Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKDemam dengue adalah penyakit menular yang ditransmisikan oleh nyamuk Aedes aegypti. WHO melaporkan bahwa wilayah Asia tenggara dan daerah Pasifik barat menanggung hampir 75% penyakit dengue secara global. Virus dengue menimbulkan ancaman global yang mempengaruhi 3,9 milyar orang di 128 negara dengan perkiraan 2,1 juta kasus demam berdarah dengue dan 21.000 kematian per tahun di seluruh dunia. Pada tahun 2015 tercatat terdapat 126.675 kasus DBD di 34 provinsi di Indonesia, dengan 1.229 orang di antaranya meninggal dunia. Enzim alfa-glukosidase merupakan target antiviral yang valid untuk enveloped virus. Inhibisi enzim RE alfa-glukosidase akan mengganggu proses pematangan dan fungsi glikoprotein envelop pada virus. Hal ini  menghambat proses perakitan partikel virus dan sekresinya. Hasil penelitian membuktikan bahwa inhibisi enzim alfa-glukosidase II  cukup dalam aktivitas antiviral sel inang  melawan demam dengue secara in vitro dan in vivo. Penemuan obat berbasis fragmen telah menjadi metode untuk menemukan kandidat obat baru. Pendekatan metode ini pertama-tama adalah mengidentifikasi fragmen yaitu molekul sangat kecil yang memiliki ukuran setengah dari ukuran obat-obatan secara umum. Fragmen-fragmen kemudian ditautkan bersama untuk membentuk obat baru. Pada penelitian ini digunakan enzim RE alfa-glukosidase II dengan kode 5IED. Sebanyak 281 senyawa baru berhasil diciptakan secara komputasi berdasarkan struktur 3D protein 5IED. Setelah dilakukan simulasi penambatan molekuler, uji toksisitas, uji druglikeness, uji farmakokinetika dan analisis interaksi protein-ligan, dipilih tiga senyawa terbaik yaitu LB.5 G2D, LO.1 G2D dan LX.23 G2D. Studi dinamika molekuler menunjukkan tiga residu asam amino yang berperan penting dalam pengikatan ligan LX.23 G2D dengan protein 5IED yaitu Asp451, Met565 dan Asp640.

---

Dengue fever is a contagious disease transmitted by Aedes aegypti mosquitoes. WHO reported that south east Asia and the western Pacific region bear nearly 75% of global dengue diseases. The dengue virus poses a global threat affecting 3.9 billion people in 128 countries with an estimated 2.1 million cases of DHF / DSS and 21,000 deaths per year worldwide. In 2015 there were 126,675 dengue cases recorded in 34 provinces in Indonesia, with 1,229 of them dying. The alpha-glucosidase enzyme is a valid antiviral target for enveloped viruses. Inhibition of ER alpha-glucosidase enzyme will interfere the maturation process and function of viral envelope glycoproteins. This inhibits the process of assembling virus particles and their secretions. Inhibition of ER alpha-glucosidase II enzyme is sufficient in antiviral activity of host cells against dengue fever in vitro and in vivo. Fragment-based drug discovery (FBDD) has become a tool for discovering drug leads. The approach first identifies fragments, tiny molecules, which are about half size of common drugs. The fragments are then linked together to generate drug leads. This research used ER alpha-glucosidase II enzyme with PDB ID 5IED. As much as 281 new compounds were developed computationally based on 3D structure of 5IED protein. After molecular docking simulations, toxicity tests, druglikeness tests, pharmacokinetic tests and protein-ligand interactions analyses, three best ligands were chosen namely LB.5 G2D, LO.1 G2D and LX.23 G2D. An LX.23 G2D molecular dynamics simulation showed that three amino acid residues played a very important role in ligand binding to 5IED protein. The amino acid residues were Asp451, Met565 and Asp640.     

"

"Virus dengue merupakan virus RNA positif rantai tunggal yang memiliki bentuk antigenik yang kompleks diantara Famili Flaviviridae. Virus dengue merupakan penyebab demam berdarah yang telah banyak menyebabkan kematian di daerah tropik seperti di Indonesia, Thailand, Amerika Tengah dan Amerika Latin. Faktor virus merupakan salah satu penyebab terjadinya keparahan dengue. Dengue tipe 3 merupakan tipe yang dominan di Indonesia dan memiliki keterkaitan dengan kasus serangan dengue yang lebih berat. Sekuens lengkap nukleotida genom virus dengue tipe 3 masih sangat terbatas. Data yang cukup banyak diperlukan untuk lebih memahami penyakit ini terutama pada virus dengue tipe 3.Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuens lengkap genom RNA genom virus dengue tipe 3 strain 00331/94 Thailand. Penelitian merupakan bagian dari penelitian kloning sekuens utuh nukleotida genom virus dengue tipe 3. Genom strain CO331/94 diamplifikasi langsung dari plasma penderita DHF dengan PCR. Produk PCR disekuensing untuk mendapatkan sekuens lengkap, kemudian dibandingkan dengan virus dengue tipe 3 yang lain (C0360/94, CH53489, H87, 80-2/Guangxi) untuk melihat perbedaan nukleotida dan asam amino diantara virus dengue tipe 3. Strain CO331/94 terdiri dari 10.707 nukleotida. Pengelompokan nukleotida berdasar protein yang dibuatnya dibagi menjadi C, PreM, M, E (struktural) dan NSI, NS2A, NS2B1 NS3, NS4A, NS413, NS5 (non-struktural).Dari perbandingan nukleotida dan asam amino didapat perbedaan dibeberapa daerah genom maupun asam amino sepanjang nukleotida. Kodon AUG pertama strain CO331/94 Thailand berada di posisi nukleotida ke 95. Penelitian ini penting karena dapat menjadi data awal penelitian dengue selanjutnya. Penelitian-penelitian mengenai genom dan ekspresi protein serta fungsi-fungsinya dapat diperkirakan dengan bantuan komputer. Diharapkan perbandingan hasil penelitian dari virus dengue tipe 3 ini dapat digunakan untuk memandu arah penelitian selanjutnya dan memberikan kontribusi untuk memecahkan permasalahan penyakit dengue pada umumnya."

"Demam dengue atau demam berdarah dengue masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia, karena angka kesakitan yang cenderung meningkat dari tahun ke tahun terutama pada saat kejadian luar biasa. Meskipun demikian angka kematian telah turun di bawah 3% yaitu 1,1% pada tahun 2004. Terdapat beberapa penyakit yang memberikan gejala klinis menyerupai DBD sehingga menyulitkan dalam mendiagnosa, untuk itu diperiukan uji laboratorium sebagai konfirmasi untuk diagnosis klinis. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan.64 spesimen yang berasal dan penderita tersangka demam dengue dan demam berdarah dengue yang dirawat di rumah sakit untuk kemudian dilakukan uji RT-PCR, hambatan hemaglutinasi dan IgM-IgG rapid immunochromatagraphy. Diagnosis klinis DBD menggunakan kriteria WHO 1997. Hasil yang didapat adalah bahwa keempat serotipe virus dengue ( DEN-1, DEN-2, DEN-3 dan DEN-4 ) beredar di Jakarta, tempat dimana penelitian ini dilakukan dengan DEN-3 sebagai predominannya. IgM-IgG rapid immunochromatography dapat digunakan untuk membedakan infeksi virus dengue dengan yang bukan infeksi virus dengue karena sensitif, di samping itu mudah dan cepat untuk dikerjakan. Nilai sensitifitasnya adalah 95,8% dan spesifisitasnya adalah 65%. Dengan menggunakan tiga macam antigen ( DI, D2 dan D3 ), hasil uji hambatan hemaglutinasi memberikan hasil yang positif sebesar 60,9% dari kasus tersangka demam berdarah dengue. Meskipun pengerjaannya tidak sederhana dan memerlukan spesimen ganda, uji ini merupakan Baku emas bagi diagnosis infeksi dengue."

"ABSTRAKVirus dengue merupakan masalah kesehatan yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropics seperti Asia, Afrrika dan Amerika. Berdasarakan data yang dikumpulkan oleh WHO terdapat sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue diseluruh dunia setiap tahunnya, akan tetapi belum terdapat vaksin maupun antivirus yang mampu mencegah dan mengobati penyakit ini. Penelitian ini dilakukan untuk memanfaatkan bahan alam untuk menginhibisi aktivitas enzimatis dari sisi aktif NS5 Methyltransferase yang berperan dalam mensintesis cap-RNA virus dengue. Senyawa inhibitor yang digunakan adalah senyawa bahan alam yang diunduh dari pangkalan data UNPD sebanyak 229.000. Metode insilico yang digunakan adalah metode penampisan (virtual screening) yang dikemudian dilakukan penambatan molekul (molecular docking) terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Didapatkan sebanyak 3 senyawa inhibitor terbaik yang telah melalui tahap uji farmakologi untuk dapat dijadikan sebagai kandidat obat.

---

ABSTRACTDengue virus is a health problem faced by the world, especially tropical countries and subtropics such as Asia, Africa and America. Based on data collected by WHO there are around 50-100 million cases of dengue infection throughout the world each year, but there are no vaccines or antiviral agents that are able to prevent and treat this disease. This study was conducted to utilize natural materials to feed enzymatic activity from the active side of NS5 Methyltransferase which plays a role in synthesizing dengue virus RNA. The inhibitor compounds used were natural material compounds downloaded from UNPD database totaling 229,000. The insilico method used is a method of screening (virtual screening) which is carried out by molecular tethering (molecular docking) to the inhibitor on the active side of the target protein. The best 3 inhibitor compounds were obtained which had gone through the pharmacological test stage to be used as drug candidates."

"ABSTRAKDemam dengue (DD) yang disebabkan karena infeksi virus dengue (DENV) dan diperantai oleh nyamuk.Pada daerah subtropis dan tropis DBD ini merupakan penyakit yang muncul pada setiap tahunnya (endemik) dan meningkat pada saat musim hujan.  Di Indonesia dapat diketahui bahwa jumlah dan persebaran penyakit DBD ini semakin meluas serta jumlah incidence rate penyakit DBD selama 47 tahun terakhir ini tidak kunjung membaik, namun terus meningkat. Oleh karena itu, diperlukannya obat spesifik yang menghambat replikasi DENV dan mudah didapat. Carica papaya mempunyai potensi sebagai antivirus DENV dengan nilai IC50 dan CC50 6,57 ug/mL dan 244,76 ug/mL, akan tetapi mekanisme penghambatannya belum diketahui. Pada penelitian ini dilakukan intervensi pada DENV dengan ekstrak Carica papaya pada post dan pre-postinfeksi. Untuk melihat efektivitas penghambatan dan toksisitas ekstrak dilakukan uji focus dan MTT. Hasil menunjukan bahwa pada intervensi post dan pre-postinfeksi mengalami penurunan titer virus sebesar 27,71 ± 10,68%  dan 33,81 ± 19,31 % secara berurutan, tetapi tidak ada perbedaan bermakna. Dapat disimpulkan bahwa ekstrak daun Carica papaya berpotensi menjadi alternatif pengobatan untuk dengue.

---

ABSTRACTDengue fever is caused by dengue virus (DENV) infection and is transmitted by mosquitoes. In the subtropical and tropical regions, Dengue Fever is endemic annually and the incidence increases during the rainy season. The prevalence and distribution of dengue fever cases in Indonesia is wide spread and there is no improvement of incidence rates over the past 47 years. Therefore, there is a need for specific and readily available drugs that inhibit the DENV replication. Carica papaya has the potential as DENV antivirus with IC50 and CC values 6.57 ug / mL and 244.76 ug / mL. However, the inhibition mechanism is still unknown. In this study, intervention was given on DENV with Carica papaya extract both on pre and post-infection stage. Focus test and MTT test were carried out to evaluate the effectiveness of the inhibition and toxicity of the extract. The result showed that in post and pre-post infection there was a decrease in viral titers by 27.71 ± 10.68% and 33.8 ± 19.31% respectively although the result is not statistically significant. It can be concluded that Carica papaya leaf extract has the potential to be an alternative treatment for dengue infection."

"Demam berdarah dengue (DBD) merupakan salah satu masalah kesehatan masyarakat utama di Indonesia. Populasi nyamuk Aedes aegypti dewasa yang padat adalah faktor risiko dari kejadian DBD. Keadaan ini juga bisa dipengaruhi oleh karakteristik individu dan diperparah dengan kondisi lingkungan, perilaku individu dalam memberantas sarang nyamuk serta mencegah gigitan nyamuk. Penelitian kuantitatif dengan desain cross-sectional ini bertujuan untuk menganalisis hubungan antara kepadatan nyamuk Ae. aegypti dewasa di rumah dengan kejadian DBD di Kelurahan Tegal Alur, Kalideres, tahun 2019. Pengambilan data dilakukan dengan wawancara pada 152 responden dan menangkap nyamuk di 55 rumah terpilih di 4 RW dengan kasus terbanyak. Pengukuran kepadatan dilakukan dengan menghitung sampel nyamuk Ae. aegypti menggunakan rumus angka istirahat per rumah (RR). Hasil studi memperlihatkan bahwa ada hubungan bermakna antara kepadatan nyamuk Ae. aegypti di rumah dengan kejadian DBD. Analisis juga menunjukkan faktor lingkungan yang berhubungan signifikan dengan kejadian DBD adalah penggunaan AC (3,77; 1,67-8,51), sedangkan karakteristik individu yang berhubungan termasuk usia (36,14; 11,84-110,29), jenis kelamin (5,01; 2,24-11,22), dan keberadaan individu (14,04; 5,06-39,01). Faktor perilaku yang memiliki hubungan dengan kejadian DBD ialah penggunaan kawat anti nyamuk (2,74; 1,28-5,87).

---

Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) is one of the main public health concerns in Indonesia. Aedes aegypti mosquito abundance is a risk factor for DHF. This condition is also influenced by individual characteristics and worsened by environmental factors, eradication of mosquito nests and prevention of mosquito bites practice. This quantitative study with a cross-sectional design aims to analyze the correlation of adult Ae. aegypti density in houses with DHF in Tegal Alur, Kalideres, 2019. The data were obtained from interviewing 152 study subjects and collecting adult mosquitoes in 55 selected houses in 4 high incidence RW. Adult Ae. aegypti density were determined by resting rate (RR) formula which defined as the number of resting mosquitoes per house.

The result showed that there is a significant relationship between Ae. aegypti mosquito density with DHF incidence. There are also significant correlation between environmental factor which is air-conditioner use (3,77; 1,67-8,51); individual characteristics including age (36,14; 11,84-110,29), sex (5,01; 2,24-11,22), and

individual whereabouts (14,04; 5,06-39,01); along with behavioral factor which is the use of mosquito nets (2,74; 1,28-5,87)."

"Sebagai satu negara dengan aktivitas transmisi virus dengue (DENV) yang tinggi, Indonesia tercatat memiliki angka kematian (CFR) akibat infeksi DENV yang besar. Besarnya CFR dapat diatasi dengan pendeteksian dini menggunakan kit diagnostik yang pada umumnya berupa antibodi monoklonal. Akan tetapi, kit diagnostik yang berbasis antibodi monoklonal memiliki biaya produksi yang mahal, sehingga dibutuhkan alternatif lain yang lebih murah. Kit diagnostik yang berbasis antibodi rekombinan dapat dijadikan alternatif pendeteksi dini infeksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun antibodi rekombinan dalam bentuk fragmen pengikat antigen (Fab) yang mampu mendeteksi protein NS1. Penelitian yang dilakukan mencakup proses sintesis cDNA dari RNA total, amplifikasi gen heavy chain dan light chain dari cDNA menggunakan metode PCR, serta kloning kedua gen tersebut ke dalam vektor kloning pTA2 menggunakan metode heat-shock. Produk PCR gen heavy chain dan light chain menghasilkan pita dengan ukuran bervariasi, yang salah satunya merupakan pita pada ukuran yang diharapkan. Sebanyak 14 koloni transforman hasil kloning masing-masing gen berhasil terseleksi dan terisolasi dari medium yang mengandung 75 µg/µl ampisilin. Hasil analisis tahap verifikasi hasil kloning menunjukkan gen heavy chain dan light chain hanya terintegrasi parsial (± 400 bp) pada vektor pTA2 dalam Escherichia coli TOP10.

---

As one of the countries with high dengue virus (DENV) transmission activity, Indonesia recorded has a large fatality rate (CFR) due to DENV infection. This can be reduced through early detection of the dengue using a diagnostic kit which is generally a monoclonal antibody. However, the diagnostic kits based on monoclonal antibodies have expensive production costs, so other cheaper alternatives are needed. Therefore, this study aims to multiply heavy chain and light chains genes in the form of fragmen antigent binding (Fab) recombinant antibodies capable of detecting NS1. This study involved the synthesis of cDNA from total RNA, the amplification of heavy chain and light chain genes from cDNA using the PCR method, and cloning these two genes into pTA2 vector cloning using heat-shock method. Heavy chain and light chain PCR products produce bands at various sizes, but a band at correct size was discovered. A total of 14 transformed colonies were successfully selected and isolated from a medium containing 75 µg/µl ampicillin. The results of the verification stage of cloning results showed that the heavy chain and light chain genes were partially integrated (± 400 bp) into the pTA2 vector in Escherichia coli TOP10."

"ABSTRAKInfeksi virus dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia. Hingga saat ini patogenesis infeksi DENV masih belum diketahui secara jelas. DENV dapat menginfeksi dan bereplikasi pada monosit yang mengarah pada hipotesis ADE (Antibody-Dependent Enhancement). Infeksi DENV juga seringkali menyebabkan kerusakan hati, hepatomegali hingga disfungsi hati. Organ hati merupakan salah satu target utama infeksi DENV. Beberapa mekanisme yang terlibat dalam kerusakan hepatosit selama infeksi DENV yaitu efek sitopatik langsung yakni dari infeksi virus, dan efek tidak langsung yakni terkait disfungsi mitokondria, dan pengaruh faktor imun seluler dan humoral pada hati. Untuk mengetahui peranan DENV dan monosit dalam kerusakan sel hati, pada penelitian ini dilakukan infeksi DENV pada galur sel hepatosit Huh 7 it-1 yang diko-kultur dengan PBMC secara in vitro untuk mengetahui kadar sitokin IL-6, IL-10, TNF-a, IP-10 dan GRO-a menggunakan ELISA. Pada penelitian ini juga dilakukan pengamatan infektivitas DENV-2 pada sel Huh 7it-1 melalui FFU assay, dan pengukuran serta pengamatan viabilitas sel melalui MTT assay dan pewarnaan tryphan blue. Hasil menunjukkan bahwa kadar sitokin IL-6, IL-10, TNF-a, GRO-a pada PBMC yang dikultur bersama sel Huh 7it-1 terinfeksi DENV-2 lebih tinggi jika dibandingkan dengan kontrol. Sementara kadar kemokin IP-10 pada PBMC yang dikultur bersama sel Huh 7it-1 terinfeksi DENV-2 lebih rendah jika dibandingkan dengan kontrol. Penambahan PBMC dapat menurunkan infektivitas sel Huh 7it-1terinfeksi DENV-2. Penambahan PBMC pada sel Huh 7it-1 terinfeksi DENV-2 menurunkan viabilitas sel.

---

ABSTRACT Dengue virus (DENV) infection increases every year and still being a health problem in Indonesia. Pathogenesis of DENV infection still not clearly known. DENV can infect and replicate monocytes that lead to the ADE (Antibody-Dependent Enhancement). DENV infection may cause liver damage, hepatomegaly and liver dysfunction. Liver is also known to be the main target of DENV infection. Some of the mechanisms involved in hepatocytes damage during DENV infection are direct cytopathic effects of the virus,and indirect cythopatic effects due to mitochondrial dysfunction, and effect of cellular and humoral immune factors in the liver. To determine the role of DENV and monocytes in liver cell damage, this study carried out DENV infection on Huh 7it-1 hepatocyte cell lines cultured with PBMC in vitro to determine levels of cytokine IL-6, IL-10, TNF-a, IP-10 and GRO-a using ELISA. This study also observed infectivity of DENV-2 infected Huh 7it-1 cells through FFU assay, and cell viability through MTT assay, and tryphan blue staining. The results showed that the levels of cytokines IL-6, IL-10, TNF-a, GRO-a in PBMC cultured with DENV-2 infected Huh 7it-1 cells were higher than control. While levels of chemokine IP-10 in PBMCs co-cultured with DENV-2 infected Huh 7it-1 cells were lower than control. Addition of PBMC decreased the infectivity of DENV-2 infection in Huh7it-1 cells. Addition of PBMC in DENV-2 infected Huh 7 it-1 cells decreased cells viability. "

"Kasus demam berdarah dengue (DBD) merupakan kasus penyakit infeksi akibat virus dengue. Tingkat kejadian penyakit ini masih tinggi di negara yang menjadi endemik, termasuk di Indonesia. Seiring berkembangnya waktu, banyak penelitian mengenai antivirus dengue yang menggunakan bahan natural, salah satu contohnya adalah daun kenikir (Cosmos caudatus) yang mengandung zat flavonoid aktif dan memiliki efek antiviral. Penelitian yang dilakukan pada laporan ini merupakan studi eksperimental yang menggunakan ekstrak daun Cosmos caudatus fraksi etil asetat pada DENV Serotipe 2 Strain NGC serta sel Huh7it-1 yang membandingkan dua mekanisme hambatan yakni sesudah infeksi dan saat-sesudah infeksi. Efek antivirus dilihat dengan metode melihat dua kali nilai IC50 yakni 49.46 mg/ml  pada sel Huh7it-1. Penentuan presentase penghambatannya dihitung melalui perbandingan antara selisih jumlah focus perlakuan dan kontrol DMSO dengan kontrol DMSO itu sendiri. Viabilitas sel pada penelitian ini dihitung menggunakan MTT Assay dengan menghitung perbandingannya dengan viabilitas sel kontrol DMSO. Didapatkan hasil presentase penghambatan serta viabilitas sel pada mekanisme penghambatan sesudah infeksi adalah 6,39% dan 116,64% Sedangkan persentase penghambatan serta viabilitas sel pada mekasime saat-sesudah infeksi adalah 18,69% dan 124,48%. Kesimpulannya, baik pada mekanisme sesudah infeksi maupun saat-sesudah infeksi dari ekstrak daun Cosmos caudatus berpotensi untuk digunakan sebagai antivirus, karena keduanya menghambat pertumbuhan virus. Penelitian lebih lanjut perlu memusatkan perhatian dalam mencari mekanisme terbaik dari penghambatan virus dengue dan juga mencari protein target yang spesifik.

---

Cases of dengue hemorrhagic fever (DHF) are cases of infectious diseases caused by dengue virus. The incidence rate is still high in countries that are endemic, including in Indonesia. As time went on, many studies on dengue antivirus using natural ingredients, one example of which was the leaves of kenikir (Cosmos caudatus) which is an active flavonoid substance and has antiviral effects. The study conducted in this report is an experimental study by using ethyl acetate fraction of Cosmos caudatus leaf extract on DENV Serotype 2 NGC strains and Huh7it-1 cells that compare two mechanisms of inhibition, namely post infection and pre-post infection. Antiviral effects are seen by seeing 2 times the IC₅₀ value of 49.46 mg/ml on Huh7it-1 cells. Inhibition percentage was calculated through a comparison between the difference of focus treatments and the DMSO control with the DMSO control itself.

Cell viability was calculated using MTT Assay by calculating its comparison with DMSO controls cell viability. From the results, the percentage results of inhibition and cell viability from the post-infection mechanism were 6,39% and 116,64%. While inhibition and also cell viability from the pre-post infection mechanism were 18,69% and 124,48%. In conclusion, both the post-infection and pre-post infection mechanism from Cosmos caudatus leaf extract has the potential to be used as an antiviral, because both inhibit DENV growth. Further research should focus on finding the best mechanism for inhibiting dengue virus and also looking for specific target proteins."