Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKPenemuan antibakteri sangat diperlukan mengingat resistensi bakteri dan adanya efek samping yang tidak dikehendaki. Sementara, sakarin yang dikenal sebagai pemanis sintetik memiliki potensi menjadi kandidat obat baru dikarenakan telah diketahui memiliki banyak aktivitas farmakologi, memungkinkan derivatisasi serta didukung dengan ketersediaannya yang berlimpah dan ekonomis. Pada penelitian ini, dilakukan pengujian in silico secara penambatan molekuler 40 senyawa derivat sakarin terhadap enzim isoleucyl-tRNA synthetase yang bekerja pada ribosom bakteri untuk sintesis protein, DNA gyrase bekerja dengan membuat struktur DNA bakteri lebih stabil selama replikasi dan transkripsi serta dihidrofolat reduktase yang bertanggung jawab dalam pembentukan asam tetrahidrofolat untuk sintesis DNA bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan 5 besar senyawa terbaik hasil penambatan terhadap ketiga enzim serta mendapatkan situs pengikatan inhibisinya. Penambatan molekuler dilakukan dengan peranti lunak Autodock4 dan Vina. Pemilihan jenis bakteri disesuaikan dengan uji antibiotik standar yakni Staphylococcus aureus yang merupakan indikator bakteri Gram positif, Escherichia coli merupakan indikator bakteri Gram negatif dan Mycobacterium tuberculosis yang tidak termasuk keduanya. Dari hasil penambatan molekular didapatkan 5 senyawa yang memiliki aktivitas inhibisi terbaik secara in silico setiap enzim menggunakan parameter Autodock4 maupun Vina. 5 senyawa ini kemudian divisualisasi untuk melihat interaksi kompleks ligan-enzim.

---

ABSTRACTAntibacterial discovery is important because of antibacterial resistance and side effect. In other side, saccharin well known as artificial sweetener has potential to become a novel drug candidate because saccharin have many pharmacological activities, possible to derivatitation, cheap and abundant availability. In this study, we employed in silico docking of 40 saccharin derivatives for determine inhibition activity of isoleucyl tRNA synthetase that work on the bacterial ribosome for protein synthesis DNA gyrase, work by making bacterial DNA structures more stable during replication and transcription and dihydrofolate reductase, responsible for the formation of tetrahydrofolic acid for bacterial DNA synthesis. The research aim to determine 5 best compound from molecular docking results and determine the active site inhibition. Molecular docking has been doing with AutoDock4 and Vina. The selection of bacteria species was adjusted with standard antibiotic test, Staphylococcus aureus which indicator of Gram positive bacteria, Escherichia coli which indicator of Gram negative bacteria and Mycobacterium tuberculosis which not belong both. From the result of molecular docking, 5 compounds was the best inhibition in silico activity in every enzyme using AutoDock4 and Vina. The 5 compounds were then visualized to look ligand enzyme complex interactions."

"Malaria merupakan salah satu penyakit yang sering terjadi di negara tropis dan subtropis. Penyakit malaria banyak terjadi di sebagian besar wilayah Indonesia, seperti Irian Jaya, Nusa Tenggara Barat (NTB) dan Nusa Tenggara Timur (NTT). Berdasarkan data terakhir WHO pada tahun 2013, tercatat sebanyak 198 juta kasus malaria di seluruh dunia, dengan jumlah kematian sebanyak 584.000 jiwa. Pengobatan yang pernah ada untuk jenis malaria Plasmodium falciparum adalah klorokuin, sulfadoksin - pirimetamin, kinin, meflokuin dan artemisinin. Akan tetapi, meningkatnya resistensi parasit pada obat antimalaria, melemahkan upaya pengendalian malaria. Penambatan molekuler sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa berkhasiat untuk menangani malaria. Dalam satu dekade terakhir, diketahui bahwa senyawa turunan kurkumin memiliki efek sinergis dengan artemisinin terhadap Plasmodium berghei secara in vivo. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan molekuler senyawa turunan kurkumin baru terhadap enzim target antimalaria. Penambatan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock. Berdasarkan hasil penambatan, didapatkan senyawa terbaik yang berpotensi sebagai obat antimalaria baru, yang dapat menyerang di sisi aktif tertentu dari Plasmodium falciparum, yaitu : 1,4-dihidrodiazepin-6-morfolinometil kurkumin pada enzim PfDHFR dan Pirimidin-2-on-5-morfolinometil kurkumin pada enzim PfDHODH.

---

Malaria is a disease that often occurs in tropical and subtropical countries. Prevalent of malaria in most parts of Indonesia, such as Irian Jaya, West Nusa Tenggara (NTB) and East Nusa Tenggara (NTT). Based on the WHO's last data in 2013, there were 198 million cases of malaria worldwide, with the number of deaths by 584,000 inhabitants. Treatment for this type of Plasmodium falciparum malaria is chloroquine, sulfadoxine - pyrimethamine, quinine, mefloquine and artemisinin. However, increasing parasite resistance to the antimalarial drug, making malaria control efforts become effortless. Molecular docking as one method in silico approaches have been used in the search for efficacious compounds addressing malaria. In the last decade, it is known that the compound curcumin analogues have synergistic effect with artemisinin against Plasmodium berghei in vivo. In this study, we employed docking of new molecular compounds curcumin derivates as antimalarial target enzymes. Molecular docking is performed using Autodock. Based on the docking result, best compound is obtained as a potential new antimalarial drug, which can be attacked in certain active side of Plasmodium falciparum, which is 1,4-dihydrodiazepin-6-morpholinomethyl curcumin on PfDHFR enzyme dan Pyrimidin-2-one-5-morpholinomethyl curcumin on PfDHODH enzyme."

"Akhir-akhir ini, perhatian telah diberikan untuk meneliti bahan alam laut yang berpotensi sebagai antikanker khususnya untuk kanker payudara, yaitu teripang atau sea cucumber. Triterpen glikosida merupakan senyawa bioaktif yang menunjukkan aktivitas antikanker atau aktivitas sitotoksik yang jumlahnya paling banyak terkandung dalam Teripang, seperti frondoside A, okhotosid B1-B3, intercedenside A-C, holothurin A, dan 24-dehydroechinoside. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan molekul pada senyawa bioaktif teripang terhadap target reseptor ER-α, FGFR1, VEGFR2, PR, dan IGF-1R yang berperan dalam penyakit kanker payudara untuk diamati interaksi yang situs aktifnya mempunyai potensial sebagai antikanker payudara. Dari hasil penambatan hanya ER-α dan IGF-1R yang menunjukkan hasil energi bebas ikatan paling rendah dengan menggunakan parameter Vina. Dari hasil penambatan dan visualisasi interaksi senyawa bioaktif teripang dengan ER- α, senyawa 24-dehidroechinoside, holothurin A, intercedenside A, intercedenside B, okhotoside B1, dan okhotoside B2 memiliki kemiripan posing dengan kontrol positif (inhibitor). Adapun pada IGF-1R hanya senyawa 24-dehidroechinoside yang ditemukan memiliki kemiripan posing dengan kontrol positif.

---

Recently, attention has been given to examine the potential of marine natural products as anticancer, especially for breast cancer, which is Teripang or sea cucumber. Triterpene glycosides are bioactive compounds mostly found in sea cucumber that show anticancer activity or citotoxic activity, such as frondoside A, okhotosides B1-B3, intercedensides A-C, holothurin A, and 24- dehydroechinoside. Molecular docking of sea cucumber bioactive compounds was conducted towards five receptor target which have role in breast cancer, such as estrogen receptor alpha, fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1), vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2), progesterone receptor (PR), insulin-like growth factor 1 receptor (IGFR1) to observed the interaction which active site has the potential as anti-breast cancer. The results shows that ER-α and IGF-1R gives the lowest binding energy by using Vina parameter. Compounds that showed similar posing of positive control (inhibitor) in ER- α are 24-dehidroechinoside, holothurin A, intercedenside A, intercedenside B, okhotoside B1, and okhotoside B2. While in IGF-1R, 24-dehidroechinoside is the only compound who showed similar posing to the positive control."

"Inflamasi merupakan respon fisiologis terhadap cedera jaringan dan infeksi. Inflamasi dapat ditangani dengan sejumlah obat seperti obat anti-inflamasi nonsteroida inhibitor selektif COX-2. Benzimidazol merupakan senyawa penuntun yang memiliki berbagai aktivitas farmakologis, salah satunya sebagai anti-inflamasi. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan metode penambatan molekuler senyawa turunan benzimidazol Mannich terhadap COX-1 dan COX-2 untuk mengetahui potensi anti-inflamasi senyawa menggunakan Autodock 4 dan Autodock Vina. Hasil validasi menunjukkan bahwa nilai RMSD Autodock 4 dan Autodock Vina dibawah 2 Å sehingga penambatan molekuler dilakukan pada kedua perangkat lunak. Pada penambatan molekuler menggunakan Autodock 4, turunan benzimidazol substituen vanilin 2,6-dimetilmorfolin diprediksi paling selektif terhadap COX-2 yaitu rasio Ki COX-1/2 senilai 162,79. Pada penambatan molekuler menggunakan Autodock Vina, turunan benzimidazol substituen vanilin dietilamina diprediksi paling selektif terhadap COX-2 yaitu rasio Ki COX-1/2 senilai 112,88. Visualisasi interaksi pada Autodock 4 dan Autodock Vina juga menunjukkan hasil yang sedikit berbeda. Dengan demikian terdapat dua buah kesimpulan yang diperoleh: senyawa turunan benzimidazol Mannich memiliki potensi anti-inflamasi inhibitor selektif COX-2, dan terdapat perbedaan interaksi yang muncul di antara penambatan molekuler terhadap Autodock 4 dan Autodock Vina.

---

Inflammation is a physiological response occurred by tissue injury and infection. Inflammation can be treated with drugs such as COX-2 selective NSAID. Benzimidazole is a leading compound that has many pharmacological activities such as anti-inflammation. In this study, in silico testing is carried out with molecular docking into Mannich benzimidazole derivatives against COX-1 and COX-2 using Autodock 4 and Autodock Vina to determine the anti-inflammatory potential of the test compounds. Validation result shows that both the RMSD value of both Autodock 4 and Autodock Vina are below 2 Å. Hence, molecular docking is conducted with both programs. Autodock 4 result shows that benzimidazole derivative with vanillin 2,6-dimethylmorpholine substitution is predicted to be the most selective against COX-2 with the Ki COX-1/2 ratio of 162.79. Autodock Vina result shows that benzimidazole derivative with vanillin diethylamine substitution is predicted to be the most selective against COX-2 with the Ki COX1/2 ratio of 112.88. Interaction visualization of Autodock 4 and Autodock Vina also shows few differences, yielding two conclusions from the study: Mannich benzimidazole derivatives have anti-inflammatory potential selective to COX-2 and there are few differences appeared in molecular docking with Autodock 4 and Autodock Vina."

"Malaria menjadi masalah kesehatan global utama karena banyaknya kejadian resistensi obat, sedangkan ketersediaan obat yang efektif juga terbatas, sehingga mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria yang baru. Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim terus dilakukan, terutama enzim Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor PfENR. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada PfENR. Penapisan dilakukan dengan menggunakan piranti lunak AutoDock dan AutoDock Vina. Pada AutoDock Vina dilakukan validasi terlebih dahulu sedangkan pada AutoDock tidak dilakukan karena telah divalidasi oleh peneliti sebelumnya. Hasil validasi AutoDock Vina diperoleh grid box terbaik yaitu 80x80x80. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode dan 5 senyawa irisan dari kedua metode yaitu jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, dan yuehchukene.

---

Malaria is a major global public health problem. The alarming spread of its drug resistance and limited number of effective drugs available underline how important it is to discover new antimalarial drug. Various researches have been done to design drug targeting Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) enzymes. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as PfENR inhibitors. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to PfENR. Virtual screening was done using AutoDock and AutoDock Vina. AutoDock Vina was validated beforehand in order to obtain the best grid box while the virtual screening using AutoDock is not validated because it has been validated by previous researchers. Based on this research, the best grid box for AutoDock Vina is 80x80x80. Top ten ranked compounds were obtained for each method and five the same compound of the two methods that was jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, and yuehchukene."

"Diabetes melitus (DM) merupakan penyakit kronis serius yang terjadi karena adanya gangguan sekresi dan resistensi insulin. Inhibitor dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) merupakan salah satu golongan senyawa antidiabetes yang minim efek samping dibandingkan golongan obat diabetes lainnya. Mekanisme kerja inhibitor DPP-4 adalah memperpanjang dan meningkatkan aktivitas Glucagon Like Peptide-1 (GLP-1). Namun, beberapa inhibitor DPP-4 memiliki efek samping yang tidak diinginkan seperti nyeri sendi dan radang pankreas. Efek samping tersebut diindikasikan berkaitan dengan penghambatan terhadap dipeptidil peptidase-8 (DPP-8) dan dipeptidil peptidase-9 (DPP-9). Kurkumin merupakan senyawa bioaktif yang memiliki berbagai aktivitas seperti antidiabetes, antikanker, dan antihipertensi. Namun, efikasi klinik kurkumin sangat terbatas karena bioavailabilitasnya yang rendah. Pendekatan hibridisasi kurkumin dengan fragmen farmakofor vildagliptin diharapkan dapat memperbaiki keterbatasan kurkumin. Pada penelitian tahap awal ini, dilakukan pengujian in silico yaitu penambatan molekuler senyawa hibrida dari vildagliptin dan analog kurkumin terhadap DPP-4, DPP-8, dan DPP-9 menggunakan program AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) Redocking. Hasil penambatan molekuler senyawa hibrida dari vildagliptin dan analog kurkumin terhadap DPP-4, DPP-8, dan DPP-9 menggunakan 10 senyawa didapatkan tiga senyawa yang lebih selektif terhadap DPP-4 yaitu senyawa dengan substituen hidroksil dan metoksi, substituen metil, dan substituen trifluorometil masing-masing memiliki nilai selektivitas sebesar 0,254, 0,8, 0,214 . Nilai energi ikatan bebas ketiga senyawa tersebut masing-masing sebesar -9,42 kkal/mol, -8,95 kkal/mol, dan -8,41 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwa senyawa hibrida dari vildagliptin dan analog kurkumin memiliki potensi sebagai penghambat DPP-4, tetapi hanya terdapat tiga senyawa yang lebih selektif terhadap DPP-4.

---

Diabetes mellitus (DM) is a chronic disease that occurs due to impaired secretion and insulin resistance. Dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitors are one class of antidiabetic compounds having minimal side effects compared to other classes of antidiabetic drugs. The mechanism of action of DPP-4 inhibitors is to extend and increase the activity of Glucagon Like Peptide-1 (GLP-1). However, some of the DPP-4 inhibitors have side effects such as joint pain and pancreatitis. These side effects are thought to have an association with inhibition of dipeptidyl peptidase-8 (DPP-8) and dipeptidyl peptidase-9 (DPP-9). Curcumin is a bioactive compound that has various activities such as antidiabetic, anticancer, and antihypertensive. However, the clinical efficacy of curcumin is very limited due to its poor bioavailability. Curcumin hybridization approach with vildagliptin pharmacophore fragments is expected to improve the limitations of curcumin. In this preliminary study, in silico testing was carried out by molecular docking of the hybrid compound of vildagliptin and curcumin analogue against DPP-4, DPP-8, and DPP-9 using the AutoDock and AutoDock Vina programs which were validated using the Redocking Root Mean Square Deviation (RMSD) values. The results of molecular docking of the 10 hybrid compounds of vildagliptin and curcumin analogue to DPP-4, DPP-8, and DPP-9 show that three compounds are more selective towards DPP-4. These namely compounds with hydroxyl and methoxy, methyl, and trifluoromethyl substituents, which have selectivity value of 0.254, 0.8, 0.214, respectively. The free binding energy of the three compounds is -9.42 kcal/mol, -8.95 kcal/mol, and -8.41 kcal/mol. It can be concluded that the hybrid compound of vildagliptin and curcumin analogue has the potential to inhibit DPP-4, but there are only three compounds that are more selective towards DPP-4."

"Inflamasi adalah respon dari sistem imun tubuh terhadap hal yang dapat membahayakan tubuh, seperti patogen, sel yang rusak, zat beracun, atau radiasi. Proses inflamasi yang berlebihan dapat menimbulkan beberapa penyakit kronis, seperti inflammatory bowel disease, diabetes melitus tipe I, artritis, dan kanker. Beberapa terapi inflamasi menargetkan untuk menghambat metabolisme asam arakidonat jalur siklooksigenase (COX-1 dan COX-2) dan 5-lipoksigenase (5-LOX). Kurkumin merupakan senyawa alami yang memiliki beberapa aktivitas antiinflamasi dan antiproliferasi. Namun, kurkumin memiliki kestabilan dan kelarutan yang buruk. Untuk memperbaiki kekurangan tersebut beberapa modifikasi struktur telah dilakukan, antara lain siklisasi gugus 1,3-dikarbonil membentuk cincin pirazol dan substitusi gugus basa Mannich. Pada penelitian ini dilakukan pengujian in silico dengan penambatan molekuler senyawa turunan kurkumin pirazol Mannich terhadap COX-1, COX-2, dan 5-LOX untuk memprediksi potensi aktivitas antiinflamasi senyawa tersebut. Proses validasi dilakukan dengan program AutoDock dan AutoDock Vina. Hasil validasi menunjukkan bahwa program AutoDock mempunyai nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) yang lebih baik dibandingkan dengan AutoDock Vina. Hasil penambatan molekuler menunjukan bahwa seluruh senyawa turunan kurkumin pirazol Mannich memiliki selektivitas terhadap COX-2 dibandingkan terhadap COX-1. Senyawa yang memiliki energi bebas ikatan terendah berturut-turut pada COX-1, COX-2, dan 5-LOX adalah kurkumin pirazol tersubstitusi basa Mannich metilpiperazin  (-7,47 kkal/mol), dimetilmorfolin (-11,01 kkal/mol), dan morfolin (-6,55 kkal/mol). Senyawa yang memiliki nilai selektivitas tertinggi adalah kurkumin pirazol tersubstitusi basa Mannich dibutilamin dan morfolin dengan nilai S 0,0001. Maka dari itu, dapat disimpulkan bahwa senyawa kurkumin pirazol Mannich diprediksi memiliki potensi anti-inflamasi melalui penghambatan COX-2 selektif.

---

Inflammation is the response of the body's immune system to things that can harm the body, such as pathogens, damaged cells, toxic substances, or radiation. Excessive inflammatory processes can cause several chronic diseases, such as inflammatory bowel disease, type I diabetes mellitus, arthritis, and cancer. Some inflammatory therapies target to inhibit the arachidonic acid metabolism of the cyclooxygenase pathway (COX-1 and COX-2) and 5-lipoxygenase (5-LOX). Curcumin is a natural compound having several biological activities such as anti-inflammatory and antiproliferation. However, curcumin has poor stability and solubility. To improve these deficiencies several structural modifications have been done, such as cyclization of the 1,3-dicarbonyl moiety to form pyrazole ring and the substitution of Mannich base group. In this study, an in silico test was carried out by molecular docking of curcumin pyrazole Mannich derivatives against COX-1, COX-2, and 5-LOX to predict the anti-inflammatory activity potential of the compounds. The validation process was performed using the AutoDock and AutoDock Vina programs. The validation results indicated that the AutoDock program showed a better value of Root Mean Square Deviation (RMSD) compared to AutoDock Vina. The results of the molecular docking study showed that all pyrazole curcumin Mannich derivatives have selectivity to COX-2 compared to COX-1. Compounds having the lowest free binding energy against COX-1, COX-2, and 5-LOX respectively were curcumin pyrazole substituted Mannich base of methylpiperazine (-7.47 kcal/mol), dimethylmorpholine (-11.01 kcal/mol), and morpholine (-6.55 kcal/mol). The compounds having the highest selectivity value are curcumin pyrazole substituted Mannich base of dibutylamine and morpholine with a value of S 0.0001. Therefore, it can be concluded that curcumin pyrazole Mannich derivatives were predicted to have anti-inflammatory potential by selective inhibitory to COX-2.

"

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"New Psychoactive Substance (NPS) adalah serangkaian obat yang dirancang untuk meniru obat-obatan terlarang seperti ganja, kokain, dan ekstasi. Kemunculan NPS yang sangat cepat berkembang mengakibatkan maraknya penyalahgunaan oleh pihak yang tidak bertanggung jawab karena kurangnya informasi dan pengawasan terkait NPS tersebut. NPS dapat berinteraksi dengan berbagai reseptor yang terdapat di sistem saraf pusat, salah satunya yaitu reseptor dopamin D2. Pada penelitian ini dilakukan penambatan molekuler antara NPS terhadap reseptor dopamin D2 dengan tujuan untuk memperoleh model interaksi dan afinitas ikatan yang terbentuk. Penambatan molekuler dilakukan dengan menggunakan AutoDock melalui program PyRx lalu dilakukan visualisasi interaksi hasil penambatan molekuler dengan menggunakan program LigPlot+ dan PyMol. Parameter optimal yang digunakan untuk penambatan molekuler NPS dengan reseptor dopamin D2 yaitu grid box dengan ukuran 60x60x60 pts dengan spasi 0,375 Å dan lama waktu komputasi short. Hasil penambatan molekuler didapatkan golongan yang menghasilkan frekuensi terbanyak dengan rentang energi ikatan -5,00 sampai -7,49 kkal/mol adalah fenetilamin (60%), fensiklidin dan ketamin (88,89%), katinon sintetik (74,04%), triptamin (75%), barbiturat (100%), benzodiazepin (55%), dan opioid (62,5%), sedangkan golongan yang menghasilkan frekuensi terbanyak dengan rentang energi ikatan -7,5 sampai -10,00 kkal/mol adalah aminoindanes (66,67%), kanabinoid sintetik (71,21%), piperazin (88,89%), plant-based (100%), other substance (60%), dan fentanil (88,73%). Berdasarkan hasil yang didapatkan, semua golongan NPS memiliki afinitas jika berinterakasi dengan reseptor dopamin D2 dan model interaksi dari 13 senyawa tersebut menunjukan ikatan dengan TM3, TM5, dan TM6 sebagai bagian dari situs aktif reseptor dopamin D2 yang memediasi aktivitas agonisnya.

---

New Psychoactive Substance (NPS) is a range of drugs designed to mimic illicit drugs such as marijuana, cocaine, and ecstasy. The emergence of a very fast growing NPS causing a misuse by some irresponsible people due to the lack of information and supervision related to the NPS. NPS can interact with various receptors in the central nervous system, such as the dopamine D2 receptor. In this study, molecular docking between NPS and dopamine D2 receptors was carried out with the aim of obtaining a model of the interaction and binding affinity. The molecular docking accomplished by AutoDock through the PyRx program and then the visualization of the interaction of the molecular docking results accomplished by using the LigPlot+ and PyMol programs. The optimal parameter used for molecular docking of NPS with dopamine D2 receptors is a grid box with a size of 60x60x60 pts with a spacing of 0.375 Å and a short computation time. The results of the molecular docking showed that the group that produced the highest frequency with a bond energy range of -5.00 to -7.49 kcal/mol were phenethylamine (60%), phencyclidine and ketamine (88.89%), synthetic cathinone (74.04%), tryptamine (75%), barbiturates (100%), benzodiazepines (55%), and opioids (62.5%), while the group that produced the highest frequency with a bond energy range of -7.5 to -10.00 kcal/mol were aminoindanes (66.67%), synthetic cannabinoids (71.21%), piperazine (88.89%), plant-based (100%), other substances (60%), and fentanyl (88.73%). Based on the results obtained, all NPS groups have affinity when interacting with dopamine D2 receptors and the interaction model of the 13 compounds showed that they were binding to TM3, TM5, and TM6 as part of the active site of the dopamine D2 receptor that mediates their agonist activity."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."