Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Glioblastoma (GBM) merupakan kanker otak agresif dengan kebutuhan mendesak akan target terapi baru. Penelitian ini bertujuan untuk memahami peran gen ELOVL6 dalam metabolisme lipid dan perkembangan sel U-87 MG sebagai model GBM. Pendekatan yang digunakan analah analisis Differentially Expressed Genes (DEG) dan pathway KEGG yang dilanjutkan dengan knockout gen ELOVL6 menggunakan teknologi CRISPR-Cas9 yang dikonfirmasi dengan metode PCR, Cleavage Assay, dan sequencing. Selanjutnya, pemahaman terkait metabolisme lipid dilakuan dengan analisis komposisi asam lemak menggunakan kromatografi gas-spektrometri massa (GC-MS), sementara pertumbuhan sel dinilai menggunakan pengamatan mikroskop fluoresens. Analisis komposisi asam lemak dilakukan dengan metode statistik Two-Way ANOVA. Hasil analisis DEG menunjukkan bahwa gen ELOVL6 serta gen-gen hilir yang terpengaruh berhubungan dengan elongasi asam lemak. Hasil penelitian in vitro menunjukkan knockout gen ELOVL6 menyebabkan penurunan signifikan pada asam lemak palmitat (C16:0) dan stearat (C18:0). Selain itu, knockout ELOVL6 secara signifikan menghambat pertumbuhan sel U-87 MG. Analisis mekanistik mengungkap bahwa gangguan fungsi ELOVL6 memengaruhi jalur metabolik yang berperan dalam elongasi palmitat menjadi stearat yang penting untuk dinamika lipid membran, pembentukan lipid sebagai cell messengers hingga aktivator enzim. Penelitian ini mengindikasikan bahwa ELOVL6 merupakan regulator kunci metabolisme lipid dan pertumbuhan sel GBM, sehingga berpotensi menjadi target molekuler untuk terapi GBM. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memvalidasi temuan ini pada model in vivo.

---

Glioblastoma (Glioblastoma multiforme, GBM) is an aggressive brain cancer with an urgent need for new therapeutic targets. This study aims to understand the role of the ELOVL6 gene in lipid metabolism and the development of U-87 MG cells as a GBM model. The approach used is Differentially Expressed Genes (DEG) study and KEGG pathway analysis, followed by ELOVL6 gene knockout using CRISPR-Cas9 technology, validated through PCR, Cleavage Assay, and sequencing. Furthermore, lipid metabolism understanding is performed by analyzing fatty acid composition using gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS), while cell growth is assessed through fluorescence microscopy observations. Fatty acid composition analysis is conducted using Two-Way ANOVA. DEG analysis results show that the ELOVL6 gene and its downstream affected genes are involved in fatty acid elongation. In vitro findings indicate that ELOVL6 gene knockout leads to a significant decrease in palmitic acid (C16:0) and stearic acid (C18:0), disrupting lipid homeostasis. Additionally, ELOVL6 knockout significantly inhibits the growth of U-87 MG cells. Mechanistic analysis reveals that ELOVL6 dysfunction affects metabolic pathways involved in the elongation of palmitate into stearate, which is essential for membrane lipid dynamics, lipid formation as cell messengers, and enzyme activation. This study suggests that ELOVL6 is a key regulator of lipid metabolism and glioblastoma cell growth, making it a potential molecular target for GBM therapy. Further studies are needed to validate these findings in in vivo models."

"Data mining merupakan teknik pengolahan data yang dapat digunakan untuk menemukan pola-pola kelompok dan informasi yang berguna dari kumpulan data tersebut. Salah satu teknik data mining adalah metode triclustering. Triclustering bekerja pada data tiga dimensi. Umumnya algoritma tricluster tidak efektif dalam menganalisis titik waktu pegamatan yang berjumlah sedikit. Oleh karena itu, dikembangkanlah algoritma triclustering berbasis pola yang dirancang untuk menganalisis data microarray dengan jumlah titik waktu pengamatan sedikit yaitu Order Preserving Tricluster (OPTricluster). OPTricluster membentuk tricluster dengan mengidentifikasi gen-gen yang memiliki perubahan tingkat ekspresi yang sama pada subset kondisi eksperimen disepanjang titik waktu. Setelah tricluster didapatkan, analisis Gene Ontology dibutuhkan untuk mendapatkan pemahaman anotasi gen pada hasil tricluster. Metode OPTricluster diimplementasikan pada data microarray sel kanker pankreas ASPC-1 dengan beberapa skenario menggunakan threshold yang berbeda. Skenario terbaik ditunjukkan oleh threshold optimum yang diperoleh dengan membandingkan rata-rata skor Coverage Tricluster dan Tricluster Quality Index. Kemudian tricluster dari skenario terbaik dianalisis dengan Gene Ontology (GO). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metode OPTricluster berhasil membentuk tricluster dengan kinerja yang baik pada 3 pola tricluster yaitu tricluster pola constant, conserved, dan divergent. Selanjutnya analisis GO dilakukan pada tricluster terbaik pola conserved yaitu tricluster pada kelompok gen yang memiliki pola perubahan tingkat ekspresi gen yang sama saat diberikan obat JQ1 dan diperoleh informasi bahwa respon dari gen-gen sel kanker pankreas ASPC-1 dominan terlibat dalam proses metabolisme, dimana gen-gen tersebut berperan dalam perubahan tingkat ekspresi gen, selain itu letak gen-gen tersebut pun berada dalam inti sel.

---

Data mining is data processing techniques that can be used to find group patterns and useful information from the data set. One of the data mining techniques is the triclustering method. Triclustering works on three-dimensional data. Generally, tricluster algorithms are not effective in analyzing a small number of observation time points. Therefore, a pattern-based triclustering algorithm designed to analyze microarray data with a small number of observation time points was developed under the name Order Preserving Tricluster (OPTricluster). OPTricluster forms triclusters by identifying genes that have similar expression level changes in a subset of experimental conditions across time points. Once the tricluster is obtained, analysis with Gene Ontology is required to gain an understanding of gene annotation in the tricluster result. OPTricluster method was implemented on ASPC-1 pancreatic cancer cell microarray data with several scenarios using different thresholds. The best scenario is indicated by the optimum threshold obtained by comparing the average Tricluster Coverage and Tricluster Quality Index scores. Then the tricluster of the best scenario is analyzed with Gene Ontology (GO). The results showed that the OPTricluster method successfully formed tricluster with good performance in 3 tricluster patterns, namely constant, conserved, and divergent tricluster patterns. Furthermore, GO analysis was carried out on the best tricluster conserved pattern, namely tricluster in the gene group that has the same pattern of changes in gene expression levels when given the drug JQ1 and obtained information that the response of ASPC-1 pancreatic cancer cell genes is dominantly involved in metabolic processes, where these genes play a role in changes in gene expression levels, besides that the location of these genes is also in the cell nucleus."

"Pendahuluan: Sejumlah penelitian menunjukkan potensi sel punca mesenkimal untukterapi pada glioblastoma multiforme (GBM), namun kajian terbaru menunjukkan bahwaefek terapeutik utamanya terdapat pada sekretomnya. Salah satu komponen padasekretom sel punca mesenkimal adalah TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL).TRAIL dapat menyebabkan kematian sel kanker jika berikatan dengan reseptoragonis/death receptor-4 (DR4), namun kehilangan fungsinya jika berikatan denganreseptor antagonis/decoy receptor-1 (DcR1). Studi ini bertujuan untuk mempelajaripengaruh sekretom sel punca mesenkimal terhadap tingkat ekspresi DR4 dan DcR1 padasel glioblastoma multiforme (GBM).Metode: Conditioned medium (CM) yang mengandung sekretom disiapkan dengan caramenumbuhkan sel punca mesenkimal tali pusat dalam serum-free aMEM selama 24 jam.Setelah itu, sel glioblastoma T98G dikultur bersamaan dengan CM selama 24 jam.Quantitative real time polymerase chain reaction (qRT-PCR) digunakan untuk mengukurtingkat ekspresi mRNA dari DR4 dan DcR1. Student’s t-test dengan aplikasi IBM SPSSdigunakan untuk perhitungan statistik.Hasil: Ekspresi mRNA DR4 dan DcR1 meningkat pada sel GBM yang dikultur denganCM dibandingkan kontrol, namun ekspresi DcR1 jauh lebih tinggi (1368.5-kali)dibandingkan ekspresi dari DR4 (3.5-kali). Melalui perhitungan statistik, seluruh hasilyang ditemukan terbukti signifikan (P < 0.05 untuk semua angka).Kesimpulan: Ekspresi DR4 pada sel GBM yang dikultur dengan sekretom sel puncamesenkimal dalam CM jauh lebih rendah dibandingkan dengan ekspresi DcR1. Temuantersebut menandakan bahwa terapi pengobatan kanker khususnya GBM menggunakansekretom sel punca mesenkimal belum tentu efektif dan perlu dievaluasi kembali.Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mempelajari mekanisme dari peningkatan pesatreseptor antagonis TRAIL dalam studi kami beserta efeknya terhadap perkembangankanker dan GBM.

---

Introduction: Mesenchymal stem cell-based therapy has been proposed to treat

glioblastoma multiforme (GBM), but recent evidence has pointed to its secreted factors

– the secretome – as the main therapeutic substance. One of the secreted factors is TNFrelated

apoptosis-inducing ligand (TRAIL), which promotes cancer cell death when

bound to its agonistic receptor/death receptor-4 (DR4) on the cell surface but becomes

dysfunctional when bound to antagonistic receptor/decoy receptor-1 (DcR1). This study

aims to analyze glioblastoma multiforme (GBM) cell’s expression level of DR4 and

DcR1 following treatment with MSCs secretome.

Methods: Conditioned medium of umbilical cord-derived MSCs (UCSC-CM) was

generated by culturing the cells on serum-free aMEM for 24 hours. Following this,

Human GBM T98G cells were treated with UCSC-CM for another 24 hours. Quantitative

RT-PCR was then performed to measure mRNA expression of DR4 and DcR1. Finally,

data analysis was carried out using Student’s t-test using IBM SPSS Statistics software.

Results: Both mRNA expression of DR4 and DcR1 increased in CM-treated cells

compared to control, but DcR1 expression level was higher (1368.5-fold) than that of

DR4 (3.5-fold). The result was statistically significant (P < 0.05 for all values).

Conclusion: Expression of DR4 in GBM cell was significantly lower than that of DcR1

following UCSC-CM treatment, suggesting that MSC secretome-based therapy for

cancer could actually be less effective than claimed. Further research is needed to clarify

the mechanism behind the sharp rise in TRAIL antagonistic receptor expression and its

effect on GBM progression."

"Latar belakang : Glioblastoma Multiforme (GBM) merupakan kanker otak primer yang paling umum terjadi pada orang dewasa dan merupakan glioma yang paling agresif yang diklasifikasikan oleh WHO sebagai tingkat keempat dari astrositoma. Penatalaksanaan utama GBM dengan operasi disertai dengan kemoradiasi memberikan rata-rata harapan hidup sekitar 14,6 bulan saja, ini disebabkanpertumbuhan tumor yang difus disertai tingginya resistensi. Apoptosis, dinamakan juga “kematian sel terprogram” merupakan mekanisme kematian sel yang berperan penting dalam terapi kanker dan menjadi target utama dalam berbagai tehnik terapi kanker. Dua jalur utama apoptosis adalah jalur intrinsik yang melibatkan mitokondria dan jalur ekstrinsik yang diinduksi oleh ikatan ligan dengan reseptornya. Rotenon, inhibitor rantai respirasi kompleks I mitokondria dapat menyebabkan peningkatan kadar superoksida (ROS) endogen sehingga menginduksi jalur apoptosis intrinsik melalui lepasnya sitokrom C dan agen-agen proapoptotik ke sitosol. Rotenon bersifat lipofilik dan dapat menembus sawar darah otak dengan mudah, menjadikannya kandidat yang menarik untuk digunakan pada terapi GBM. Hingga kini mekanisme apoptosis yang disebabkan oleh rotenon pada GBM masih belum jelas diketahui, karena itu penelitian ini bertujuan untuk menelusuri jalur-jalur apoptosis yang timbul akibat induksi rotenon pada galur sel Glioblastoma Multiforme T98G. Metode : Penelitian eksperimental in vitro menggunakan kultur galur sel Glioblastoma Multiforme T98G yang diinduksi stres oksidatif dengan rotenon dosis 10μM, 20μM, dan 40μM selama enam jam, selanjutnya dilakukan identifikasi morfologi sel menggunakan inverted mikroskop. Identifikasi jalur apoptosis intrinsik dengan cara menganalisis ekspresi protein sitokrom-C dan protein kaspase-9menggunakan metode sandwich ELISA (Enzyme Linked Immuno Assay) serta identifikasi jalur apoptosis ekstrinsik dengan menganalisis ekspresi mRNA TRAIL (Tumor Necrosis Factor Related Apoptosis Inducing Ligand) menggunakan q-RTPCR (quantitative-reverse transcriptase-Polymerase Chain Reaction) selain itudilakukan pula elektroforesis hasil amplifikasi cDNA TRAIL pada agarosa 2%. Analisis statistik dilakukan menggunakan uji Mann Whitney pada tingkat kepercayaan 95%. Hasil : Induksi rotenon 10 μM pada galur sel T98G menyebabkan meningkatnya kadar sitokrom C yang tidak disertai meningkatnya kadar kaspase-9 dan ekspresimRNA TRAIL. Kadar sitokrom C turun menjadi setara dengan kadar pada sel kontrol saat induksi rotenon 20μM disertai meningkatnya kadar kaspase-9 dan ekspresi mRNA TRAIL yang bermakna. Sedangkan Induksi rotenon 40μM menyebabkan turunnya kadar sitokrom C, kaspase-9 dan mRNA TRAIL. Pada pemeriksaan elektroforesis hasil RT-PCR kami mendapatkan varian TRAIL sepanjang sekitar 300 bp yang ikut teramplifikasi bersama varian sTRAIL (soluble TRAIL) sepanjang 232 bp. Varian TRAIL panjang ini nampak ditranskripsi lebih banyak saat dilakukan induksi rotenon hingga 20μM sementara varian pendek transkripsinya nampak semakin berkurang.Kesimpulan : Pada penelitian kami, induksi rotenon 20μM dapat menyebabkan terinduksinya jalur apoptosis intrinsik yang melibatkan kaspase serta jalur apoptosis ekstrinsik melalui pengaturan post transkripsi mRNA TRAIL pada galur sel Glioblastoma Multiforme T98G.

---

Background : Glioblastoma Multiforme (GBM) is the most common primary brain tumor in adults and the most aggressive gliomas classified by WHO as grade IV astrocytoma. Primary treatment of GBM is surgery followed by Chemoradiation give

the median survival only for about 14,6 months, this is due to difusse tumor growth with high therapy resistance. Apoptosis, named as “programmed cell death” is a mechanism of cell death that plays an important role in the treatment of cancer and

being a primary target of many cancer treatment strategies. There are two central pathways of apoptosis, the intrinsic pathway that involves the mitochondria and the extrinsic pathway induced by ligands binding to the death receptors. Rotenone,

respiratory chain inhibitor complex I mitochondria may increase endogenous superoxide (ROS) levels that induce intrinsic apoptotic pathway by release of cytochrome-C and several proapoptotic agents to cytosol. Rotenone is a lipophilic

compound and could easily cross the Blood Brain Barrier that makes rotenone become an interesting candidate for GBM therapy. Up to now, the apoptosis mechanism induced by rotenone in GBM is not well known yet, therefore we aim to investigate the apoptosis pathways in Glioblastoma Multiforme T98G cell line

induced by rotenone. Methods : This experimental study in vitro using GBM T98G cell line cultured in complete DMEM medium. We induced oxidative stress for six hours with 10 μM, 20 μM and 40 μM of rotenone respectively. After harvested, the cell morphology was identified using inverted microscope. We identified the intrinsic apoptotic pathway by analyzing the expression of cytochrome C protein and Caspase-9 protein using

sandwich ELISA method, furthermore we identified the extrinsic apoptotic pathway by analyzing the expression of mRNA TRAIL using q-RT-PCR followed by gel electrophoresis to confirm the amplification of cDNA TRAIL. Statistical analysis was performed by Mann Whitney test with 95% confidence intervals. Results : Rotenone treatment of T98G resulted in increase of cytochrome C by 10μM of rotenone but no increase of caspase-9 and mRNA TRAIL. While rotenone 20 μM showed relative decrease of cytochrome C and increase of caspase-9 expression together with significant increase of the mRNA TRAIL expression (p<0,05) and induction with 40μM showed decrease of cytochrome C, caspase-9 and mRNA TRAIL expression. In the electrophoresis examination of the RT-PCR product we obtain an isoform of TRAIL (length about 300 bp) was coamplified along with our isoform (soluble TRAIL, length about 232 bp). This long isoform band become more dens in samples induced by rotenone 20μM, while the short isoform was gradually missing. Conclusions : In our study, 20μM of rotenone was able to induced both the intrinsic apoptotic pathway by caspase dependent mechanism and the extrinsic apoptotic pathway through post transcriptional regulating of mRNA TRAIL in Glioblastoma Multiforme T98G cell line."

"Latar belakang: Pemeriksaan MRI pada glioblastoma dapat membantu diagnosis dengan tingkat akurasi tinggi. Nilai ADC pada MRI bisa menjadi indikator prognosis, meskipun belum sering diterapkan di Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk memahami peran nilai ADC dalam meningkatkan prediksi kesintasan pasien glioblastoma.Tujuan: Mengkaji angka kesintasan pasien glioblastoma yang mendapatkan terapi kemoradiasi serta hubungannya dengan nilai ADC dan faktor lainnya.Metode: Angka kesintasan dan nilai ADC minimum diambil dari pemeriksaan MRI kepala post-operasi, pre-kemoradiasi pada 20 pasien dari periode 2017 hingga 2023 yang memenuhi kriteria penelitian. Analisis kesintasan dilakukan dengan metode Kaplan-Meier. Uji Log Rank digunakan untuk mengevaluasi pengaruh faktor-faktor determinan termasuk nilai ADC terhadap kelangsungan hidup.Hasil: Rerata usia sampel dalam pemelitian ini adalah 43,6 +/- 16,4 tahun. Terdapat 14 pasien laki-laki (70%), dan 6 pasien perempuan (30%). sebanyak 6 pasien (30%) memiliki nilai ADC ≥ 0,8 x 10-3 mm2/s dan terdapat 14 pasien (70%) memiliki nilai ADC < 0,8 x 10-3 mm2/s. Analisis kesintasan memperlihatkan perbedaan median kesintasan hidup pada kelompok nilai ADC ≥ 0,8 x 10-3 mm2/s dan < 0,8 x 10-3 mm2/s, yaitu sebesar 12 bulan dan 10 bulan dengan nilai p=0,850.Kesimpulan: Pasien dengan nilai ADC < 0,8 x 10-3 mm2/s memiliki tren kesintasan yang lebih singkat dua bulan dibandingkan dengan pasien dengan nilai ADC ≥ 0,8 x 10-3 mm2/s yang masing-masing median kesintasannya sebesar 10 bulan dan 12 bulan.

---

Background: MRI examinations for glioblastoma can aid in diagnosis with a high level of accuracy. The Apparent Diffusion Coefficient (ADC) value in MRI can serve as a prognostic indicator, although it has not been widely applied in Indonesia. This study was conducted to understand the role of ADC values in improving the prediction of survival in glioblastoma patients.

Objective: To examine the survival rates of glioblastoma patients undergoing chemoradiation therapy and its relationship with ADC values and other factors.

Methods: Survival rates and minimum ADC values were extracted from post- operative, pre-chemoradiation head MRI examinations of 20 patients meeting the study criteria from the period 2017 to 2023. Survival analysis was performed using the Kaplan-Meier method, and the Log Rank test was employed to evaluate the impact of determinants, including ADC values, on survival.

Results: The mean age of the sample in this study was 43.6 +/- 16.4 years. There were 14 male patients (70%) and 6 female patients (30%). Six patients (30%) had ADC values ≥ 0.8 x 10-3 mm2/s, while 14 patients (70%) had ADC values < 0.8 x 10-3 mm2/s. Survival analysis revealed a median survival difference in the ADC ≥ 0.8 x 10-3 mm2/s and < 0.8 x 10-3 mm2/s groups, namely, 12 months and 10 months, with a p-value of 0.850.

Conclusion: Patients with ADC values < 0.8 x 10-3 mm2/s had a trend of two months shorter survival compared to patients with ADC values ≥ 0.8 x 10-3 mm2/s whose median survival was 10 months and 12 months."

"Temozolomide (TMZ) seringkali dijadikan terapi standar glioblastoma multiforme (GBM). Namun, terdapat kejadian resistensi pada sel kanker terhadap TMZ. Adanya kejadian resistensi ini berhubungan dengan enzim MnSOD dan stress oksidatif yang mekanismenya tidak diketahui. Penelitian terbaru menyarankan untuk mengkombinasikan terapi kanker dengan senyawa aktif bahan alam untuk mencegah resistensi pada sel kanker. Andrografolida merupakan salah satu bahan aktif dalam ekstrak sambiloto yang memiliki sifat anti kanker. Menanggapi hal tersebut, penelitian ini menggunakan dua jenis sel yang secara intrinsik resisten terhadap temozolomide (T98G) dan sensitif terhadap temozolomide (U87MG). Terlebih dahulu dilakukan analisis viabilitas sel pada tiga jenis ekstrak sambiloto untuk mengetahui jenis ekstrak yang terbaik. Setiap perlakuan menggunakan terapi tunggal TMZ, andrografolida murni (AM), dan ekstrak kering (EK) serta terapi kombinasi TMZ+AM dan TMZ+EK menggunakan dosis CC₅₀ dan CC₂₅. Sel T98G diberikan perlakuan selama 48 jam sedangkan sel U87MG diberikan TMZ berulang hingga hari ke-17 dan diberikan terapi tunggal maupun terapi kombinasi mulai hari ke-17 hingga hari ke-21. Viabilitas sel, analisis ROS, penentuan aktivitas dan ekspresi mRNA MnSOD dilakukan. Diketahui bahwa pemberian terapi kombinasi ekstrak sambiloto dengan dosis CC₅₀ efektif mengatasi resistensi sel GBM. Pemberian terapi kombinasi dapat menurunkan ekspresi gen dan aktivitas MnSOD sehingga meningkatkan ROS dan menurunkan viabilitas sel.

---

Temozolomide (TMZ) used as standard therapy for glioblastoma multiforme (GBM). However, there is an incidence of resistance in cancer cells with TMZ. This phenomenon is related with MnSOD enzyme and oxidative stress whose mechanism is unknown. Latest research suggests combining cancer therapy with natural active compounds to prevent resistance in cancer cells. Andrographolide is one of the active compounds in sambiloto extract which has anti-cancer properties. Therefore, this study used intrinsically resistant (T98G) and sensitive to temozolomide (U87MG) cells. Firstly, cell viability was analyzed on three types of sambiloto extract. Each treatment used single therapy TMZ, pure andrographolide (AM), and dry extract (EK) as well as combination therapy TMZ+AM and TMZ+EK using CC₅₀ and CC₂₅ doses. T98G cells were given treatment for 48 hours while U87MG cells were given TMZ repeatedly until the 17th day and given single therapy or combination therapy from the 17th day to the 21st day. Cell viability, ROS analysis, determination of MnSOD activity and expression were performed. It was known that the combination therapy of sambiloto extract with CC₅₀ dose was effective in overcoming the resistance of GBM cells. Combination therapy can reduce gene expression and MnSOD activity thereby increased ROS and decreased cell viability."

"Glioblastoma multiforme (GBM) tergolong sebagai penyakit tumor agresif pada otak dan menyerang orang dewasa. Protocol Stupp digunakan sebagai regimen pengobatan GBM dimana melibatkan reseksi bedah, kemoradiasi, dan terapi monoagent kemoterapi dengan TMZ. Penggunaan TMZ yang berulang menimbulkan resistensi pada sel GBM dan membawa prognosis yang buruk pada pasien. Resistensi pada GBM didukung oleh sejumlah faktor intrinsik. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh kandidat biomarker resistensi terkait kepuncaan berhasil dilakukan melalui pencarian dataset dari GEO, analisis irisan diagram Venn, analisis pengayaan GO dengan DAVID dan ENRICHR, analisis pengayaan jalur dengan KEGG dan REACTOME, analisis survival dengan GEPIA, dan analisis pembanding ekspresi RNA dengan Human Protein Atlas, disertai dengan validasi qRT-PCR. Hasil penelitian uji in silico dan in vitro menunjukkan bahwa ekspresi mRNA PAQR6 dan ITPKB konsisten lebih tinggi pada sel T98G resisten TMZ, namun ekspresi mRNA TGFBI ditemukan signifikan lebih tinggi pada sel T98G resisten TMZ dibandingkan dengan sel U87MG. Selain itu, ditemukan ekspresi mRNA CD133 yang signifikan lebih tinggi sebagai penanda kepuncaan pada sel T98G dibandingkan sel U87MG. Kandidat biomarker resistensi terkait kepuncaan yang diperoleh diharapkan mampu digunakan pada level klinis dalam hal deteksi dini non- invasive pada pasien GBM. Meskipun demikian, masih diperlukan sejumlah studi lanjutan untuk mendukung studi awal penemuan biomarker ini.

---

Glioblastoma multiforme (GBM) is classified as an aggressive tumor disease of the brain and attacks adults. The Stupp Protocol is used as a treatment regimen for GBM which involves surgical resection, chemoradiation, and monoagent chemotherapy therapy with TMZ. Repeated use of TMZ creates resistance in GBM cells and carries a poor prognosis in patients. Resistance in GBM is supported by a number of intrinsic factors. The aim of this study was to obtain candidate biomarkers of resistance related to stemness successfully through dataset searches from GEO, Venn diagram intersection analysis, GO enrichment analysis with DAVID and ENRICHR, pathway enrichment analysis with KEGG and REACTOME, survival analysis with GEPIA, and comparative analysis of RNA expression with the Human Protein Atlas, accompanied by qRT-PCR validation. The results of in silico and in vitro studies showed that PAQR6 and ITPKB mRNA expression was consistently higher in TMZ-resistant T98G cells, but TGFBI mRNA expression was found to be significantly higher in TMZ-resistant T98G cells compared to U87MG cells. In addition, a significantly higher CD133 mRNA expression as a stemness marker was found in T98G cells compared to U87MG cells. It is hoped that the acquired disease-related resistance biomarker candidates will be able to be used at the clinical level in terms of non-invasive early detection in GBM patients. However, a number of further studies are still needed to support this initial study of biomarker discovery."

"Latar Belakang: Glioblastoma multiforme (GBM) merupakan tumor intrakranial yang sangat agresif dengan prognosis buruk meskipun telah diberikan terapi standar yang optimal. Kerusakan untai ganda DNA spontan dianggap berhubungan dengan ketidakstabilan genomik serta progresivitas kanker. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh parameter molekuler baru sebagai faktor prognostik yang diharapkan dapat digunakan dalam praktik klinis rutin pada GBM. Penelitian ini melakukan analisis korelasi antara miRNA-328 dengan gamma-H2AX (petanda kerusakan untai ganda DNA) serta perannya terhadap caspase-3 (petanda apoptosis), jalur PI3K/Akt (jalur sinyal teraktivasi), faktor klinis, dan kesintasan pada GBM.Metode: Penelitian kohort retrospektif menggunakan jaringan tersimpan dari 26 pasien GBM yang diambil sebelum mendapat terapi lengkap. Jaringan dari 7 pasien glioma grade 1 digunakan sebagai kontrol. Analisis miRNA-328 menggunakan metode two-step qRT-PCR; analisis gamma-H2AX, PI3K, Akt, dan caspase-3 menggunakan metode Sandwich ELISA. Uji eksperimental in vitro menggunakan cell line GBM, U-87 MG, yang ditransfeksi dengan miRNA-328 untuk menganalisis peran miRNA-328 terhadap aktivitas ?-H2AX, caspase-3, serta viabilitas sel.Hasil: Terdapat perbedaan bermakna pada konsentrasi miRNA-328, gamma-H2AX, PI3K, Akt antara kelompok GBM dengan glioma grade 1 (p<0,05). Pada kelompok GBM diperoleh korelasi negatif antara miRNA-328 dengan gamma-H2AX dan Akt (p<0,05); korelasi positif antara gamma-H2AX dengan PI3K, Akt, serta caspase-3 (p<0,05). Korelasi positif antara gamma-H2AX dengan ukuran tumor (p<0,05). Analisis Kaplan–Meier menunjukkan bahwa pada kelompok GBM dengan konsentrasi miRNA-328 tinggi memiliki kesintasan lebih tinggi dibandingkan kelompok dengan konsentrasi miRNA-328 rendah (p<0,05); sedangkan pada kelompok GBM dengan konsentrasi gamma-H2AX tinggi memiliki kesintasan lebih rendah dibandingkan kelompok dengan konsentrasi gamma-H2AX rendah (p<0,05). Hasil analisis univariat cox regression menunjukkan miRNA-328 dan gamma-H2AX memiliki peran sebagai faktor prognostik potensial pada GBM (p<0,05), sedangkan analisis bivariat menunjukkan potensi miRNA-328 sebagai faktor prognostik independen (p<0,05). Hasil uji in vitro menunjukkan bahwa konsentrasi miRNA-328 berbanding terbalik dengan gamma-H2AX dan viabilitas sel; konsentrasi miRNA-328 berbanding lurus dengan caspase-3; konsentrasi gamma-H2AX berbanding terbalik dengan caspase-3; serta konsentrasi gamma-H2AX berbanding lurus dengan viabilitas sel GBM.Kesimpulan: MiRNA-328 dan gamma-H2AX sebagai parameter molekuler memiliki potensi sebagai faktor prognostik yang berpengaruh terhadap kesintasan sehingga diharapkan penggunaannya dalam praktik klinis rutin dapat meningkatkan respons terapi serta prognosis pada pasien GBM. Penelitian lebih lanjut dengan metode kohort prospektif serta penelitian in vivo guna mendukung hasil penelitian ini.

---

Background: Glioblastoma multiforme is an intracranial tumor which has very aggressive behavior with poor prognosis even though optimal standard therapy has been given. The spontaneous DNA double-strand breaks have association with genomic instability and tumor progression. The objective of this study is to obtain the new molecular parameters that can be used in routine clinical practice as potential prognostic factors in GBM. This study analyzed the correlation between miRNA-328 and gamma-H2AX (marker of spontaneous DNA double-strand breaks) as well as their roles in caspase-3 (marker of apoptosis), PI3K/Akt pathway (activated signal transduction pathway), clinical factors, and survival in GBM.

Methods: A cohort retrospective study using pre-treatment tumor tissue specimens from 26 patients with GBM before undergoing complete therapy. Tumor tissue specimens from 7 patients with grade 1 glioma were used as controls in this study. The two-step qRT-PCR method was used to analyze the concentration of miRNA-328 and the Sandwich ELISA methods were used to analyze the concentrations of gamma-H2AX, PI3K, Akt, caspase-3.

Results: The comparison analyses between GBM group and grade 1 glioma group showed significant differences in miRNA-328, ?-H2AX, PI3K, and Akt concentrations (p<0.05). In GBM group, the results of statistical analyses showed negative correlations between miRNA-328 and gamma-H2AX, as well as Akt (p<0.05); positive correlations between ?-H2AX and PI3K, Akt, caspase-3 (p<0.05). Kaplan–Meier analysis in GBM showed that the high-concentration miRNA-328 group had a higher survival rate than the low-concentration miRNA-328 group (p<0.05); and the high-concentration gamma-H2AX group had a lower survival rate than the low-concentration gamma-H2AX group (p<0.05). The univariate cox regression analysis showed the potential roles of miRNA-328 and gamma-H2AX as prognostic factors in GBM (p<0.05), however the bivariate analysis showed miRNA-328 had potency as an independent prognostic factor (p<0.05).

Conclusion: MiRNA-328 and gamma-H2AX as molecular parameters have potency as prognostic factors that effect the survival rate so that the routine clinical application of these parameters can be expected to improve the therapy response and prognosis in GBM patients. Further studies with cohort prospective method and in vivo study to support the results of this study."

"Gen EHMT2 dapat meregulasi metilasi protein histon yang berdampak pada disregulasi epigenetik dan terganggunya proses transkripsi. Hal tersebut dapat menjadi faktor yang memengaruhi metastasis tumor pada kanker paru. Salah satu inhibitor spesifik yang dapat digunakan untuk menghambat aktivitas dan menurunkan ekspresi gen EHMT2 adalah BIX01294. Sejauh ini, konsentrasi inhibitor BIX01294 yang digunakan untuk penelitian ekspresi gen EHMT2 pada kanker paru berkisar pada 2–10 μM. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian lanjutan terkait efektivitas inhibitor BIX01294 untuk menurunkan ekspresi gen EHMT2 dengan konsentrasi >10 μM. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas dari inhibitor BIX01294 dalam menurunkan ekspresi gen EHMT2 pada sel kanker paru A549 melalui empat konsentrasi inhibitor yang berbeda, yakni 12,5 μM, 15 μM, 17,5 μM, dan 20 μM. Metode yang digunakan adalah RT-qPCR. Hasil penelitian menujukkan bahwa inhibitor BIX01294 dapat memengaruhi konfluensi dan viabilitas sel kanker paru A549. Sampel sel kanker paru A549 yang tidak diberi perlakuan dengan inhibitor BIX01294 memiliki konfluensi sel dan nilai viabilitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan sampel seri inhibitor BIX01294. Selain itu, inhibitor BIX01294 juga dapat menurunkan ekspresi gen EHMT2 sel kanker paru A549 secara dose - dependant . Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa inhibitor BIX01294 dengan konsentrasi 12,5 μM; 15 μM; 17,5 μM; dan 20 μM dapat menurunkan ekspresi gen EHMT2 dan viabilitas pada sel kanker paru A549 secara dose-dependant.

---

The EHMT2 gene has the ability to control the methylation of histone proteins, which can lead to disruptions in epigenetic regulation and the transcription process. This can be a factor influencing tumor metastasis in lung cancer. A specific EHMT2 gene inhibitor, BIX01294, has been identified as an effective agent in inhibiting the activity of the EHMT2 gene. Previous research on lung cancer used BIX01294 concentrations between 2–10 μM. As a result, additional studies are needed to evaluate the efficacy of the BIX01294 inhibitor in reducing EHMT2 gene expression at concentrations greater than 10 μM. The objective of this study is to evaluate the potency of the BIX01294 inhibitor in reducing EHMT2 gene expression within A549 lung cancer cells at four different concentrations: 12.5 μM, 15 μM, 17.5 μM, and 20 μM. The method used in this study is RT-qPCR. The study’s findings reveal that the BIX01294 inhibitor can impact the confluence and viability of A549 lung cancer cells. The A549 lung cancer cell samples that were not subjected to the BIX01294 inhibitor exhibited higher cell confluence and viability values compared to those that were treated with the inhibitor. Furthermore, the BIX01294 inhibitor can also decrease the expression of the EHMT2 gene in A549 lung cancer cells in a dose-dependent manner. Therefore, it can be concluded that the BIX01294 inhibitor, at concentrations of 12.5 μM, 15 μM, 17.5 μM, and 20 μM, demonstrates a dose-dependent reduction in EHMT2 gene expression and the viability of A549 lung cancer cells."

"Analisis triclustering merupakan salah satu metode data mining yang bertujuan mengelompokkan data berbentuk tiga dimensi. Triclustering kerap digunakan pada bidang bioinformatika untuk menganalisis kesamaan ekspresi gen suatu eksperimen pada titik waktu tertentu. Analisis triclustering yang dilakukan pada penelitian ini menggunakan metode gabungan Fuzzy Cuckoo Search dengan I-Trimax. Metode ini merupakan penggabungan algoritma nodes deletion pada I-Trimax dengan algoritma optimasi Fuzzy Cuckoo Search. Cuckoo Search merupakan metode optimasi yang sudah baik dalam menghasilkan himpunan tricluster yang menggunakan konsep parasitisme spesies cuckoo. Fuzzy Cuckoo Search menggunakan fungsi objektif fuzzy c-means untuk mengatasi ketidakjelasan (indiscernibility) yang biasa terjadi dalam data ekspresi gen sehingga masalah kesulitan membedakan objek karena kurangnya pengetahuan dari informasi yang tersedia dapat diatasi. Algoritma nodes deletion pada I-Trimax digunakan pada fase pembentukan populasi awal dari metode gabungan Fuzzy Cuckoo Search dengan I-Trimax. Hal ini dilakukan demi mendapatkan populasi awal yang sudah baik yaitu memiliki MSR yang minimum karena konsep dari algoritma nodes deletion yaitu dapat menghasilkan himpunan tricluster dengan Mean Square Residue (MSR) kecil yaitu di bawah threshold. Berdasarkan itu proses komputasi algoritma Fuzzy Cuckoo Searchyang dilakukan pada fase optimasi dapat berjalan dengan efektif sehingga menghasilkan himpunan tricluster yang berkualitas baik secara efisien. Analisis triclustering menggunakan metode gabungan Fuzzy Cuckoo Search dengan I-Trimax digunakan pada data ekspresi gen tiga dimensi sel kanker paru-paru fase stabil (A549) yang berkaitan dengan pemberian obat kemoterapi Motexafin Gadolinium (MGd), di mana ekspresi gen diamati pada 6 kondisi dan 3 titik waktu. Pada penelitian ini, himpunan tricluster yang memiliki kualitas terbaik berdasarkan Triclustering Quality Index (TQI) adalah himpunan tricluster yang dihasilkan dengan nilai  dan. Berdasarkan himpunan tricluster tersebut, didapatkan informasi penting mengenai kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian MGd tapi tidak bertahan setiap titik waktu. Hal ini dapat dijadikan acuan penelitian terkait terapi kanker menggunakan obat kemoterapi MGd yang perlu dilakukan pengembangan agar dapat tetap efektif pada seluruh titik waktu. Terdapat juga kumpulan gen yang memiliki respon cepat dan bertahan hingga jangka panjang dengan pemberian MGd dan mannitol. Gen-gen tersebut merupakan gen yang menunjukkan respon baik pemberian obat kemoterapi MGd tetapi efektivitasnya tidak terlalu maksimal karena responnya beririsan dengan subjek yang hanya diberikan mannitol. Hal ini dapat dijadikan bahan untuk penelitian lebih lanjut dalam pengembangan obat MGd supaya dapat lebih efektif.

---

Triclustering analysis is a data mining method that aims to group data in three dimensions. Triclustering is often used in the field of bioinformatics to analyze the similarity of gene expression under experimental conditions at a certain point in time. The triclustering analysis carried out in this study used the combined Fuzzy Cuckoo Search method with -Trimax. This method is a combination of node deletion algorithm on -Trimax with Fuzzy Cuckoo Search optimization algorithm. Cuckoo Search is a good optimization method in generating tricluster sets that use the concept of parasitism of cuckoo species. Fuzzy Cuckoo Search uses the fuzzy c-means objective function to overcome the indiscernibility that usually occurs in gene expression data so that the problem of difficulty distinguishing objects due to lack of knowledge from available information can be overcome. The nodes deletion algorithm on I-Trimax is used in the initial population formation phase from the combined Fuzzy Cuckoo Search method with I-Trimax. This is done in order to get a good initial population, which has a minimum MSR because the concept of the nodes deletion algorithm is that it can produce a tricluster set with a small Mean Square Residue (MSR), which is below the threshold. Based on that, the computational process of the Fuzzy Cuckoo Search algorithm which is carried out in the optimization phase can run effectively so as to produce a good quality tricluster set efficiently. Triclustering analysis using the combined Fuzzy Cuckoo Search method with I-Trimax was used on three-dimensional gene expression data of stable phase lung cancer cells (A549) associated with the administration of the chemotherapy drug Motexafin Gadolinium (MGd), where gene expression was observed in 6 conditions and 3 time points. In this study, the tricluster set that has the best quality based on the Triclustering Quality Index (TQI) is the resulting tricluster set with values. Based on these tricluster sets, important information was obtained regarding gene pools that responded well to MGd administration but did not persist at any point in time. This can be used as a reference for research related to cancer therapy using MGd chemotherapy drugs that need to be developed in order to remain effective at all time points. There is also a gene pool that responds quickly and persists in the long term with MGd and mannitol administration. These genes are genes that show a good response to MGd chemotherapy drugs but their effectiveness is not maximal because their responses coincide with subjects who are only given mannitol. This can be used as material for further research in the development of MGd drugs so that they can be more effective."