Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang. Malformasi kongenital multipel (MKM) masih menjadi masalah besar di Indonesia, karena muncul sebagai penyebab kematian neonatal yang cukup signifikan. Faktor genetik adalah penyebab tersering MKM dan lebih dari 50% disebabkan oleh kelainan kromosom.Tujuan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui berbagai kelainan struktur kromosom yang berperan dalam kejadian MKM dan alur diagnosis MKM yang sesuai untuk Indonesia.Metoda. Diagnosis klinis dengan menggunakan database merupakan tahap awal untuk membedakan known dan unknown MKM. Pemeriksaan G-banding menjadi pilihan lini pertama untuk unknown MKM. Pemeriksaan microarray merupakan pemeriksaan lanjutan bila tidak ditemukan kelainan pada pemeriksaan G-banding. Platform microarray yang dipilih adalah CytoSNP 850Kb dengan dua fungsi yaitu array-CGH dan SNP-array.Hasil. Pasien MKM di Indonesia memiliki fenotip beragam dan bersifat multiorgan. Tiga fenotip tersering yang ditemukan pada subjek adalah hambatan pertumbuhan, mikrosefali, dan penyakit jantung bawaan. Empat puluh dari 94 subjek (42,6%) dapat ditegakkan diagnosis klinis dengan menggunakan database fenotip, 5 dengan etiologi infeksi dan 35 dengan etiologi genetik. Tujuh belas dari 49 subjek (34,7%) ditegakkan diagnosis etiologi dengan pemeriksaan G-banding. Tiga puluh dari 32 subjek (93,7%) didapat etiologi genetik dengan pemeriksaan microarray, dengan rincian sebagai berikut (a) 27 dari 30 subjek didapat dengan metoda array-CGH, dan (2) 3 dari 30 subjek didapat dengan metode SNP-array.Diskusi. Berdasarkan temuan di atas dicoba disusun alur diagnosis etiologi untuk MKM di Indonesia sebagai berikut (a) menegakkan diagnosis klinis dengan menggunakan database fenotip, (b) melakukan pemeriksaan G-banding sebagai pemeriksaan lini pertama, (c) melakukan pemeriksaan microarray dengan pengklasifikasian sebagai berikut (i) gain/loss pathogenic (sindrom delesi/duplikasi), (ii) gain/loss likely pathogenic, (iii) VUS, (iv) menentukan adanya LoH, (v) mencari adanya gen imprinting dalam area LoH. (vi) menentukan adanya incidental finding.Kesimpulan. Pendekatan diagnosis etiologi MKM di Indonesia membutuhkan tahapan yang tidak sama. Pertimbangan efektivitas yang dinilai dari tingkat deteksi dan pertimbangan efisiensi menjadi titik perhatian khusus. Metoda G-banding masih efektif sebagai lini pertama penegakkan diagnosis etiologi MKM di Indonesia. Pemeriksaan lini kedua adalah microarray. Penapisan awal secara klinis sangat menentukan tingkat deteksi kedua metoda tersebut.

---

Introduction. Multiple congenital malformations remain a major problem in Indonesia, as they emerge as a significant cause of neonatal death. Genetic factors are the most common cause of multiple multiple congenital malformation (MCM) and more than 50% are caused by chromosomal abnormalities both large and submicroscopic.

Aim. This study is aimed to investigate various chromosomal structural abnormalities that play a role in the incidence of MCM and to develop a suitable diagnostic flow of MCM in Indonesia

Method. Clinical diagnosis using a database is the initial stage to distinguish between known and unknown MCM. G-banding examination is the first line choice for the unknown MCM. Microarray examination is a follow-up examination if no abnormalities are found on the G-banding examination. The selected platform is CytoSNP 850Kb with two functions, CGH-array and SNP-array.

Results. Multiple congenital malformation patients in Indonesia have a diverse phenotype and included multi organ. The 3 most common phenotypes found in subjects are growth retardation, microcephaly, and congenital heart disease. Forty of the 94 subjects (42.6%) could be diagnosed clinically using a phenotype database, 5 with the etiology of infection and 35 with genetic etiology. Seventeen out of 49 subjects (34.7%) were diagnosed using G-banding examination. Thirty of 32 subjects (93.7%) diagnosed by microarray, with the following details (a) 27 of 30 subjects were obtained by the CGH-array method, and (b) 3 out of 30 subjects were obtained by the SNP-array method

Discussion. Based on the above findings, an etiological diagnosis flow for MCM in Indonesia is attempted as follows (a) establishing a clinical diagnosis using a phenotype database, (b) G-banding examination as a first-line examination, (c) microarray examination with the following classification ( i) pathogenic gain/loss (deletion/duplication syndrome), (ii) likely pathogenic gain/loss, (iii) variant of uncertain significance (VUS), (iv) determine the presence of LoH, (v) look for imprinting genes in the LoH area. (vi) determine the existence of incidental finding.

Conclusions. The etiological diagnosis approach of MKM in Indonesia requires different stages. Consideration of effectiveness assessed from the level of detection and consideration of efficiency is of particular concern. The G-banding method is still effective as the first line in establishing the etiological diagnosis of MCM in Indonesia. The second line test is microarrays. Initial clinical screening largely determines the detection rates of the two methods."

"Ion kalsium (Ca2+) merupakan kation yang berperan dalam kondensasi kromosom. Berbagai penelitian mengenai pengaruh Ca2+ terhadap struktur kromosom telah dilaporkan. Akan tetapi, penelitian-penelitian tersebut masih terbatas pada galur sel kanker atau sel hewan mamalia dengan pendekatan analisis ultrastruktur. Pengaruh Ca2+ terhadap struktur dan pola banding kromosom pada sel manusia non-kanker belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh Ca2+ terhadap struktur dan pola banding kromosom dari sel darah manusia melalui teknik GTL-banding. Sel darah manusia dikultur, kemudian dilakukan pemanenan kromosom dan banding menggunakan pewarna Leishman. Pengaruh Ca2+ dievaluasi dengan menginkubasikan kromosom pada dua larutan berbeda, yaitu larutan 1 mM BAPTA sebagai chelator spesifik Ca2+ dan 1 mM EDTA sebagai chelator kation, dan dibandingkan dengan kontrol. Data yang diperoleh dianalisis secara kualitatif dengan mengamati struktur dan pola banding kromosom, serta secara kuantitatif dengan menentukan nilai kromosom berdasarkan kriteria Quality Assessment (QA) dari International System for Human Cytogenetics Nomenclature (ISCN). Hasil yang diperoleh menunjukkan kromosom kelompok perlakuan 1 mM BAPTA memiliki struktur tidak padat, membentuk struktur fibrous, dan berukuran lebih lebar dibandingkan kromosom kontrol dengan pola banding tidak jelas dan kabur. Kromosom kelompok perlakuan 1 mM EDTA membentuk struktur tidak padat dan berukuran lebih panjang dibandingkan kelompok kontrol. Rata-rata nilai kromosom pada kelompok kontrol, BAPTA, dan EDTA berturut-turut adalah 4,467 ± 0,78; 4,30 ± 0,75; dan 4,467 ± 0,86. Perbedaan struktur kromosom, pola banding, dan rata-rata nilai kromosom pada kromosom 1 mM BAPTA dan 1 mM EDTA menunjukkan bahwa kation Ca2+ merupakan faktor penting dalam kondensasi struktur kromosom.

---

Calcium ion (Ca2+) is a cation that has a major role in chromosome condensation. Studies about Ca2+ effect in chromosome structure have been reported. However, the studies are limited for cancer cell lines using the ultrastructure analysis approach. The effect of Ca2+ on chromosome structure and banding pattern of the human non-cancer cell line is still unknown. This study aims to determine the effect of Ca2+ on human blood cell chromosome structure and banding pattern using the GTL-banding technique. The blood cell was cultured and then the chromosome was harvested and banded with Leishman dye. The Ca2+ effect was evaluated by using 1 mM BAPTA as Ca2+ specific chelator and 1 mM EDTA as common cation chelator and then compared with the control. The data were then analysis both qualitatively by observing chromosome structure and banding pattern, as well as quantitatively by determining chromosome value based on Quality Assessment (QA) from International System for Human Cytogenetics Nomenclature (ISCN). The result showed that the BAPTA-treated chromosome structure was fuzzy, fibrous, and wider than the control group with a less clear banding pattern than the control. In addition, EDTA-treated chromosome structure was less condensed and longer than those of the control. The mean chromosome value of control, BAPTA-, and EDTA-treated chromosome are 4.467 ± 0.78; 4.30 ± 0.75; and 4.467 ± 0.86. Distinct characteristic of chromosome structure, banding pattern, and mean of chromosome value from BAPTA- and EDTA-treated chromosome further indicates that Ca2+ plays an important role in chromosome condensation."

"Struktur kromosom berperan penting dalam pembagian materi genetik pada siklus sel. Hingga saat ini, penelitian mengenai faktor utama yang berperan dalam kondensasi kromosom terus dilakukan, salah satunya ion magnesium. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui pengaruh perbedaan konsentrasi ion magnesium (Mg2+) terhadap struktur permukaan dan bagian dalam kromosom sel HeLa menggunakan mikroskop fluoresens dan high resolution microscopy meliputi Scanning Electron Microscope (SEM), Helium Ion Microscope (HIM), Transmission Electron Microscope (TEM), dan Focused Ion Beam/Scanning Electron Microscope (FIB/SEM) dengan teknik preparasi ionic liquid. Sel HeLa dikultur kemudian diisolasi kromosomnya menggunakan metode Polyamine (PA). Kromosom sel HeLa kemudian diberikan tiga perlakuan berbeda meliputi larutan XBE5 dengan 5 mM Mg2+ sebagai kontrol, perlakuan larutan XBE tanpa Mg2+, dan perlakuan 1 mM EDTA sebagai chelator kation. Kromosom sel HeLa selanjutnya difiksasi dengan 2,5% glutaraldehyde dan post-fiksasi menggunakan OsO4. Kromosom kemudian diwarnai dengan DAPI (4,6-diamidino-2-phenylindole) untuk pengamatan dengan mikroskop fluoresens dan Platinum Blue untuk pengamatan dengan high resolution microscopy. Kromosom yang telah diwarnai dan diberi 0,5% ionic liquid BMI-BF4 kemudian diamati sesuai prosedur masing-masing high resolution microscopy. Hasil pengamatan kualitatif menunjukkan kromosom sel HeLa kontrol memiliki struktur yang lebih padat, tidak pipih, dengan kromatid yang tidak berlubang dibandingkan dengan kromosom yang diberi perlakuan XBE dan EDTA. Hasil pengukuran kuantitatif menunjukkan panjang rata-rata kromosom kontrol 2,95 μm ± 0,99868 dengan ketebalan kromatid 500 nm. Kromosom sel HeLa yang diberikan perlakuan XBE tanpa Mg2+ memiliki panjang rata-rata 4,2 μm ± 1,1964 dengan ketebalan kromatid 310 nm. Panjang rata-rata kromosom sel HeLa yang diberikan perlakuan 1 mM EDTA adalah 8,65 μm ± 3,85762 dengan ketebalan kromatid 200 nm. Hasil pengamatan dan pengukuran menunjukkan kromosom kontrol XBE5 dengan 5 mM Mg2+ memiliki struktur permukaan dan bagian dalam yang lebih padat dibandingkan dengan kromosom yang diberi perlakuan larutan XBE dan 1 mM EDTA. Hasil tersebut menunjukkan pentingnya ion magnesium dalam kondensasi kromosom.Chromosome structure is crucial for the equal distribution of genetic materials into the daughter cells during the cell cycle. To date, the major factors for chromosome condensation have been being evaluated, including Magnesium ions. This research aimed to evaluate the effects of Magnesium ions (Mg2+) concentrations on HeLa chromosome surface and inner structure observed by high-resolution microscopies including Scanning Electron Microscope (SEM), Helium Ion Microscope (HIM), Transmission Electron Microscope (TEM), and Focused Ion Beam/Scanning Electron Microscope (FIB/SEM) using ionic liquid method. HeLa cells were cultured and the chromosomes were isolated using Polyamine (PA) method. The chromosomes were treated with different buffers, XBE5 (contained 5 mM Mg2+) as control, XBE (contained 0 mM Mg2+) and 1 mM EDTA as a cations chelator. HeLa chromosomes were then fixed with 2.5% glutaraldehyde and post-fixed with OsO4. Chromosomes were stained with DAPI (4,6-diamidino-2-phenylindole) and Platinum Blue for fluorescence and high-resolution microscopy observation, respectively. Finally, the chromosomes were subjected to ionic liquid treatment using 0.5% BMI-BF4 prior to high-resolution microscopy observation. The qualitative results showed that the control HeLa chromosomes had a more compact structure without any fibres as compared to those treated with XBE and 1 mM EDTA. The quantitative results showed that the average chromosome length of the control was 2,95 μm ± 0,99868 with the chromatid thickness of 500 nm, while the XBE- and EDTA-treated chromosomes showed the average length of 4,2 μm ± 1,1964 and 8,65 μm ± 3,85762, respectively, with the chromatid thickness of 310 nm and 200 nm. The results of this study revealed that the chromosome treated with XBE5 (control) has a more compact surface and inner structure as compared to those treated with XBE and EDTA. The results of this study further revealed the importance of Mg2+ on chromosome condensation."