Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Coronavirus disease atau COVID-19 merupakan pandemi global yang mudah menular melalui droplet dan populasi yang paling berisiko adalah lansia dengan tingkat kematian akibat COVID-19 di Indonesia per 27 Juni 2020 adalah sebanyak 42,9%. Hal tersebut dapat menimbulkan kecemasan tersendiri bagi lansia, terlebih lagi secara psikologis lansia lebih mudah cemas daripada populasi lain. Kecemasan diketahui merupakan salah satu faktor penting penyebab kerentanan terinfeksi Coronavirus. Maka dari itu penulisan ini dibuat untuk menemukan gambaran ansietas pada 10 lansia sebelum tindakan swab PCR SARS CoV-2 di RSUI. Data yang dipakai adalah data umum, data skrining COVID-19, riwayat penyakit dalam, riwayat merokok, dan kuesioner kecemasan menggunakan Geriatric Anxiety Inventory Short Form (GAI-SF). Berdasarkan data yang didapatkan, terdapat banyak faktor yang mungkin mempengaruhi munculnya ansietas pada lansia seperti kecemasan terhadap hasil swab PCR. Hasil pengkajian GAI-SF juga menyatakan bahwa semua lansia mengalami ansietas dengan dua diantaranya memiliki gejala GAD. Antar pasien juga memiliki beberapa kesamaan terkait COVID-19 dan hubungannya dengan kecemasan. Sebagai kesimpulan, masalah ansietas pada lansia terkait COVID-19 sebelum tindakan swab PCR memiliki nilai yang tinggi disebabkan karena beberapa faktor sehingga perlu diberikan rekomendasi khusus. Penulis merekomendasikan penyediaan kursi prioritas untuk lansia, bilik swab khusus lansia dengan aromaterapi dan musik relaksasi jika memungkinkan, dan edukasi terkait COVID-19 oleh perawat melalui selebaran maupun follow up secara daring.

---

Coronavirus disease or called COVID-19 is a global pandemic that is easily transmitted through droplets and the population with higher risk of it are the elderly within death rate in Indonesia per June 27, 2020 is 42.9%. This problem can cause anxiety in the elderly even more as psychologically the elderly are more vulnerable to feel anxious than other populations. Whereas anxiety is one of the important factors causing decreased immunity which makes the elderly more susceptible to Coronavirus. Therefore, this paper was made to find an overview of anxiety in 10 elderly people before the swab polymerase chain reaction severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or swab PCR SARS CoV-2 procedure at RSUI. The data used are general data, COVID-19 screening data, history disease, smoking history, and anxiety questionnaires using Geriatric Anxiety Inventory Short Form (GAI-SF). Based on the data obtained, there are many factors that might influence the emergence of anxiety in the elderly such as anxiety about the swab PCR results. The results of the GAI-SF also stated that all respondents were experiencing anxiety with two of them were having general anxiety disorder symptoms. Furthermore, inter-patients also have some similarities related to COVID-19 and anxiety. In conclusion, the anxiety problem among elderly related to COVID-19 before the swab PCR procedure has a high value due to several factors so that special recommendations for the elderly should be given. The recommendation are using priority seats for the elderly, special swab PCR’s room with aromatheraphy and music of relaxation if possible, and nurses could give COVID-19 educations through flyer or follow up them within online educations"

"Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) merupakan agen penyebab Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) yang telah menginfeksi hampir dua ratus juta orang dan menyebabkan hampir empat juta kematian di dunia. Saat ini, belum ada obat yang spesifik ditemukan untuk virus ini. Drug repurposing merupakan salah satu alternatif strategi pengembangan obat di masa pandemi. Pada penelitian ini, non-structural protein 3 (NSP3) dan non-structural protein 13 (NSP13) SARS-CoV-2, yang mengkode papain-like protease dan helikase, terpilih sebagai target potensial yang berperan penting dalam replikasi virus. Drug repurposing berbasis pemodelan farmakofor dilakukan menggunakan program LigandScout. Ligan kokristal NSP3 dan NSP13 SARS-CoV-2 dari Protein Data Bank dipilih sebagai training set. Sebelumnya, sekuens protein disejajarkan dengan Clustal Omega dan interaksi protein-ligan diidentifikasi dengan Protein-Ligand Interaction Profiler. Model farmakofor divalidasi menggunakan test set yang terdiri dari ligan terpilih sebagai senyawa aktif dan decoy dari A Database of Useful Decoys-Enhanced sebagai senyawa inaktif. Model farmakofor NSP3 pada akhirnya tidak terbentuk karena sedikitnya ligan yang tersedia. Model farmakofor NSP13 yang memiliki satu cincin aromatik (AR), satu daerah hidrofobik (H), satu akseptor ikatan hidrogen (HBA), dan satu donor ikatan hidrogen (HBD) dengan penambahan feature tolerance sebesar 0,15 Å dan feature weight sebesar 0,1 pada fitur AR, H, dan HBA menghasilkan nilai AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivitas, dan spesifisitas sebesar 0,83; 21,2; 8,8; 0,792; dan 0,790. Model ini digunakan sebagai kueri penapisan terhadap obat yang telah disetujui FDA dari The Binding Database. Ticarcillin, sulfisoxazole, lacosamide, sulfathiazole, cefaclor, penicillin G, cephalexin, carbenicillin, atenolol, dan tolazoline diperoleh sebagai senyawa kandidat dengan pharmacophore-fit score tertinggi.

---

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), causal agent of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), has infected almost two hundred millions of people and caused nearly four millions of deaths worldwide. Currently, no treatment has been identified to be effective against the virus. In the outbreak, drug repurposing emerges as a promising strategy to develop efficient therapeutics. This study selected SARS-CoV-2 non-structural protein 3 (NSP3) and non-structural protein 13 (NSP13), that encodes papain-like protease and helicase, respectively, as potential targets based on their crucial role in virus replication. Drug repurposing was carried out by LigandScout pharmacophore modeling using SARS-CoV-2 NSP3 and NSP13 co-crystallized ligands from Protein Data Bank as training set. Prior to that, crystal structures were aligned by Clustal Omega and analyzed by Protein-Ligand Interaction Profiler for interaction profiling. Generated pharmacophore model was validated by a test set consisting of above-mentioned ligands as actives and A Database of Useful Decoys-Enhanced decoys as inactives. Unfortunately, NSP3 model cannot be generated due to insufficient ligands. NSP13 model that has one aromatic ring (AR), one hydrophobic area (H), one hydrogen bond acceptor (HBA), and one hydrogen bond donor (HBD) features with 0,15 Å feature tolerance and 0,1 feature weight additions on AR, H, and HBA resulted AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivity, and specificity of 0,83; 21,2; 8,8; 0,792; and 0,790. This model was chosen for screening against FDA-approved drugs from The Binding Database. Ticarcillin, sulfisoxazole, lacosamide, sulfathiazole, cefaclor, penicillin G, cephalexin, carbenicillin, atenolol, and tolazoline were obtained as hits with the highest pharmacophore-fit score."

"Latar Belakang: Reseptor ACE2 tidak hanya terdapat pada paru-paru, tetapi juga pada saluran pencernaan yang memungkinkan terjadinya infeksi SARS-COV-2 pada enterosit, menimbulkan manifestasi klinis gastrointestinal, dan terdeteksinya RNA virus pada pemeriksaan swab anal. Studi lain di seluruh dunia menunjukkan hasil yang berbeda-beda serta belum didapatkan penelitian serupa di Indonesia. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui luaran klinis infeksi COVID- 19 pada pasien yang dilakukan swab anal, mendapatkan hubungan hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal dan derajat keparahan pada pasien COVID-19 di Indonesia. Metode: Merupakan cabang penelitian dari penelitian utama yang berjudul “Nilai RT-PCR Swab Anal untuk Diagnosis COVID-19 pada Orang Dewasa di Indonesia”. Penelitian ini merupakan studi analitik dengan desain potong lintang. Sampel penelitian merupakan pasien COVID-19 yang menjalani rawat inap di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), RS Mitra Keluarga Depok, RS Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan RS Ciputra selama periode April 2020 sampai dengan Januari 2021. Dikumpulkan data demografi, manifestasi klinis, derajat keparahan, dan hasil swab anal PCR SARS-CoV-2.Hasil: 136 subjek penelitian dengan swab nasofaring positif dianalisis. 52 pasien (38,2%) dengan swab anal PCR SARS-CoV-2 positif dan 84 pasien (61,8%) dengan swab anal negatif. Manifestasi klinis saluran cerna tersering, yaitu: mual-muntah 69 pasien (50,7%), nafsu makan menurun sebanyak 62 pasien (45,6%), dan nyeri perut sebanyak 31 pasien (22,8). Terdapat 114 pasien (83,8%) tergolong dalam derajat ringan-sedang dan 22 pasien (16,2%) tergolong dalam berat-kritis. Terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual-muntah (nilai p 0,031). Tidak terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan (nilai p 0,844).Simpulan: Terdapat hubungan antara hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual- muntah dan tidak terdapat hubungan antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS- CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan infeksi COVID-19.

---

Background: ACE2 receptor is not only found in the lungs, but also in the digestive tract, which allows the occurrence of enterocyte infection, gastrointestinal clinical manifestations, and detection of viral RNA on anal swab PCR. Studies around the world show various results, yet there has been no similar study to be found in Indonesia.

Objective: This study aims to determine the clinical outcome of COVID-19 patients with gastrointestinal manifestations who were tested by anal swab, the relationship between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations as well as the severity of COVID-19 patients in Indonesia.

Methods: This research is a branch of study titled. The Value of Anal Swab RT- PCR for COVID-19 Diagnosis in Adult Indonesian Patients. This is an analytical study with cross-sectional design. Samples were obtained from hospitalized COVID-19 patients at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), Mitra Keluarga Hospital Depok, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital from April 2020 to January 2021. Demographic data, clinical manifestations, severity, and SARS-CoV-2 PCR anal swab were collected.

Results: 136 subjects with positive nasopharyngeal swab were analyzed. Result showed that 52 patients (38.2%) had positive anal swabs PCR SARS-CoV-2 and 84 patients (61.8%) had negative anal swabs. Common gastrointestinal clinical manifestations were: nausea and vomiting in 69 patients (50.7%), anorexia in 62 patients (45.6%), and abdominal pain in 31 patients (22.8). There were 114 patients (83,8%) classified as mild-moderate and 22 patients (16,2%) as severe-critical. There was a statistically significant relationship between anal swab PCR for SARS- CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea- vomiting) (p value 0.031). There was no statistically significant relationship found between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with the severity of COVID- 19 infection (p value 0.844).

Conclusions: There is a relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea-vomiting) and there is no relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with severity of COVID-19 infection."

"Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan SARS-COV-2. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif. Diperlukan tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2.Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19. Dilakukan optimasi, ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR .Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien COVID-19. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct <25, hasil kesesuaian positif dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan negatif adalah 100%. Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2.

---

Background: COVID-19 caused by the SARS-COV-2 virus. WHO published protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination.

Methods: This diagnostic test study from 2020 to 2021, specimens of nasopharyngeal, oropharyngeal and buccal swabs from COVID-19. Specimens underwent an optimization, viral RNA extraction and real time RT-PCR.

Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values ​​of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative are 100%. The value of Ct < 30 and Ct < 40  results in a positive agreement are 85.3% and 51,1 %. The negative  results are 100%.

Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination."

"Latar Belakang: COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi SARS-CoV-2 yang dapat mengalami mutasi sehingga membentuk beberapa varian baru. Perubahan varian tersebut dapat menyebabkan proses transmisi virus yang cepat hingga meningkatnya mortalitas dan morbiditas pada pasien COVID-19. Adanya mikrobiota pada saluran pernafasan yang merupakan bagian dari sistem kekebalan tubuh dapat memberikan perlindungan dari infeksi dan pathogenesis SARS-CoV-2 pada tubuh manusia. Akan tetapi, patogenesis virus dari beberapa varian SARS-CoV-2 yang berbeda dapat menghambat homeostasis dari komunitas mikroba pada saluran pernafasan. Oleh sebab itu perlu dilakukan identifikasi varian SARS-CoV-2 dan profil komunitas bakteri pada sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19, untuk mendapatkan data awal profil komunitas mikroba dan korelasinya dengan varian SARS-CoV-2.Metode: Penelitian menggunakan sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19. Sekuensing sampel dilakukan sebanyak dua kali. Sekuensing pertama bertujuan untuk mengidentifikasi varian SARS-CoV-2 menggunakan Whole Genome Sequencing (WGS) dari Oxford Nanopore Technologies (ONT). Sekuensing kedua bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman bakteri pada naso/orofaring pasien COVID-19 menggunakan amplifikasi gen 16S rRNA. Kemudian analisis bioinformatika dilakukan untuk memperoleh profil komunitas mikroba pada beberapa varian SARS-CoV-2.Hasil: Ditemukan enam varian SARS-CoV-2 yang dideteksi pada sampel terpilih yang dikoleksi selama bulan Maret-Juni 2021, dengan hasil varian yang mendominasi adalah varian Delta, Alpha, dan Lokal. Pada varian Alpha dan Delta didominasi oleh genus bakteri Streptococcus, Prevotella, dan Veillonella. Pada varian lokal, genus yang mendominasi yaitu Corynebacterium, Staphylococcus, dan Salmonella.Kesimpulan: Komunitas bakteri yang ditemukan pada sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19 memiliki tingkat keragaman yang signifikan antar varian SARS-CoV-2. Komunitas bakteri yang ditemukan didominasi oleh genus Prevotella, Streptococcus, Corynebacterium, dan Veillonella. Persentase jumlah bakteri paling banyak yaitu genus Prevotella sebesar 27%. Genus bakteri Prevotella dan Veillonella banyak ditemukan pada varian SARS-COV-2 Alpha dan Delta, yang memiliki potensi meningkatkan inflamasi dan tingkat keparahan pada pasien COVID-19.

---

Background: COVID-19 is a disease caused by infection of a SARS-CoV-2 virus that can undergo mutations to form several new variants. These variants could lead to a more rapid transmission, which increases mortality and morbidity in COVID-19 patients. The presence of microbiota in the respiratory tract as part of the immune system provides protection from viral infections and pathogenesis in the human body. However, pathogenesis of different SARS-CoV-2 variants plays a role in inhibiting the homeostasis of the microbial community in the respiratory tract. Therefore, it is necessary to identify the SARS-CoV-2 variants and profile the bacterial community profile in naso/oropharynx using swab samples of COVID-19 patients, to obtain initial data regarding the microbial community profile of COVID-19 patients and potential correlation with the SARS-CoV-2 variants.

Methods: This study used naso/oropharyngeal swab samples from COVID-19 patients. Sample sequencing was performed twice. The first sequencing aims to identify variants of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) with Oxford Nanopore Technologies (ONT) platform. The second sequencing aims to identify bacterial diversity in the naso/oropharynx of COVID-19 patients using 16S rRNA gene amplification followed by profiling of the microbial community using bioinformatic analysis.

Results: Six variants of SARS-CoV-2 were identified in the selected samples collected during March-June 2021, with the dominant variants being Delta, Alpha, and Local variants. The microbial community of samples belonging to the Alpha and Delta variants was dominated by the bacterial genera Streptococcus, Prevotella, and Veillonella. Meanwhile, in the samples identified as having local variant, the dominant genera were Corynebacterium, Staphylococcus, and Salmonella.

Conclusion: The bacterial diversity in the swab samples naso/oropharyngeal of COVID-19 patients varied significantly among SARS-CoV-2 variants. The bacterial community was dominated by the genera Prevotella, Streptococcus, Corynebacterium, and Veillonella. The highest percentage of genus was Prevotella by 27%. The genera Prevotella and Veillonella were found in the SARS-CoV-2 Alpha and Delta variants, which have the potential to increase inflammation and severity in COVID-19 patients."

"Pada bulan Desember, 2019, serangkaian kasus pneumonia dengan penyebab yang tidak diketahui muncul di China. Analisis data menunjukkan adanya coronavirus baru, yang diberi nama SARS-CoV-2. Beradasarkan WHO dan CDC pemeriksaan yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah metode molekular RT-PCR, salah satu kit yang digunakan adalah BioCoV-19 RT-PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan uji RT-PCR kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC sebagai standar dalam mendeteksi SARS-CoV-2, serta melakukan uji deteksi minimal untuk mengetahui sensitivitas analitik dari kit BioCoV-19 RT-PCR, menguji reaksi silang terhadap mikroba saluran nafas lain, dan menilai secara deskriptif karakteristik subjek penelitian. Perbandingan uji kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif (NDP) dan nilai duga negative (NDN). Hasil pada penelitian ini menunjukkan bahwa sensitivitas dan spesifisitas BioCoV-19 RT-PCR Kit secara umum adalah 97,50% dan 100%, dengan Nilai Duga Positif (NDP) 100% dan Nilai Duga Negatif (NDN) 96,49%. Hasil uji minimal deteksi untuk primer-probe N1N2 CDC dan BioCoV-19 RT-PCR Kit setelah dilakukan dilusi bertingat sebanyak enam kali pengenceran yakni 3,5 kopi/reaksi (rerata nilai Ct 35,21). Uji reaksi silang tidak terdeteksi adanya reaksi silang dari 12 bakteri, tujuh virus dan tiga jamur. Karakteristik subjek penelitian lebih banyak pada laki-laki sebanyak (61,5%), untuk usia lebih banyak pada usia berkisar 20-40 tahun (56,29%), gejala klinis pasien saat datang lebih banyak gejala ringan.

---

In December, 2019, a series of pneumonia cases of unknown cause appeared in China. Analysis of the data indicated the presence of a new coronavirus, which was named SARS-CoV-2. Based on WHO and the CDC, the tests used to detect SARS-CoV-2 are the molecular RT-PCR method, one of the kits used is BioCoV-19 RT-PCR. This study aims to compare the RT-PCR test of the BioCoV-19 RT-PCR kit with the CDC's N1N2 as a standard in detecting SARS-CoV-2, as well as to conduct a minimal detection test to determine the analytical sensitivity of the BioCoV-19 RT-PCR kit, to test cross reactions against other respiratory tract microbes, and descriptively assessed the characteristics of the research subjects. Comparison of the BioCoV-19 RT-PCR test kit with N1N2 CDC obtained sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV). The results of this study showed that the sensitivity and specificity of the BioCoV-19 RT-PCR Kit in general were 97.50% and 100%, with a positive predictive value (PPV) of 100% and a negative predictive value (NPV) of 96.49%. The minimum test results for detection of the N1N2 CDC primer-probe and the BioCoV-19 RT-PCR Kit were carried out after six dilutions of 3.5 copies/reaction (mean Ct value 35.21). The cross-reaction test did not detect any positives of 12 bacteria, seven viruses and three fungi. The characteristics of the study subjects were more male (61.5%), for ages ranging from 20-40 years (56.29%), the clinical symptoms of the patients when they arrived were more mild symptoms."

"Pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) merupakan pandemi disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Indonesia diketahui sebagai salah satu negara dengan tingkat infeksi COVID-19 paling tinggi di dunia. Deteksi cepat secara Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) merupakan salah satu langkah yang diperlukan untuk menekan laju penyebaran COVID-19. Kit deteksi BioCore 2019-nCoV Real Time PCR Kit adalah salah satu kit dignosis COVID-19 produksi BioCore. Ltd., Korea Selatan. Kit diagnosis BioCore telah beredar di Indonesia dan perlu diuji keakuratan diagnosis yang dihasilkan untuk menghindari hasil negatif palsu. Pengujian dilakukan menggunakan protokol Penjaminan Mutu Eksternal (PME) Kementerian Kesehatan Indonesia dengan melibatkan 30 sampel uji dan membandingkan hasil uji terhadap kit gold standard CDC dengan gen target N1, N2, dan HRP. Alur kerja penelitian dimulai dari proses pengambilan sampel, ekstraksi RNA, persiapan mastermix, adisi template RNA, dan amplifikasi template dengan metode rRT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan adanya amplifikasi pada kontrol yang digunakan, sehingga proses diagnosis dapat dilakukan. Nilai Ct IC kit Biocore dan IC CDC menunjukkan perbedaan signifikan (P 0,05; CI=95%). Gen target SARS-CoV-2 tidak terdeteksi pada kit Biocore dengan nilai Ct>35, serta didapatkan nilai sensitivitas dan spesifisitas analitik kit Biocore berturut-turut sebesar 75% dan 100%. Hasil uji Kit Biocore terhadap pasien terinfeksi COVID-19 di Indonesia tidak memenuhi standar kit diagnosis yang ditetapkan oleh WHO, yaitu memiliki sensitivitas analitik sebesar 95%. Peninjauan ulang primer pada kit Biocore perlu dilakukan untuk memperbaiki mutu kit dalam deteksi awal virus SARS-CoV-2 di Indonesia.

---

The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic is a pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus. Indonesia is known as one of the countries with the highest COVID-19 infection rate in the world. Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) detection is one of the steps needed to accelerate the spread of COVID-19. The BioCore 2019-nCoV Real Time PCR Kit is one of the COVID-19 diagnosis kits produced by BioCore. Ltd., South Korea. The BioCore diagnostic kit has been circulating in Indonesia and needs to be tested for the accuracy of the resulting diagnosis to avoid false negative results. The test was carried out using the External Quality Assurance (PME) protocol of the Indonesian Ministry of Health involving 30 test samples and test results against the CDC gold standard kit with target genes N1, N2, and HRP. The research workflow starts from the sampling process, RNA extraction, mastermix preparation, RNA template addition, and template amplification using the rRT-PCR method. The results showed that there was amplification of the controls used, so that the diagnosis process could be carried out. The Ct values ​​of the Biocore IC kit and the CDC IC showed a significant difference (P 0.05; CI=95%). The SARS-CoV-2 target gene was not detected in the Biocore kit with a Ct value>35, ​​and the sensitivity and analytical specificity of the Biocore kit were 75% and 100%, respectively. The results of the Biocore Kit test on patients infected with COVID-19 in Indonesia do not meet the diagnostic kit standard set by WHO, which has an analytical sensitivity of 95%. Primary review on the Biocore kit needs to be done to improve the quality of the kit in early detection of the SARS-CoV-2 virus in Indonesia."

"Rapid swab antigen SARS-CoV-2 merupakan pemeriksaan alternatif dalam mendeteksi SARS-CoV-2. Salah satu faktor yang mempengaruhi pemeriksaan rapid swab antigen SARS-CoV-ialah viral load yang direpresentasikan dengan cycle threshold (CT) pada pemeriksaan rRT-PCR. Hasil CT yang tinggi membuat sensitivitas pemeriksaan rapid swab antigen SARS-CoV-2 rendah. Tujuan utama pada penelitian ialah untuk menentukan nilai CT tertinggi pada pemeriksaan rRT-PCR yang mampu memberikan hasil reaktif pada pemeriksaan COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor). Penelitian merupakan penelitian observasional dengan metode potong lintang dilakukan pada poliklinik demam RS dr. Cipto Mangunkusumo pada tanggal Juli 2020- Desember 2021. Total subjek dalam penelitian berjumlah 235 terdiri dari 24,7% subjek dengan rRT-PCR SARS-CoV-2 positif dan 75,3% subjek dengan rRT-PCR SARS-CoV-2 negatif. Median CT tertinggi pada pemeriksaan rRT-PCR SARS-CoV-2 yang mampu memberikan hasil reaktif pada pemeriksaan COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) ialah 28,22 (13,33- 39,16), sedangkan median CT tertinggi pada COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) non-reaktif ialah 34,45 (26,08-39,65). Sensitivitas, spesifisitas, NPV, PPV, dan LR positif dan LR negatif hasil COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) pada CT ≤ 40 adalah 63.8%, 99.4%, 89.3%, 97.4%, 112.9, dan 0.4. Pada CT ≤ 33 sensitivitas, spesifisitas, NPV, PPV, dan LR positif dan LR negatif ialah 77.1%, 99.4%, 95.7%, 96.4%, 136.5, dan 0.2 sedangkan pada CT ≤ 25 sensitivitas, spesifisitas, NPV, PPV, dan LR positif dan LR negatif adalah 92.3%, 99.4%, 99.4%, 92.3%, 163.4, dan 0.1. Titik potong CT rRT-PCR SARS-CoV-2 tertinggi ialah 26,06 dengan hasil sensitivitas 100% dan spesifisitas 99,4%. Pemeriksaan COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) dapat dipakai untuk keperluan diagnosis, contact tracing atau community surveilance.

---

SARS-CoV-2 rapid antigen swab is an alternative test for detecting SARS-CoV-2 infection. One of the factors that influence the examination is viral load, which is represented by the cycle threshold (CT) in the rRT-PCR examination. The higher CT value will result in lower sensitivity of SARS-CoV-2 rapid antigen swab examination. The main objective of the study was to determine the highest CT value in rRT-PCR examination which still able to give reactive results on the COVID-19 Ag test (Standard Q SD Biosensor). The study was a cross-sectional study carried out at the fever polyclinic in dr. Cipto Mangunkusumo Hospital between July 2020 - December 2021. The study consisted of 235 subjects, 24.7% of subjects were SARS-CoV-2 positives and 75.3% of subjects were negative for SARS-CoV-2 infections. Median highest CT value in the SARS-CoV-2 rRT-PCR examination which able to give reactive results on the COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) test was 28.22 (13.33-39.16) while the median CT value on the non-reactive COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) was 34.45 (26.08-39.65). The sensitivity, specificity, NPV, PPV, and LR positive and LR negative results of COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) were 63.8%, 99.4%, 89.3%, 97.4%, 112.9, and 0.4 at CT value ≤ 40. The sensitivity, specificity, NPV, PPV, and LR positive and LR negative at CT value ≤ 33 were 77.1%, 99.4%, 95.7%, 96.4%, 136.5, and 0.2, while at CT ≤ 25 sensitivity, specificity, NPV, PPV, and LR positive and LR negative were 92.3%, 99.4%, 99.4%, 92.3%, 163.4, and 0.1. The cut-off point for the highest CT value was 26.06 with a sensitivity of 100% and a specificity of 99.4%. In conclusion, COVID-19 Ag (Standard Q SD Biosensor) was acceptable for diagnosis, contact tracing or community surveillance."

"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 dan terutama bermanifestasi sebagai penyakit saluran napas. COVID-19 telah menjadi pandemi sejak awal tahun 2020 dan menyebabkan morbiditas, mortalitas, dan dampak sosioekonomi. Salah satu metode deteksi SARS-CoV-2 adalah tes cepat swab antigen. Sensitivitas tes cepat swab antigen dilaporkan bervariasi dengan spesifisitas yang umumnya tinggi. Sensitivitas tes antigen dilaporkan meningkat pada viral load yang tinggi yaitu saat muncul gejala sampai lima hari setelahnya. Penelitian ini bertujuan untuk menilai kinerja diagnostik tes cepat swab antigen SD Biosensor terhadap RT-PCR sebagai baku emas berdasarkan awitan gejala dengan titik potong lima hari. Subjek penelitian direkrut dari bulan Juli 2020 sampai Juni 2021. Sebanyak 174 subjek mengikuti penelitian, 49 subjek dengan RT-PCR positif dan 125 subjek dengan RT-PCR negatif. Sebaran nilai cycle threshold (Ct) pada awitan gejala dini cenderung rendah dan semakin meningkat seiring waktu. Sensitivitas, spesifisitas, NDP, dan NDN tes cepat swab antigen SD Biosensor terhadap RT-PCR pada kelompok awitan gejala ≤5 hari adalah 84.6%, 98.59%, 95.65%, dan 94.59% sementara pada kelompok awitan gejala >5 hari adalah 56.52%, 100%, 100%, dan 84.38%. Berdasarkan penelitian ini, tes cepat swab antigen SD Biosensor dapat digunakan untuk diagnosis pasien COVID-19 simptomatik. Tes ini juga dapat digunakan untuk penapisan COVID-19 pada pasien simptomatik sampai hari kelima setelah munculnya gejala.

---

COVID-19 is caused by SARS-CoV-2 and mainly manifests as respiratory disease. COVID-19 has become pandemic since early 2020 and caused morbidity, mortality, and socioeconomic impact. Rapid antigen test is one of methods to detect SARS-CoV-2. Sensitivity of rapid antigen test varied between studies. Sensitivity of this test increases as viral load increases which occurs at the time symptoms appears until five days later. This study aimed to evaluate diagnostic performance of rapid antigen test SD Biosensor to RT-PCR as gold standard based on symptom onset using five days as cut-off. Subjects recruited from July 2020 until June 2021. A total of 174 subjects included in this study, 49 subjects with positive RT-PCR and 125 subjects with negative RT-PCR. Distribution of cycle threshold (Ct) value was low in early symptom onset and increased over time. Sensitivity, specificity, PPV, and NPV of rapid antigen test SD Biosensor in group with symptom onset ≤5 days were 84.6%, 98.59%, 95.65%, and 94.59% whereas in group with symptom onset >5 days were 56.52%, 100%, 100%, and 84.38%. Based on this research, rapid antigen test SD Biosensor can be used to diagnose COVID-19 in symptomatic patients. This test can also screen COVID-19 in symptomatic patients until five days after the first symptom appears."

"COVID-19 adalah penyakit menular yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. Hingga saat ini kasus COVID-19 semakin bertambah. Meskipun kasus sembuh mencapai angka 96%, hal tersebut harus tetap diwaspadai karena sebagai penyintas masih dapat mengalami gejala yang menetap atau biasa disebut Long COVID. Long Coronavirus Disease (Long COVID) atau Post Acute COVID adalah kondisi pasca infeksi COVID-19 yang berkepanjangan setelah 4 minggu timbulnya gejala awal. Long COVID menjadi ancaman serius bagi para penyintas COVID-19 karena gejala yang menetap dapat membawa dampak buruk dan menganggu aktivitas penderitanya. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui factor-faktor yang memengaruhi kejadian Long COVID pada penyintas COVID-19 di Kota Sukabumi. Penelitian ini menggunakan desain penelitian cross sectional, pengambilan data dilakukan dengan menyebarkan kuesioner secara online. Penelitian ini diikuti oleh 267 rseponden dengan kriteria inklusi sudah sembuh dari COVID-19, berdomisili di Kota Sukabumi, dan usia minimal 18 tahun. Hasil penelitian menunjukan proporsi kejadian Long COVID sebesar 47% dengan gejala yang paling sering adalah mudah Lelah (30,7%), sulit berkonsentrasi (14,98%), dan mudah lupa (13,86%). Analisis bivariat menunjukan bahwa terdapat hubugan antara tingkat gejala (P value = 0,001), jenis perawatan (P value = 0,002), dan perokok pasif (P value = 0,020) dengan kejadian Long COVID. Lalu tidak terdapat hubungan yang signifikan antara karakteristik sosiodemografi, status vaksinasi, status merokok, derajat rokok, dan kondisi penyerta.

---

COVID-19 is an infectious disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. Until now, COVID-19 cases are increasing. Although the number of recovered cases reached 96%, this must still be watched out for because survivors can still experience persistent symptoms or commonly known as Long COVID. Long Coronavirus Disease (Long COVID) or Post Acute COVID is defined as persisten symptoms and/or delayed or long term complications beyond 4 weeks from the onset of symptoms. Long COVID is a serious condition to COVID-19 survivors because persistent symptoms can have a negative impact and disrupt the sufferer's activities. The purpose of this study was to determine the factors that affecting the incidence of Long COVID in COVID-19 survivors in Sukabumi City. This study used a cross-sectional study. Data collection was carried out by distributing online questionnaires. This study was conducted by 267 respondents with inclusion criteria are having recovered from COVID-19, domiciled in Sukabumi City, and a minimum age of 18 years. The results showed the proportion of the incidence of Long COVID was 47% with the most frequent symptoms are tiredness or fatigue (30.7%), difficulty concentrating (14.98%), and forgetful (13.86%). Bivariate analysis showed that there was a relationship between symptom level (P value = 0.001), type of treatment (P value = 0.002), and passive smoking (P value = 0.020) with the incidence of Long COVID. There is no significant relationship between sociodemographic characteristics, vaccination status, smoking status, smoking degree, and comorbidity,"