Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Skrining darah pendonor di Indonesia terhadap malaria belum dilakukan dengan pemeriksaan laboratorium. Kemungkinan resiko penularan malaria melalui darah donor dapat terjadi dan membahayakan jiwa resipien. Malaria di kota Ambon berdasarkan Annual Parasite Incidence adalah 4,49? termasuk High Case Incidence (HCI). Penelitian ini bertujuan mengetahui prevalensi malaria dengan berbagai pemeriksaan laboratorium di kota Ambon. Dikumpulkan sebanyak 550 donor di Unit transfusi darah PMI Ambon dalam kurun waktu 3 bulan dan dilakukan berbagai pemeriksaan. Hasilnya memperlihatkan tidak satupun terdeteksi positif dengan pemeriksaan mikroskopik maupun rapid test antigen Pf HRP2-pan aldolase atau Pf HRP-2- PvLDH. Duapuluh dua donor terbukti mengandung immunoglobulin P. falciparum dengan rapid test antibodi. Lima donor lain positif dengan PCR menggunakan 18S rRNA. Penelitian ini membuktikan adanya potensi penularan malaria dari darah donor sebesar 4.9% di Pulau Ambon.

---

Screening of blood donors in Indonesia against malaria with laboratory tests have not been done. Possible risk of malaria transmission through donated blood may occur and endanger the lives of recipients. Malaria in the city of Ambon by Annual Parasite Incidence was 4.49 - including High Case Incidence (HCI). This study aims to determine the prevalence of malaria with a several laboratory tests in the city of Ambon. Collection of total 550 donors at Red Cross blood transfusion unit Ambon, was carried out for a period of 3 months and followed by various examinations. The results showed none detected positive by microscopic examination or antigen rapid test PfHRP2-aldolase or PfHRP2-LDH. Twenty-two donors were found to contain P. falciparum with immunoglobulin antibody rapid test, in addition five other donors positive by PCR using 18S rRNA. This study showed that the potency of malaria transmission by blood donors was 4.9% in the island of Ambon."

"[ABSTRAKLatar belakang. Uji saring darah donor dapat menurunkan risiko tertularnya infeksi HCV. Di Indonesia telah dilakukan uji saring terhadap antibodi HCVdan RNA HCV. Uji saring terhadap Antigen-Antibodi belum dilakukan diIndonesia. Antigen HCV biasanya ditemukan pada 0 sampai 20 hari setelah RNA HCV pertama muncul. Anti-HCV dapat terdeteksi antara 10-40 harisetelah antigen HCV terdeteksi. Atas dasar pemikiran bahwa antigen HCVmuncul didalam darah lebih dahulu daripada anti-HCV, maka penelitian yangdilakukan ingin melihat apakah penggunaan reagensia serologi antigen-antibodi HCV dapat meningkatkan keamanan darah dan apakah sensitivitas serta spesifisitasnya sudah memenuhi standard yang dikeluarkan oleh Kementerian Kesehatan bila dibandingkan terhadap metoda NAT, yaitu sensitivitas 99,8% dan spesifisitas 95%.Metodologi. Pada penelitian ini dilakukan pemeriksaan pada 135 sampel darah donor yang terdiri dari 35 sampel positif dengan NAT HCV dan 100 sampel Positif dengan NAT HCV juga non reaktif terhadap HIV, HBsAg dan Sifilis dengan uji saring anti-HCV dengan metode CMIA, Ab-Ag HCV dengan metode ELISA dan bila ada perbedaan hasil pada pemeriksaan NAT HCV,CMIA HCV dan ELISA Ag-Ab HCV dilakukan pemeriksaan dengan menggunakan imunoblot HCV.Hasil. Dari 135 sampel, pada pemeriksaan ELISA Ag-Ab HCV terhadap 35 sampel positif RNA HCV menunjukkan hasil positif pada 35 sampel tersebut,tetapi pada 100 sampel negatif RNA HCV terdapat 3 sampel reaktif dan 97 nonreaktif. Sedangkan pada 35 sampel positif RNA HCV dengan pemeriksaanCMIA anti-HCV menunjukkan hasil reaktif pada 35 sampel dan pada 100 sampel negatif RNA HCV terdapat 11 sampel reaktif dan 89 sampel non reaktif.Sensitivitas dari perbandingan hasil pemeriksaan metoda NAT HCV dengan CMIA Ab-HCV adalah 100%, spesifisitasnya adalah 89%. Sensitivitas dari perbandingan hasil pemeriksaan metoda NAT HCV dengan ELISA Ag-AbHCV adalah 100%, spesifisitasnya adalah 97%.Simpulan. Pemeriksaan Antigen-Antibodi HCV ELISA memenuhi kriteriastandar untuk digunakan sebagai uji saring darah donor. Pemeriksaan AntibodiHCV CMIA tidak memenuhi kriteria standar untuk digunakan sebagai uji saringdarah donor.

---

ABSTRACTBackground. Screening of donor blood may reduce the risk of transmission of HCV infection . In Indonesia has be screened for HCV antibodies and HCVRNA . Screened against the antigen - antibody has not been done in Indonesia .HCV antigens commonly found in 0 to 20 days after HCV RNA first appears .Anti - HCV can be detected between 10-40 days after HCV antigen wasdetected . On the basis of the notion that HCV antigens appear in the blood earlier than the anti - HCV , the research done to see if the use of antigen - antibody reagents HCV serology can improve blood safety and whether thesensitivity and specificity already meet the standards issued by the Ministry of Health when compared to NAT method , the sensitivity 99.8 % and specificity of 95 % . Methodology. In this study conducted checks on 135 blood samples from 35 donors comprising the NAT HCV positive samples and 100 samples positive by HCV NAT is also non- reactive to HIV , HBsAg and syphilis with anti - HCVscreening of the CMIA method, HCV Ab-Ag ELISA method and theexamination confirmed using immunoblot HCV HCV . Results. Of the 135 samples, the Ag-Ab ELISA against HCV 35 HCV RNA positive samples showed positive results in 35 samples, but at 100 HCV RNA negative samples contained 3 samples reactive and non- reactive 97. While the35 HCV RNA positive samples with anti-HCV CMIA examination showedreactive results on 35 samples and in 100 HCV RNA negative samples contained 11 samples 89 samples reactive and non reactive. Sensitivity of theresults of the comparison method with CMIA HCV NAT-HCV Ab was 100%,specificity was 89%. Sensitivity of the results of the comparison method of NAT HCV Ag-Ab ELISA with HCV was 100%, specificity was 97%. Conclusion. Examination of HCV Antigen-Antibody ELISA meet the standard criteria for use as a screening of donor blood. Examination of HCV antibodiesCMIA does not meet the standard criteria for use as a screening of donor blood.;Background. Screening of donor blood may reduce the risk of transmission of HCV infection . In Indonesia has be screened for HCV antibodies and HCVRNA . Screened against the antigen - antibody has not been done in Indonesia .HCV antigens commonly found in 0 to 20 days after HCV RNA first appears .Anti - HCV can be detected between 10-40 days after HCV antigen wasdetected . On the basis of the notion that HCV antigens appear in the blood earlier than the anti - HCV , the research done to see if the use of antigen - antibody reagents HCV serology can improve blood safety and whether thesensitivity and specificity already meet the standards issued by the Ministry of Health when compared to NAT method , the sensitivity 99.8 % and specificity of 95 % . Methodology. In this study conducted checks on 135 blood samples from 35 donors comprising the NAT HCV positive samples and 100 samples positive by HCV NAT is also non- reactive to HIV , HBsAg and syphilis with anti - HCVscreening of the CMIA method, HCV Ab-Ag ELISA method and theexamination confirmed using immunoblot HCV HCV . Results. Of the 135 samples, the Ag-Ab ELISA against HCV 35 HCV RNA positive samples showed positive results in 35 samples, but at 100 HCV RNA negative samples contained 3 samples reactive and non- reactive 97. While the35 HCV RNA positive samples with anti-HCV CMIA examination showedreactive results on 35 samples and in 100 HCV RNA negative samples contained 11 samples 89 samples reactive and non reactive. Sensitivity of theresults of the comparison method with CMIA HCV NAT-HCV Ab was 100%,specificity was 89%. Sensitivity of the results of the comparison method of NAT HCV Ag-Ab ELISA with HCV was 100%, specificity was 97%. Conclusion. Examination of HCV Antigen-Antibody ELISA meet the standard criteria for use as a screening of donor blood. Examination of HCV antibodiesCMIA does not meet the standard criteria for use as a screening of donor blood., Background. Screening of donor blood may reduce the risk of transmission of HCV infection . In Indonesia has be screened for HCV antibodies and HCVRNA . Screened against the antigen - antibody has not been done in Indonesia .HCV antigens commonly found in 0 to 20 days after HCV RNA first appears .Anti - HCV can be detected between 10-40 days after HCV antigen wasdetected . On the basis of the notion that HCV antigens appear in the blood earlier than the anti - HCV , the research done to see if the use of antigen - antibody reagents HCV serology can improve blood safety and whether thesensitivity and specificity already meet the standards issued by the Ministry of Health when compared to NAT method , the sensitivity 99.8 % and specificity of 95 % . Methodology. In this study conducted checks on 135 blood samples from 35 donors comprising the NAT HCV positive samples and 100 samples positive by HCV NAT is also non- reactive to HIV , HBsAg and syphilis with anti - HCVscreening of the CMIA method, HCV Ab-Ag ELISA method and theexamination confirmed using immunoblot HCV HCV . Results. Of the 135 samples, the Ag-Ab ELISA against HCV 35 HCV RNA positive samples showed positive results in 35 samples, but at 100 HCV RNA negative samples contained 3 samples reactive and non- reactive 97. While the35 HCV RNA positive samples with anti-HCV CMIA examination showedreactive results on 35 samples and in 100 HCV RNA negative samples contained 11 samples 89 samples reactive and non reactive. Sensitivity of theresults of the comparison method with CMIA HCV NAT-HCV Ab was 100%,specificity was 89%. Sensitivity of the results of the comparison method of NAT HCV Ag-Ab ELISA with HCV was 100%, specificity was 97%. Conclusion. Examination of HCV Antigen-Antibody ELISA meet the standard criteria for use as a screening of donor blood. Examination of HCV antibodiesCMIA does not meet the standard criteria for use as a screening of donor blood.]"

"ABSTRAKLatar belakang. Transfusi darah mempunyai resiko untuk menyebabkan transmisi penyakit melalui darah, seperti malaria. Indonesia merupakan daerah endemik malaria terutama jenis P.falsiparum dan P.vivax. Di daerah endemik sulit menyaring kasus malaria hanya melalui wawancara dan keadaan klinis saja sehingga diperlukan pemeriksaan laboratorium untuk menyaring kasus malaria. Pemeriksaan laboratorium terhadap malaria yang ada saat ini adalah pemeriksaan mikroskopik dengan pewarnaan Giemsa, rapid diagnostic tests (RDT) dan PCR. Teknik yang digunakan tersebut memiliki keterbatasan. Perubahan yang terjadi pada permukaan membran eritrosit selama perkembangan parasit malaria intraseluler antara lain diekspresikannya berbagai protein polimorfik yang diketahui dapat memberi respon imun yang kuat. Antibodi terhadap molekul protein ini dapat ditemukan dalam serum penderita segera setelah penyembuhan infeksi malaria primer. Oleh karena itu, dilakukan penelitian ini untuk melihat apakah sediaan apus sel darah merah yang terinfeksi malaria yang diwarnai dengan teknik imunositokimia dapat mendeteksi adanya antigen pada permukaan sel darah merah tersebut menggunakan mikroskop cahaya.Metodologi.Penelitian ini dilakukan pada 42 bahan penelitian yang terdiri dari bahan yang positif dan negatif berdasarkan pemeriksaan mikroskop. Bahan penelitian ini diperiksa dengan teknik PCR sebagai baku emas, lalu dilanjutkan dengan pemeriksaan imunositokimia ( immunocytochemistry,ICC).Hasil. Dari 42 bahan penelitian yang diperiksa dengan PCR , dua bahan tidak dapat dilanjutkan dengan pemeriksaan ICC karena sediaan terlalu kecil.Dari 40 bahan yang diperiksa dengan PCR dan ICC, tiga bahan penelitian menunjukkan hasil positif dengan pemeriksaan PCR maupun ICC. Satu bahan penelitian yang negatif dengan pemeriksaan PCR menunjukkan hasil positif dengan pemeriksaan ICC. Sensitivitas pemeriksaan menggunakan teknik ICC dibandingkan dengan PCR adalah 100% dengan spesifisitas 97%.Simpulan. Pemeriksaan ICC cukup sensitif untuk menyaring adanya sel darah merah yang terinfeksi malaria sehingga dapat dipertimbangkan sebagai pemeriksaan untuk uji saring malaria pada darah donor.

---

ABSTRACTBackground. Blood transfusion are at risk to cause the transmission of blood borne diseases, such as malaria. Indonesia is a malaria- endemic areas , especially P.falciparum and P.vivax. In endemic areas, malaria is difficult to filter out throught interviews and clinical manifestation only. Hence, the laboratory tests to screen cases of malaria are needed. The existing laboratory techniques to detect malaria are microscopic examination with Giemsa staining, rapid diagnostic test and PCR. These technique had limitation . Changes that occur on the surface of the erythrocyte membrane during intracellular malaria parasite development such as the expression of various polymorphic protein, is known to induce a strong immune response. Antibodies to this protein molecule can be found in the serum of patients immediately after primary malarial infection. Therefore this research aims to search if the red blood cells smear of blood infected with malaria using immunocytochemistry technique can detect the presence of antigens on the surface of red blood cells using a light microscope.Methodology. In this study conducted at 42 study material consisting of positive and negative material base on microscope examination. This research material examined by PCR as gold standard, followed by immunocytochemistry examination (ICC).Result. Forty two research material were examined by PCR, two material can not be able to proceed with the ICC examination because the size of preparation are too small. Forty material were examined by PCR and ICC, three material research shows positive result with PCR and ICC . One study material negative with PCR shows positive result with the ICC. Sensitivity checks using ICC compared to PCR technique was 100% with specificity was 97%.Conclusion. ICC technique is sensitive to screen for red blood cells infected with malaria. It can be considered as a screening examination for malaria in blood donor."

"Latar Belakang. Leptospirosis merupakan penyakit infeksi di daerah tropis yang terabaikan (neglected infectious diseases) akibat vektor hewan dan kondisi lingkungan. Prevalensi di negara beriklim tropis, khususnya Indonesia cukup tinggi namun tidak terdiagnosis dengan baik. Diagnostik pasti sulit didapat karena uji baku emas leptospirosis, MAT (microscopic agglutination test), di Indonesia masih terbatas aksesnya dan uji alternatif belum banyak diteliti efektifitasnya.Metode. Penelitian ini menguji kinerja dua jenis alat diagnostik terbaru yaitu tes cepat berbasis IgM (Leptodipstick), dan PCR (polymerase chain reaction) terhadap gen lipl32 dan secY Leptospira dibandingkan uji baku emas MAT pada populasi Indonesia. Subjek penelitian adalah pasien dewasa rawat inap di RSCM pada tahun 2016-2018 yang memenuhi kriteria klinis leptospirosis WHO dan diujikan dengan MAT, tes cepat Leptospira, dan PCR Leptospira. Penelitian ini bersifat potong lintang, dengan variable yang diteliti meliputi data demografi, manifestasi klinis, paparan pekerjaan, paparan vektor ataupun lingkungan, serta hasil pemeriksaan MAT, tes cepat, dan PCR terhadap Leptospira. Hasil: Terdapat total 30 subjek yang ikut dalam penelitian dengan 11 (36,7%) meninggal dunia. Berdasarkan uji baku emas MAT, 14 (46,67%) dinyatakan reaktif terhadap antibodi Leptospira. Tes cepat Leptospira mendapat nilai sensitivitas 85,71% (95%IK: 57,19-98,22%), serta spesifisitas 62,50% (95%IK: 35,43%-84,80%), dan area di bawah kurva ROC 0,741 (95%IK: 0,549-0,883). Pemeriksaan PCR terhadap gen lipl32, sensitivitas 85,71% (95%IK: 57,19-98,22%), spesifisitas 18,75% (95%IK: 4,05-45,65%), dan area di bawah kurva ROC 0,522 (95%IK: 0,333 – 0,707). Pemeriksaan PCR gen secY, sensitivitas 71,43% (95%IK: 41,90-91,61%), spesifisitas 12,50% (95%IK: 1,55-38,35%), dan area di bawah kurva ROC 0,580 (95%IK: 0,371-0,789). Secara umum, semua uji memiliki sensitivitas yang memuaskan, namun spesifisitas yang buruk dibandingkan dengan MAT. Spesifisitas yang rendah dapat dikaitkan dengan onset penyakit yang sebagian besar berada pada fase akut sehingga belum dapat terdeteksi dengan alat uji yang berbasis antibodi.Kesimpulan. Spesifisitas tes cepat Leptospira dengan IgM maupun PCR terhadap gen lipl32 dan secY Leptospira sebagai alat penapisan cukup baik. Perlu dilakukan penelitian kinerja diagnostik lanjutan berdasarkan onset penyakit.

---

Background. Leptospirosis is a neglected infectious disease transmitted by animal vectors and environment. The prevalency in  tropical Asia-Pacific country, including Indonesia was high. The gold standard test for leptospirosis was microscopic agglutination test (MAT), very limited distribution in Indonesia.

Methods. This study compares the diagnostic profiles of two new diagnostic tools, an IgM-based rapid test (Leptodipstick) and polymerase chain reaction (PCR) of the genes lipl32 and secY of the Leptospira genome, to MAT as the gold standard, in the Indonesian population. Adult inpatients of RSCM in the years 2016-2018 with conformity to the WHO clinical criteria for leptospirosis and undergo MAT test, Leptospira rapid test, and Leptospira PCR were enrolled in the study. The study was cross-sectional with the examined variable were demographic data, clinical manifestation, occupational exposure, exposure towards animal vectors or environmental conditions, and results of the MAT, Leptospira rapid test, and Leptospira PCR.

Results. The study enrolled 30 participants, with 11 (36,7%) deceased in the study period. Based on MAT, 14 participants (46,67%) were considered reactive for Leptospira antibodies. The Leptospira rapid test has a sensitivity of 85.71% (95%CI: 57.19-98.22%), and specificity of 62.50% (95%CI: 35.43%-84.80%), and the area under the ROC curve of 0.741 (95%CI: 0.549-0.883). PCR for the gene lipl32 showed a sensitivity of 85.71% (95%CI: 57.19-98.22%), specificity of 18.75% (95%CI: 4.05-45.65%), and area under the ROC curve of 0.522 (95%CI: 0.333-0.707). PCR for the gene secY showed a sensitivity of 71.43% (95%CI: 41.90-91.61%), specificity of 12.50% (95%CI: 1.55-38.35%), and area under the ROC curve of 0.580 (95%CI: 0.371-0.789). Generally, all tests showed a satisfactory sensitivity, yet very low specificity compared to MAT. Area under the curve showed a low (PCR) to moderate (rapid test) diagnostic value for each test. Low specificity may be tied to the onset of the disease of the study sample that most of them are on acute phase which cannot detected by the alternative test with antibody basis.

Conclusion. The diagnostic parameters of the Leptospira IgM rapid test, and Leptospira PCR with the genes lipl32 and secY are still satisfactory to be used as early diagnostic tools in cases of leptospirosis."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) masih menjadi perhatian bagi masyarakat luas karena tidak dapat disembuhkan secara sempurna. Penelitian sebelumnya menyatakan bahwa virus HIV masih dapat ditemukan di jenazah sampai beberapa waktu setelah kematian, tanpa diketahui apakah masih mampu bereplikasi dan menginfeksi orang. Karena itu, penelitian ini ingin mengetahui kemampuan replikasi virus HIV di dalam sel darah putih secara in vitro dengan meniru kondisi seperti yang terjadi pada proses setelah kematian yaitu tidak terpapar oksigen. Penelitian menggunakan disain eksperimental dengan menggunakan darah 'Orang dengan HIV-AIDS' (ODHA) yang masih hidup untuk menggantikan darah jenazah ODHA terinfeksi HIV. Hal ini dikarenakan sulitnya mendapatkan sampel darah yang dapat diteliti hingga rentang waktu 48 jam dengan suhu 26-32°C seperti suhu yang lazim terjadi pada umumnya jenazah di Indonesia. Darah terinfeksi HIV tersebut diperiksa 'viral load' dan diambil sel darah putihnya. Sel darah putih tersebut dicampur kembali dengan plasma darahnya, dan ditutup minyak goreng yang sudah dipanaskan agar tidak terjadi paparan oksigen untuk mendekati kondisi postmortem. Suspensi dikultur dan supernatannya diperiksa dengan 'Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction' (RT PCR) untuk melihat hasil replikasi virus HIV. Hasil penelitian ini menunjukkan, virus HIV masih bereplikasi sampai waktu 48 jam setelah paparan oksigen dihentikan. Selain itu terdapat perubahan morfologi sel darah putih yaitu efek 'cytopathic effect' (CPE) pada sel di dalam kultur yang menunjukkan adanya infeksi antar sel.

---

HIV infection is still a community problem that cannot be solved perfectly. Recent studies show HIV virus can still be found in dead bodies, altough there were no evidence that indicate HIV infection from dead bodies. This research aims to elaborate HIV virus replication in leucocyte in vitro imitating dead bodies physiologic condition of oxygen deprivation.

Research is conducted using experimental design using blood samples taken from living HIV-infected persons to substitute for HIV-infected dead bodies. This subtitution held because of the difficulty to obtain blood sample from dead bodies, and studied until 48 hours postmortem on 26-32°C. HIV-infected blood was examined for viral load. The leucocyte were separated from the blood and mixed with blood plasma. This suspension stored in the tube and the upper surface added with heated cooking oil to prevent oxygen exposure. The suspension was centrifuged, the leucocyte were cultured. After cultured, the supernatan was scanned with Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT PCR) to detect replication of HIV.

The replication of HIV virus were detected up to 48 hours. The study also found morphologic changes of leucocyte due to cytopathic effect which showed cell-to-cell infections."

"Ruang lingkup dan Cara Penelitian :Methisillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) adalah strain Staphylococcus aureus yang telah mengalami resisten terhadap antibiotika metisilin dan lainnya dalam 1 golongan. Mekanisme resistensi MRSA terjadi karena Staphylococcus aureus menghasilkan Penicillin Binding Protein (PBP2a atau PBP2') yang dikode oleh gen mecA yang memiliki afinitas rendah terhadap metisilin. Saat ini MRSA diuji dengan cara uji resistensi dengan cara Cakram Cxacillin 1 ug. Cara ini memerlukan isolat murni dan kultur bakteri sehingga hasilnya baru bisa diketahui paling cepat 5 hari. Dalam upaya untuk mencari teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk mendeteksi MRSA, deteksi gen mecA dengan teknik PCR merupakan salah satu diagnostik alternatif Tujuan penelitian ini adalah mencari alternatif teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk pemeriksaan MRSA, dalam hal ini PCR. Pengujian dibagi dalam 2 tahap, yaitu : (1). Isolasi dan Identifikasi MRSA secara fenotipik, (2). Deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR yang terdiri dari: optimasi uji PCR untuk deteksi gen mecA, spesifisitas uji PCR, sensitifitas dan spesifisitas deteksi gen mecA sebagai uji diagnostik alternatifMRSA.Basil dan Kesimpulan :Hasil isolasi dan identifikasi secara fenotipik dari 114 isolat diperoleh MRSA sebanyak 76 isolat, dan MSSA sebesar 38 isolat. Berdasarkan hasil penelitian deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR diperoleh 75 isolat menunjukkan hasil positif terhadap gen mecA, sedangkan 1 isolat menunjukkan hasil negatif terhadap gen mecA, isolat tersebut adalah 12951MUI yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI. Dan hasil penelitian ini diperoleh hasil uji PCR gen mecA terhadap beberapa bakteri lain yaitu Staphylococcus epidermidis, S citreus, B. subtilis, Streptococcus beta haemolysicus, E. coli, K. pneumoniae dan P. aeruginosa, ternyata S. epidermidis dan S ciireus menunjukkan hasil PCR positif terhadap gen mecA, sedangkan bakteri lain menunjuldcan hasil negatif terhadap gen mecA. Basil uji PCR gen mecA dibandingkan dengan baku emas pemeriksaan sensitivitas dan spesifisitas secara fenotipik terhadap isolat MRSA dan MSSA adalah 98,7% dan 100%, dan nilai Posistive Predictive Value (PPV)& Negative Predictive Value (NPV) adalah 100% & 97,4%."

"Kuantitasi DNA mitokondria antarjaringan memerlukan suatu metodeyang memiliki tingkat akurasi yang tinggi. Polymerase chain reaction (PCR)adalah suatu metode enzimatis yang dilakukan untuk memperbanyakfragmen DNA yang diinginkan. PCR dapat dimanfaatkan untuk kuantitasiDNA dan disebut teknik PCR kuantitatif. Ada dua macam metode dalamteknik PCR kuantitatif yang sering digunakan, yaitu metode regresi linier danmetode koampi ifikasi kompetitif.Pada penelitian mi telah direkayasa plasmid yang mengandungfragmen DNA mitokondria termutasi yang berasal dari penderita Leber'shereditary optic neuropathy (LHON) dan plasmid yang mengandung fragmenDNA mitokondnia normal. Plasmid-plasmid tersebut masing-masing disebutplasmid kompetitor dan plasmid target, serta dapat dipergunakan sebagaiDNA kompetitor dan DNA target pada teknik PCR kuantitatif metodekoamplifikasi kompetitif, sedangkan metode regresi tinier hanyamembutuhkan plasmid target. Dengan plasmid tersebut telah diuji tingkatakurasi antara metode regresi tinier dengan metode koamplifikasi kompetitif.Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode koamplifikasi kompetitif memiliki tingkat akurasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode regresi tinier."

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."

"ABSTRAKCAMPER merupakan perangkat chip mini sebagai lokasi proses Polymerase Chain Reaction dalam proses penguatan DNA (DNA amplification). Penguatan DNA tersebtu dibutuhkan dalam identifikasi dan diagnosis rantai DNA tertentu. Dengan proses ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah yang besar dengan waktu yang relatif singkat dibandingkan dengan proses yang dihasilkan pada laboratorium konvensional. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Dalam proses PCR memerlukan jalur putaran agar panas dapat merambat pada fluida yang mengalir secara berulang. Sumber panas pada CAMPER menggunakan pengaturan 3 suhu berbeda yaitu 90 °C, 75 °C, dan 55 °C. Penelitian ini membahas mengenai perancangan, fabrikasi, dan pengukuran geometri dari CAMPER. CAMPER terbuat dari bahan PDMS yang dipilih karena bahan ini idak beracun dan baik digunakan dalam dunia medis. CAMPER direaliasikan dengan teknik molding yang mana Molding PDMS dilakukan pada cetakan yang telah dibentuk menggunakan metode milling. Dimensi yang telah dirancang untuk ketiga desain saluran mikro sebesar 250 x 250 μm (lebar x tinggi). CAMPER terdiri dari 3 desain saluran mikrofluida berbeda yaitu pada jumlah jalur putaran. Desain untuk produk pertama, yaitu saluran mikro dengan 3 putaran. Desain kedua yaitu desain saluran mikro dengan 5 jalur putaran. Desain ketiga yaitu saluran mikro dengan 30 jalur putaran. Desain ini dirancang dengan acuan pada jumlah putaran optimal yaitu 30 ? 40 putaran. Pengukuran geometri hasil fabrikasi dilakukan pada seluruh komponen. Pengukuran meliputi pengukuran lebar dan tinggi dari saluran mikro, pengukuran kekasaran pada PDMS dan cetakan, serta pengukuran sudut kontak pada PDMS. Simulasi dilakukan untuk mendapatkan aliran fluida dan persebaran panas dari sistem yang telah direalisasikan. Hasil menunjukkan bahwa pada simulasi aliran fluida terdapat keseragaman aliran dalam keseluruhan jalur mikro, dan pada simulasi persebaran panas dapat menybarkan panas sesuai suhu yang diatur

---

ABSTRACTCAMPER is mini devices based of Polymerase Chain Reaction that serves as an apparatus that can replicate DNA in enzymatic without use some help of organisms. With this technique, DNA can be produced in large quantities by the time is short compared to the process that?s produced on a conventional laboratory. The application of PCR are mostly done in the field of biochemical and molecular biology because relatively inexpensive and only need the number of a small sample. n the process pcr need the round to heat travels in fluid that flows in a recurrent manner. The source of heat in camper use 3 different temperature such as 90 °C, 75 °C, and 55 °C. CAMPER consisting of 3 different design of microfluidic channel that is on the number of the cycle. In the process, PCR need the cycle to travels the heat to fluid flows in a recurrent manner. Research also discussed design, fabrication, and measurement of the geometry. A molding PDMS fabricated in a mold was formed from milling process. The dimensions for the three design micro channels amounting to 250 x 250 μm (width x high). The first CAMPER design, namely micro channels with 3 cycle. The second design is micro channels with 5 cycle. Third Design namely micro channels with 30 the cycle. This design designed with reference on the number of optimal cycle which is 30 ? 40 cycle. The measurement of geometry that the results of fabrication performed on all components. The measurement of covering the measurement of width and height than micro channel, the measurement of roughness on pdms and mold, and measurement of wettability at PDMS surface. Results obtained from simulation fluid flow showed that the speed of the flow of uniforms on all cross section micro channel. The results obtained from simulation heat distribution the temperature desired to reach function polymerase chain reaction can be achieved to the surface of micro channel"