Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kementerian Kelautan dan Perikanan Indonesia menetapkan Lutjanus boutton sebagai salah satu spesies kakap yang diprioritaskan dalam manajemen perikanan Indonesia pada tahun 2021. Akan tetapi, L. boutton tidak termasuk ke dalam daftar Lutjanus sp. yang diperjualbelikan di pasar ikan Indonesia, melainkan hanya L. rufolineatus. Penelitian bertujuan untuk mengonfirmasi keberadaan kedua spesies berdasarkan jarak genetik dan potensi hibridisasi. Total 43 sampel telah melalui tahap ekstraksi DNA, PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Analisis dilakukan dengan identifikasi, peta haplotipe, rekonstruksi pohon filogenetik, analisis sekuens, dan analisis morfometrik. Sebanyak 90,7% sekuens COI memiliki kemiripan hingga 100% dengan L rufolineatus, didukung oleh pembentukan klaster pada haplotipe, pohon filogenetik, dan analisis morfometrik PCA (principal component analysis). Analisis sekuens RAG1 menemukan ada lima situs polimorfik Y (C/T). Basa polimorfik Y di situs ke-5 yang ditemukan pada empat individu dari populasi Maluku Utara berpotensi sebagai indikasi adanya hibridisasi. Hal tersebut didukung oleh keberadaan empat dan dua individu Maluku Utara yang secara berturut-turut memiliki basa C dan basa T di situs ke-5. Meski demikian, empat individu Maluku Utara dengan potensi hibrid tidak dapat dikonfirmasi tanpa memvalidasi keberadaan L. boutton dengan galur murni sebagai parental dari hibrid generasi pertama.

---

In 2021, the Ministry of Marine and Fisheries of Indonesia considered Lutjanus boutton one of the prioritized species in Indonesia's fishery management. However, L. boutton was not included in the list of Lutjanus sp. traded in Indonesia's fish markets, but instead, L. rufolineatus. Therefore, this research aims to confirm the occurrence of both species based on genetic distance and their hybridization potential. A total of 43 samples have proceeded through DNA extraction, PCR, electrophoresis, and sequencing. The analysis includes moleculr identification, haplotype networks, phylogenetic tree reconstruction, sequence analysis, and morphometric analysis. Identification result shows that 90,7% of COI sequences have high similarity up to 100% with L. rufolineatus, supported by clustering group type in haplotype network, phylogenetic tree, and PCA. Analysis of samples RAG1 sequence shows a total of five polymorphic sites of Y (C/T) base observed. The polymorphic base Y at the 5th site that was found in four individuals from the North Maluku population has the potential to be an indication of hybridization. This is supported by the presence of four and two North Maluku individuals who respectively have base C and base T at the 5th site. However, four individuals from North Maluku with hybrid potential could not be further confirmed in this research without validating the pure breed of L. boutton as the parent of the first hybrid generation."

"Kemiripan karakter morfologi dan genetik antara Epinephelus chlorostigma dan E. areolatus sering menyebabkan kekeliruan antara kedua spesies. Hibiridisasi alami antara spesies kerapu tidak jarang terjadi dan dapat diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan genetik. Penelitian dilakukan bertujuan untuk mengidentifikasi E. chlorostigma dan E. areolatus dengan marka mitokondria Sitokrom C oksidase subunit I (COI) dan menganalisis peristiwa hibrisasi antara kedua spesies dengan marka inti Recombination activating gene 1 (RAG1). Total 19 sampel yang telah diidentifikasi berdasarkan morfologi sebagai E. chlorostigma dan E. areolatus diperoleh dari Maluku Utara, Nusa Tenggara Barat, dan Aceh. Sekuens COI sepanjang 656 bp berhasil mengidentifikasi spesies dengan kemiripan yang tinggi (98-100%) berdasarkan database NCBI dan BOLD walaupun beberapa sampel E. areolatus menunjukkan kemiripan yang tinggi terhadap sekuens E. chlorostigma dari kedua database. Jarak genetik inter-spesies berdasarkan sekuens COI teramati sebesar 0,071, cukup untuk delimitasi spesies. Rekonstruksi filogenetik COI, RAG1kedua marka berhasil memisahkan klade kedua spesies dengan konsisten dan tidak mengindikasikan terjadinya peristiwa hibridisasi. Satu posisi basa polimorfik, posisi 1120 bp, di elektroferogram menunjukkan puncak ganda pada sekuens RAG1 epanjang 1492 bp. Sekuens RAG1 E. areolatus menunjukkan variasi nukleotida sementara sekuens E. chlorostigma teramati monomorfik. Namun, peristiwa hibridisasi tidak dapat disimpulkan akibat rendahnya jumlah sampel. 

---

Morphological and genetic similarities between Epinephelus chlorostigma and Epinephelus areolatus often cause confusion between the two species. Natural hybrids among grouper species are a common occurrence and may be identified by morphological and genetic characteristics. This study aims to identify E. chlorostigma and E. areolatus samples using the mitochondrial marker Cytochrome C oxidase subunit I (COI) gene and analyze hybridization events using the nuclear marker Recombination activating gene 1 (RAG1) gene.  A total of 19 samples morphologically identified as E. chlorostigma and E. areolatus, originating from North Maluku, West Nusa Tenggara, and Aceh, were analyzed. The COI sequence of 656 bp length successfully identified all samples as respective putative species with high similarities (98–100%) based on NCBI and BOLD databases, although several E. areolatus samples showed high similarity results with E. chlorostigma sequences from both databases. The interspecific genetic distance of the COI sequence was observed to be 0,071, enough to discriminate the two species. Phylogenetic reconstruction of COIand RAG1 genes consistently divided putative species into distinct clades. Phylogenetic tree of AG1 was recovered with low bootstrap value thus hybrid assumption cannot be proven. One polymorphic base site at 1120 bp with double peaks on the electropherograms was observed out of 1,492 bp of the RAG1 gene. E. areolatus sequences showed varying nucleotides between populations, while E. chlorostigma sequences showed monomorphic nucleotides. However, due to the small sample size, hybridization events cannot be inferred."

"ABSTRAKTesis ini membahas mengenai optimasi jaringan pipa untuk distribusi gas. Nilai investasi yang terkecil merupakan tujuan dari optimasi. Hal ini dapat diperoleh dengan menggunakan diameter pipa yang paling sesuai untuk jaringan pipa dengan total cost yang paling rendah. Algoritma genetik merupakan salah satu metode yang dapat digunakan untuk melakukan optimasi.

---

Abstract

This thesis discusses the optimization of gas pipelines for distribution. The smallest investment value is the purpose of optimization. This can be obtained by using the most appropriate pipe diameter for the pipeline network and with the total lowest cost. Genetic algorithms are one of the methods that can be used to perform optimization."

"ABSTRAKDunia teknologi animasi dewasa ini telah berkembang dengan cukup pesat. Hal tersebut dapat dilihat pada berbagai macam film pada layar televisi dan layar lebar, maupun pada berbagai macam media lain, seperti permainan/games, dan lain-lain. Salah satu permasalahan dalam dunia animasi adalah kebutuhan akan gerakan animasi yang sehalus mungkin dan semirip mungkin dengan gerakan aslinya. Kebutuhan akan hal ini terjawab dengan menggunakan sebuah teknologi yang dapat diterapkan pada dunia animasi 3 demensi, yaitu teknologi motion capfure. Contoh dari hasil penggunaan teknologi ini dapat dilihat pada permainan FIFA 2000, film Starship Troopers, dan lain-lain.Jenis-jenis teknik motion capture yang ada saat ini berbeda-beda, diantaranya adalah magnetic motion caprure, optical motion capture, dan lain-lain. Tiap-tiap jenis motion capture tersebut memiliki cara yang berbeda-beda untuk mencapai tujuannya. Diantara sekian banyak metode tersebut, terdapat sebuah metode motion capture yang menggunakan sistem optik, dengan menggunakan marker berwarna. Metode ini memerlukan beberapa buah kamera dan marker, sebuah komputer dan Sebuah software. Tulisan ini membahas satu-persatu hal-hal di atas, dan menyertai sebuah perangkat lunak (Mation Capture Eyes) yang telah dibuat, beserta simulasinya.

---

"

"Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis bentuk, ukuran, dan kelimpahan mikroplastik pada insang dan saluran pencernaan ikan kakap merah Lutjanus argentimaculatus di tambak Desa Muara, Tangerang, Banten. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara dipancing, sebanyak 10 ekor dengan ukuran sekitar 25,76 cm. Insang ikan kakap merah dipotong sebesar 1 cm². Isi lambung dan isi usus dikeluarkan lalu dilarutkan dengan 30 ml akuades. Dinding lambung dan dinding usus yang telah kosong dipotong sebesar 1 cm². Pengamatan dilakukan di bawah mikroskop cahaya dengan aplikasi IndoMicroView 3.7. Hasil penelitian menunjukkan bentuk mikroplastik yang paling dominan adalah fiber. Kisaran mikroplastik yang ditemukan memiliki ukuran 25—4200 µm. Kelimpahan mikroplastik pada ikan kakap smerah tambak Desa Muara sebanyak 121,19 ± 35,32 partikel ind^-1 pada insang, 792 ± 344,79 partikel ind^-1 pada isi lambung, 105, 77 ± 34,12 partikel ind^-1 pada dinding lambung, 1096 ± 284,34 partikel ind^-1 pada isi usus, dan 146,67 ± 60,34 partikel ind^-1 pada dinding usus. Mikroplastik pada setiap lapisan insang memiliki perbedaan rata-rata. Jumlah mikroplastik yang terdapat pada isi dan dinding memiliki kelimpahan yang berbeda signifikan. Jumlah mikroplastik yang terdapat pada isi lambung dan isi usus berbeda signifikan. Jumlah mikroplastik yang terdapat pada dinding lambung dan dinding usus tidak berbeda signifikan.

---

The purpose of this research is to analyze the types, sizes, and quantities of microplastic in the gills and digestive system of the Lutjanus argentimaculatus in Muara Village pond. A total of 10 red snapper samples with sizes approximately 25,76 cm. The gills were cut to 1 cm² size. The stomach’s content and intestine’s content were then dissolved in 30 ml aquades. The empty stomach and intestine wall were cut to 1 cm² size. The samples were then observed under a light microscope and using the IndoMicroView 3.7. application. The most abundant microplastic type is fiber. The size of the microplastics are between 25-4200 µm. The abundance of microplastic is approximately 21,19 ± 35,32 ind-1 particle in the gills, 792 ± 344,79 ind-1 particles in the stomach content, 105, 77 ± 34,12 particles in the stomach wall, 1096 ± 284,34 particles in the intestine content, and 146,67 ± 60,34 particles in the intestine wall. The microplastics in every gill wall have different averages. Microplastics abundance in the content and the wall have a difference. Microplastics abundance in the content of the stomach and the intestine are different. The number of microplastics in the stomach and intestine wall is not different."

"Ikan kakap merah (Lutjanus gibbus dan Lutjanus erythropterus ) merupakan ikan target tangkapan rawai dasar di Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Labuan Pandeglang Banten. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi tentang aspek biologi, aspek perikanan dan pengelolaannya bagi nelayan di Labuan Pandeglang. Metode penelitian yang digunakan adalah observasi dan wawancara. Ikan kakap merah Lutjanus gibbus sebanyak 65 ekor dan Lutjanus erythropterus sebanyak 60 ekor yang digunakan sebagai bahan penelitian. Panjang total ikan Lutjanus gibbus berkisar antara 225 - 287 mm (rata-rata 299,58 mm) dengan berat berkisar antara 319 - 789 g (rata-rata 405,92 g), Ikan Lutjanus erythropterus panjang total berkisar antara 240 - 570 mm (rata-rata 364,28 mm) dengan berat berkisar antara 220 - 3.128 g (rata-rata 894,72 g). Hubungan panjang total dan berat Lutjanus gibbus bersifat allometrik negatif dan Lutjanus erythropterus bersifat isometrik. Gonad ikan betina Lutjanus gibbus dan Lutjanus erythropterus masih tergolong Tingkat Kematangan Gonad III sehingga belum dapat dihitung jumlah telurnya. Ukuran panjang pertama kali tertangkap Lutjanus gibbus 294,6 mm dan Lutjanus erythropterus 354,02 mm. Berasarkan hal tersebut ternyata kedua jenis ikan kakap telah mengalami pemijahan. Lutjanus gibbus dan Lutjanus erythropterus tergolong ikan karnivora. Berdasarkan data produksi bulanan ikan kakap yang didaratkan di Labuan, Pandeglang, musim penangkapannya terjadi pada periode Triwulan I dan Triwulan II. Pengelolaan perikanan ikan kakap pada waktu musim pemijahan jumlah alat tangkap dan frekuensi penangkapan perlu dikurangi dan memperluas daerah penangkapannya.

---

Red snapper (Lutjanus gibbus and Lutjanus erythropterus) are the target which are bottom of longline. This study aimed to obtain information for fishermen in Labuan Pandeglang aspects of biology, fisheries and management. The research method used observation, measuring fish, surgery, sample analysis, and interviews. Specimen of red snapper Lutjanus gibbus are 65 individual and Lutjanus erythropterus are 60 individual. The results of measurements of the total length of the fish Lutjanus gibbus ranged between 225-287 mm with an average of 299.58 mm and weighing between 319-789 g with an average of 405.92 g and fish Lutjanus erythropterus ranged between 240-570 mm with an average the average 364.28 mm and weighing between 220-3128 g with an average of 894.72 g. Calculation of total length and weight relationship Lutjanus gibbus is negative allometrik and Lutjanus erythropterus isometric. Female fish gonads Lutjanus gibbus and Lutjanus erythropterus still relatively Gonad Maturity stage III and therefore has not counted the number of eggs. Length first caught Lutjanus gibbus on the size 294.6 mm and 354.02 mm Lutjanus erythropterus in size. Of that size that both types of snapper spawning has experienced. Both are classified as type snapper carnivorous fish. From the monthly production data snapper landed in Labuan, Pandeglang, the arrest took place during the first quarter and second quarter. For snapper fishery management during spawning season gear number and frequency of arrest should be reduced and expanded his arrest."

"Tol Laut adalah program pemerintah yang bertujuan menjadikan Indonesia sebagai poros maritim dunia, dengan cara meningkatkan kapasitas ekonomi nasional dan menurunkan disparitas ekonomi antar daerah. Mulai 2021 pembuatan jaringan berdasarkan hub and spoke mulai dilakukan oleh pemerintah dengan tujuan mengurangi biaya total dengan memanfaatkan economies of scale. Penelitian ini dilakukan untuk membuat design jaringan yang optimal dalam segi total biaya pengiriman dengan memanfaatkan genetika algoritma, pada penilitian ini terdapat dua kasus yang dinyatakan dalam bentuk model hub and spoke yaitu model tipe single allocation model dan model dengan hub tier satu dan hub tier dua. Pada kedua model tersebut dilakukan perhitungan dimana dipertimbangkan faktor diskon dengan yang tidak, kemudian perbandingan hasil biaya pelayaran dari kedua kasus tersebut dilakukan. Hasil penelitian ini memberikan desain jaringan dengan biaya pengiriman terminimum pada kedua kasus.

---

The Sea Highway is a government program that aims to make Indonesia the world's maritime axis, by increasing national economic capacity and reducing economic disparities between regions. Starting in 2021, the government will start making networks based on hub and spokes with the aim of reducing total costs by taking advantage of economies of scale. This research was conducted to create an optimal network design in terms of total shipping costs by utilizing genetic algorithms, in this study there are two cases expressed in the form of a hub and spoke model, namely the single allocation model and the model with tier one hub and tier two hub. In both models, a calculation is carried out with and without the discount factor, then the results of the shipping costs from the two cases are compared. The results of this study provide a network design with the minimum shipping cost for both cases."

"Bacopa sp. merupakan genus tanaman air yang umumnya digunakan sebagai tanaman hias akuarium. Sekitar 60 spesies Bacopa tersebar di seluruh dunia. Namun, data molekuler dan analisis filogenetik terhadap spesies-spesies tersebut masih sangat terbatas. Studi ini dilakukan untuk mengidentifikasi tujuh spesies Bacopa menggunakan penanda molekuler dan mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies melalui nilai jarak genetik. Sebanyak tujuh spesies Bacopa diamati secara morfologi dan diidentifikasi secara molekuler menggunakan sekuens rbcL melalui metode DNA Barcoding dan RAPD marker. Hasil amplifikasi DNA Bacopa sp. divisualisasikan pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,5% (rbcL) dan 2% (RAPD marker). Data yang didapatkan kemudian diolah menggunakan aplikasi MEGA (rbcL) dan NTSys (RAPD marker) untuk diketahui hubungan kekerabatannya. Amplifikasi tujuh spesies Bacopa sp. menggunakan rbcL menghasilkan tujuh amplikon yang berukuran sekitar 600 bp. Selain itu, amplifikasi menggunakan delapan primer RAPD juga berhasil dilakukan pada lima spesies Bacopa sp. dan menunjukkan tingkat polimorfisme sebesar 100%. Bacopa rotundifolia dan B. myriophylloides tidak berhasil diamplifikasi oleh delapan primer RAPD karena ketidakcocokan cetakan DNA dengan primer. Analisis filogenetik berdasarkan sekuens rbcL menggunakan metode UPGMA menunjukkan bahwa tujuh spesies Bacopa memiliki rentang jarak genetik 0,000—0,024, sedangkan berdasarkan RAPD, tujuh spesies Bacopa memiliki rentang jarak genetik 0,000—0,625. Identifikasi menggunakan sekuens rbcL lebih dianjurkan karena hasil RAPD sulit untuk diinterpretasikan dan dapat menimbulkan salah tafsir.

---

Bacopa sp. is a genus of aquatic plants commonly used as aquarium ornamental plants. About 60 species of Bacopa are distributed throughout the world. However, data on molecular identification and phylogenetic analysis of this species are still limited. This study was conducted to identify seven species of Bacopa using molecular markers and determine the relationship among species through the value of genetic distance. A total of seven species of Bacopa were observed morphologically and identified molecularly using rbcL sequences through DNA barcoding and RAPD marker methods. The results of Bacopa DNA amplification were visualized on agarose gel with a concentration of 1.5% (rbcL) and 2% (RAPD marker). The data obtained then processed using the MEGA (rbcL) and NTSys (RAPD marker) applications to determine the relationship among them. Amplification of seven species Bacopa sp. using rbcL resulted in an amplicon measuring about 600 bp. In addition, amplification using eight RAPD primers was also successfully carried out on five species of Bacopa and showed a polymorphism rate of 100%. Bacopa rotundifolia and B. myriophylloides were not successfully amplified by eight RAPD primers due to a mismatch of DNA templates with primers. Phylogenetic analysis based on rbcL sequences using the UPGMA method showed that seven Bacopa species had a genetic distance range of 0.000-0.024, while based on RAPD, seven Bacopa species had a genetic distance range of 0.000-0.625. Identification using the rbcL sequence is recommended because RAPD results are difficult to interpret and can lead to misinterpretation."

"Latar Belakang: Stromal Cell-Derived Factor-1 SDF-1 mengkode protein SDF-1 yang berperan dalam angiogenesis dan metastasis sel kanker. Polimorfisme genetik SDF-1 G801A telah dilaporkan memiliki hubungan dengan kanker kepala leher KKL. Tujuan: Mendeteksi polimorfisme genetik SDF-1 G801A pada penderita KKL dan individu sehat populasi Indonesia. Metode: Sampel DNA tersimpan dari 50 penderita KKL dan 50 individu sehat dianalisis dengan metode PCR-RFLP dengan menggunakan enzim restriksi HpaII serta divisualisasi dengan elektroforesis. Hasil: Polimorfisme genetik SDF-1 G801A terdeteksi sebesar 54 pada kelompok penderita KKL dan 74 pada kelompok individu sehat. Simpulan: Polimorfisme genetik SDF-1 G801A terdeteksi pada penderita KKL dan individu sehat populasi Indonesia.

---

Introduction: Stromal Cell Derived Factor 1 SDF 1 gene encodes SDF 1 protein which plays roles in angiogenesis and metastasis of cancer cell. SDF 1 G801A genetic polymorphism has been reported to have an association with head and neck cancer HNC.

Aims: To detect SDF 1 G801A genetic polymorphism in HNC patients and healthy subjects of Indonesian population.

Methods: Stored DNA samples extracted from blood of 50 HNC patients and 50 healthy subjects were analyzed with PCR RFLP method using HpaII restriction enzyme and visualized by electrophoresis.

Results: There were 54 and 74 SDF 1 G801A genetic polymorphisms detected in HNC samples and healthy subject samples.

Conclusion: SDF 1 G801A genetic polymorphism was detected in HNC patients and healthy subject of Indonesian population."