus reduction assay.Hasil PenelitianHasil pmlélitian menunjukkan bahwa dua puluh virus AI yang dianalisis merupakan virus I-IPAI, masih mengenal avian reseptor, dan sebagian besar mempunyai motif PDZ asal unggas dan dua virus lainnya mempunyai motif PDZ asal manusia. Analisis sekuen menunjukkan satu virus adalah virus reassortant (A/Ck/Pessel/BPPVRII/07) yang merupakan hasil generic reassortmenl antara virus HSNI Indonesia dengan virus H3N2 Hong Kong. Virus yang diisolasi dan ayam yang divaksinasi AI memperlihatkan rnutasi pada gen I-IA, NA, M dan NS Iebih tinggi dibandingkan virus AI asal unggas yang tidak divaksinasi. Virus tahun 2008 yang diisolasi asal unggas yang divaksinasi mempunyai mutasi yang tidak dimiliki oleh virus asal 11I1gg3S yang divaksinasi yang diisolasi pada tahun 2006-2007. Pada penelitiau ini virus yang diisolasi dari unggais disekitar kasus manusia terinfeksi I-l5N1 memperlihatkan adanya substitusi yang spesifik pada protein M yang juga ditemukan pada virus AI asal rnanusia dan virus asal unggas yang divaksinasi. Motif ini diperkirakan dapat dijaidikan sebagai petanda molekuler virus AI yang dapatmenginfeksi manusia.Hasil analisis resistensi virus terhadap amantadin menunjukkan bahwa sekitar 62,58% (92/ 147) vims mengalami resistensi terhadap amantadin dan 10 diantaranya mengalami mutasi ganda (V27A and S3lN). Hasil uji 'in vitro yang dilakukan menunjukkan virus dengan mutasi ganda tidak lebih resisten tierhadap amantadin.

---

Background

In indonesia, the avian influenza HSN 1 subtype had circulating more than tive years. Endemic status in domestic poultry and the large number of HSN l human cases can create virus that more adaptive to human. The data of character of AI HSN] from Indonesia still limited. The purpose of the study to characterize the viruses from different backgrounds, such as from vaccinated chickens, non-vaccinated chickens and surrounding H5N1 human cases in Indonesia on the molecular level.

Methods

We used twenty of AI H5Nl subtype viruses which were collected during 2003-2008. Fourteen viruses were isolated from avian species outbreak of AI and six viruses isolated horn avian species around the HSNI human cases. The DNA sequencing was conducted to analyze the genes namely hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), matrix (M) and non structural (NS) that responsible to receptor binding, pathogenicity, virus virulence and amantadinc resistance. The amantadine sensitivity test was conducted using cell-based virus reduction assay.

Result

Result of study showed that all of the viruses were I-IPAI, recognize avian receptor and most of them possessed avian origin of PDZ motif and two other viruses have human origin motiti We found that the one from twenty viruses used in this study probably was a first genetic shift virus in Indonesia. In this study revealed that the viruses from vaccinated chickens had higher mutation in the HA molecule compared to poultry or other avian species, without vaccination. The mutation not only occurred in the HA gene but also at NA, Ml and NSI genes. Viruses from vaccinated chickens in 2008 have different substitution that only found in those viruses.

The other result from this study showed that the AI viruses isolated from birds around humans infected by HSNI virus and viruses which were isolated from vaccinated chickens had specific characteristics namely the presence of several amino acid substitutions especially on the Ml and M2 proteins. The substitutions were similar in most of HSN! human cases in Indonesia. Furthermore, the study found that the M2 protein of I47 Indonesian avian influenza (Al) viruses data available in public database (NCBI) inciuding twenty AI isolates used in this study showed that around 62.5 8% (92/ 147) of AI viruses in Indonesia have experienced resistances to amantadine and ten of them have dual mutations at V27A and S31N."