Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Keberhasilan deteksi tuberkulosis (TB) relatif rendah pada negara berkembang dengan beban TB tinggi akibat kurangnya akurasi diagnosis. Penegakan diagnosis yang dilakukan dengan uji BTA dan TCM sebagai metode deteksi TB baku emas memiliki kelemahan dalam hal penggunaan spesimen sputum yang kemungkinan tidak tersedia pada pasien pediatrik, serta tidak representatif terhadap infeksi Mtb di luar jaringan paru. Urin dapat menjadi kandidat spesimen alternatif dikarenakan bersifat non-invasif. Deteksi antigen Mtb dalam urin menggunakan kit diagnostik Fujifilm SILVAMP TB LAM berhasil dilakukan pada populasi TB-HIV, namun deteksi gen Mtb secara langsung dalam urin belum banyak diteliti. Metode molekuler PCR telah digunakan dalam studi diagnostik karena memiliki nilai sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, sehingga dapat memberikan hasil diagnosis yang akurat. Tujuan penelitian adalah melalukan uji deteksi TB pada sampel urin populasi yang telah dinyatakan TB secara bakteriologis (kelompok Definite TB) dan populasi yang didiagnosa TB secara klinis namun tidak menunjukkan hasil laboratorium TB (kelompok Clinically TB) melalui metode multiplex PCR dengan gen target ESAT6, IS6110, dan MPT64 dan mengevaluasi potensi sampel urin sebagai spesimen alternatif diagnosis TB. Nilai positivity rate yang diperoleh adalah 71,43% (10/14) pada kelompok Definite TB dan 60,71% (17/28) pada kelompok Clinically TB. Metode multiplex PCR dengan spesimen urin dapat menjadi petunjuk pada kasus TB non-paru dan populasi yang tidak dapat mengeluarkan sputum berkualitas.

---

Tuberculosis (TB) screening and diagnostic accuracy is relatively low in developing countries, which has contributed to the high TB burden in such regions. The diagnostic gold standard is the acid-fast bacillus (AFB) smear and GeneXpert test. A major disadvantage for both tests is the utilisation of sputum specimens, which may not be available in paediatric cases and is not representative of extrapulmonary Mtb infection. Urine may be used as an adjunct specimen because of its non-invasive nature of collection. Previous studies have focused on detecting Mtb antigens in urine using the Fujifilm SILVAMP TB LAM diagnostic kit in TB-HIV populations, however direct Mtb DNA detection has not been intensively evaluated. In recent years, PCR techniques have been widely used due to high sensitivity and specificity values which provides rapid and accurate diagnoses. Therefore, the primary objective of this is to conduct a TB detection test in urine samples of two population groups previously tested with AFB smear and GeneXpert test; (1) definite bacteriological cases (Definite TB group), and (2) clinically diagnosed cases (Clinically TB group), using multiplex PCR with target genes ESAT6, IS6110, and MPT64. Specifically, the study aims to evaluate urine as an alternative specimen and supporting tool in TB diagnostics. Observed positivity rate of urine samples was 71.43% (10/14) in the Definite TB group and 60.71% (17/28) in the Clinically TB group. Multiplex PCR using urine specimens indicates effectiveness in rapid detection of extra-pulmonary TB and sputum-scarce cases."

"Pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) terjadi akibat cepatnya penyebaran Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) sehingga membutuhkan uji yang cepat dan tepat. Real-time polymerase chain reaction(real-time PCR) menggunakan sampel swab nasofaring merupakan standar baku emas, namun sifatnya yang invasif dan tingginya risiko aerosolisasi menjadi kekurangan sampel swab nasofaring. Saliva dinilai dapat menjadi sampel alternatif dalam uji deteksi COVID-19 karena proses koleksi yang tidak invasif, risiko aerosolisasi rendah, serta dapat dilakukan tanpa kontak langsung dengan tenaga kesehatan. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah 1) mengevaluasi potensi saliva dalam uji deteksi COVID-19 menggunakan metode real-time PCR dan gen deteksi Envelope (E) serta RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) membandingkan hasil real-time PCR sampel swab nasofaring dengan sampel saliva untuk mendapatkan nilai diagnostik, serta 3) mengetahui pengaruh penyimpanan saliva pada suhu -80°C selama tiga dan enam bulan terhadap nilai cycle threshold (Ct) dari real-time PCR yang dilakukan. Metode yang dilakukan meliputi isolasi RNA dengan QIAamp Viral RNA mini kit, kuantifikasi RNA dengan spektrofotometer, amplifikasi dengan real-time PCR, serta analisis data. Hasil real-time PCR menunjukkan bahwa gen E dan RdRp terdeteksi pada 45 dari 128 sampel dengan rentang nilai Ct 14,953—34,8509 dan rata-rata 24,98. Nilai diagnostik yang dihasilkan berupa nilai sensitivitas sebesar 87,2%, spesifisitas 95,1%, positive predictive value (PPV) 91,1%, dan negative predictive value(NPV) 92,8%. Saliva yang disimpan dalam suhu -80°C menunjukkan nilai Ct yang tidak berbeda secara signifikan setelah 3 dan 6 bulan penyimpanan. Kesimpulan penelitian adalah saliva dapat digunakan sebagai sampel alternatif dalam deteksi COVID-19 dengan metode real-time PCR dan gen deteksi E serta RdRp menggunakan sampel yang disimpan selama 3 dan 6 bulan tanpa buffer di suhu -80°C meskipun belum memenuhi kriteria standar WHO.

---

The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic occurred as a result of the rapid spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) thus requiring rapid and appropriate testing. Real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) using nasopharyngeal swab samples is the gold standard, but its invasive nature and high risk of aerosolization is a shortage of nasopharyngeal swab samples. Saliva is considered to be an alternative sample in the COVID-19 detection test because the collection process is non-invasive, has a low risk of aerosolization, and can be done without direct contact with health workers. Therefore, the aims of this study were 1) to evaluate the potential of saliva in the COVID-19 detection test using the real-time PCR method and the Envelope (E) detection gene and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) to compare the results of real-time PCR nasopharyngeal swab samples with saliva samples to obtain diagnostic value, and 3) to determine the effect of storing saliva at -80°C for three and six months on the cycle threshold (Ct) value of the real-time PCR performed. The methods used included RNA isolation with the QIAamp Viral RNA mini kit, RNA quantification with a spectrophotometer, amplification with real-time PCR, and data analysis. Real-time PCR results showed that the E and RdRp genes were detected in 45 of 128 samples with a Ct value range of 14.953-34.8509 and an average of 24.98. The resulting diagnostic value was a sensitivity value of 87.2%, a specificity of 95.1%, a positive predictive value (PPV) of 91.1%, and a negative predictive value (NPV) of 92.8%. Saliva stored at -80°C showed Ct values that were not significantly different after 3 and 6 months of storage. The conclusion of the study is that saliva can be used as an alternative sample in detecting COVID-19 with the real-time PCR method and detecting E and RdRp genes using samples stored for 3 and 6 months without buffer at -80°C even though they do not meet WHO standard criteria."

"Leptospirosis merupakan penyakit akibat infeksi bakteri Leptospira spp. patogen yang umumnya terjadi di negara tropis dan subtropis serta memiliki karakteristik berupa gejala klinis yang kurang spesifik. Vektor dari penyakit tersebut adalah tikus maupun hewan peliharaan, seperti anjing dan sapi. Microscopic agglutination test (MAT) merupakan uji baku emas leptospirosis yang telah ditetapkan WHO. Akan tetapi, uji tersebut kurang sensitif di fase awal terjadinya infeksi dan memiliki prosedur yang rumit. Konfirmasi melalui metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) dengan gen secY menggunakan darah utuh dan serum dapat dilakukan untuk pengembangan diagnosis leptospirosis. Tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi gen secY pada sampel darah utuh dan serum pada pasien terduga leptospirosis yang meliputi pasien suspek dan probable di Klaten, Jawa Tengah dengan metode RT-PCR. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk membandingkan positivity rate hasil RT-PCR sampel darah utuh dan serum dari 111 pasien terduga leptospirosis di Klaten, Jawa Tengah. Metode penelitian ini meliputi isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA dengan RT-PCR menggunakan probe dan pewarna ROX, serta analisis hasil RT-PCR. Hasil RT-PCR menunjukkan terdeteksinya gen secY pada sampel darah utuh dan serum, dengan positivity rate darah utuh sebesar 5,41% (6/111) dan serum sebesar 18,92% (21/111), sedangkan positivity rate pada pasien suspek adalah sebesar 19,51% (16/82) dan pada pasien probable sebesar 27,59% (8/29). Dengan demikian, darah utuh dan serum dapat digunakan untuk mendeteksi leptospirosis dengan RT-PCR menggunakan gen secY dengan serum sebagai sampel yang lebih sensitif dibandingkan darah utuh. Akan tetapi, perlu dilakukan upaya untuk meningkatkan kualitas metode deteksi, berupa proses ekstraksi, optimasi primer, maupun penggunaan gen pendamping. Selain itu, hasil RT-PCR tersebut juga dapat dikonfirmasi melalui analisis sekuens sebagai analisis lanjutan.

---

Leptospirosis is a disease caused by infection with pathogenic Leptospira spp. bacteria that commonly occurs in tropical and subtropical countries and has characteristics in the form of less specific clinical symptoms. The vectors of the disease are rats and domestic animals, such as dogs and cattle. Microscopic agglutination test (MAT) is the WHO gold standard test for leptospirosis. However, the test is less sensitive in the early phase of infection and has a complicated procedure. Confirmation through real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method with secY gene using whole blood and serum can be done for the development of leptospirosis diagnosis. The aim of this study is to detect secY gene in whole blood and serum samples of presumed leptospirosis patients including suspected and probable patients in Klaten, Central Java using RT-PCR method. In addition, this study also aimed to compare the positivity rate of RT-PCR results of whole blood and serum samples from 111 presumed leptospirosis patients in Klaten, Central Java. The method of this research includes DNA isolation, DNA quantification, DNA amplification by RT-PCR using ROX probes and dyes, and analysis of RT-PCR results. RT-PCR results showed the detection of secY gene in whole blood and serum samples, with a positivity rate in whole blood is 5.41% (6/111) and in serum is 18.92 (21/111), meanwhile the positivity rate in suspected patients is 19.51% (16/82) and in probable patients is 27.59% (8/29). Thus, whole blood and serum can be used to detect leptospirosis by RT-PCR using the secY gene with serum as the more sensitive sample than whole blood. However, efforts need to be made to improve the quality of the detection method, in the form of the extraction process, primer optimization, and the use of companion genes. In addition, the RT-PCR results can also be confirmed through sequence analysis as a follow-up analysis."

"Kasus Tuberkulosis (TB) ekstra-paru, yaitu infeksi akibat bakteri Mycobacterium tuberculosis (Mtb) di luar jaringan paru-paru, telah mencakup 15% dari total populasi kasus secara global. Salah satu kasus TBEP yang mendominasi, terletak pada organ gastrointestinal (TBGI). Salah satu penyebab rendahnya laju diagnosis TB ekstra-paru disebabkan oleh beberapa tantangan saat identifikasi. Konfirmasi melalui metode bakteriologis menggunakan uji molekuler quantitative polymerase chain reaction (qPCR) dapat menjadi salah satu pendekatan dalam pengembangan alat uji diagnostik pendukung yang cepat. Tujuan penelitian ini adalah melakukan deteksi gen Insertion Sequence (IS) 6110 menggunakan metode qPCR, dan mengevaluasi nilai diagnostik qPCR IS6110 sebagai biomarka dalam diagnosis TBEP. Penelitian ini menetapkan 103 sampel jaringan biopsi berdasarkan gejala klinis menyerupai TBGI. Metode penelitian terdiri dari isolasi, kuantifikasi, dan amplifikasi DNA menggunakan kit TaqMan qPCR, serta melakukan analisis uji diagnostik berupa sensitivitas, spesifisitas, Positive Predictive Value (PPV), dan Negative Predictive Value (NPV). Keseluruhan kemurnian (A260/280) DNA memiliki nilai rerata yang baik yaitu 1,931. Hasil perhitungan uji diagnostik menunjukkan nilai sensitivitas 58,33% (14/24), spesifisitas 54,43% (43/79), dengan PPV 28%, dan NPV 81%. Penetapan nilai Limit of Detection (LOD) pada TaqMan qPCR mampu mendeteksi hingga 1,4 copies/μL. Berdasarkan hasil penelitian, maka uji TaqMan qPCR dapat menjadi salah satu alat uji diagnosis pendukung pada penanganan TBGI. Akan tetapi, penelitian lebih lanjut menggunakan teknik sekuensing disarankan sebagai bentuk klarifikasi bahwa amplifikasi merupakan gen target yang diharapkan.

---

Extra-pulmonary tuberculosis (EPTB), or Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection outside of the lung tissue, accounts for 15% of all tuberculosis cases worldwide. One of the most prevalent EPTB cases is gastrointestinal TB (GITB). The difficulty in identifying EPTB is one indicator of the diagnosis, especially in GITB cases. Therefore, confirmation through bacteriological methods with quantitative molecular polymerase chain reaction (qPCR) techniques can be one approach to developing rapid diagnostic test tools. This study aimed to detect the Insertion Sequence (IS) 6110 gene using the qPCR method and to evaluate the qPCR diagnostic testing to determine its validity in detecting the IS6110 as a TBEP biomarker gene. This study determined 103 biopsy samples based on the GITB clinical inclusion criteria. The research method consisted of isolation, DNA quantification, and DNA amplification with the TaqMan qPCR kit were utilized, followed by diagnostic testing (Sensitivity, Specificity, PPV, and NPV). DNA samples' overall purity (A260/280) had a good average value of 1,931. The results showed that TaqMan qPCR had a sensitivity of 58.33% (14/24), specificity reached 54.43% (43/79), with PPV 28%, and NPV 15,38%. The Limit of Detection (LOD) value in TaqMan qPCR may detect up to 1.4 copies/reaction. Based on the findings of this study, it can be concluded that the qPCR test method can be an option in supporting diagnostic test tools in the treatment of GITB. However, further research using sequencing techniques is suggested as a form of clarification that amplification is the expected gene target."

"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.

---

Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."

"Latar belakang: Tingginya insiden penyakit rickettsial di Asia Tenggara termasuk Indonesia, memerlukan alat diagnostik yang cepat dan akurat untuk berbagai agen rickettsiosis yang termasuk dalam typhus group, spotted fever group dan scrub typhus group. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk memberikan gambaran komprehensif mengenai akurasi uji diagnostik multiplex real-time PCR untuk mendeteksi typhus group rickettsia (TGR), spotted fever group rickettsia (SFGR) dan Orientia tsutsugamushi (Scrub Typhus Group/STG), pada pasien / sampel dengan penyakit demam akut. Sumber data: Pencarian daring yang sistematis di database PubMed, EBSCOhost, Scopus, dan Google Cendekia, menggabungkan istilah pencarian ‘multipleks real-time PCR’ ,‘ typhus group’, ‘spotted fever group’, dan ‘scrub typhus’. Kriteria kelayakan penelitian: Studi klinis yang memenuhi syarat adalah studi yang meneliti reliabilitas uji multipleks real time PCR pada pasien / sampel dengan penyakit demam akut. Penilaian studi: Kualitas metodologis dari studi yang dimasukkan dinilai dengan menggunakan The Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies 2 (QUADAS-2) Hasil: Diperoleh 2 artikel penelitian dengan kualitas sedang dan 1 artikel penelitian dengan kualitas baik. Hanya satu penelitian yang melaporkan nilai akurasi diagnostik metode multiplex real – time PCR yang digunakan dengan nilai sensitivitas/spesifitas klinis 20% / 99% untuk TGR, 25%/98% untuk SFGR dan 27%/100% untuk STG (OT), dengan nilai prediksi positif/ nilai predeksi negatif sebesar 63%/ 92% untuk SFGR, 75% / 87% untuk TGR dan 100% / 88% untuk OT(STG). Sementara kedua penelitian yang lain memberikan proporsi positif masing – masing 9 dari 12 (75%) sampel klinis terkonfirmasi positif dan 11 dari 319 (3%) sampel klinis pasien demam akut. Kesimpulan / signifikansi: Nilai sensitifitas klinis uji multiplex real-time PCR untuk mendeteksi TGR, SFGR dan STG (Orientia tsutsugamushi) dari penelitian – penelitian yang diikutkan tinjauan sistematik ini masih rendah, namun memiliki spesifisitas klinis yang tinggi. Untuk ke depan, penting untuk mengembangkan uji multiplex real-time PCR dengan sensitifitas klinis yang tinggi untuk mendeteksi bakteri Rickettsia / Orientia pada fase akut sehingga pasien mendapat perawatan yang cepat dan tepat.

---

Background: The high incidence of rickettsiosis in Southeast Asia, including Indonesia, necessitates rapid and accurate diagnostic tools for a broad range of rickettsiosis agents, including typhus and spotted fever group and scrub typhus group. Objectives: This study aimed to provide a comprehensive overview of multiplex realtime PCR for detecting typhus group rickettsia (TGR), spotted fever group rickettsia (SFGR) and Orientia tsutsugamushi (Scrub Typhus Group/STG) simultaneously, in patients/samples with acute febrile illness. Data sources: A systematic computerized search conduct in PubMed, EBSCOhost, Scopus, and Google Scholar databases, combining the search term ‘multiplex real-time PCR,’ ‘spotted fever group,’ ‘typhus group,’ and ‘scrub typhus.’ Study eligibility criteria: Clinical studies that investigate the reliability multiplex real time PCR assay in patients/samples with acute febrile illness were eligible. Study appraisal and synthesis methods: The methodological quality of the included studies was assessed with the use of the The Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies 2 (QUADAS-2) checklist Results: It was obtained two moderate quality articles and one good quality article. Only one study reported diagnostic accuracy values of multiplex real-time PCR methods used with clinical sensitivity / specificity values of 20% / 99% for TGR, 25% / 98% for SFGR and 27% / 100% for STG (OT), with positive predictive value / negative predictive value of 63% / 92% for SFGR, 75% / 87% for TGR and 100% / 88% for OT (STG). While the other two studies provided a positive proportion each 9 out of 12 (75%) clinical samples were confirmed positive and 11 out of 319 (3%) clinical samples were acute fever patients. Conclusion/significance: The clinical sensitivity values of real-time multiplex PCR assay for detecting TGR, SFGR, and STG (Orientia tsutsugamushi) from studies included in this systematic review are still low but have high clinical specificity. On the forward, it is crucial to develop a multiplex real-time PCR test with high clinical sensitivity to detect Rickettsia / Orientia bacteria in the acute phase so the patients receive appropriate care."

"Leptospirosis adalah penyakit menular yang disebabkan oleh bakteri Leptospira spp. yang terjadi di seluruh dunia, termasuk Indonesia. Gejala penyakit ini mirip dengan penyakit menular lainnya, membuat diagnosis klinis sulit. Hasil diagnosis klinis didukung oleh serodiagnostik IgM MAT dan LFA, tetapi terbatas hanya pada beberapa layanan kesehatan sekunder. Serodiagnostik ini memiliki kelemahan karena kurang sensitif dan spesifik serta membutuhkan waktu analisis yang lama sehingga metode tersebut kurang tepat untuk deteksi dini leptospirosis. Salah satu metode molekuler seperti PCR dapat menjadi alternatif deteksi dini leptospirosis karena lebih akurat, sensitif dan spesifik. LipL32 dapat digunakan sebagai biomarker karena mampu mendeteksi bakteri patogen penyebab kematian. Deteksi leptospirosis melalui PCR konvensional menggunakan gen LipL32 menggunakan sampel serum darah telah banyak dilakukan di beberapa negara Asia, namun belum ada penelitian serupa di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi leptospirosis melalui metode PCR konvensional menggunakan gen LipL32 menggunakan 30 sampel serum darah pasien RSCM yang secara klinis diduga leptospirosis. Metode yang digunakan terdiri dari isolasi DNA, kuantifikasi konsentrasi dan kemurnian DNA, PCR dan elektroforesis. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 25 sampel positif leptospirosis dan setelah dibandingkan dengan MAT dan LFA IgM menunjukkan bahwa PCR konvensional memiliki sensitivitas yang lebih tinggi (83%) dibandingkan dengan MAT dan LFA IgM.Leptospirosis is an infectious disease caused by the bacteria Leptospira spp. happening all over the world, including Indonesia. Symptoms of this disease are similar to those of other infectious diseases, making clinical diagnosis difficult. Clinical diagnosis results are supported by IgM MAT and LFA serodiagnostics, but are limited to a few secondary health services. This serodiagnostic has weaknesses because it is less sensitive and specific and requires a long analysis time so that the method is not appropriate for early detection of leptospirosis. One of the molecular methods such as PCR can be an alternative for early detection of leptospirosis because it is more accurate, sensitive and specific. LipL32 can be used as a biomarker because it is able to detect pathogenic bacteria that cause death. Detection of leptospirosis through conventional PCR using the LipL32 gene using blood serum samples has been widely carried out in several Asian countries, but there has been no similar study in Indonesia. This study aims to detect leptospirosis through conventional PCR methods using the LipL32 gene using 30 samples of blood serum from RSCM patients clinically suspected of leptospirosis. The method used consisted of DNA isolation, quantification of DNA concentration and purity, PCR and electrophoresis. The results showed that there were 25 positive samples of leptospirosis and after being compared with MAT and LFA IgM showed that conventional PCR had a higher sensitivity (83%) compared to MAT and LFA IgM."

"Demam akut yang disertai gejala mirip demam Dengue nyeri kepala, nyeri sendi, ruam, perdarahan perifer seperti mimisan, ptekie adalah gejala yang paling sering dikeluhkan oleh pasien. Gejala-gejala tersebut seringkali diakibatkan infeksi arbovirus yang sangat endemik di Indonesia sebagai negara tropis. Deteksi agen penyebab infeksi tersebut sangat diperlukan untuk penatalaksanaan yang tepat. Studi ini melakukan uji optimasi untuk deteksi molekuler virus penyebab demam mirip demam Dengue, meliputi DENV, ZIKV, WNV, JEV, YFV, CHIKV, dan Hantavirus menggunakan RT PCR. Primer pada studi ini dirancang menggunakan perangkat lunak online Primer-BLAST dari NCBI dan primer-primer tersebut memenuhi kriteria untuk reaksi RT PCR. Kontrol positif pada real time RT-PCR menggunakan DNA sintetik yang dirancang sesuai dengan amplicon target virus. DNA sintetik sepanjang 1.047 pasang basa dirancang untuk digunakan pada virus ZIKV, JEV, YFV, WNV, CHIKV, dan Hantavirus. Suhu penempelan optimum pada primer-primer adalah 600C kecuali primer flavivirus universal yaitu 560C. Limit deteksi primer JEV mencapai 4.355 salinan DNA setiap reaksi real time RT PCR. Tidak terdapat reaksi silang maupun positif palsu pada sampel RNA DENV serotipe 2 maupun pada sampel orang sehat yang digunakan pada studi ini. Sebagai kesimpulan, studi ini menghasilkan primer dan protokol real time RT-PCR yang berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut untuk digunakan dalam uji diagnostik pada sampel pasien demam akut menyerupai gejala demam Dengue.

---

Acute fever with Dengue like fever symptoms headache, rash, joint pain, perifer bleeding like ptechie, rinhorrhea is general symptoms that often being complained by patient. Usually the etiology agent of the symptoms are arbovirals which are endemic in Indonesia as a tropical country. In this case, molecular detection is very important to confirm the etiology of disease for prompt and adequate management. This study optimized viral molecular detection as an etiology agent for Dengue like fever symptoms using real time RT PCR. The viruses that were investigated were DENV, ZIKV, WNV, JEV, YFV, CHIKV, and Hantavirus. Primer were designed used Primer BLAST software from NCBI. Those primers fulfilled the good primer requirements and could be used in real time RT PCR reaction. Synthetic DNA with 1.047 base pairs was designed based on amplicon target to be used as control positive for ZIKV, JEV, YFV, WNV, CHIKV, and Hantavirus. The optimal annealing temperature for all primers were at 600C except for flavivirus universal primer was at 560C. The limit of detection of JEV primer was 4355 copies DNA per reaction. Cross reactivity between all primers with DENV serotype 2 RNA and healthy person sample were not found. This study still need RNA viruses as negative or positive control and clinical sample to determine the sensitivity and specificity. As a conclusion, this study provided primers and real time RT PCR protocol that potentially be further developed as diagnostic tools for patient with Dengue like fever symptoms. "

"Streptococcus pneumoniae dapat menyebabkan terjadinya community-acquired pneumonia, meningitis, dan bakteremia pada semua golongan usia. Penelitian tentang S. pneumoniae di Indonesia masih jarang dilakukan. Uji biakan sebagai metode baku masih memiliki kendala dalam penerapan kondisi optimal untuk pertumbuhan S. pneumoniae, yaitu pada lingkungan atmosfer 5% CO2 (carbon dioxide), dan spesimen dari pasien seringkali diperoleh setelah pemberian antibiotik sehingga memberikan hasil negatif. Metode molekular saat ini lebih banyak diterapkan karena dianggap lebih sensitif, dapat menghemat waktu, dan mengurangi biaya. Gen psaA mengkode protein psaA (pneumococcal surface adhesin A) yang berperan dalam proses virulensi bakteri, dan ditemukan pada keseluruhan serotipe S. pneumoniae. Penelitian ini dilakukan untuk identifikasi gen psaA Streptococcus pneumoniae langsung dari sputum dengan metode PCR. Sebanyak 176 sputum dikutsertakan dalam penelitian ini. Hasil uji biakan berdasarkan uji optochin dan uji kelarutan dalam garam empedu menunjukkan hasil positif S. pneumoniae pada 3 sputum. Hasil uji PCR menunjukkan gen psaA positif pada 3 sputum yang juga positif pada hasil biakan (100%), sehingga diperoleh sensitivitas dan spesifisitas 100%.

---

Streptococcus pneumoniae could cause community acquired pneumoniae, meningitis and bacteremia at all age groups. In Indonesia study about S.pneumoniae is still rare. Culture method as gold standard still has some limitations in optimal condition appliance for S pneumoniae growth, which is 5% CO2 atmosphere condition, and patient specimen is often obtained after antibiotic treatment therefore gives negatve result. Molecular method nowadays is more often performed due to better sensitivity, take less time and cost effective. psaA gene codes psaA protein that roles in bacterial virulent process and can be found in all S. pneumoniae serotypes.

This study aimed to identify Streptococccus pneumoniae psaA gene straightly from sputum by PCR method. This study included 176 sputum samples, from culture results there were 3 sputum S. pneumoniae by performing optochin test and bile salt solubility test. There were 3 sputum psaA gene positive has positive from culture results (100%) therefore sensitivity and specificity are 100%."