Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Peningkatan ekspresi gen Sox2 dan c-Myc telah dilaporkan memiliki korelasi dengan tingkat keparahan kanker payudara. Sox2 dan c-Myc merupakan faktor transkripsi utama yang berperan dalam proses diferensiasi sel punca kanker. Penelitian ini bertujuan mengkonstruksi gen penyandi pluripotensi Sox2 dan c-Myc ke dalam sel inang Escherichia coli DH5α dengan menggunakan plasmid pET101/D-TOPO. Prinsip kloning yang dilakukan adalah dengan mengklon DNA binding domain dari gen Sox2 dan c-Myc. Untuk mendapatkan DNA Sox2 dan c-Myc, dilakukan reverse-transcriptase polymaerase chain reaction (RT-PCR) dengan menggunakan template mRNA dari sel punca kanker payudara serta aplifikasi dengan PCR untuk mendapatkan fragmen DNA dalam jumlah banyak. Forward primer dan reverse primer yang digunakan dirancang dengan menggunakan data dari NCBI GenBank dan UNIPROT serta program Serial Cloner dan PerlPrimer. Sebelum dikloning, dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan BLAST. Fragmen DNA diligasi berdasarkan prinsip penambahan empat basa pada forward primer (CACC) yang overhang terhadap ujung 5' vektor kloning (GTGG). Hasil ligasi ditransformasi menggunakan metode secara kimia dengan CaCl2 dan heat shock. Koloni yang tumbuh direplika dan dilakukan isolasi plasmid. Hasil PCR plasmid rekombinan menunjukkan bahwa gen Sox2 dan c-Myc berhasil disisipkan ke dalam vektor.

---

Increase in Sox2 and c-Myc gene expression have been reported to correlate with the severity of breast cancer. Sox2 and c-Myc is the major transcription factor in the process of stem cell differentiation. The objective of this study is to construct the gene coding of pluripotency, Sox2 and c-Myc, into Escherichia coli DH5α host cell by using the pET101/D-TOPO vector. The cloning principle is to clone the binding site domain of Sox2 and c-Myc. In order to get the Sox2 and c-Myc DNA, reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was carried out using mRNA template from breast cancer stem cell and amplification using PCR to obtain DNA fragment in large quantities. Forward primer used were designed using the data from NCBI GenBank and UNIPROT with Serial Cloner and PerlPimer program. Sequencing was carried out before the cloning process. The sequencing result were analyzed using BLAST. DNA frgament was ligated using principle of four base addition to the forward primer (CACC) which overhang in the 5' and of cloning vector (GTGG). The ligation product was transformed using the chemical method with CaCl2 and heat shock. The colonies were replicated and the plasmid was isolated. The result showed that Sox2 and c-Myc was successfully inserted into the vector."

"Oct-4 dan Klf4 merupakan dua gen penyandi pluripotensi yang terdapat pada manusia. Kedua gen tersebut dapat dideteksi pada mRNA sel kanker manusia dengan menggunakan rancangan primer spesifik pada metode RT-PCR. Proses RT-PCR akan mengubah mRNA menjadi cDNA yang kemudian hasilnya dilakukan purifikasi dari gel agarosa. Hasil purifikasi gel agarosa diamplifikasi dengan PCR. Selanjutnya, dilakukan proses sekuensing untuk memeriksa keakuratan sekuen gen yang nantinya akan dikloning. Hasil sekuensing dianalisis dengan BLASTN untuk pencarian homologi pada database asam nukleat. Ligasi dilakukan menggunakan vektor pET101/D-TOPO®. Rancangan primer yang spesifik dan penambahan basa CACC ATG pada primer forward merupakan syarat untuk melakukan ligasi DNA ke vektor pET101/D-TOPO®, dimana proses ligasi ini tidak menggunakan enzim ligase. Selanjutnya, produk hasil ligasi ditransformasi ke inang Escherichia coli DH5α yang selnya sudah dibuat kompeten dengan metode heat shock. Koloni yang tumbuh di media LB agar dengan ampisilin diisolasi untuk mendapatkan plasmid yang selanjutnya dianalisis dengan menggunakan teknik PCR. Vektor plasmid yang terdapat pada E.coli DH5α kompeten mengandung sisipan gen Oct-4 dan Klf4.

---

Oct-4 and Klf4 are two genes coding of pluripotency in human. Both of the genes can be detected in human cancer cell mRNA by using specifically designed primers in RT-PCR method. RT-PCR process changed the mRNA into cDNA. The result from this process was purified from agarose gel fragment and amplified by PCR method. Then, sequencing of the purified products were done and analyzed using BLASTN feature in NCBI site to search the homology of the sequence compared to the sequences in nucleic acid database. The vector used in ligation process was pET101/D-TOPO® vector. Specifically designed primers and adding CACC ATG base in the beginning of forward primer are the requirements of using this vector. The ligation process using this TOPO® vector does not require the presence of DNA ligase. The next process is transformation by using the heat shock method. Ligation product is transformed into competent Escherichia coli DH5α host. Colonies that grows in LB agar media with ampicillin are treated by plasmid isolation protocol in order getting the plasmids for further anlysis using PCR method. The result from PCR analysis shows that the plasmids in competent E.coli DH5α contain Oct-4 and Klf4 inserts."

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"Pengobatan kanker serviks selama ini masih bergantung pada pemberian vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Vaksin tersebut tidak dapat menyembuhkan pasien yang telah menderita kanker. Sebuah strategi baru dibuat dengan tujuan menyembuhkan pasien yang telah terinfeksi HPV. Strategi tersebut ialah pemberian vaksin terapeutik yang memiliki kemampuan kuratif. Onkoprotein E7 HPV Tipe 16 dibutuhkan sebagai studi untuk merancang vaksin terapeutik yang efektif dan aman. Onkoprotein E7 nantinya akan digunakan sebagai kontrol positif onkogenitas vaksin terapeutik yang dibuat. Produksi onkoprotein E7 dilakukan dengan membuat konstruksi plasmid rekombinan penyandi onkoprotein E7 wild type wt HPV tipe 16. Fragmen DNA E7 wt diklona ke plasmid pQE80L pada situs SacI dan HindIII. Analisis fragmen DNA E7 wt pada plasmid rekombinan dilakukan dengan metode PCR dan restriksi. Plasmid rekombinan ditransformasi ke dalam sel Escherichia coli BL21 Codon Plus cp dengan metode heat shock. Ekspresi onkoprotein E7 wt oleh sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE80L-E7 wt mampu mengekspresikan onkoprotein E7 wt di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 35 KDa. Konfirmasi western blotting menunjukkan sebuah pita dengan ukuran 35 KDa yang sesuai dengan berat molekul onkoprotein E7 wt yang diekspresi.

---

Treatment of cervical cancer during this time is still dependent on the provision of preventive prophylactic vaccine. The vaccine can not cure patients who have had cancer. A new strategy is created with the aim of curing patients who have been infected with HPV. The strategy is giving a therapeutic vaccine that has curative ability. Oncoprotein E7 HPV Type 16 is needed as a study to design effective and safe therapeutic vaccines. Oncoprotein E7 will then be used as a positive control of the oncogenicity of the therapeutic vaccine made. The production of oncoprotein E7 was carried out by constructing a recombinant plasmid encoding of a wild type wt E7 oncoprotein HPV type 16. The E7 wt DNA fragment was cloned to a pQE80L plasmid on SacI and HindIII sites. Analysis of E7 wt DNA fragment on recombinant plasmid was done by PCR method and restriction. Recombinant plasmid is transformed into Escherichia coli BL21 Codon Plus cp cells by heat shock method. Expression of oncoprotein E7 wt by transformant E. coli cells was performed by induction of 1 mM IPTG for 4 hours. Recombinant plasmid pQE80L E7 wt is capable of expressing the E7 wt oncoprotein in the E. coli BL21 cp cell with 35 KDa molecular weight. The western blotting confirmation result shows a band of size 35 KDa corresponding to the weight of the expressed E7 wt oncoprotein molecule."

"Latar belakang: Data dari World Health Organization, Centers for Disease Control and Prevention dan Kementerian Kesehatan RI menunjukan bahwa kanker payudara merupakan kanker yang paling umum pada wanita. Penyembuhan kanker melalui berbagai cara telah banyak dilakukan, namun pertumbuhan kembali dari kanker telah banyak dilaporkan. Sel punca kanker diyakini berperan dalam pertumbuhan kanker maupun rekurensi setelah pengobatan. Berdasarkan beberapa riset, CD44+/CD24- sel punca kanker memiliki potensial yang tinggi untuk menimbulkan kanker. Beberapa gen memiliki peran sebagai faktor transkripsi yang berkontribusi dalam pertumbuhan kanker dan beberapa berperan juga dalam mempertahankan tingkat pluripotensi kanker. c-Myc merupakan salah satu gen yang mempertahankan iPS (induced pluripotent stem cells) bersama dengan KLF4, Oct4, SOX2 dan Nanog. Namun demikian, selama pertumbuhan kanker, lingkungan mikro dari kanker menjadi hipoksia. Berhubungan dengan ini, pengaruh hipoksia terhadap ekspresi gen yang berfungsi dalam pluripotensi masih belum jelas. Oleh karena itu, eksperimen ini menyelidiki ekspresi gen c-Myc dalam sel punca kanker yang diinduksi hipoksia. Metode: Sel punca kanker payudara CD44+/CD24- diinduksi oleh beberapa durasi hipoksia (0 jam, 0.5 jam, 4 jam, 6 jam dan 24 jam). Total RNA sel kemudian diekstraksi dan mRNA gen c-Myc diamplifikasi melalui one-step qRT-PCR. Ekspresi relative dari gen c-Myc dilakukan dengan formula Livak berdasarkan nilai Ct yang diperoleh dengan gen 18S. Sebagai kontrol, konfirmasi ekspresi gen c-Myc dikonfirmasi melalui elektroforesis. Hasil: Ekspresi c-Myc pada sampel sel punca kanker payudara CD44+/CD24- yang diinduksi hipoksia selama 0.5 jam sedikit mengalami peningkatan dibandingkan dengan sampel 0 jam walaupun tidak signifikan. Ekspresi c-Myc pada sampel yang diinduksi hipoksia selama 4, 6 dan 24 jam menurun dibandingkan sampel yang tidak diinduksi hipoksia. Kesimpulan: Ekspresi c-Myc pada sel punca kanker CD44+/CD24- yang digunakan dalam eksperimen ini cenderung menurun pada 3 durasi hipoksia yang berbeda (4 jam, 6 jam dan 24 jam) pada kondisi in vitro.

---

Background: Data from World Health Organization, Centers for Disease Control and Prevention and Kementerian Kesehatan RI show that breast cancer is the most common cancer among women. Eradicating cancer through several treatments have been done but there are cases in which cancer relapse is reported. Cancer stem cells have been found to develop the cancer as well as play important role in cancer regrowth. According to some researches, CD44+/CD24- breast cancer stem cells potential to cancer development is high. Several genes which have role as transcription factors may contribute to cancer growth and some act to maintain the cancer stemness and pluripotency level. c-Myc is one gene which maintains iPS (induced pluripotent stem cells) along with KLF4, Oct4, SOX2 and Nanog. However, during the cancer growth the cancer microenvironment becomes hypoxic. In accordance to this, the effect of hypoxia towards the gene expression acting in cancer pluripotency was not yet clear. Therefore c-Myc expression in hypoxia-induced breast cancer stem cells was assessed in this research.

Method: The CD44+/CD24- breast cancer stem cells (BCSCs) are induced by several hypoxia durations (0 hour, 0.5 hour, 4 hours, 6 hours and 24 hours) in hypoxia chamber. The mRNA of BCSCs is extracted through RNA isolation procedure. Following this, qRT-PCR procedure is done to amplify the mRNA. The Ct (cycle threshold) obtained from qRT-PCR are calculated using Livak formula to get the c-Myc relative expression from the samples. Ct of 18S is used to normalize the c-Myc Ct. Electrophoresis is done next to confirm the c-Myc expression.

Results: c-Myc expression in 0.5 hour hypoxia induced CD44+/CD24- breast cancer stem cells sample is slightly high than in 0 hour hypoxia induced sample, even though the increase is not significant. Meanwhile, c-Myc expression in 4, 6 and 24 hours hypoxia induced samples are lower than 0 hour hypoxia induced sample.

Conclusion: c-Myc expression from the breast cancer stem cell CD44+/CD24- samples used in this experiment tend to have gradual decrease during 3 different periods (0 hour, 0.5 hour, 4 hours, 6 hours and 24 hours) of hypoxia in vitro."

"ABSTRAKKanker adalah salah satu penyakit mematikan yang pengobatannya terus dikembangkan. Apoptin adalah molekul protein yang berpotensi untuk dijadikan obat kanker karena mempunyai aktivitas menginduksi proses kematian sel secara selektif hanya pada sel kanker saja. Kloning apoptin telah berhasil dilakukan dengan amplifkasi gen menggunakan PCR dengan menambahkan 12-histidin dan 8-arginin pada C-terminal kemudian diligase ke plasmid pOXGW dengan sistem Gateway, lalu diekspresikan ke dalam bakteri Bacillus subtilis 168. Plasmid pOXGW - apoptin - 12His8Arg dapat terekspresi di B. subtilis. Dalam penelitian ini Bacillus subtilis yang membawa plasmid diproduksi pada medium dengan variasi xylose sebagai substrat pemicu dan sebagai pembanding bakteri Escherichia coli Bl21 Star™ ditransformasi dengan plasmid pOGW - apoptin - 12His untuk kemudian dilakukan pemurnian. Hasil penelitian menunjukan apoptin rekombinan dari B. subtilis 168 yaitu 568 μg/ml, sedikit lebih banyak dari jumlah protein rekombinan E. coli Bl21 Star™, 421 μg/ml.

---

ABSTRACTCancer is a deadly disease so that the medicinal treatment constantly developed. Apoptin is a protein molecule that has potential to be used as a cancer drug because of its activity to induce cell death selectively to the cancer cells only. Cloning apoptin has been successfully performed by amplify gene using PCR with 12-histidine and 8-arginine to be added at C-terminal then ligated into plasmid pOXGW with Gateway system, and then expressed in Bacillus subtilis 168. Plasmids with pOXGW - apop - 12His8Arg can be expressed in B. subtilis. In this study, Bacillus subtilis carrying plasmid was produced with variations of xylose as substrate trigger on liquid medium and as a comparison, Escherichia coli Bl21 Star™ transformed with a plasmid pOGW - apop - 12His and then performed for purification of apoptin. The results showed that the recombinant apoptin obtain from B. subtilis 168 compared to Escherichia coli Bl21 Star is slightly higher, i.e. 568 μg/ml and 421 μg/ml, respectively."

"Penisilin dari kelompok antibiotik β-laktam dianggap mampu menjadi produk antibiotik superior di pasaran global. Akibat fenomena resistensi antibiotik turunan pertama, enzim penisilin G Asilase (PGA) berperan penting pada industri antibiotik semisintetik β-laktam seperti amoksisilin. Enzim PGA dari Achromobacter xylosoxidans yang diekspresikan menggunakan teknologi DNA rekombinan pada sel inang ekspresi E. coli BL21 (DE3) dan E. coli Arctic Express (DE3) menghasilkan badan inklusi yang bersifat insoluble. Optimasi ekspresi enzim PGA dilakukan dengan parameter konsentrasi penginduksi isopropil-β-D-galaktopiranosida (IPTG) dan suplementasi media dengan CaCl2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui parameter optimal berupa variasi konsentrasi IPTG dan penambahan CaCl2 pada ekspresi gen penyandi Penisilin G Asilase (PGA) yang berasal dari A. xylosoxidans pada sel kompeten E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) serta mengamati ekspresi gen penyandi enzim PGA secara intraseluler dan ekstraseluler. Ekspresi gen dilakukan secara lambat dengan perlakuan suhu rendah, yaitu 20°C untuk E. coli BL21 (DE3) dan 10°C untuk E. coli Arctic Express (DE3), selama 16 jam menggunakan media Luria Bertani (LB). Produk enzim AxPGA dianalisis secara kualitatif menggunakan elektroforesis SDS-PAGE dan secara kuantitatif menggunakan uji Bradford dan uji aktivitas hidrolisis. Sel inang ekspresi E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) mengekspresikan enzim AxPGA periplasmik dengan aktivitas 6,3 ± 0,76 U/mL dan 4,7 ± 0,05 U/mL berturut-turut, sedangkan sitoplasmik dengan aktivitas 7,3 ± 0,2 U/mL dan 4,5 ± 0,11 U/mL berturut-turut. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim AxPGA berhasil diekspresikan pada E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) dengan induksi IPTG 0,5 mM dan penambahan CaCl2 10 mM secara optimal.

---

Penicillin from the β-lactam antibiotic group is capable to become a superior antibiotic product in the global market. As a result of the first-generation antibiotic resistance phenomenon, the penicillin G Acylase (PGA) enzyme plays an important role in the β-lactam semisynthetic antibiotic industry such as amoxicillin. The PGA enzymes from Achromobacter xylosoxidans which is expressed using recombinant DNA technology using E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) host cell expressions produce insoluble inclusion bodies Optimization of PGA enzyme expression was carried out with isopropyl-β-D-galactopyranoside (IPTG) induction and CaCl2 media supplementation parameter. This study aims to determine the optimal parameters of IPTG concentrations and CaCl2 supplementation on the expression of the penicillin G acylase (PGA) encoding gene from A. xylosoxidans in E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) and to observe intracellular and extracellular expressions. Gene expression carried out slowly with low temperature, 20°C for E. coli BL21 (DE3) and 10°C for E. coli Arctic Express (DE3), for 16 hours using Luria Bertani (LB) media. The AxPGA enzyme product analyze qualitatively using SDS-PAGE electrophoresis and quantitatively using the Bradford test and hydrolysis activity. E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) host cells expressed the periplasmic AxPGA enzymes with activity of 6,3 ± 0,76 U/mL dan 4,7 ± 0,05 U/mL, respectively, while the cytoplasmic AxPGA enzymes with activity of 7,3 ± 0,2 U/mL and 4,5 ± 0,11 U/mL respectively. The results showed that the AxPGA enzyme was optimally expressed in E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) with 0,5 mM IPTG induction and 10 mM CaCl2 media supplementation."

"Masalah limbah plastik polietilena tereftalat (PET) di Indonesia menjadi perhatian yang serius karena penguraiannya lambat dan berpotensi merusak lingkungan. Solusi yang menjanjikan adalah Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase) yang dapat mendegradasi plastik dengan lebih cepat. IsPETase sebelumnya telah diekspresikan di Escherichia coli BL21 (DE3). Namun, IsPETase masih terekspresikan secara insoluble sehingga IsPETase perlu diamati ekspresi gen dan optimasi kondisi ekspresi pada E. coli Arctic Express (DE3). Penelitian bertujuan untuk mengamati ekspresi gen PETase pada E. coli Arctic Express (DE3) dan menentukan kondisi optimal untuk ekspresi. Penelitian ini melibatkan berbagai tahapan seperti peremajaan kultur rekombinan, produksi protein, dan pemanenan, yang dioptimalkan untuk kondisi ekspresi. Ekspresi gen PETase diamati pada fraksi ekstraseluler (dipekatkan), periplasmik (dipekatkan), dan sitoplasmik. Fraksi ekstraseluler belum terekspresikan secara optimal sehingga optimasi kondisi ekspresi dilanjutkan pada fraksi sitoplasmik (soluble) dengan media pertumbuhan Luria Bertani (LB), induksi IPTG 1,0 mM selama 8 jam, dan waktu sonikasi selama 10 menit menghasilkan aktivitas spesifik PETase 0,07 U/mg. Namun, pemurnian protein dan ekspresi perlu dilakukan dengan sel inang Bacillus.

---

The problem of polyethylene terephthalate (PET) plastic waste in Indonesia has become a serious concern due to its slow degradation and potential environmental damage. A promising solution is Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase), which can degrade plastic faster. IsPETase has been expressed in Escherichia coli BL21 (DE3), but it is still expressed insolubly, so the expression of the gene and the optimization of the expression conditions in Escherichia coli Arctic Express (DE3) need to be observed. This study aims to observe the PETase gene expression in E. coli Arctic Express (DE3) and determine the optimal conditions for expression. This study involves various stages, such as refreshing culture, protein production, and harvesting, which are optimized for expression conditions. PETase gene expression was observed in the extracellular (concentrated), periplasmic (concentrated), and cytoplasmic soluble fractions. The extracellular fraction has not been optimally expressed, so expression optimization continued in the cytoplasmic fraction with Luria Bertani (LB) growth medium, IPTG induction of 1.0 mM for 8 hours, and sonication time for 10 minutes, resulting in specific activity of 0.07 U/mg. However, protein purification is required and expression is performed with Bacillus host cells."

"ABSTRAKNANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilihsebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimanamenggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dantemyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembalidengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuengen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."

"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.

---

Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."