Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pendeteksian topik merupakan suatu proses pengidentifikasian suatu tema sentral yang ada dalam kumpulan dokumen yang luas dan tidak terorganisir. Hal ini merupakan hal sederhana yang bisa dilakukan secara manual jika data yang ada hanya sedikit. Untuk data yang banyak dibutuhkan pengolahan yang tepat agar representasi topik dari setiap dokumen didapat dengan cepat dan akurat sehingga machine learning diperlukan. BERTopic adalah metode pemodelan topik yang memanfaatkan teknik clustering dengan menggunakan model pre-trained Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) untuk melakukan representasi teks dan Class based Term Frequency Invers Document Frequency (c-TF-IDF) untuk ekstraksi topik. Metode clustering yang digunakan pada penelitian ini adalah metode ­K-Means, Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (DBSCAN), dan Hierarchical Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (HDBSCAN). BERT dipilih sebagai metode representasi teks pada penelitian ini karena BERT merepresentasikan suatu kalimat berdasarkan sequence-of-word dan telah memperhatikan aspek kontekstual kata tersebut dalam kalimat. Hasil representasi teks merupakan vektor numerik dengan dimensi yang besar sehingga perlu dilakukan reduksi dimensi menggunakan Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) sebelum clustering dilakukan. Model BERTopic dengan tiga metode clustering ini akan dianalisis kinerjanya berdasarkan matrik nilai coherence, diversity, dan quality score. Nilai quality score merupakan perkalian dari nilai coherence dengan nilai diversity. Hasil simulasi yang didapat adalah model BERTopic menggunakan metode clustering K-Means lebih unggul 2 dari 3 dataset untuk nilai quality score dari kedua metode clustering yang ada.

---

Topic detection is the process of identifying a central theme in a large, unorganized collection of documents. This is a simple thing that can be done manually if there is only a small amount of data. For large amounts of data, proper processing is needed to represent the topic of each document quickly and accurately, so machine learning is required. BERTopic is a topic modeling method that utilizes clustering techniques by using pre-trained Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models to perform text representation and Class based Term Frequency Inverse Document Frequency (c-TF-IDF) for topic extraction. The clustering methods used in this research are the K-Means, Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (DBSCAN), and Hierarchical Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (HDBSCAN). BERT was chosen as the text representation method in this research because BERT represents a sentence based on sequence-of-words and has considered the contextual aspects of the word in the sentence. The result of text representation is a numeric vector with large dimensions, so it is necessary to reduce the dimensions using Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) before clustering is done. The BERTopic model with three clustering methods will be analyzed for performance based on the matrix of coherence, diversity, and quality score values. The quality score value is the multiplication of the coherence value with the diversity value. The simulation results obtained are the BERTopic model using K-Means clustering method is superior to 2 of the 3 datasets for the quality score value of the two existing clustering methods."

"Masyarakat Indonesia sangat sering menggunakan media sosial twitter dan sekarang lebih dikenal dengan X untuk berbagi foto, video atau membuat tweet tentang topic yang sedang trend. Namun tidak banyak dari masyarakat Indonesia yang memanfaatkan trending topic ini untuk membuat konten dalam memasarkan produk barunya. Pada penelitian ini telah dilakukan pengelompokkan trending topic dengan menggunakan 3 algoritma clustering yaitu K-Means, DBScan dan LDA dengan menggunakan 2 kondisi yaitu Menggunakan Kata Kunci dan Tanpa Menggnakan kata Kunci, untuk kategori cluster telah ditentukan yaitu Cluster Politik, Cluster Ekonomi dan Cluster Pendidikan. Hasil penelitian ini adalah K-Means dengan menggunakan kata kunci lebih baik dari pada semuanya yaitu dengan nilai validitas 0,5810 sedangkan diposisi kedua yang termasuk baik adalah DBScan menggunakan kata kunci dengan nilai validitas 0,4656. Oleh karena itu karena hasilnya masih dalam tingkatan 2 yaitu struktur cluster masih dalam kategori baik, maka peneliti melakukan kombinasi antara K-Means dan DBScan dengan menggunakan kata kunci. Dan hasilnya struktur yang terbentuk masuk dalam tingkatan 1 yaitu dalam kategori kuat, nilai validitas yang dihasilkan yaitu 0,7864, sehingga antar trending topic dalam masing-masing cluster memiliki keterkaitan.

---

Indonesians very often use social media twitter and now better known as X to share photos, videos or make tweets about trending topics. However, not many Indonesians utilize this trending topic to create content to market their new products. In this study, clustering of trending topics has been carried out using 3 clustering algorithms namely K-Means, DBScan and LDA using 2 conditions namely Using Keywords and Without Using Keywords, for cluster categories have been determined namely Political Cluster, Economic Cluster and Education Cluster. The results of this study are K-Means using keywords is better than all of them with a validity value of 0.5810 while in second place which is good is DBScan using keywords with a validity value of 0.4656. Therefore, because the results are still in level 2, namely the cluster structure is still in the good category, the researchers conducted a combination of K-Means and DBScan using keywords. And the result is that the structure formed is in level 1, which is in the strong category, the resulting validity value is 0.7864, so that between trending topics in each cluster have a relationship."

"Berdasarkan data WHO pada pertengahan Juli 2021 lebih dari 185,2 juta orang di seluruh dunia terinfeksi virus corona atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Virus ini menyerang penapasan manusia yang dapat mengakibatkan infeksi paru-paru pada manusia dan bahkan dapat menyebabkan kematian. Tercatat bahwa lebih dari 4 juta orang di seluruh dunia meninggal akibat terinfeksi virus corona. Di Indonesia sendiri pada pertengahan Juli 2021 tercatat lebih dari 2,4 juta orang ternfeksi virus corona dan lebih dari 65,4 ribu orang meninggal akibat terinfeksi virus corona. Berdasarkan data tersebut, perlu dilakukan analisis kekerabatan virus SARS-CoV-2 untuk mengurangi penyebaran dan memberikan batasan sosial dari negara satu dengan negara lainnya. Identifikasi kekerabatan dari virus covid-19 dan penyebarannya dapat dilakukan dengan cara pembentukan pohon filogenetik dan clustering. Pada penelitian ini pohon filogenetik akan dibangun berdasarkan metode Hierarchical Clustering dengan menggunakan metode Multiple Encoding Vector dan K-Mer berdasarkan translasi DNA kodon menjadi asam amino. Jarak Euclidean akan digunakan untuk menentukan matriks jarak. Penelitian ini selanjutnya menggunakan metode K- Means Clustering untuk melihat penyebarannya, dimana nilai k ditentukan dari jumlah centroid yang dihasilkan dari metode Hierarchical Clustering. Penelitian ini mengambil sampel barisan DNA SARS-CoV-2 dari beberapa negara yang tertular. Dari hasil simulasi, nenek moyang SARS-CoV-2 berasal dari China. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa leluhur covid-19 yang paling dekat dengan Indonesia berasal dari India, Australia dan Spanyol. Selain itu dari hasil simulasi dihasilkan bahwa barisan DNA SARS-CoV-2 terdiri dari 9 cluster dan cluster keenam adalah kelompok yang memiliki anggota paling banyak. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa metode ini sangat opitimal dalam pengelompokan data dengan nilai 97.4%.

---

Based on WHO data in middle of July 2021, Coronavirus or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is infecting more than 185.2 million people worldwide. The virus attacks human breathing, which can cause lung infections and can even cause death. More than 4 million people worldwide have died due to being infected with the coronavirus. In Indonesia alone, in mid-July 2021, there were more than 2.4 million people infected with the corona virus and more than 65.4 thousand people died from being infected with the corona virus. Based on those covid-19 survivor data, it is necessary to carry out a kinship analysis of the coronavirus to reduce its spreading. Identification of the kinship of the covid- 19 virus and its spread can be done by forming a phylogenetic tree and clustering. This study uses the Multiple Encoding Vector method and K-mer based on translation DNA codon to amino acid in analyzing sequences and Euclidean Distance to determine the distance matrix. This research will then use the Hierarchical Clustering method to determine the number of initial centroids and cluster, which will be used later by the K-Means Clustering method kinship in SARS-CoV-2 DNA sequence. This study took samples of DNA sequences of SARS-CoV-2 from several infected countries. From the simulation results, the ancestors of SARS-CoV-2 came from China. The results of the analysis also show that the closest ancestors of covid-19 to Indonesia came from India, Australia and Spain. In addition, the ancestors of SARS-CoV-2 came from China. The SARS- CoV-2 DNA sequence is also consisted of 9 clusters, and the sixth cluster is the group that has the most members. The results also show that this method is very optimal in a grouping of data with a value of 97.4%."

"Karet merupakan salah satu komoditas penyumbang Produk Domestik Bruto (PDB) terbesar Indonesia. Indonesia merupakan negara dengan lahan karet terluas di dunia. Namun hasil karet yang diproduksi oleh Indonesia masih kalah dibanding Thailand. Hal tersebut disebabkan oleh pemberian pupuk, pestisida, dan perlindungan tanaman yang masih belum maksimal. Untuk perlindungan tanaman karet, di Indonesia biasanya dilakukan melalui penelitian daun karet. Akan tetapi, hal tersebut sangatlah tidak efisien dibanding dengan luas lahan yang ada. Sehingga diperlukan suatu metode yang lebih efisien untuk mendeteksi penyakit pada tanaman karet. Pada penelitian ini, penulis merancang suatu metode pendeteksian dini pengendalian penyakit tanaman karet menggunakan metode k-means clustering dan spectral clustering menggunakan citra digital yang diambil menggunakan drone. Melalui penelitian ini, diharapkan produksi tanaman karet dapat ditingkatkan dikarenakan proses pengendalian penyakit yang lebih efisien. Dengan penelitian ini, lahan karet sehat dan bergejala penyakit dapat dikelompokkan ke masing-masing klaster. Untuk selanjutnya, untuk lahan karet bergejala penyakit dapat dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mengetahui jenis penyakit dan level penyakit yang dialami. Pendeteksian penyakit tanaman karet pada penelitian ini memiliki hasil 0,702 untuk k-means clustering dan 0,566 untuk spectral clustering dengan metode evaluasi silhouette score. Hal tersebut dikarenakan data citra yang masih sangat terbatas baik dalam jumlah maupun teknik pengambilan gambar. Namun untuk evaluasi menggunakan mean dan standard deviation, Spectral Clustering dengan perspective transform memiliki hasil yang lebih baik. Metode Spectral Clustering dengan data yang telah dilakukan perspective transform mampu mengklaster lahan karet yang hijau dan agak menguning.

---

Rubber is one of the largest contributors to Indonesia's Gross Domestic Product (GDP). Indonesia is a country with the largest rubber plantation in the world. However, the rubber produced by Indonesia is still inferior to Thailand. This is caused by the provision of fertilizers, pesticides, and plant protection that is still not optimal. For the protection of rubber plants, in Indonesia it is usually done through rubber leaf research. However, this is very inefficient compared to the existing land area. So we need a more efficient method to detect diseases in rubber plants. In this study, the authors designed a method for early detection of rubber plant disease control using the k-means clustering method and spectral clustering using digital images taken using drones. Through this research, it is hoped that the production of rubber plants can be increased due to a more efficient disease control process. With this research, healthy rubber fields and disease symptoms can be grouped into each cluster. Henceforth, for rubber fields with disease symptoms, further research can be carried out to determine the type of disease and the level of disease experienced. The detection of rubber plant diseases in this study had satisfactory results, namely  for k-means clustering and  for spectral clustering. This is because the image data is still very limited both in number and technique of taking pictures. However, for evaluation using the mean and standard deviation, Spectral Clustering with perspective transform has better results. The Spectral Clustering method with data that has been carried out with perspective transform is better able to cluster green and slightly yellow rubber land."

"This book addresses these challenges and makes novel contributions in establishing theoretical frameworks for K-means distances and K-means based consensus clustering, identifying the "dangerous" uniform effect and zero-value dilemma of K-means, adapting right measures for cluster validity, and integrating K-means with SVMs for rare class analysis. This book not only enriches the clustering and optimization theories, but also provides good guidance for the practical use of K-means, especially for important tasks such as network intrusion detection and credit fraud prediction. The thesis on which this book is based has won the "2010 National Excellent Doctoral Dissertation Award", the highest honor for not more than 100 PhD theses per year in China."

"Pengelompokan atau clustering adalah pengelompokan objek-objek yang dilakukan atas dasar kesamaan atau jarak (perbedaan) di mana tidak ada asumsi yang dibuat mengenai banyaknya cluster atau struktur cluster. Salah satu metode yang banyak digunakan dalam penyelesaian masalah clustering adalah algoritme K-Means. Pada algoritme ini, suatu objek yang telah menjadi anggota cluster tertentu, tidak bisa menjadi anggota cluster yang lainnya. Metode ini dikenal sebagai hard clustering. Pendekatan lain dalam melakukan pengelompokan didasarkan pada teori himpunan fuzzy yang dikenal dengan pengelompokan fuzzy. Teori himpunan fuzzy memiliki nilai kekaburan antara salah atau benar. Jadi, dalam melakukan pengelompokan, setiap objek memiliki peluang menjadi anggota pada setiap cluster. Salah satu metode pengelompokan fuzzy adalah Fuzzy C-Means (FCM). Pada tugas akhir ini, metode K-Means dan FCM digunakan untuk mengelompokkan nagari-nagari di Kabupaten Agam. Nagari-nagari di Kabupaten Agam dikelompokan berdasarkan indikator pembangunan keluarga yang berasal dari Laporan Pendataan Keluarga tahun 2015 yang bersumber dari BKKBN (Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional). Pada penelitian ini diperoleh empat cluster hasil dari indeks xie and beni. Jumlah anggota setiap cluster hasil dari algoritme K-Means adalah 32, 28, 11 dan 11. Sedangkan jumlah anggota setiap cluster hasil dari algoritme Fuzzy C-Means adalah 31, 18, 21, dan 12. Perbedaan jumlah anggota cluster yang dihasilkan algoritme K-Means dan Fuzzy C-Means adalah 14.29%. Karena rasio simpangan baku dalam dan antar cluster pada algoritme K-Means memberikan nilai yang lebih kecil dibandingkan algoritme Fuzzy C-Means maka algoritme K-Means memberikan hasil yang lebih baik dari pada algoritme Fuzzy C-Means dalam pengelompokan nagari-nagari di Kabupaten Agam.

---

Grouping or clustering is a method to group objects that are carried out on the basis of similarity or distance (difference) where no assumptions are made regarding the number of clusters or cluster structures. One method that is widely used in solving clustering problems is the K-Means algorithm. In this algorithm, if an object has become a member of a particular cluster, then it cannot become a member of another cluster. This method is known as hard clustering. Another approach to grouping is based on fuzzy set theory, known as fuzzy grouping. Fuzzy set theory has a blurring value between right or wrong. So, in grouping process, each object has the opportunity to become a member in each cluster. One of the fuzzy grouping methods is Fuzzy C-Means. In this study, the two methods, K-Means and Fuzzy C-Means, are used to group nagari-nagari in Agam District. Nagari is equivalent to villages in other provinces in Indonesia. The nagari grouping in Kabupaten Agam is based on family development indicators derived from the 2015 Family Data Collection Report sourced from BKKBN (Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional). In this study four clusters were obtained based on xie and beni’s index. The numbers of members of each cluster as the result of the K-Means algorithm are 32, 28, 11 and 11. While the numbers of members of each cluster as the result of the Fuzzy C-Means algorithm are 31, 18, 21, and 12. The different cluster members produced by the K-Means and Fuzzy algorithms C-Means is 14.29%. Because the standard deviation ratio within and between clusters in the K-Means algorithm gives a smaller value than the Fuzzy C-Means algorithm, the K-Means algorithm gives better results than the Fuzzy C-Means algorithm on the nagari grouping in Agam District."

"Pertimbangan finansial menjadi salah satu penentu utama apakah seseorang akan melanjutkanpendidikan ke tingkat yang lebih tinggi atau tidak, sehingga diperlukan beasiswa untukmembantu mahasiswa dalam menempuh pendidikan tinggi, terutama hingga tingkat doktor.Besar biaya yang dikeluarkan oleh lembaga penyedia beasiswa kepada penerima beasiswatentunya diharapkan sepadan dengan kualitas ilmu yang diperoleh. Oleh karena itu, penelitianini bertujuan untuk membahas analisis pengelompokan universitas terbaik dunia berdasarkankomponen biaya pendidikan program doktor dengan metode K-Means. Universitas padapenelitian ini diambil dari QS World University Rangkings (WUR) 2022. Analisis eksploratoridata dilakukan dan diperoleh bahwa terdapat 83 dari 472 universitas di dunia memberi bantuandana penuh untuk studi program doktor. Nilai Silhouette sebesar 0,72 menunjukkan bahwa tigamerupakan jumlah kelompok yang optimal bagi data. Sehingga terbentuk kelompok Asebanyak 328 universitas, kelompok B sebanyak 108 universitas, dan kelompok C sebanyak36 universitas. Kelompok A terdiri dari universitas dengan SPP dan biaya hidup per bulanrelatif rendah, kelompok B sedang, dan kelompok C tinggi. Untuk biaya transportasi udara,kelompok B cenderung rendah, sedangkan kelompok A dan C relatif serupa dan lebih mahaldari kelompok B. Sementara untuk biaya visa, kelompok A cenderung lebih murah, sedangkankelompok B dan C cenderung serupa dengan biaya lebih mahal. Berdasarkan analisis ini,penulis memberikan saran universitas yang bisa dipertimbangkan lembaga pemberi beasiswasebagai perguruan tinggi tujuan.

---

Financial concern has been one of the main reasons why an individual wants to pursue higher

education. That is why scholarship is needed to help students earn an education, especially until

doctoral degree. The amount of money spent by institution who give scholarship must be

equivalent with the quality of knowledge an awardee got. This study aims to do clustering

analysis of the world’s top universities based on tuition fee components for doctoral program

using K-Means method. The object of this study are universities based on QS World University

Rankings 2022. Exploratory data analysis is done and found that there are 83 out of 472

universities in the world who give fully funded program for doctoral study. Based on the

silhouette value of 0.72, three is the best number of clusters for the data. Group A, B, C consists

of 328, 108, and 36 universities in respective order. Group A consists of universities who have

chepear tuition fee and monthly living cost compared to Group B dan C. However, Group B

consists of universities who have cheaper transportation, meanwhile Group A and C are quiet

similar. For visa, Group A is cheaper compared to Group B and C which are similar. Based on

the results, recommendations are given to the institution who provide scholarship about the

objective university for doctoral study."

"Spektrum frekuensi radio sebagai sumber alam yang sifatnya terbatas dan dimanfaatkan oleh pemerintah maupun masyarakat, memerlukan pengaturan yang cermat dalam penggunaannya. Pemanfaatan frekuensi radio untuk keperluan komersial, non komersial, sosial maupun keperluan militer (keamanan) dengan bermacam-macam jenis jasa (service) yang memungkinkan. Dengan berkembangnya teknologi sistem telekomunikasi yang menggunakan frekuensi radio, maka diperlukan pola pengaturan dan pentarifan yang lebih sesuai, adil dan bermanfaat baik bagi operator maupun masyarakat, disamping dapat meningkatkan pendapatan negara dan pemanfaatan frekuensi. Zona merupakan salah satu indikator dalam penghitungan tarif BHP ISR. Berdasarkan Peraturan Menteri Komunikasi dan Informatika nomor 7 tahun 2021 tentang penggunaan spektrum frekuensi radio, penetapan wilayah dalam zona penarifan ISR ditinjau paling sedikit 1 (satu) kali dalam 5 (lima) tahun dengan mempertimbangkan aspek ekonomi suatu wilayah. Seiring bertambahnya waktu, wilayah kabupaten/kota mengalami perubahan baik pemekaran wilayah layanan ataupun pengembangan wilayah berpengaruh pada perubahan profil ekonomi suatu wilayah kabupaten/kota, sehingga perlu dilakukan evaluasi untuk melakukan pembaruan Zona Penarifan ISR. Evaluasi zona penarifan ISR dilakukan berbasiskan pada metode K-Mean Clustering dengan menggunakan 40 cluster sebagai acuan centroid awal dengan hasil akhir 5 zona. Metode tersebut berdasarkan analisis terhadap potensi ekonomi suatu wilayah yang direfleksikan melalui Produk Domestik Bruto (PDRB) sebagai demand dan pemanfaatan layanan telekomunikasi yang direfleksikan melalui trafik sebagai supply. Hasil evaluasi zona ISR dari penelitian ini adalah opsi pertama, zona 1 sejumlah 92 kota/kabupaten, zona 2 sejumlah 132 kota/kabupaten, zona 3 sejumlah 141 kota/kabupaten, zona 4 sejumlah 105 kota/kabupaten, dan zona 5 sejumlah 44 kota/kabupaten. Sedangkan opsi 2, zona 1 sejumlah 5 kota/kabupaten, zona 2 sejumlah 11 kota/kabupaten, zona 3 sejumlah 29 kota/kabupaten, zona 4 sejumlah 101 kota/kabupaten, dan zona 5 sejumlah 368 kota/kabupaten. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan gambaran metode penyesuaian zona ISR berdasarkan kondisi ekonomi dan teknologi suatu wilayah untuk pembangunan dalam mendorong tranformasi digital Indonesia.

---

The radio frequency spectrum, as a natural resource that is limited and utilized by both the government and the public, requires careful regulation in its use. The utilization of radio frequency for commercial, non-commercial, social, and military (security) purposes allows for various types of services. With the development of telecommunication system technology that uses radio frequency, there is a need for a more appropriate, fair, and beneficial regulatory and tariff pattern for both operators and the public, in addition to increasing state revenue and frequency utilization. The zone is one of the indicators in calculating the BHP ISR tariff. Based on the Minister of Communication and Informatics Regulation number 7 of 2021 regarding the use of the radio frequency spectrum, the determination of areas within the ISR tariff zones is reviewed at least once every five years, considering the economic aspects of a region. Over time, the district/city areas undergo changes, both in terms of service area expansion and regional development, which affect the economic profile of a district/city area, necessitating an evaluation to update the ISR Tariff Zones. The evaluation of ISR tariff zones is based on the K-Mean Clustering method, using 40 clusters as the initial centroid reference with a final result of 5 zones. This method is based on an analysis of the economic potential of a region, reflected through the Gross Domestic Product (GDP) as demand and the utilization of telecommunication services, reflected through traffic as supply. The results of the ISR zone evaluation from this study are the first option, zone 1 with 92 districts/cities, zone 2 with 132 districts/cities, zone 3 with 141 districts/cities, zone 4 with 105 districts/cities, and zone 5 with 44 districts/cities. While option 2, zone 1 with 5 districts/cities, zone 2 with 11 districts/cities, zone 3 with 29 districts/cities, zone 4 with 101 districts/cities, and zone 5 with 368 districts/cities. This research is expected to provide an overview of the ISR zone adjustment method based on the economic and technological conditions of a region for development in promoting Indonesia’s digital transformation."

"[ABSTRAKBerdasarkan data WHO tahun 2014, diperkirakan sekitar 15 juta orang di duniayang terinfeksi hepatitis B (HBsAg+) juga terinfeksi hepatitis D. Infeksi hepatitisD dapat terjadi bersamaan (koinfeksi) atau setelah seseorang terkena hepatitis Bkronis (superinfeksi). Penyakit hepatitis B disebabkan oleh virus HBV danpenyakit hepatitis D disebabkan oleh virus HDV. HDV tidak dapat hidup tanpaHBV. Hepatitis D erat hubungannya dengan infeksi virus HBV, sehingga sangatrealistis bila setiap usaha pencegahan terhadap hepatitis B, maka secara tidaklangsung mencegah hepatitis D. Pada tesis ini akan dibahas bagaimana hasilpengelompokan barisan DNA HBV menggunakan algoritma k-means clusteringdengan menggunakan perangkat lunak R. Dimulai dengan mengumpulkan barisanDNA HBV yang diambil dari GenBank, kemudian dilakukan ekstraksi cirimenggunakan n-mers frequency, dan hasil ekstraksi ciri barisan DNA tersebutdikumpulkan dalam sebuah matriks dan dilakukan normalisasi menggunakannormalisasi min-max dengan interval [0, 1] yang akan digunakan sebagai datamasukan. Jumlah cluster yang dipilih dalam penelitian ini adalah dua danpenentuan centroid awal dilakukan secara acak. Pada setiap iterasi dihitung jarakmasing-masing objek ke masing-masing centroid dengan menggunakan Euclideandistance dan dipilih jarak terpendek untuk menentukan keanggotaan objek disuatu cluster sampai akhirnya terbentuk dua cluster yang konvergen. Hasil yangdiperoleh adalah virus HBV yang berada pada cluster pertama lebih ganasdibanding virus HBV yang berada pada cluster kedua, sehingga virus HBV padacluster pertama berpotensi berevolusi dengan virus HDV menjadi penyebabpenyakit hepatitis D.

---

ABSTRACTBased on WHO data, an estimated of 15 millions people worldwide who areinfected by hepatitis B (HBsAg+) are also infected by hepatitis D. Hepatitis Dinfection can occur simultaneously with hepatitis B (co infection) or after a personis exposed to chronic hepatitis B (super infection). Hepatitis B is caused by theHBV virus and hepatitis D is caused by HDV virus. HDV can not live withoutHBV. Hepatitis D virus is closely related to HBV infection, hence it is reallyrealistic that every effort of prevention against hepatitis B can indirectly preventhepatitis D. This thesis discussed the clustering of HBV DNA sequences by usingk-means clustering algorithm and R programming. Clustering processes is startedwith collecting HBV DNA sequences that are taken from GenBank, thenperforming extraction HBV DNA sequences using n-mers frequency andfurthermore the extraction results are collected as a matrix and normalized usingthe min-max normalization with interval [0, 1] which will later be used as an inputdata. The number of clusters is two and the initial centroid selected of cluster ischoosed randomly. In each iteration, the distance of every object to each centroidare calculated using the Euclidean distance and the minimum distance are selectedto determine the membership in a cluster until two convergent clusters are created.As the result, the HBV viruses in the first cluster is more virulent than the HBVviruses in the second cluster, so the HBV viruses in the first cluster can potentiallyevolve with HDV viruses that cause hepatitis D., Based on WHO data, an estimated of 15 millions people worldwide who areinfected by hepatitis B (HBsAg+) are also infected by hepatitis D. Hepatitis Dinfection can occur simultaneously with hepatitis B (co infection) or after a personis exposed to chronic hepatitis B (super infection). Hepatitis B is caused by theHBV virus and hepatitis D is caused by HDV virus. HDV can not live withoutHBV. Hepatitis D virus is closely related to HBV infection, hence it is reallyrealistic that every effort of prevention against hepatitis B can indirectly preventhepatitis D. This thesis discussed the clustering of HBV DNA sequences by usingk-means clustering algorithm and R programming. Clustering processes is startedwith collecting HBV DNA sequences that are taken from GenBank, thenperforming extraction HBV DNA sequences using n-mers frequency andfurthermore the extraction results are collected as a matrix and normalized usingthe min-max normalization with interval [0, 1] which will later be used as an inputdata. The number of clusters is two and the initial centroid selected of cluster ischoosed randomly. In each iteration, the distance of every object to each centroidare calculated using the Euclidean distance and the minimum distance are selectedto determine the membership in a cluster until two convergent clusters are created.As the result, the HBV viruses in the first cluster is more virulent than the HBVviruses in the second cluster, so the HBV viruses in the first cluster can potentiallyevolve with HDV viruses that cause hepatitis D.]"

"Identifikasi suatu letak atau lokasi tumor beserta jaringan-jaringan sehat di sekitarnya secara akurat, merupakan salah satu langkah dalam melakukan perencanaan radioterapi atau disebut juga dengan istilah treatment planning. Setelah lokasinya ditentukan dan dipastikan, dokter akan mencoba membuat perencanaan berupa dosis radiasi yang dibutuhkan untuk diberikan kepada pasien sehingga dapat memberikan kerusakan yang maksimal pada tumor tanpa memberikan dampak negatif pada organ-organ sehat di sekitarnya. Salah satu solusi dalam melakukan tugas tersebut adalah berupa segmentasi otomatis suatu citra PET. Segmentasi otomatis ini tidak hanya memakan waktu yang cukup singkat, tetapi juga mempertimbangkan seluruh nilai time-activity curve (TAC) yang ada pada citra. Salah satu metode untuk menentukan lokasi tumor adalah dengan cara segmentasi otomatis menggunakan algoritma clustering k-means. Berdasarkan penelitian dari (Abualhaj, 2017), clustering k-means memberikan hasil segmentasi yang sangat baik dalam melalukan pendeteksian lokasi tumor. Namun, algoritma yang digunakan tidak sepenuhnya otomatis karena perlunya input parameter nilai yang diterapkan oleh pengguna. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi pengaruh error terhadap input dari algoritma k-means clustering yaitu apabila terjadi kesalahan dalam memasukkan nilai-nilai input tersebut. Terdapat lima paremeter yang akan diuji dengan masing-masing lima variasi masukan. Parameter tersebut masing-masing adalah maximum number of cluster, maximum iteration, maximum repetition time, total counts, dan random counts. Untuk semua parameter, hasil jumlah cluster optimalnya tidak berubah dan tidak dipengaruhi oleh variasi dari parameter tersebut yaitu berjumlah 4 cluster kecuali pada parameter pertama apabila nilainya di bawah 4. Pada parameter pertama, hasil bentuk segmentasi beserta kurva TAC nya berubah saat nilai parameternya di bawah 4. Adapun jika nilainya di atas 4, berdasarkan yang diteliti penulis, tidak ada perbedaan pada bentuk segmentasi maupun jumlah optimal clusternya. Pada parameter kedua, bentuk segmentasinya terlihat ada sedikit perbedaan beserta kurva TAC saat nilai parameternya diperkecil.  Parameter ketiga memiliki hasil yang mirip dengan parameter kedua yang mana hasil segmentasinya memiliki sedikit perbedaan saat nilainya diperkecil begitu pula dengan kurva TAC nya. Parameter ketiga dan keempat memiliki hasil yang mirip ketika nilainya diperkecil maupun diperbesar yakni terlihat adanya sedikit perbedaan pada hasil segmentasinya.

---

Identifying a location or location of a tumor and surrounding healthy tissues accurately is one of the steps in planning radiotherapy or also known as treatment planning. After the location is determined and confirmed, the doctor will try to make a plan in the form of the radiation dose needed to be given to the patient so that it can provide maximum damage to the tumor without having a negative impact on the surrounding healthy organs. One solution in performing this task is in the form of automatic segmentation of a PET image. This automatic segmentation not only takes a fairly short time, but also considers all the time-activity curve (TAC) values ​​in the image. One method to determine the location of the tumor is by means of automatic segmentation using the k-means clustering algorithm. Based on research from (Abualhaj, 2017), k-means clustering provides excellent segmentation results in detecting tumor locations. However, the algorithm used is not fully automated because of the need for user-implemented value parameter input. This study aims to identify the effect of error on the input of the k-means clustering algorithm, namely if there is an error in entering the input values. There are five parameters to be tested with five variations of each input. These parameters are maximum number of cluster, maximum iteration, maximum repetition time, total counts, and random counts. For all parameters, the results of the optimal number of clusters do not change and are not influenced by variations of these parameters, which are 4 clusters except for the first parameter if the value is below 4. In the first parameter, the results of the segmentation form along with the TAC curve change when the parameter value is below 4 Meanwhile, if the value is above 4, based on what the author has studied, there is no difference in the form of segmentation and the optimal number of clusters. In the second parameter, the shape of the segmentation shows a slight difference along with the TAC curve when the parameter value is reduced. The third parameter has similar results to the second parameter where the segmentation results have a slight difference when the value is reduced as well as the TAC curve. The third and fourth parameters have similar results when the value is reduced or enlarged, namely that there is a slight difference in the segmentation results. "