Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKMETODE : Desain penelitian yang akan dilakukan untuk penelitian ini adalah studi eksperimental. Pada penelitian ini akan dilakukan pengambilan darah pada 6 orang subjek sebanyak 10 cc yang dibagi menjadi 4 kelompok yaitu 1 kelompok kontrol dan 3 kelompok perlakuan dengan pemberian DMPA pada konsentrasi 1:10, 1:100, 1:1000 dan dilakukan mikrokultur quantitatif PBMC (Peripheral Blood Mononuclear Cell) dengan quantitative real time PCR untuk melihat pengaruh pemberian DMPA terhadap peningkatan viral load HIV secara in vitro.HASIL :Pada penelitian ini, ditemukan bahwa tidak terdapat peningkatan yang bermakna pada peningkatan viral load HIV pada mikrokultur PBMC, baik pada kontrol yaitu yang tidak diberikan perlakuan DMPA maupun yang diberikan DMPA dengan 3 konsentrasi yang berbeda dengan nilai kemaknaan p = 0,965.KESIMPULAN: Tidak terdapat pengaruh pemberian DMPA terhadap jumlah viral load HIV, baik pada konsentrasi 1:10, konsentrasi 1:100, konsentrasi 1:1000 yang dilakukan secara invitro

---

ABSTRACTMETHOD: The design being employed for this study is an experimental study. In this study blood sample of 10 cc will be taken from 6 subjects that will be devided into 4 groups, 1 group is control and the others are treated with DMPA with concentration of 1:10, 1:100, 1:1000 and PBMC (Peripheral Blood Mononuclear Cell) quantitative microculture will be done using real time PCR to examine the effect of DMPA adminstration to the increment of HIV viral load in vitro.RESULT: In this study, it was found that there is no significant increment of HIV viral load in PBMC microculture, whether in the control group, the one that is not treated with DMPA, or the group treated with DMPA using 3 different concentration with the value of statistical analysis of p = 0,965.CONCLUSION: No effect of DMPA administration to the HIV viral load, whether in 1:10 concentration, 1:100 concentration, or 1:1000 concentration, in vitro."

"RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) berbasis SYBR Green, merupakan metode alternatif yang dapat digunakan untuk pendeteksian SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), selain berbasis TaqMan. Pada penelitian ini, primer yang dirancang menargetkan gen RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) berdasarkan sekuens SARS-CoV-2 di Indonesia. Efisiensi dari metode yang dilakukan diketahui sebesar 97,82% dan limit of detection-nya adalah sampel dengan CT (cycle threshold) sebesar 41,25. Pada hasil uji spesifisitas, dua puluh sampel RNA positif SARS-CoV-2 terdeteksi positif dan delapan dari sepuluh sampel RNA negatif SARS-CoV-2 terdeteksi negatif. Dua sampel negatif yang terdeteksi positif karena terdeteksinya primer-dimer. Metode memenuhi kriteria presisi dengan hasil koefisien variasi pada intra-assay kurang dari 10% dan pada inter-assay kurang dari 15%. Sebagai langkah awal pengembangan deteksi kuantitatif, pada penelitian ini juga dilakukan percobaan penumbuhan transforman menggunakan sel kompeten One Shot® TOP10 dan One Shot® BL21(DE3) dengan plasmid kontrol DNA (deoxyribonucleic acid) pUC19 sebagai pemastian efisiensi sel kompeten yang dapat digunakan untuk penumbuhan kloning transforman gen RdRP SARS-CoV-2. Jumlah koloni bakteri yang berhasil tumbuh dari dua jenis sel kompeten tersebut tidak sesuai dengan ekspektasi panduan dari produsen. Selain itu, pada penelitian ini telah berhasil didapatkan fragmen gen target RdRP untuk kloning dengan PCR konvensional.

---

SYBR Green-based RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) is an alternative method to detect SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), besides the TaqMan-based. In this study, the primers were designed to target the RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) gene based on a SARS-CoV-2 sequence in Indonesia. The method's efficiency is known to be 97,82% and the limit of detection is a sample with a CT (cycle threshold) of 41,25. At the specificity test results, all twenty positive RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as positive. Eight from ten negative RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as negative, the remaining detected primer-dimer. The method meets the criteria of precision with the results of the coefficient of variation was less than 10% and 15% for intra-assay and inter-assay, respectively. As an initial step in developing quantitative detection, in this study, the efficiency of One Shot® TOP10 and One Shot® BL21(DE3) competent cells were confirmed using a DNA (deoxyribonucleic acid) control plasmid pUC19. Both types of competent cells do not meet the expectation based on the manufacturer. In addition, for cloning, the RdRP gene target fragment was successfully obtained by conventional PCR."

"Pemalsuan kandungan daging merupakan sebuah masalah yang besar, terlebih di negara dengan mayoritas penduduknya beragama Islam seperti Indonesia. Sejauh ini, proses uji deteksi kehalalan berpedoman pada rekomendasi ISO yang memanfaatkan qPCR dengan gen target ACTB pada babi, namun komparasi antara reliabilitas gen ACTB dan reliabilitas gen lainnya belum banyak diuji. Gen alternatif yang dinilai berpotensi untuk dijadikan gen target pada primer untuk uji deteksi halal adalah gen yang terdapat pada DNA mitokondria (mtDNA), yaitu COI, Cytb, dan 12S rRNA. Spesifisitas ketiga primer tersebut sudah teruji secara in silico sebesar 100%. Namun, spesifisitas in silico tidak selalu menunjukkan hasil yang sama secara in vitro, sehingga spesifisitas ketiga primer perlu diuji secara in vitro dan dibandingkan dengan primer ACTB terhadap DNA daging babi hutan dan babi domestik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini terdiri atas isolasi DNA dari daging babi domestik, babi hutan, sapi, kambing, ayam, ikan tuna, dan ikan mas, kuantifikasi DNA, optimasi suhu annealing primer, dan uji spesifisitas melalui qPCR. Konsentrasi DNA yang diisolasi berkisar dari 21,0 ng/μL hingga 155,5 ng/μL, sedangkan kemurnian DNA berkisar dari 1,393 hingga 1,929. Suhu annealing optimal yang dipilih adalah 57oC untuk ketiga primer. Berdasarkan hasil qPCR, spesifisitas primer gen COI, Cytb, dan 12S rRNA masing-masing sebesar 50%, 25%, dan 50%, dan berada di bawah spesifisitas ACTB sebesar 100%, kemungkinan diakibatkan oleh proses desain yang kurang optimal. Oleh karena itu, disimpulkan bahwa spesifisitas primer COI, Cytb, dan 12S rRNA masih tergolong rendah dan perlu dilakukan upaya desain ulang primer untuk meningkatkan spesifisitasnya.

---

Meat content adulteration is a prominent problem in a predominantly Muslim country such as Indonesia. To this date, the majority of halal detection activities have followed the recommendation given by ISO, utilizing qPCR and the target gene of ACTB in pigs, but its’ reliability is yet to be compared with other genes intensively. Mitochondrial DNA (mtDNA) genes, such as COI, Cytb, and 12S rRNA are considered worthy alternatives of becoming primer target genes in halal detection, with satisfactory in silico specificity of 100%. Alas, in silico specificity does not always correspond to in vitro results. Therefore, the three primers’ specificities towards wild boar and domesticated pig DNA need to be evaluated in vitro and compared with the ACTB primer. The methods used in this research include DNA isolation from pork and wild boar meat, beef, goat meat, chicken meat, tuna, and carp meat, DNA quantification, primer annealing temperature optimization, and specificity evaluation through qPCR. Isolated DNA concentrations range from 21,0 ng/μL to 155,5 ng/μL, while DNA purity ranges from 1,393 to 1,929. The optimal annealing temperature chosen for the three primers is 57oC. Based on the qPCR results, the specificities for primers COI, Cytb, and 12S rRNA are 50%, 25%, and 50%, and are below ACTB primers’ specificity which stands at 100%, most likely due to suboptimal primer design. Hence, it is concluded that the specificities of COI, Cytb, and 12S rRNA primers are still considered low, and redesigning is necessary for improval."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan kelainan yang ditandai oleh hiperandrogenemia, ovarium disfungsi, dan polikistik ovarium yang dapat menyebabkan infertilitas. Meski etiologi pastinya belum diketahui, obesitas merupakan ciri khas umum pada SOPK di mana sekitar 40--80% wanita SOPK meningkatkan obesitas. Kej Vitamin D Receptor (VDR) terkait dengan SOPK melalui peradangan kronik tingkat rendah. Tujuan penelitian adalah mempelajari ekspresi mRNA gen VDR pada wanita obesitas dan non-obesitas dengan SOPK dan normal. Sampel darah dari 120 subjek dibagi menjadi empat kelompok, yaitu 30 normal non-obesitas (BMI <25), 30 normal non-obesitas (BMI> 25), SOPK non-obesitas (BMI <35), dan 30 SOPK obesitas (BMI> 25) kemudian dianalisis menggunakan kuantitatif Real-Time PCR (qPCR) dengan metode kurva standar. Hasil penelitian menunjukkan bukti mRNA gen VDR pada subjek obesitas dan SOPK secara signifikan lebih tinggi dibandingkan kedua kontrol. Hasil ini menunjukkan bahwa gen VDR terkait dengan obesitas dan SOPK.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a disorder characterized by hyperandrogenemia, ovarian dysfunction, and polycystic ovaries that can cause infertility. Although the exact etiology is unknown, obesity is a hallmark common in PCOS where about 40-80% of PCOS increase obesity. Vitamin D Receptor (VDR) is associated with PCOS through low-level chronic inflammation. The aim of the study was to study the expression of VDR gene mRNA on obese and non-obese women with PCOS and normal. Blood samples from 120 subjects were divided into four groups, namely 30 normal non-obese (BMI <25), 30 normal non-obese (BMI> 25), non-obese PCOS (BMI <35), and 30 obese PCOS(BMI> 25) was then analyzed using quantitative Real-Time PCR (qPCR) with the standard curve method. The results showed evidence of VDR gene mRNA in obese and PCOS subjects was significantly higher than the two controls. These results indicate that the VDR gene is associated with obesity and PCOS."